狄仁杰在复州任刺史一年。水昌元年七月，洛州（治今河南洛阳东）司马弓嗣业被杀，此职遂空缺。次月，张光辅被杀，大约于此时狄仁杰又被调任为洛州司马。此后，朝中连续兴起大狱，一批重臣相继被杀宰相中除了内史张光辅外，被杀的还有地官尚书、检校纳言、同平章事魏玄同。魏玄同与已故宰相裴炎关系亲密，当时人因两人友善始终不渝，“谓之耐久朋。”酷吏周兴遂诬陷魏玄同，说他讲过：“太后老矣，不若奉嗣君为耐久。”武则天大怒，将魏玄同处死。周兴之所以诬陷魏玄同，是其早年积下的宿怨。周兴任河阳“今河南孟州）县令时，曾协助狄仁杰从太原（治今山西太原西南）督运粮食到洛阳，结果损失了万余解粮，本来要处以死刑，经魏玄同解救而获免。在此之前高宗曾下沼召见周兴，欲加重用，此事发生后当然不再有升迁的可能。周兴不知内情，仍然频频到朝堂命。”魏玄同遂对周兴说：“明府可去矣，毋久留。”这本来是句关照的话，但周兴却认为魏玄同在压制他，使其不能升迁，心中怨恨，至此借机报复，使魏玄同冤屈而死。
天授元年（69）一月，地官尚书、同凤阁台三品韦方质被武承嗣、武三思、周兴等诬陷，抄没其家，流放澹州（治今海南借州西北）。三月，特进、同凤阁台三品苏良嗣死四月，春官尚书、同平章事范履冰因荐举人不当，下狱而死。
八月，纳言裴居道被杀。十月，检校内史宗秦客被贬。内史邢文伟受牵连也被贬官，遂自杀。天授二年（691）一月，纳言史务滋被来俊臣诬告，史务滋恐惧自杀。九月初，莺台侍郎，同平章事傅游艺为人所告，下狱后自杀。如此之多的宰相接连被杀被贬，实在骇人听闻。虽然武则天也任命了武承嗣、武枚宁等亲属及数位亲信为宰相，然而这些人多是善于献媚的小人，并无实际政治才干。为了充实中枢决策机构的力量，遂将狄仁杰提升为地官侍郎、判尚书、同平章事。同时充任宰相的还有冬官侍郎裴行本狄仁杰拜相之后，武则天大概觉得以前将他无辜贬黝，有些过意不去，便对狄仁杰说：“卿在汝南，甚有善政，卿欲知潜卿者名乎是指狄仁杰从像州刺史任上被贬为复州刺史之事。”狄仁杰回答说：“陛下以臣为过，臣请改之；知臣无过，臣之幸也，不愿知磨者名。”对于狄仁杰的气量，武则天深加叹赏。其实这也正是狄仁杰的聪明之处，他如果表示希望知道诬陷他的人名，就说明其对被贬之事仍耿耿于怀，不利于取得武则天的信任。他越显得对往事满不在乎，就显得气量愈大，反倒能收到意想不到的益处。他在豫州顶撞张光辅后不久，就遭到贬，诬陷者是谁狄仁杰心里是十分清楚的，这时张光辅已被诛戮，再提此事已没有多大的意义，所以狄仁杰也就不愿再加深究了。