1810年，詹姆斯·门罗当选为弗吉尼亚州议员，1811年再次当选为州长。任职州长期间，门罗成功地利用自己的影响，使州内心怀不满的共和党人仍然留在了共和党。也就在这两年的时间内，门罗和麦迪逊开始互相谅解，并且同杰斐逊的裂痕逐渐愈合。1811年11月，麦迪逊总统面临着联邦党的复活和共和党的分裂，他决定任命门罗为国务卿。这一任命恢复了门罗、麦迪逊、杰斐逊这三位弗吉尼亚人的友谊。门罗表示：“麦迪逊总统让我来，协调了我们的老关系，我为它的恢复而高兴。”
门罗出任国务卿的时候，美英关系紧张，大有战争一触即发之势。上任后的门罗，马上着手寻找解决离间美英两国问题的和平办法。门罗为避免美英之间的战争做了坚持不懈的努力，他不赞成美国对英国做出准备战争的姿态，他认为在美英关系紧张的天平上，法国会起到平衡作用。可是麦迪逊政府和国会却决心要对英国作战。影响和促成这种决心的原因有两点，一是美国希图占有英国在北美所保持的领地；二是由于英国不甘心美国脱离英国而独立，经常采取挑衅行动。从1807年起，就不断发生英舰袭击美舰事件，所以为对付英国的挑衅，美国不惜对其作战。门罗尽管做了许多努力，但他也很快就认识到，这两个国家走向公开的敌视已经不远，已无法避免它们之间的战争。此外，对于英国继续骚扰美国船只，他得出结论，战争“不可能比目前的事态给我们的伤害更大”。1812年6月18日，美英战争终于正式爆发了，历史上称这次战争为“美国第二次独立战争”。
1814年8月，当英军在马里音西海岸登陆时，门罗亲自率领一支侦察队前往该地区。意识到敌人可能侵入首都华盛顿，他下令将国务院的所有记录和文件，包括《独立宣言》，全部转移到弗吉尼亚的一个安全地点。其后，英军果然入侵华盛顿，对美国首都进行了一次大掠夺。在英军撤走后，麦迪逊总统把主要责任归于陆军部长约翰·阿姆斯特朗，指责他对城市的保卫措施失败。随后总统便任命门罗为陆军部长和联邦特区军事指挥官。
门罗是在担任国务卿的同时兼任陆军部长的。当时的麦迪逊政府面临着许多问题：财政困难，军队领导无能，军事装备低劣，新英格兰地区亲英分子的叛乱和国会内部的复杂斗争……门罗果断地帮助总统处理了一些难题：他从哥伦比亚特区银行获得贷款；虽没能说服国会建立征兵制度，但他采用加倍土地奖励政策和降低征兵年龄的办法，为部队扩大了兵源；批准各州的部队编入正规军，归联邦开支。问题成堆，但未能难倒他。他身兼两职，勤奋工作，在华盛顿陷落后的几个星期的时间，门罗说，自己“从未上过床，我的屋子里有一把躺椅，得空我就在上面躺一下。即使这样，在夜里也是隔两个小时便被叫醒，接受、处理急电、快件或有人送来的情报，以及上级的一些指示”。门罗作为一个能干的、积极的行政官员，运用自己的才华，努力恢复了华盛顿时代的精神风纪，人们广泛地认为他是使战争转为有利于美国的关键人物。
但在陆军部的改编取得完全有效的结果之前，美英战争结束了。1814年7月，美国派遣一个有亨利·克莱和约翰·昆西·亚当斯参加的和平委员会前往比利时的根特同英国代表团举行和平谈判。1814年圣诞节前夕，双方签订了《根特条约》。约翰·昆西·亚当斯说：“我们没得到什么东西，但得到了和平。”1815年，门罗又成了和平时期的国务卿。
由于门罗在内阁中的职务，以及他所做出的卓越贡献，已使他非常明显地成为1816年美国总统的人选者。作为共和党的新继承人，门罗被共和党代表会议的核心小组推举为共和党的总统候选人，并由韦斯特切斯特“农场主儿子”、纽约州长丹尼乐·汤普金斯协作竞选。
陆军部长的职务由威廉，H·克劳福德接替。联邦党由于在1812年美英战争中所持的亲英主张，遭到致命的损害，在政治上堕落为没有什么影响的发泄牢骚和不满的小团体，以致推选不出一个有力量的总统候选人。所以联邦党人没有开会决定提名，但他们中的一些人决定无论如何也要支持鲁弗斯·金。
1816年12月4日，19个州的选举人进行投票，马萨诸塞、康涅狄格和特拉华的联邦党选举人给鲁弗斯·金投了34票，门罗和汤普金斯得到其余全部的183票，即门罗在选举团的表决中，几乎得到了全体选举人的支持，非常顺利地击败了联邦党的候选人金。按照《尼尔斯记事报》的说法，门罗当选的过程中，“喧闹和国家动荡的程度甚至低于一个英国议员的选举过程”。的确，门罗及其支持者几乎没有进行什么竞选活动，只是坐视选举胜利的到来。
1817年3月4日，詹姆斯·门罗在国会大厦举行了就职典礼，就职为美国第五任总统。门罗在就职演说中对许多政策提出新的设想。他这样讲道：“由于我们拥有各种原材料以及我们自己的农产品和工业品，我们不应该再像过去那样依赖于其他国家的供应晶。如果我们仍有这种依附性，那种我们并不寻求并且也无法预料的突发性战争事件，就必然会使我们陷入极其严重的困难境地。”“伟大的目标在于使我们的政府保持其特有的基本原则和面貌，而要做到这一点，就必须保持人民的美德，启发人民的智慧；为了确保不受外来的威胁，还必须采取措施维护我们的独立，维护我们的权利和自由。”门罗的就职演说，使第五任总统成为举世瞩目的人物。
门罗是在美国独立以来出现的最好的形势下上任的。这时第一次对英战争刚刚取得胜利，国家欣欣向荣，人民信心十足；联邦党人的反对力量日益削弱，全国团结一致的局面初步展现；工业有了一定发展，大片土地亟待开发，确有一片繁荣和平景象。门罗自己更是踌躇满志，很想做一番事业。
门罗亲身经历了杰斐逊和麦迪逊在外交政策上的失败和1812年的美英战争。这一切促使门罗认真考虑了保卫美国利益的其他途径和办法，他提议建立起足以保卫美国的陆军和海军。他说：“我们的陆军、海军应该是一支适当的、但足以抵抗外来侵略的武装力量，并使我国在其他一些战争中庄严地维持其中立地位。”
门罗在国内政治上推行折中调和的方针。就职后不久，就通过了一项关于联邦党人对战争指责的和解政策，并立即视察了战争期间曾经声言要分离出去的新英格兰地区。联邦党人以热烈的欢迎表示他们的忠诚。但少数联邦党分子不甘心分裂阴谋的失败，继续煽动新英格兰地区各州要求脱离联邦国家。门罗为了维护国家的统一，团结联邦党人，同各派政治头目交换意见，南来北往奔波游说，陈述联邦国家统一的必要性和长远利益。经过门罗的努力，分裂被制止，开创了美国历史上的“和谐时代”。这个名词首先出现在波士顿的《哥伦比亚哨兵报》上，用以描述门罗对新英格兰进行成功巡视期间所创造的良好气氛。在这个美国历史上的短暂时期，党派之争降到最低限度，至少在表面上形成了“感情和睦时代”。门罗作为入主白宫的最后一名独立战争军官，受到人们的普遍拥戴，成为这个国家团结的化身。
门罗相信，这个新的“时代”由于正在排除党派竞争，而使自由政府有一个稳固的基础。门罗试图抛弃两党制度，他就不可能把对党的忠诚作为一种手段来推进行政管理的措施。