国有资本经营预算是连接国有资本运营和国有资本宏观经济职能的平台和重要切入口，从微观上预算要能够有效促进经营性国有资产的保值增值，从宏观上又要发挥政府宏观调控衍生手段的职能。这些目标及职能的实现，很大程度上取决于预算编制是否合理科学。对此，国有资本经营预算编制主体的选择、基础信息的获取、编制程序的规范、审批的主体选择等一系列围绕预算编制所进行的制度安排，是国有资本经营预算实施的基础和关键。在编制预算时，既要充分吸纳当前部门预算改革中的经验，也要和一般的部门预算有所区别。最后，财政及相关部门应当将编制国有资本经营预算一并纳入公共财政预算体系，并以附加预算的形式提交人大审批。
一、国有资本经营预算编制的主体
国有资本经营预算是政府复式预算体系的一个重要组成部分，同时预算是国有资产管理的一个重要内容，帮助政府监督实现国有资本的保值增值目标，帮助国资运营部门有计划的实施进退战略。同时，预算还帮助政府发挥宏观调控职能，国有资本经营预算是政府其他两类预算的平衡单位，以国有资本经营预算为输出端，实现和公共财政预算及社保基金预算的对接，在一定范围内通过国有资本经营预算的支出安排，分别弥补公共财政预算和社保基金预算的缺口，促进三种预算的统一和平衡。国有资本经营预算编制主体要充分考虑国有资本经营预算的这些特点，淡化部门色彩，实现多部门的配合和协调。
从保持政府预算统一性的角度，财政部作为公共财政预算的组织者，同时也应该是国有资本经营预算的总协调人，承担起国有资本经营预算的组织和协调工作。具体来说，财政部门的主要职责是：负责制（修）订国有资本经营预算的各项管理制度、预算编制办法和预算收支科目；编制国有资本经营预算草案；编制国有资本经营预算收支月报，报告国有资本经营预算执行情况；汇总编报国有资本经营决算；会同有关部门制定企业国有资本收益收取办法；收取企业国有资本收益。财政部负责审核和汇总编制全国国有资本经营预、决算草案。
其中财政部门编制的国有资本经营预算草案主要包括：（1）编制报告，包括预算年度国有资本经营预算收支规模、预算编制的原则和依据、对中央预算单位国有资本经营预算建议草案的审核说明、预算主要收支内容。（2）中央国有资本经营预算表，包括国有资本经营预算收支总表、国有资本经营预算收入表、国有资本经营预算支出表、国有资本经营预算支出明细表、国有资本经营预算支出项目表。
在新的国有资产管理体制下，特设的国资管理机构集管人、管事、管资产权利于一身，打破了之前的多头管理局面，国资管理机构作为出资人代表，直接接触企业，掌握企业实际情况。在编制预算时，可以把信息不对称的矛盾减少到最小，最适合完成国有资本经营预算收入的分解与落实工作。从国有资本经营预算的责任分解来看，国资管理机构主要负责研究制订所监管（或所属）企业的国有经济布局和结构调整的政策措施，参与制定国有资本经营预算有关管理制度；提出所监管（或所属）企业的年度国有资本经营预算建议草案；组织和监督所监管（或所属）企业的国有资本经营预算的执行；编报年度国有资本经营决算草案；负责组织所监管（或所属）企业上交的国有资本收益等。
其中国资管理机构编制的预算草案主要包括：（1）编制报告，包括企业的基本情况，包括企业户数、经营状况、行业分布和企业国有资本经营状况等；年度预算支出规模及分类；预算年度国有资本经营预算支出所要达到的政策目标；预算编制的主要依据；预算编制的组织及企业编报情况。（2）预算单位国有资本经营预算表，包括国有资本经营预算支出表、国有资本经营预算支出明细表、国有资本经营预算支出项目表。（3）国有资本经营预算支出项目计划。
为了保证国有资本经营预算宏观目标的完成，还需要得到国民经济规划、国民经济发展等多个部门的支持。多部门参与国有资本经营预算编制的基础准备工作本身也是一种监督约束机制，既可以形成对国有资本经营预算收入收缴和划拨的监督，也可以监督国资管理机构的工作，对规避暗箱操作和国有资产流失可以起到积极有效的作用。
二、完善国有资本经营预算的编制程序
国有资本经营预算的编制是一项多部门参与的工作，具有较强的超部门的特征。这种超部门特征在国有资本经营预算的编制程序上也要有所反映，即国有资本经营预算的编制程序既要充分吸取当前部门预算改革经验教训，同时也要与一般部门预算有所区别。国有资本经营预算作为政府宏观调控的衍生手段，要在宏观调控方面以及促进三种预算的统一和平衡方面发挥一定作用。
1.国有资本经营预算的编制程序要体现超部门特点
在编制程序上，国有资本经营预算的超部门特点要通过草案编制前的准备工作来体现，这种草案编制前的准备工作首先体现为多部门参与制度，按照国有资本经营预算的目标定位，参与准备工作的要包括财政、国资管理机构等多个部门；其次，体现在讨论内容的超部门化上。国有资本经营预算的收支规划从根本上要满足国有资本经营预算作为政府宏观调控衍生手段的目标定位，在具体的收支规划特别是支出规划中要实现国家宏观调控的多项目标，而且国有资本收入本身无法直接满足这些不同的目标，必须由来自不同部门的利益代表进行充分的协商和沟通。
2.国有资本经营预算应该遵照“两上两下”的程序编制
在多部门完成国有资本经营预算编制的前期准备之后，国有资本经营预算即进入草案编制环节。对此，在基本程序方面可以借鉴部门预算的“两上两下”方法。公共财政预算强调对“支出”的重点管理，而国有资本经营预算不仅关注“支出”环节，对“收入”环节也给予重视。同时，国有资本经营预算编制程序中要加强预测环节，实现编制时间上的充分化和提前化。
（1）预算编制按照部门预算编制的基本方法。国有资本经营预算的编制应采取自下而上和自上而下相结合，逐级汇总的原则。在编报方法上，可以适当参照部门预算“两上两下”的办法。
在国资管理机构和企业之间，大致的流程是首先将各个国家出资企业编制年度收支的建议数上报国资管理机构，作为其编制预算草案的参考依据。国资管理机构对企业上报的预算进行审核，在执行财政部门的指导性要求和征求政府各部门及出资企业意见的基础上，编制并下达该企业的年度上缴国有资本经营预算收入；各个国家出资企业根据预算草案进一步完善编制本企业的年度预算，报送国资管理机构；国资管理机构经过相关程序报送财政部，经过人大批准后批复给国家出资企业执行。
在财政部门和国资管理机构之间，大致的流程是首先财政部门要向国资管理机构下达当年的基本收支要求及指导性意见，国资管理机构根据财政部的要求参考所出资企业的收支预算来编制国有资本经营预算初编草案，并将草案上报财政部门。财政部门对草案进行审核，并提出反馈建议，返回国资管理机构进行修订，国资管理机构完成修订后再报送财政部门，财政部门进行汇总并提交本级政府，后者批准后提交人大审批，人大批复后再转给国资管理机构执行。
（2）预算编制时间上要尽量提前化。我国公共财政预算的预算时间安排不太合理，即预算年度采用的是历年制，而我国人民代表大会却在每年的3月前后召开，这两者之间的间隔使得财政在这一时期是在无预算的状况下运行的；而且政府预算经人民代表大会通过后，实际下达到各预算单位往往都是半年以后。可见，每一个预算年度里，我国的财政都有相当长一段时期是在无预算的状况下运行的。实施国有资本经营预算应当尽量规避这一问题。在预算管理制度和相关法律没有做出调整之前，国有资本经营预算在编制程序上主要是要尽量保证时间上的提前化。特别是由于国有资本经营预算前期涉及到多部门的协调和沟通，所以务必要预留出足够的时间。
（3）做好国有资本经营预算收支指标的测算。保证预算时间的提前化，就必须提高对预算收支的预测能力。首先，在编制下一年度的预算之前，国资管理机构要以本年度预算执行情况为基础，对本年度的预算执行情况进行分析。结合经济发展的趋势，并参照历年的收支规律，预计后几个月的收支完成情况。初步测算下一年度的收支情况，并汇总为全年预算收支预计数，供编制下年度预算时参考。其次，国资管理机构可以要求各个企业根据本企业上年度预算的完成情况和企业明年的发展计划，确定企业下一年度的预算收支数额。
3.因地制宜并适当简化地方国有资本经营预算编制程序
按照中共十六大会议精神，中央和地方政府分别代表国家履行所有者职责，中央政府和省、市（地）两级地方政府均设立国有资产监督管理机构。但在实际执行中，地方层面的国有资产管理呈现出多样化特征。是否设置国资管理机构，设置几级机构，机构的管辖范围都有所不同。除国有资产管理体制方面的差异外，还存在着各地方经济发展状况以及国有资本质量的差异。因此，各地是否实行国有资本经营预算、赋予国有资本经营预算何种目标都无法统一进行规范。在遵守国家相关法律以及国有资产分级管理的大前提下，地方政府有权按照本地实际情况，选择是否实施国有资本经营预算以及实施具有本地特色的国有资本经营预算。
同时，地方出资的企业一般不具有垄断地位所带来的超额利润，所以在保值增值之外国有资本经营预算所能承载的内容十分有限，弥补改革成本缺口是其重要内容，国有资本质量好一些的地方也可通过国有资本经营预算来解决地方政府的战略性资金来源。总体上，地方政府所实施的国有资本经营预算不会如中央层面那样复杂，所涉及的利益再分配的数额较小，产生的影响也较小。所以，地方层面的国有资本经营预算要尽量减少实施成本，包括国有资本经营预算的编制、执行和监督等各个环节都要切合本地国有资本管理的实际需要。具体在编制主体的选择和编制程序方面，也要合理地利用现有资源进行适当地简化，避免带来过多成本费用性支出，反而削弱了预算本身的经济价值。
三、与公共财政预算一起提交本级人大审批
国有资本经营预算编制程序结束后，即进入预算审批阶段。在相应的制度安排中需要明确审批的主体、审批的形式、审批的机构以及程序等内容。按照我国《宪法》和《预算法》的规定以及政府部门职能的设置，应当将国有资本经营预算和公共财政预算分别编制，统一由本级政府提交本级人大申报审批。
1.国有资本经营预算审批主体的确定
国有资本经营预算首先应当呈交本级政府，中央一级的预算由国务院进行初审，而地方一级由本级政府进行初审，在政府审批通过后，由政府提交本级人大进行预算的最终审批和通过。从法律角度来看，经过人大审批通过的年度预算才具有真正的实施意义。
从职能上看，中央和省市（地）三级政府在新的国有资产管理体制下，履行对本级国有资产的所有者职责，这在一定程度上赋予政府双重职能：一方面作为公共管理者，政府要完成其对社会的管理职责，提供公共服务，为人民提供基础保障；另一方面，作为本级国有资产的所有者，各级政府必须从宏观的角度优化配置资源，在兼顾产业升级、缩小地区差异、经济结构优化等多方面利益之后，合理利用国有资本进行投资、再投资、资本回收等活动，实现经营性国有资产的保值增值。这里的保值增值已经不是针对某项投资或出资于某个企业而进行的绩效考评，而是从整个国有资产发挥的作用和价值增值的角度进行考评。所以，在收到财政部门和国资管理等相关部门提交上来的国有资本经营预算时，政府应进行初审，保证预算编制的合理和科学。
中国的政体是人民代表大会制度，人民通过普选而出的人民代表组成全国人民代表大会和地方各级人民代表大会作为行使国家权力的机关；其他国家机关由人民代表大会产生，受人民代表大会监督，对人民代表大会负责。因此，人民代表大会应当是国有资本经营预算最高的审批主体：第一，《宪法》赋予人民代表大会政府预算的审批监督职能，人民代表大会能够反映广大人民群众的利益；第二，人民代表大会审批国有资本经营预算符合依法理财、民主理财的根本要求。
人大审批国有资本经营预算的要点包括：国有资本经营预算收入必须经人民代表的许可通过，进而规范其收入来源及规模；必须按照经人大批准的预算安排支出，人民代表大会以法律的形式确立国有资本支出预算，实际上就是市场通过人民代表大会并借助法律手段直接而具体地规范和约束政府行为；在预算执行过程中，如要调整已经批准的国有资本经营预算，必须经过人民代表大会或其代理机构的书面批准才可以变更。可见，人大审批的目的是使人民享有国有资产经营管理的根本决定权和监督权，进而将政府财政活动的权限转移到广大人民手中，这正体现了政府预算制度中“依法理财、民主理财”的核心所在。
2.增强国有资本经营预算审批的科学性和合理性
我国政府预算管理在法制化方面还存在许多不完善之处，在公共财政预算审批环节上也是如此。国有资本经营预算作为一种新生事物，在具体的制度安排和程序设置上，应当尽量避免这些问题的再次发生，保证国有资本经营预算审批的科学性和合理性。
（1）我国预算审批中存在着一些突出问题。
第一，部分年度中无预算约束。在预算审批环节，我国财政有一时期是在无预算状况下运行的，而且，政府预算经人民代表大会通过后，实际下达到各预算单位往往都是半年以后。可见，在每一个预算年度里，我国的财政都有相当长的时间是在无预算状况下运行的。成熟的市场经济条件下，政府的理财活动应当时刻都处于预算约束下，没有预算是不能进行相应的财政收支活动的。因此，在国有资本经营预算的审批中，在具体制度安排上、在程序设计方面要加强合理性，真正使审批发挥应有的作用。
第二，预算审批浮于流程化和形式化。目前，财政部门提交政府和人大审查的预算草案，相比于欧美国家的财政预算，往往过于笼统和粗略，加之预算审查专业性和技术性很强，而中央和地方各级人大预算的审查专业人员匮乏，很难对预算进行细致有效和专业的审查。而且，人大对预算案审查的时间过短，要在很短时间内完成对预算草案的实质性审查难度很大。一年一度的各级人民代表大会会期一般不超过15天，人代会要依法进行各项预定的议程，其中审查预算的时间一般不超过一天，地方的人代会由于会期较短，留给审查预算的时间可能只有几小时，人民代表并没有充裕的时间审核预算草案内容，多数代表在举手表决时往往流于形式，更不用说对预算内容的真实性和合理性进行判断了。国有资本经营预算没有经过严格把关就生效并付诸实施，其结果是预算的执行和监督也同样失去应有的意义。而且，人大的这种形式主义审批又助长了预算编制的随意性。
（2）成立专门的国有资本经营预算审批责任机构。要有效规避和解决上述问题，合理的途径是在人大机构中专设国有资本经营预算审批的责任机构，辅助人代会行使预算审批权。机构人员并不一定要多，但是一定要有精于国有资产管理和财政预算业务的专门人才。一方面，通过机构的设置提高国有资本经营预算审批的专业水平，鉴于国有资本经营预算和公共财政预算的区别，审批人员中需要相关专业人士进行有效审核；另一方面，机构设置可以规避国有资产运营单位无预算约束运行的现象，通过改革树立起“无预算授权就不能进行收支活动”的观念。
（3）进一步探讨人大审批国有资本经营预算的新形式。国有资本经营预算是政府复式预算中独立不可分割的组成部分，同时又是一个新生事物。为了发挥预算作用，更好地反映民生民意，提高预算绩效水平，十分必要在审批环节加强工作。应当赋予人大机关内设的国有资本经营预算审批责任机构更多的自主权，允许其积极探索审批国有资本经营预算的一些新形式、新方法。如可以采取公示、听证会的方式广泛地听取公众和专家的意见，特别是对于一些重大的国有资本经营性再投资项目，更应当积极地调动政府以外力量、加大审批力度，使审批真正发挥作用，落在实处。