虽然，西太后是同治帝的亲生母亲，但在西太后的眼中，权力要比亲情更为重要，儿子只不过是她争权夺利的工具而已。因此，西太后没有一个母亲应该有的温情，对同治缺少母爱。正因为如此，同治对母亲只是利用和控制自己很反感。1873年年初，同治帝亲政以后，西太后仍不放权，对朝政横加干涉，同治帝只是一个傀儡，这更加深了性格倔强的同治帝对母亲的不满，逐渐有了摆脱母亲控制的想法。可同治帝软弱无为，对此毫无办法。同时，西太后在生活上对同治也是蛮横干涉。同治在他17岁时，选了侍郎崇绮之女阿鲁特氏为皇后。同治帝十分喜欢皇后阿鲁特氏，两人情投意合。可是，西太后并不喜欢自己的这位儿媳妇，常常挑拨同治帝和皇后的关系，多次告诫同治，不要常到皇后的宫中，以免妨碍政务。却极力赞扬自己喜欢的慧妃贤惠，让同治多加爱怜。并派人时刻监视同治。同治对此敢怒不敢言，作为对母亲的抗议，他干脆一人独居乾清宫。
同治帝亲政后，没有什么政治作为，更因为手中没有实权，使他把全部的心思都用在修复圆明园的事情上了。尽管同治和西太后母子不和，但唯有在这一事情上，两人出现了从没有过的一致，无任何分歧。但修复圆明园这一工程非常庞大，耗资甚巨，不仅给清政府的财政带来沉重的负担，还将引起奢华的风气，因此大臣们多不愿意。在1874年的七月间，恭亲王奕多此上疏极力劝阻，这使同治帝大为恼怒，指责恭亲王无人臣礼，免除他的一切差使，由此发泄对修复圆明园持反对意见的诸位大臣们的不满。但在两宫太后的斥责和干涉下，同治帝只好撤销对恭亲王的处罚。而修复圆明园的事情，也因这场风波被同治帝和西太后暂时的放弃。
同治帝虽说一国之君，可他却没有皇帝应该有的尊严，而生活上又遭受母亲的监视和干涉，使他无法享受家庭的温暖和乐趣，这使同治十分的烦恼和苦闷。于是，他只有恣意纵情，频频出宫寻花问柳。长期以往，同治染上了梅毒，身体迅速垮了下来。虽然太医诊视后知道同治得病的原因，但不敢明言。西太后为了顾全皇家的声誉，也不好明说，便说同治得的是天花。由于太医用治天花的药给同治治病，致使同治的病情不断恶化。在同治病重期间，甚至病危的时候，西太后也没有给她的儿子一个母亲应给的母爱，只有皇后阿鲁特氏不断去看望同治，并亲自为同治擦洗身子，以尽夫妻之情。可西太后对皇后仍不喜爱，经常借故大骂皇后，使同治对母亲十分痛恨，却无力抗争，只得深深埋在心里。
1874年十二月五日，同治怀着对母亲的痛恨，皇后的眷恋离开人世。在之前，同治为了避免后继人重蹈自己的悲剧，曾口授遗诏给军机大臣李鸿章，要求找个年龄稍大的人继承皇位。但李鸿章把同治的遗诏迅速呈给了西太后，西太后看后，如雷轰顶，面色大变，当场便把这封遗诏撕毁了。在同治帝死后还不到100天，皇后阿鲁特氏在无法承受西太后的虐待后殉节而死。