论到庄子对于经验中之“物”与“我”的关系，看法分为两种：一方面基于素朴实在论的观点，则物与我相对，而为我直接所知。纵然物未被知，仍可继续存在；即是说，物可离能知之心而独立，并具各种性质属性，而成为公共之认识对象。凡此一切对物之了解，与常人无多差异。
另一方面，则复扩大其范围，充实其意义，改变其认定，将万物之地位提高，而“与我为一”，此为庄子新说。如《齐物论》有云：“天地与我并生，万物与我为一。 ”《田子方篇》亦有云：“天下也者，万物之所一也。”这为一种“大一”主义所推演出来的见解。借此，可将人生与自然的间隔，完全打破，也就是说，把“我”之心境放大，不为“物”之暂时现象所荧惑，所牵累，让内在之精神，直观独运，回到自然，认清自然，而后始足以言：和以天倪，因以曼衍；泯绝物我，同归一致。
即就现代之科学立场而论，这种新说所主倡的物我为一观念，也确有其根据。“我”这血肉之躯，纵然已从原始生物，历经若干万年，突破无数困难，进化到今日的双脚直立，双手万能，灵活运用工具，不断更新生活；但从根本原质看，仍难逃为自然界的一“物”，与森罗万象中之禽兽鳞介，同其地位和运行的规律。比如物理化学用以解释自然界现象的理论，亦可用以解释“我”。物理化学所用的公式，亦即“我”所遵循的生命法则。且分析到细微处，“我”之为一单位，不过一群细胞的集合体。进而论究细胞的形成，无非电子和质子的一组运动。然则“我”之一身，除电子质子运动外，别无特异组织，此又与他物有何不同。另如，就进化论观点看，我们的始祖，原由下等动物逐渐进化而来。我们的生理构造，虽因环境的适应和时间的累积，与其他生物略别；然固同是自然界之一部分，同受自然界的命运所支配。因而，优胜劣败，适者生存，举凡生命，谁能外此。故就物质范围而论物我，两者之间，诚无高下之别。惟庄子之意，尚不在是。所谓“万物与我为一”，乃本于性分而言。故郭象注之云：“苟足于天然而安其性命……万物未足为异，而与我同得。”本章所欲探讨者，正是物与我应该如何“同得”，也就是说，应该如何各尽其性。
一般说来，人类的生活，无论衣、食、住、行，视、听、云、为，莫不与外在万物发生接触。衣、食、住、行，所以求我形体的存续，视、听、云、为，更所以求我精神之超越。人（我之代表）与物接触的过程中，常有一种矛盾现象。即是在观念上，不免卑视万物，而自居于较高的地位。如《书》曰：“人惟万物之灵”是。但在行为上，却不断追求物质之占有、利用和享受，甚且沉溺其中，不能自拔。庄子看清，所以有这种观念和行为，全是由于不明物我真象，终而违反自然原则，人生遂陷入无穷的困惑和痛苦之中。
万物可真如一般看法，既卑且贱？庄子的答案是否定的，照他的理论：“以道观之，物无贵贱”（《秋水》）。人即是物，物我完全平等。而且，以数量计，人较之物，鲜不足道，并无可以自傲之处。如说：
且也，若（匠石）与予（社树）也，皆物也。奈何哉；其相物也，而几死之散人，又恶知散木。（《人间世》）自其同者视之，万物皆一也。（《德充符》）万物一齐，孰短孰长。（《秋水》）号物之数谓之万，人处一焉。人卒九州，谷食之所生，舟车之所通，人处一焉。此其比万物也，不似毫末之在马体乎？（《秋水》）由此观念发展，于是庄子上溯本始，穷其变化，而有万物同源之说。
万物缘何而生？庄子从宇宙现象中，生死出入之各种变化探寻结果，而不知其所从出；既不知其所从出，当是由“无”而来，于是认为万物出乎无有。如是：
出无本，入无窍。有实而无乎处，有长而无乎本剽。有所出而无窍者有实。有实而无乎处者宇也。有长而无本剽者宙也。有乎生，有乎死，有乎出，有乎入，入出而无见其形，是谓天门。天门者，无有也，万物出乎无有。有不能以有为有，必出乎无有。而无有一无有，圣人藏乎是。（《庚桑楚》）对道家以“无”为万物之源，后曾引起若干论争，如“无不能生有”即其一。今庄子之言无，则曰“万物出乎无有”，对此“无有”之解说，历来亦颇玄虚其辞。当代海德格（ Martin Heidegger）氏有云：实有之恒为“无”所覆盖，而此“无”亦即实有之一本质或一形式；亦可说，“无”为实有之一内在的规定。这可从怖栗之经验所展示之“无”对人之压迫，显示“无”之有实作用。“无”之实作用，是对于“有”之一覆盖。
其对人之压迫，乃由其所覆盖之“有”在内而产生。故“无”
当说为实有之一覆盖性相。因而属于“实有”，而为实有之本质之一部。移此以解庄子之“无有”，则“万物出乎无有”非不可能。惟这种说法，曾略变动。如说：
泰初有无，无有无名。一之所起，有一而未形。物得以生谓之德。未形者有分，且然无间谓之命。留动而生物，物成生理谓之形。形体保神，各有仪则谓之性。
（《天地》）
这是意在令“无”产生若干实体感，加入“一”之观念。但“有一而未形”，仍与“无有”同。虽有变动而不大，徒增歧异。
或许由于“万物出乎无有”的理论，内容抽象；于是庄子复假定一最高之道，并谓万物俱是由道而来。仅是由道散为万物后，各自之形体及活动，有所差异。但道仍未脱离“冥冥”、“无形”的范畴，如说：
夫昭昭生于冥冥，有伦生于无形。精神生于道，形本生于精，而万物以形相生 ……其来无迹，其往无崖，无门无房，四达之皇皇也 ……天不得不高，地不得不广，日月不得不行，万物不得不昌，此其道与。（《知北游》）正由道未脱离“冥冥”、“无形”范畴之故，以道为万物之源，固比“万物出乎无有”，说理较为易晓，但仍太高深。因而庄子更又提出气化说。其说内容以为，人之由生到死，乃气之聚散，其情况与万物差似。由是可知，万物均由气化而生。如说：
人之生，气之聚也。聚则为生，散则为死 ……故万物一也。是其所美者为神奇，所恶者为臭腐。臭腐复化为神奇，神奇复化为臭腐。故曰，通天下一气耳。（《知北游》）察其始而本无生，非徒无生也，而本无形，非徒无形也，而本无气。杂乎芒芴之间，变而有气，气变而有形，形变而有生，今又变而之死，是相与为春秋冬夏四时行也。（《至乐》）气可感觉，以之为万物之源，较诸道化之说，具体得多，但一则曰：“非徒无形也，而本无气。”再则曰：“杂乎芒芴之间，变而有气。”以至于如何变而有形有生，其间关联，颇属费解。最后，庄子创立一种新说，姑名之曰化机说。其说以为，凡物类皆有化机，本此化机可以逐渐演进。人不过由低等动物逐渐演进而来。如说：
种有几。得水则为继。得水土之际，则为蛙玭之衣。生于陵屯，则为陵舃。陵舃得郁栖，则为乌足。乌足之根为蛴螬。其叶为胡蝶。胡蝶胥也，化而为虫。生于灶下，其状若脱，其名为鸲掇。鸲掇千日为鸟，其名为干余骨。干余骨之沫为斯弥。斯弥为食醯。颐辂生乎食醯。黄軦生乎九猷。瞀芮生乎腐蠸。羊奚比乎不箰。久竹生青宁。青宁生程。程生马。马生人。人又反入于机。万物皆出于机，皆入于机。（《至乐》）这段文字，颇类近代进化论，而为时较之犹早。惜夫限于时代，无法获得科学证明，但这种大胆的假说，与传统天之生人观点，大相刺谬，而在当时并未引起强烈的反对论调，是可怪异，亦足想见先秦思想之开放与自由。