1924年7月18日，鲍罗廷给瞿秋白写信，请瞿秋白参加国民党政治局委员会。国民党政治局委员会成员由国民党中央一届二中会议决定成立，成员是孙中山、汪精卫、廖仲恺、瞿秋白、伍朝枢、邵元冲，鲍罗廷是顾问，其任务就是弄清所谓“共产国际和中国共产党对国民党的态度”。鲍罗廷特别解释，这不是中派所期望的凌驾于国民党和共产党之上的组织。
陈独秀在得悉“国际联络委员会”成立的消息后，非常生气，认为这是凌驾于中国共产党之上的组织。9月7日，他给维经斯基写信说：
国民党中央执行委员会全会已经闭幕，这次会议对我们是一个很大的打击。孙中山等人的态度在口头上保持中立。他们不能同我们的同志争吵，也不敢得罪右派和反动派，但实际上，他们利用反动派施加的压力和他们的反共宣传来压制我们，目的在于把中国共产党置于国民党的领导之下，或至少使中国共产党对它开放。我们必须反对这种行为。可是鲍罗廷同志不是站出来反对，而是建议他们成立所谓国际联络委员会，隶属于国民党政治委员会，并且拥有解决（国共）两党问题的全权。中国共产党中央执行委员会绝对不同意这个建议，并指出，鲍罗廷同志上了孙中山等人的圈套。中国共产党中央执行委员会给鲍罗廷发去电，说明了孙中山等人的这个阴谋，以及这个建议和我们党绝对承认任何这类决定将带来的不良后果。但遗憾的是，在国民党央执行委员会全会上作出了这种决定。
在听取瞿秋白口头报告后，中国共产党执委会10月8日作出决议，认为鲍罗廷和瞿秋白在广州就如何在国民党内开展工作的问题上，犯了几个错误：
错误之一，是国民党中派根本没有打算与我们闹分裂，只是利用右派的威胁，达到拟订干涉共产党事务的计划。鲍罗廷和瞿秋白“错误地认为，我们应该帮助中派去哄骗右派……走上了向中派让步的道路。这样一来，同中派达成了妥协，采取了防御的立场，因此落入了中派设置的圈套”。结果，自己的镇压反动派的决议案在会议开始时没有提出，并在国民党内部成立了干涉共产党事务的机构，等于共产国际和共产党承认，国民党有权成立调查共产党活动的机构。
错误之二，“共产国际代表在军事政策上对国民党的帮助，实际上扩大了右派的反动势力”。鲍罗廷“在关于不镇压反动派，停止反英斗争，停止反对孙以进行北伐为借口离开广州等问题上同孙逸仙妥协了。他还犯了另一个错误，促使孙博士发表了一个宣言……”
决议最后说：“中共（中央）执委会非常不满的是，鲍罗廷同志作为共产国际代表同党的执委会联系很少，也不同它讨论决议和对国民党的态度的改变！而是单独行事。即便在这种情况下他不犯什么错误，那么这种状况也会破坏统一，破坏工作制度，这对国民革命运动来说是有害的。”
这个决议第一次将中共中央和鲍罗廷的矛盾以文件形式表达出来，也是陈独秀和瞿秋白在工作中的第一次矛盾冲突。事后，宣传部干事张伯简告诉刚分来的郑超麟说：“瞿秋白在广州犯了错误，陈独秀和蔡和森要他立即回上海的。”至于具体情况，张伯简也不清楚。
隔日，陈独秀索性给共产国际远东部写信，要求共产国际“警告”鲍罗廷，并谈到经济问题：“在财务方面，鲍罗廷已经改变了他原先的计划，停止资助国民党各省党部。我们给他去信，要求把原定给国民党省党部的这笔钱转给我们中共的省委，用来资助那些在我们控制之下并对国民运动的实际工作提供很大帮助的省党部。”
说明陈独秀和鲍罗廷的矛盾，除了政治上的因素，还有经济上的原因。
10月10日，陈独秀以中共中央名义给鲍罗廷写信，希望他批准共产党的经费预算：
高尚德同志去广州带给您的国民革命运动预算是否已批准？这笔资金对于上海、吉林、湖南，浙江都很急需。如果最近没有资金，那么这些地区的国民革命运动很快就会停止。特别是湖南和浙江的国民党党部已欠债，每个地区3000美元，这两地的负责人（我们的同志）已被追究债务责任（作为“民事案件”）。我们的意见是需要清还这笔债务，或由您负担，或列入新的预算，即从您那里以预付的形式得到这笔款子，以便在以后几个月里逐步还清债务。这个问题需要马上解决。不然我们就无法把同志们从困境中解救出来，无法让他们在这种情况下工作。
陈独秀在信上明确表示，不满意苏联人大额援助蒋介石办黄埔军校。他写道：“俄国的血汗（你们的资金），或许还有世界无产阶级的血汗花在这种学校上，我们认为很不值得，因为这个军校与其它任何军阀的军校没有什么区别。”
今年春，俄共（布）中央政治局托伏龙芝负责发放五十万卢布、一万支步枪和一定数量的火炮资助孙中山。陈独秀提到这些，暗示鲍罗廷，你们不能偏向国民党。
内外有别，因为和国民党联合的关系，1925年3月31日，陈独秀在《向导》周报第一O七期发表文章，还不得不替孙中山拿了俄国人的钱辩护。他说：“至于诬蔑中山先生“恃墨斯哥共产宣传费以维持生活”，这种态度，不单是《时事新报》之耻辱，简直是全新闻界之耻辱！中山先生受过墨斯哥共产宣传费的证据在那里？中山先生宣传共产的证据又在那里？”
陈独秀这番话，一方面替孙中山辩护，另一方面，他字咬得很准，既说孙中山没有拿莫斯科“共产宣传费”。因为仔细计较起来，孙中山拿的是宣传三民主义的费用，不是用来推行共产主义的费用。
大革命失败后，陈独秀说，“继他（马林）而来的鲍罗廷，他的皮包中夹有苏俄对国民党巨量物质的帮助”。陈独秀不知道苏联和共产国际实际支持国民党的数字（对共产党保密），但他知道数字庞大，所以用了“巨量”两个字。
因为已和鲍罗廷闹了矛盾，陈独秀的信写得不客气，口气生硬。同一天，陈独秀给共产国际远东部写信说：“鲍罗廷同志从不同我们党协商，好像在中国不存在中国共产党……我们希望共产国际给他提出警告。”
消除中共中央与鲍罗廷之间的误会，维经斯基11月底到上海。一周后，维经斯基给加拉罕写信，说：“现在必须从国民党那里给党拨出一定数额。我们能具体做些什么呢？把《向导》周报的印数增加一到二倍……我请求为了整个这项工作给我拨1万卢布，由我负全责报帐。”维经斯基希望加拉罕“尽快就经费问题给我答复……您可以分期拨出，而且可以从1万中拿出一定数额给北方局来做这项工作。”
“开展强大的宣传运动”，指北京事变后的宣传运动。