张之洞承认，慈禧太后在面对列强入侵时，想把义和团作为“后备军”来抵制列强的入侵，但他否认朝廷对任何洋人与传教士曾经有过敌意。这位领事进一步说道：“我并不认为一个哨兵会仅仅在边界规定范围内站岗，他定然会越过界线以得到更多情报。”
对于这样的情况，光绪帝认为需要第三方国家作为调停人介入此事，这将有利于帮助大清整合优势资源，壮大实力，抵制侵略者，这也许会终结大清残酷而有失公平的体制，国内叛乱因此也会渐渐平息，这也是长期以来，人们所期望的。
然而当慈禧太后幽禁光绪帝，重新夺回政权时，外交使团不仅放弃了救出极其信任他们的光绪帝，而且还迅速地开始公开支持慈禧太后；并在历史上第一次让他们的妻子去拜访慈禧太后；与此同时，他们不断向慈禧太后施压，以惩治犯罪，但奇怪的是，英国却站出来，说要为慈禧太后穷追不舍的戊戌变法中的维新志士提供保护。
显然就像甲午中日战争之后俄国邀请李鸿章选为沙皇加冕礼的嘉宾一样，那个时候的李鸿章已经陷入孤立无援的境地，身边没有谁可以依靠。慈禧太后的境地也是如此，首先是中日之战，接着是支持义和团运动，如今是袭击公使团，这让她声名狼藉，颜面尽失。法国自然会与俄国站在一边。德国也许也会如此，因为此时英国，正如我们所知，正侵占着德兰士瓦。如果当地政府给予英格兰使者全权自由处理的外交权力，在英格兰信誉的保障之下，他们也许可以取得更好的结果。
1901年1月份，李鸿章和庆亲王向慈禧太后递交了一份恳求她回京的奏折，奏折中言辞激烈地指出，如果慈禧太后不早日回京，形势将会变得更糟，这对朝廷和大清都是极为不利的。
1901年2月，我听闻李鸿章身体抱恙，但他仍然不顾自己年迈的身体，为履行自己的职责，像年轻人一样奋斗在第一线上。11月时，为了避免保定府落入洋人之手，他被任命为刑部尚书，全面接管刑部，任何人面对如此繁重的工作，都会忙得头昏眼花，而如果保定府失守了，那么谁会被抓住呢？也许还有人会记得，在保定府发生的一次大规模屠杀中，联军在攻城时将城墙的基石卸下，最终顺利进城。
李鸿章抱怨道，无法通过电报发送密报给朝廷，让他举步维艰。接着，我们便听到李鸿章给朝廷的信件在途中被偷的消息。这是因为他想要答应洋人的条件，签订相关条约，被朝中顽固派拒绝，而他感觉无法与他们进行有效沟通，对此也无能为力，因此，根据中国传统做法，为了保住颜面，只能说信件被偷，朝中无法收到他发出的信息。
3月25日，李鸿章发了一封电报，电报中称：“如果皇太后不批准这个条约，那么俄国将会永远占据满洲，而其他国家将会效仿。如果皇太后批准了，俄国承诺归还满洲给大清，这也会让其他西方列强停止抗议。”对于一个明白人而言，这必然是一个艰难的处境，这时，洋人已经直接公开地阅读通过电报线传输的电报，而电报线的另一头，慈禧太后也是腹背受敌，情况不容乐观。
慈禧太后西逃至西安府时，还带上了三个大型戏班子，他们几乎每日都在慈禧太后的临时宫殿外为慈禧太后表演，而在朝中大臣和各官员也能够每日欣赏他们的表演。然而，这时在民间，物价飞涨，每担米要18，000两，一杯水5两，甚至连人肉都能卖高价钱，每日都有人饿死。然而，一位刚从西安府回来的官员说道，慈禧太后气色很好，对那里的生活也很满意，她保养得非常好，看起来就四十出头的样子而不像是一个年近百岁的人。相反的，光绪帝则精神不佳，一副愁眉苦脸的样子。
5月，李鸿章在北京购置了一套大房，准备将合肥的家人接来同住。在这时候的北京街头，我们大约可以听到41种语言，一份中国报纸中说道，联军将一些本国的新闻工作者带来北京为他们从事相关工作，而在北京的新闻界中，还有一些之前曾活跃在朝中的六部重要官员，以及最近被任命为内阁大学士的官员。
6月，一些外国使臣在拜访李鸿章时建议，当外国使臣进宫觐见时，宫中应为他们备好轿子，迎接他们的到来。李鸿章很快回复道，关于为外国使臣备轿，之前从未有先例。外国使臣说：“那好吧，当光绪帝和慈禧太后到访欧洲时，难道会带着轿子和马车前往吗？为什么我们不能使用皇家轿子呢？”李鸿章听罢，一直沉默不语。面对这样的情况，他总是被迫以沉默表示默许的那一个。
实际上，绝大多数中国人也是如此。他们总是竭尽全力地反对革新。但一旦引进了新技术、新方法，他们便不再多言一句。一些人还会以自尽来表示强烈地反对，哪个国家的人民又会通过这样的方法反抗呢？
在北京，当八国联军攻入时，许多家庭不堪屈辱，在家中自尽，一位负责清理工作的年轻的英国小伙子对此震惊不已，在一个民宅中，他发现除了一位老人，所有人都已经在家中的横梁上自缢而亡。“你们没必要这么做。我们并没打算伤害你们。你们为什么要这样呢？”老人答道：“因为我们对生活已经感到十分厌倦，除了自杀，我们别无选择。”而在其他的民宅中，他所见到的也是同样的情况。
在满洲吉林，一位守护内城的将军和他的妻子、兄弟、兄弟的四个夫人、四个侄女，在家中放火自尽。最终，他的名字被刻在寺庙里的英雄牌匾中，人们还为他和他的妻子及亲属们建起了一个拱门以做纪念。翰林院中的一位祭神官员与他的妻子一道在家中服毒自尽。关于这时期死亡的人员，具体的统计如下，但我不敢保证这份名单是完整的：
自尽人员名单第一等：徐同：汉族，在慈禧太后西逃时自尽。崇漪：满族，在慈禧太后西逃时自尽。桂恒：满族，在八国联军攻入京城时自尽。禧庆：满族，在八国联军攻入京城时自尽。李平衡：满族，通州之战后自尽。
曾纪：满族，中俄之战战败后自尽。严茂：汉族旗人，中俄之战战败，吉林失守后自尽而亡。第二等：徐程毓：汉族旗人，北京失守后自尽而亡。福俊：满族，北京失守后自尽而亡。
死亡人员名单（不含自尽）第一等：一位大学士在冲突爆发之前，因年老自然死亡。
协办大学士：在随慈禧太后西逃途中，因过度惊吓以及舟车劳顿而亡。
福：在随慈禧太后西逃途中，因过度惊吓以及舟车劳顿而亡。都察院御史：北京被围攻前死亡。工部尚书：在逃往西安府的途中因病而亡。荣禄的幕僚（北方军队司令）：八国联军进军前，因怒气攻心而亡。北方军队左翼指挥官在慈禧太后西逃后不久，因年事已高（88岁），自然死亡。
第二等：都察院副御史：在逃往西安府的途中死亡。福建主管文学的地方官员，在听闻所有家人被义和团屠杀后死亡。陈宝宸：山东巡抚，因支持戊戌变法而被革职，因病死亡。胶州巡抚因病死亡。
前山西司库主管，在八国联军进军前死亡。据说，还有很多人死于前往西安府的途中。除此之外，还有五人被端王处死、两人被慈禧太后处死、两人被义和团杀死、一人被八国联军杀死，还有三人死于战争之中。
3月2日颁布的一道诏书中，有将近两千人的名单，其中包括了在八国联军攻入北京后，双方交战中死亡的人员的名单，以及那些不堪屈辱而自杀的人员名单。他们在死后受到了慈禧太后的嘉奖，而他们的后代，则被授以官职，以表彰他们家人为国家荣誉而做出的牺牲。
如此惨烈的情况，也深深触动了李鸿章，这使得他再次回到了北京。
我们知道，当他在天津的时候，也早已预料到当前的局势了。1900年11月，英国公使萨道义爵士给首相索尔兹伯里勋爵发了一封电报，电报中说道，李鸿章已被任命为直隶总督，并向各国公使发了一份无礼的照会，抱怨在保定府的联军军队以及中国基督教信徒。英国、法国、德国、意大利回复了该照会，他们不会接受李鸿章所提出的条件，而其他国家则拒绝回复。但这似乎并不会让李鸿章态度有所转变，接着，在没有征集外国公使同意的前提之下，他召集了袁世凯的部队进入北京，维持秩序，如果袁世凯的部队与八国联军碰面，双方很有可能开火激战。
然而，人们把李鸿章生病的新闻仅仅当成是一次外交手段，难怪李鸿章病倒了一次又一次，但这些人的臆测和谣言是错误的，在八国联军侵华的时刻，不管出现怎样的状况，李鸿章都是绝不会以装病来推辞其责任的，他会拼了老命再一次承担起和列强议和的重任。
显而易见的是，清政府（直到慈禧太后带着御玺西逃，清政府一直在她的掌管之中，不管在哪个时期，她都没有将权力完全交给光绪帝）迫切希望摆脱洋人，因此决定部分依靠民间秘密组织的力量，借秘密组织之手，将所有洋人赶出中国。
实际上，慈禧太后几乎就要取得成功了，但这个计划在某种程度上还是不够成熟，因为这些秘密组织作为非正规部队，清政府只是暂时将他们召集起来助自己一臂之力，并不能完全掌控他们，因此便发生了袭击铁路以及铁路工程师的事件。然而，外国政府正紧急派出部队来华保护他们的公使团，他们认为这些秘密组织是在清政府的授意下进行叛乱，甚至我们还能够看到，他们按照清政府将领所规定好的路线，攻占一座座城池。
在这种可怕的情形中，有可能出现的一个戏剧性的结果是，一些官员有可能会被这些秘密组织的成员杀掉，自然李鸿章也在其中。
皮埃尔·洛蒂在他所著之书《在北京最后的日子》中，有一张1900年北京秋天的图片，其中通过对一间被毁坏的民房的拍摄而形象地展现了北京满城的萧条之象；一些脏兮兮的哥萨克人站在门外看守，而在门廊之中，摆放着一张桌子以及两三张雕花的黑檀木扶手椅，剩下的便是扔在地上的小提箱，里面凌乱地塞满了出远门所要的必需品，这样看起来，这一家人好像已经做好逃亡的准备了。
在书中，皮埃尔·洛蒂把李鸿章描述得非常高大，突出的颧骨、明亮而敏锐的双眼，看上去就像典型的蒙古人，尽管如此，他的长相一点也不难看，虽然他的皮毛长袍已经破旧，但从他的举手投足之间，却流露出一股贵族的气派。
李鸿章询问法国人、在颐和园的瓦德西以及相关的其他人士，他们究竟在慈禧太后所有的宫殿里做了什么，并警告他们，不能在宫内进行任何破坏活动，要小心翼翼地对待宫内所有物品。接着，李鸿章做出了一次他人生中最为动人的演讲，他说：“我几乎已经去过了所有欧洲国家，也参观了你们首都的博物馆。同样，北京也有博物馆，它就是京城中的所有皇家宫殿，它们都建于几百年前，它们中的每一个都能与你们国家最好的博物馆媲美，但现在它们被你们摧毁了。”
1901年4月，包括李鸿章在内的六名官员，被任命联合摄政。就在同一个月，朝廷收到许多从北京发出的奏折，要求慈禧太后携朝中大臣立马回京，弹劾庆亲王和李鸿章。就在此时，李鸿章和庆亲王请求英国公使同意让李提摩太保卫上海，让西方与清政府所有悬而未决的争端在那里得到解决。
然而，萨道义爵士不会让李提摩太冒着生命危险去上海，同时，他还要求清政府给予赔款。在一片狼藉的京城之中，直到签署条约之日，年迈的李鸿章一直日以继夜地为国辛勤工作着。实际上，在签署条约之日，李鸿章真的没有必要去冒险，但是他心意已决，一定会出现在签约现场。
接着，李鸿章的身体状况虽然有所好转，但仍然十分虚弱，他将他所有的儿子召集到自己身边。据说，在李鸿章签署条约的两天之后，将机要秘书派往俄国公使处告诉俄国公使作为全权代表的他已收到来自西安府的指示，要求他们撤离满洲，因为条约签署之后，大清和其他西方列强间的和平得到了保证。俄国公使回复道：“我只是被委派来京的公使而已，对当地事宜才有决定权。很遗憾，我无权对撤离满洲如此重大的事宜作出决定。你们最好派出全权大臣到圣彼得堡与外交部长进行交涉，只有他才可以决定如此重大的事宜。”
接着，以冷酷无情闻名的俄国公使萨尔抵达北京，这时李鸿章的身体还未完全恢复，但他在10月初时仍带病坚持与其进行了一次长谈。据一份中国报纸报道，在10月7日时，他们又进行了一次长达三小时的会谈。10月8日，回到天津他的临时衙门住下，接着，他将要乘火车去觐见慈禧太后和光绪帝。
面对风雨飘摇的大清，作为半截身子已经入土的人，李鸿章十分不安，11月1日，李鸿章身体突然严重不适，但24小时之后，症状有所缓解，尽管如此，遭受重创的他已变得更为虚弱。据说引起他重病的原因主要是长期的沮丧和不满，尤其是在近来的一些政治事件中。庆亲王在与他就满族问题协商时，强烈反对他在一些重点问题上的处理办法，最后，庆亲王退出，放弃所有权利，不再管这件事。
俄国公司萨尔一直在催促李鸿章签署《满洲条约》，然而十一月以来，李鸿章的身体越发的虚弱，似乎已经康复无望了。据说，他已经虚弱得无法起床了，只能邀请俄国公使来到他的榻前，告诉他朝廷采取了刘坤一和张之洞总督的意见，拒绝批准《满洲条约》的新增条款；与此同时，朝廷还要求李鸿章恳求俄国，希望对于条约的签订能够放宽要求。
也许俄国公使此时的感受十分复杂，他想通过逼迫李鸿章签订条约，让俄国取得满洲的主权而使自己政绩斐然的愿望破灭了。据说在李鸿章和俄国公使就满洲之事密谈期间，日本公使也拜访了李鸿章，强烈建议在条约中要求俄国在条约签订后的十二个月内彻底撤离满洲。因此，李鸿章在条约中增加了一个条款，即：俄国人在1903年春天之前撤出满洲，“这稍稍多于十二个月，这与日本政府提议的十二个月相差并不太远。”
11月6日，李鸿章要求清政府召庆亲王回北京，而他自己也立即向庆亲王发了关于回京的电报，因为他很有可能随时咽气。据说不服气的俄国公使每天清早都要到李鸿章府上，试图得到李鸿章的印章来盖在《满洲条约》之上，当然，这是不可能的。李鸿章的最后时刻是在哭泣中度过，最后，他彻底陷入昏迷之中。值得注意的是，李鸿章去世前最后的一项举措是推荐马丁博士翻译的最新《国际公法》。到了生命的最后一刻，李鸿章仍然在工作，1901年11月7日，78岁零六个月的李鸿章与世长辞，根据中国传统说法，李鸿章卒时的年龄应为79岁。