一、需要处理好政企分开、中央与地方事权划分
在投资体制改革的过程中，一直没有很好地解决好政企分开的问题，使有关投资改革导致出现混乱问题。以“拨改贷”为例，在1979年即率先进行了基本建设投资的“拨改贷”试点工作。在经济体制改革尚没有全面展开的背景情况下，“拨改贷”作为改革的尝试无疑是具有积极作用的。但由于总体经济体制仍是传统的计划经济体制，使得“拨改贷”工作出现不少问题。“拨改贷”虽在形式上改变了企业的资金来源方式，但事实上并不具有硬约束。这时的投资主体本质上仍是政府。在“国家定项目、国家给资金”、“投资项目层层审批、集体决策”的体制下，企业是否能够还贷并不具有“硬约束”性。事实上，在实施“拨改贷”后导致一些国有企业出现盲目投资和高负债率的现象，进而引发银行坏账不断增加，而后实施资产重组、“利改税”、“债转股”等一系列政策。
政企分开的问题没有解决好，中央与地方事权划分的问题也没有很好地解决。由于事权划分不清导致投资主体缺位与越位，进而造成投资主体混乱的局面。在中国，虽然中央与地方各级政府间的责权利分层界定的原则框架在改革开放后已基本确定，但中央与地方政府间在一些具体的投资领域的责权利范围还没有得到明确具体的划分和界定，以至个别部门对下级政府的资源、资金和项目的分配以及政策倾斜的决策比较随意。同时也存在暗箱操作的问题，出现“跑省、跑部”等“公关活动”，以期从上级争得更多一些的资源、资金、项目和决策权力。事权划分上的混乱，造成投资主体不明确，随意性和讨价还价机会增加，致使有些该由中央政府和省级政府承担的建设项目，中央政府和省级政府没有完全承担起来，而有些本该由地方政府自己解决的项目却得到了上级政府的资金支持。这同时也为腐败和“寻租”行为的滋生提供了土壤。
二、投资体制改革需要与其他改革相配套
这表现在以下几个方面：
第一，从投资体制改革的进程与总体经济体制改革的进程角度来看，存在着投资体制改革与其他方面的经济体制改革彼此不相配套的问题。如投资体制改革明显滞后于其他如财政、金融、外贸等方面的体制改革。正是由于总体经济体制改革与投资体制改革的进程不一、不相配套，从而使投资体制的改革进行得非常艰难。由于改革不配套，使得在投资决策、项目管理、资金筹集与使用等诸多方面存在大量的漏洞，导致多头决策、管理混乱、资金使用效率低下，甚至滋生腐败。追求部门利益、条块分割、投资决策靠“首长意志”，如，铁路、公路、水运、航空和管道等投资建设项目互不协调，无法形成综合交通运输体系。
第二，产权改革滞后导致投资主体到位滞后。规划和讨论多年的投资体制改革方案，已于2004年7月26日正式公布实施，为引导社会投资的持续健康发展奠定了制度基础。投资体制改革，有利于进一步落实企业投资主体的地位，减少行政干预，加强对企业投资行为的引导，减少企业投资决策的盲目性以及低水平重复建设的程度，从而全面提高投资效益。但是，投资项目管理的变革以工程建设领域为主，缺少产权改革的同步实施。首先，在整个投资项目管理体制改革的过程中，明显感到产权制度的硬约束始终不能切实到位，特别是涉及到国有投资主体的情况下，在产权制度变革不完全时，相关的配套改革不能跟进。即使投资项目的审批改变为核准和备案，也不能彻底约束相关利益方。其次，企业作为投资决策的主体，没有完整的约束机制保障决策实施。其中主要表现就是缺乏相应的后评价机制，以及相应的投资决策责任追究制度。要落实好企业投资决策的自主权，真正将“谁投资，谁决策，谁受益，谁承担风险”落到实处，不仅需要在法人治理结构上健全机构，落实决策责任和义务，强化自主决策意识，不断提高投资决策的水平，还应该严格按照企业自身发展战略的内在要求，决策投资的领域和规模等事宜，并严格投资决策的追究制度，以硬化对企业固定资产投资决策的约束。
第三，与投资项目管理改革相配套的相关改革不够完善。投资项目管理的改革是一项复杂的社会系统工程，需要相应的子系统的配套改革予以支持，这也是投资活动综合性的自然要求。目前配套改革不完善的主要表现有：首先，社会主义市场经济体制还在不断完善过程之中，相关的改革措施还在逐渐深化，如财税制度、就业制度、要素市场建设、知识产权制度以及行政体制改革等还处于攻坚阶段。其次，目前金融体制改革的结果难以完全实现独立审贷。作为投资项目管理的重要内容之一，就是要硬化项目投资的资金约束。商业银行的股份制改造的结果，仅仅完成了建立起规范的法人治理结构和企业化运作的架构，但改变国有商业银行的非企业化作为，使银行独立审贷作为投资项目管理体制改革的内容和配套机制，还难以落到实处。再次，投资核准和社会以及环保事业的监管存在脱节。在目前的投资项目管理过程中，环保评价和社会评价对投资项目的否决作用还很有限，很多投资项目管理的边界还主要在企业内部，对外部性问题缺乏有力的成本制约。
三、决策机制还需加强，法律体系还需健全
从宏观看，我国投资决策机制在很长时间内仍是传统的计划经济决策模式，政府投资缺乏约束机制，缺乏科学决策机制。在很长的时间里，国有企业许多的投资项目仍是国家计划与政府行为的结果，其中相当一部分属于重复引进和重复建设，没有产生应有的效益，反而导致资金使用的巨大浪费。在投资决策上主要是通过行政审批与控制投资规模的方法，而缺少企业自主投资决策的制度。甚至有些改革在一定程度上是进一步强化了计划性与政府管理的职能。同时，在管理手段上主要是通过行政命令方式来进行的，而缺乏相应的经济手段方式。在一些重大投资项目决策中，领导意志起主要决定的作用，缺乏决策的科学性。
从微观看，投资项目管理的科学决策机制有待于进一步加强，科学的决策基础还不完善，尤其是中介咨询机构的服务水平有待进一步提高。投资项目管理所需要的信息渠道建设，以及投资服务中介机构建设，是完善投资体制改革所必需的环境条件。各种市场信息，可以引导投资主体理性分析投资成本和收益，理性权衡投资风险和发展机会，有利于减少低水平重复建设的程度，降低投资成本，减少投资浪费，增加提高投资效益的可能性。目前我国的要素市场价格市场化程度不高，造成资金价格、土地价格、水资源和矿产资源的价格水平并不能反映企业真实的投资成本，也是造成企业投资非理性化的因素之一。
从法制角度看，在成熟的市场经济环境下，投资管理的法制监管和调控特征很鲜明。政府调节社会投资的运作和不同投资主体的手段，也主要是法制手段。但是，我国的投资项目管理法制化基础还较弱，相关法律建设滞后，尤其是《投资法》还没有出台。对投资活动的法律规范，还散见于《公司法》、《证券法》、《税法》、《合同法》以及《刑法》等相关条款，体系性较差。因此，中央政府应该进一步加强和改善投资宏观调控，注重政策组合的力度和效果，强化宏观调控的合力。第一，政府投资的投资项目管理还需要进一步深化。政府投资需要从投资模式、资金来源与运用、决策程序、投资项目管理以及项目后评价等方面，逐步进行规范化的操作。第二，政府在调控社会投资时，还存在按照投资规模审批的弊端。第三，在投资项目的核准过程中，社会评价和环保评价对项目审批的约束软化，不能完全实现政府有关职能机构各就各位，切实履行相应的社会效益的评审和核准。第四，中央政府与地方政府的投资事权需要科学合理地划分，在建设实施方式中引入市场机制还有待进一步深化。