嘉靖年间是倭寇对中国入侵最为严重的时期。在日本战国大名的支持和怂恿下，从嘉靖初年开始，倭寇（也包括西番葡萄牙人）就在东南沿海肆虐，到了嘉靖中期则达到了极其猖獗的程度。倭寇到处烧杀劫掠，给东南沿海人民带来巨大的灾难，给东南沿海地区的经济带来了极其严重的破坏。
一、西草湾之战西草湾之战是嘉靖元年（1522）明朝军队反击葡萄牙（佛郎机）人东来之后第一次较大的作战。它对明葡关系影响颇大，对嘉靖年间东南沿海的倭患也有深刻的影响。
为了弄清西草湾之战的来龙去脉，先来回忆一下葡萄牙人东来的情况。葡萄牙，明人称其为佛郎机。它所处的地理位置和它较早地成为单一民族先进国家的情况，使它成为当时欧洲向海外扩张的先驱。十五世纪初，当庞大的郑和下西洋船队航行在印度洋上的时候，葡萄牙人也给航海事业予以足够的重视。被誉为航海家的葡萄牙王子恩里克（D·Henrique，1394～1460），开办航海学校，培养航海人才，组织多次探索性航行。到这个世纪的下半期，即1487年，巴拉托洛梅·迪亚士（Bartholome Diaz）发现了非洲大陆南端的好望角。10年后，即1497年，瓦斯科·达·伽马（Vasco da Gama）绕过好望角，横渡印度洋，于1498年5月20日，到达了印度西海岸港口科泽科德（明人称古里），从而开辟了通往东方的新航路。1499年达·伽马的船队满载东方的香料、宝石和丝绸等货物返回里斯本。他此行获得高达60倍的厚利。
巨大的经济利益像磁石一样吸引着葡萄牙人，他们纷纷沿着达·伽马开辟的航路奔向东方。1510年（明正德五年），葡萄牙人侵占了印度西海岸的果阿，1511年（明正德六年），攻占了国际贸易的重要据点马六甲（明人称满剌加）。满剌加当时是明朝的朝贡国，满剌加国的建立是明扶持的结果，同明的关系甚为密切。郑和下西洋时以满剌加为基地，在那里建有储备物资的仓库。葡萄牙人占领了马六甲，也就占据了印度洋通往太平洋的咽喉，打开了通往明朝的大门。
葡萄牙人到东方来，首选目标是要到明帝国。当时它对明帝国虽然了解不多，但通过达·伽马所送的中国的磁器引起了葡王唐·曼努埃尔一世（D·Manuel，1469～1521年）的极大关注。1508年（明正德三年），他在给探索东方航线的迪奥戈，洛佩斯·德·塞戈拉（Diogo Lopes de Segueira）
的敕令中，一连串提出了诸如中国
人来自哪里？到马六甲贸易的间隔时间是多少？他们是否很富有？性格怎样？有没有武器和大炮等近20个问题，要塞戈拉了解。塞戈拉到东方后并没有完成国王交给他的任务就返航了。但葡萄牙驻印度第二任总督阿丰索·德·阿尔布克尔克（Afonso de Albuquerque）在攻占马六甲后的第二年，即1512年（明正德七年），就派遣武装船队来中国边界调查。1513年（正德八年），阿尔布克尔克派其部下若热·阿尔瓦雷斯（Jorge Alvares，一译欧维士）率船自马六甲来中国。他的船于6月到珠江口外的屯门，按照当时的惯例，外国人是不准上岸的，所以阿尔瓦雷斯只在沿岸作短暂的停留，将他的货物脱手，获得丰厚的利润，就离开了中国。离去之前，他偷偷地在屯门岛上立了一块刻有葡萄牙国徽标志的石柱，作为纪念。
阿尔瓦雷斯的成功之行，使葡萄牙人深受鼓舞。1515年（正德十年），拉法埃尔·佩雷斯特雷罗（Rafael perestrel1o）再来屯门。他卖掉货物，赚得20倍的利润，于第二年回到马六甲。
1515年，葡王曼努埃尔一世决定派遣费尔南·佩雷斯·德·安德拉德（Fernao Peres de Andrade）率领一支舰队前来东方，并护送一名使者到中国去。使者为托梅·皮雷斯（Tome pires，有的作Thomas Pries，即托玛斯·皮雷斯），其同行者还有通事火者亚三等。费尔南·佩雷斯于正德十二年七月二十八日（1517年8月15日）率领4艘船（一说8艘）组成的舰队抵达屯门。他们向市舶司提举吴洪赐说明来意，吴洪赐报告给当时的按察司佥事管理海道的顾应祥。顾应祥亲至馆驿察看，通事禀报说是佛郎机国遣使入贡。顾应祥因未曾见过使者，遂禀报给驻在梧州的两广总督陈金。陈金亲临广州，查明佛郎机国为《大明会典》所未载，故不能直接送使者到京城，遂一方面令使者在馆驿休息，一方面报告朝廷。
正德十三年正月初二（1518年2月11日），经过礼部的研究，指示：“令谕还国，其方物给与之。”但葡使托梅·
皮雷斯并未就此离去，他在等待机会。而费尔南则将货物卖掉后，与葡使告别，于1518年5月返回马六甲，1520年6月回到葡萄牙。应该说直到费尔南离开前，中葡的关系发展是良好的。费尔南也好，托梅·皮雷斯也好，能尊重明朝的官员和明朝的礼仪，双方没有发生不愉快的事。
但自费尔南的弟弟来后，形势发生了变化。他的弟弟西蒙·安德拉德（Simao Andrade）是1519年（正德十四年）8月，率舰队来到屯门的。西蒙其人狂妄自大，粗野无礼，与其兄费尔南的温和敦厚迥然不同。他无视中国的主权，在屯门岛上筑室立寨，为久居之计；他剽劫行旅，掠买良民，暴露出强盗的嘴脸，激起了广大民众的不满。这是一。
其次，葡使托梅·皮雷斯的通事火者亚三通过贿赂权贵的办法，获准进京。葡使团一行于1520年1月23日离开广州北上，5月到达南京。这时荒唐透顶的正德帝朱厚照，正借平定宸濠叛乱之名，到南方巡游，驻跸南京。火者亚三通过贿赂朱厚照的佞臣江彬，得以“侍帝左右”，但朱厚照没有接见葡使者。托梅·皮雷斯一行只好继续北上，到北京等待觐见。火者亚三因侍帝左右，十分骄横，在会同馆见到礼部主事梁焯不行跪礼，梁焯怒鞑亚三。而佞臣江彬竟辱骂梁焯说：“彼尝与天子嬉戏，肯跪汝小官耶？”这激起了官吏对葡使团的不满。
第三，这时，明廷已知佛郎机侵占了满剌加，攻占其国土，逼走其国王。
在这种情况下，监察御史丘道隆言：“满剌加朝贡诏封之国，而佛郎机并之，且啖我以利，邀求封赏，于义决不可听。请却其贡献，明示顺逆，使归还满剌加疆土之后，方许朝贡，脱或执迷不悛，虽外夷不烦兵力，亦必檄召诸夷，声罪致讨，庶几大义以明。”御史何鳌亦言：“佛郎机最号凶诈，兵器比诸夷独精。前年驾大舶突进广平（东）
省下，铳炮之声震动城郭；留驿者违禁交通，至京者桀骜争长。今听其私舶往来交易，势必至于争斗而杀伤，南方之祸殆无极矣。”礼部认为：“道隆先为顺德令，鳌顺德人，故备知其情。宜俟满剌加使臣到日，会馆译诘佛郎机番使侵夺邻国、扰害地方之故，奏请处置。”丘、何的奏疏虽未驱逐葡国使者，但已为驱逐使者埋下了伏笔。
朱厚照于正德十五年（1520）十二月初十回到北京。
他还未来得及接见葡国使者托梅·皮雷斯，就于正德十六年（1521）三月十四日，病死于豹房。当天，朝廷就决定：“哈密及土鲁番、佛郎机等处进贡夷人，俱给赏，令还国。”可能此后不久，满剌加国使者为昔英等到京，请求朝廷省谕诸国王及遣将助兵恢复其国。这时礼部已议，“绝佛郎机，还其贡使”。这样葡使团被逐出北京。托梅·皮雷斯于1521年5月22日离京，9月22日回到广东后，被作为人质投入监狱。葡萄牙首次遣使来华失败了。
就在托梅·皮雷斯使团离京返广的途中，中葡发生了屯门之战，葡萄牙人被逐出了屯门。但到七月，又有称接济使者衣粮的葡船到达广东。礼部当时的意见是：
“宜敕镇巡等官亟逐之，毋令入境。”葡人仍未死心。
1522年（嘉靖元年），葡王唐·曼努埃尔派遣由马丁·阿丰索·德·梅洛·科廷霍（Martin Afonso de Mello Coutinho）同他的两个弟弟瓦斯科·费尔南德斯·科廷霍（Vasco Femandes Coutinho）和迪奥哥·德·梅洛（Dlogo de Mello）
以及佩德罗·海曼（Pedro Homen）率领的舰队来中国。这年7月，这支由马丁·阿丰索·德·梅洛·科廷霍等人率领的千余人由4艘战船组成的舰队自马六甲驶向中国海。8月，该舰队在新会（今属广东）
西草湾与明水军相遇，双方展开激战。备倭指挥柯荣和百户王应恩指挥部队勇猛杀敌，敌人以佛郎机火铳攻击明军，明军也以佛郎机铳还击。战斗从西草湾打到稍州，明军生擒别都卢、疏世利等42人，斩首35级，救出被掠去的男妇10人，缴获敌战舰2艘。余敌在科廷霍率领下继续顽抗，焚毁了明军所缴获的2艘船，明百户王应恩牺牲，敌人也退去。
这一战明军是胜利者，但这一战对明朝海疆的安宁带来了极为不利的影响。葡萄牙国王唐·曼努埃尔所派出的使团，“是将外交使节、商人和海盗三种身份集于一身的。于这三种身份的色彩哪一种更突出，则依时间、地点和条件而异。但从总体上看，不得不认为：商人的贪婪压倒了使节的高雅，而海盗的凶暴又使前两者黯然失色”。当明廷拒绝其使节之后，他就成了贪婪的商人和凶暴的海盗这样两重身份。他们不再和明廷打交道而和中国的海盗串通一气，明朝的东南沿海再也没有了过去的安宁。
二、争贡之役
在南方的广东发生葡萄牙人入寇西草湾事件不到一年，在北方的浙江又发生了日本两贡使的争贡事件。事件的起因是这样的：
嘉靖二年（1523）四月，日本西海道大内氏贡使宗设谦道率船3只，持正德年间勘合到达宁波。几天后，细川氏的贡使鸾冈瑞佐、宋素卿率船1只持弘治年间勘合也到达宁波。宋素卿本华人，幼年流落到日本，后充使者人贡。他到宁波后，贿赂市舶司太监赖恩。赖恩受贿后，宴请时让宋素卿等细川氏的使者坐上座，而宗设等居下。
验货时，宋素卿等本后到却先验。于是宗设等于五月初一闯人收藏方物的东库，抢出盔甲刀枪，披挂起来，烧毁宋素卿等的船只，杀死瑞佐及船员10余人，追杀宋素卿，直到绍兴城下。宋素卿逃匿他处，宗设等追之无及，返回宁波，沿途焚掠。到宁波后，执指挥袁琎，夺船出海。备倭都指挥刘锦率兵追至海上，战死。表面看来，这次争斗是因为市舶太监赖恩贪赃枉法，处置不公所致，实际这只不过是导火线，其真正的原因是，本有很深矛盾的大内氏和细川氏两个大名为争夺对中国的贸易权所致。这种矛盾我们在前一章中已作了叙述，这里不再赘述。
这一事件说明，大内氏的朝贡使者宗设依仗自己人多势众，不顾明朝的法律，抢劫仓库，烧杀劫掠，充分暴露了其强盗的嘴脸。但同时也暴露了明朝海防的虚弱。大内氏不过100多人，在中国的土地上胡作非为，竟如入无人之地，卫指挥被掳，都指挥战死，而敌人则夺船逃走。
事后，明廷逮宋素卿审问。宋素卿讲，西海道的大内氏向为日本所辖，无入贡例。因进贡必经西海，正德年间的勘合被大内氏夺去。他们不得已乃用弘治勘合，由南海道来宁波。到这里后，他们揭露大内氏的诈伪，宗设恼怒而行凶。礼部认为，宋素卿所讲未可信，不应该容许他入朝，“令镇巡等官省谕宋素卿回国，移咨国王，令其查明勘合，自行究治，待当贡之年，奏请议处”。对此御史熊兰和给事中张翀分别上言，不同意让宋素卿回日本，指出：“各夷怀奸仇杀，事干犯顺，乞明其罪。”他们还进一步提出要“闭关绝贡，振中国之威，寝狡寇之计”。于是嘉靖帝朱厚下令将宋素卿和宗设的余党关进了监狱。
当时夺船逃跑的宗设同伙遇暴风飘至朝鲜，被朝鲜军歼灭。嘉靖二年十月，朝鲜将活捉的中林、望古多罗及斩杀的33人首级，送至明廷，同时送还的还有被掳去的8名中国人。朝廷决定将中林、望古多罗押解到浙江，同宋素卿一起会审。这时，兵科给事中夏言提出要派人巡视沿海防务，并且又提出了“其倭夷应否通贡绝约事宜，乞下廷臣集议”。嘉靖四年（1525），对宋素卿、中林、望古多罗审讯完毕，均处以死刑。后来几人均死于狱中。
在处理了宋素卿等人之后，嘉靖四年（1525）六月，明廷敕谕日本国王：“以宋素卿、等（中）林等凶叛就戮，妙贺等无罪，以礼遣还。其元恶宗设及佐谋倡乱数人，亟捕系缚送中国，以听天讨，余并罔治。掳去人民，仍优恤送归。否者，将闭绝贡路，徐议征讨。”当时有琉球国贡使郑绳回国，即命他传送。但日本国王对这个敕谕所要求的两点：逮捕元凶宗设，送还被掳人民，只作辩解而不予落实，结果是不了了之。明廷所威胁的要“闭绝贡路”
和“徐议征讨”，也只不过是一纸空文。
对引起此纷争的直接责任者赖恩，尽管一些大臣上疏要求给他处分，结果不但没有给处分，反而在嘉靖四年批准他兼提督海道。
西草湾之战和争贡之役事件的发生是短暂的，但就其影响来讲则是深远的。
第一，就明廷来讲，经过这两次事件之后，除派人巡视海防之外，就是严加海禁。争贡之役后，屡下海禁之诏。嘉靖三年（1524）四月，明廷规定福建滨海居民“凡番夷贡船官未报视，而先迎贩私货者”、“私代番夷收买禁物者”、“搅（揽）造违式海船私鬻番夷者”，都要论罪，并张榜晓谕浙江、广东一体执行。嘉靖四年（1525）八月，兵部下令浙、福二省查禁双桅海船，“但双桅者即捕之，所载虽非番物，以番物论，俱发戍边卫。官吏军民知而故纵者，俱调发烟障”。嘉靖八年（1529）十二月，“出给榜文，禁沿海居民毋得私充牙行，居积番货，以为窝主，势豪违禁大船，悉报官拆毁，以杜后患。违者，一体重治”。嘉靖十二年（1533）九月又重申，浙、福、两广“一切违禁大船，尽数毁之。自后沿海军民私与市贼（贼市），其邻舍不举者，连坐。各巡按御史速查连年纵寇及纵造海船官，具以名闻”。可见这时的海禁和明初还有些不同，他的侧重点是禁双桅大船、禁窝藏番货。这一方面说明西草湾之战和争贡之役后，明廷加强防范百姓与外番的往来，另一方面也说明当时驾驶双桅大船同外番进行走私贸易的人较多。但这种海禁同时有两种效果：
一方面是能够禁止一部分较为守法的商人出海与外番贸易，另一方面则又使一些不法商人更加疯狂的走私。这正如《筹海重编》的辑者邓锺指出的：“若海禁愈严，则获利愈厚，而奸民愈趋之。嗟呼！利乃乱之囮也。”海禁和走私是一对双胞胎，有海禁就有走私，海禁愈严，走私愈猖獗。而当时的走私往往是武装走私，伴随这种武装走私的猖獗，必然是海盗劫掠丛生。这些亦商亦盗的走私者又和外国的海盗商人（包括葡萄牙和日本的海盗商人）相勾结，明朝沿海也就愈来愈不安定，终于酿成严重的倭患。
第二，葡萄牙和日本海盗商人在沿海走私更加严重。当葡萄牙的劣迹出现的时候，正德十五年（1520）十二月，监察御史丘道隆和御史何鳌上疏后，礼部覆议中就讲：“以后严加禁约。夷人留驿者，不许往来私通贸易。番舶非当贡年，驱逐远去，勿与抽盘……诏悉如议行之。”这样，在广东除朝贡贸易外，过去一度兴盛起来的市舶贸易被禁止了。西草湾之战后，葡萄牙人被逐出广东，而当时葡萄牙人的军事实力还不足以同明朝的军队抗衡，所以他只有离开广东。嘉靖八年（1529）十月，提督两广侍郎林富上疏，“请令广东番舶例，许通市者，毋得禁绝”，得到了朝廷的批准，从此广东又恢复了往日的市舶。但葡萄牙仍在禁绝之例。葡人广东被逐之后，并没有离开中国，而是向浙江、福建沿海发展。他们在浙江的双屿港建房屋，设立机构，行政、立法、司法诸官员悉备，几与葡萄牙国人无大差别。
他们在这里同日本进行贸易，获利是投资的三四倍。当时岛上家居千余所，教堂六七座，医院2所，人口3000，葡人有1200，几占一半。葡萄牙人简直把中国的岛屿变成了他们的土地。葡萄牙人不仅在浙江的双屿建立据点，也在福建从事“贸易”活动。这主要是在月港（在福建澄海县西）。千万不要认为这些葡人只是在中国的沿海进行贸易，是一些本分的商人。马克思说过：“占主要统治地位的商业资本，到处都代表着一种掠夺制度，它在古代和新时代的商业民族中的发展，是和暴力掠夺、海盗行径、绑架奴隶、征服殖民地直接结合在一起的。”事实也确实如此。俞大猷说：“数年之前，有徽州、浙江等处番徒，勾引西南诸番，前至浙江之双屿港等处买卖，逃免广东市舶之税，及货尽将去之时，每每肆行劫掠。”而且他们和中国的海盗及日本的海盗相结合，搅得沿海不得安宁。
嘉靖二年（1523）争贡之役后，“倭奴自此惧罪，不敢款关者余十年”。日本嘉靖二年前的一次勘合贸易船是正德六年（1511），而嘉靖二年这次勘合贸易，由于二朝贡使相争，实际没有做成交易。这样日本同明朝通商贸易的正常渠道在较长的时间被堵塞了。正道走不通，一些海盗商人就走旁门邪道，走私活动“兴盛”起来。浙江的双屿就是他们的一个据点。《明史·朱纨传》讲：
“初，明祖定制，片板不许入海。承平久，奸民阑出入，勾倭人及佛郎机诸国人互市。”朱纨也说：一些内地叛贼，“常年于南风迅发时月，纠引日本诸岛、佛郎机、彭亨、暹罗诸夷，前来宁波双屿港内停泊。内地奸人，交通接济，习以为常。因而四散流劫，年甚一年，日甚一日”。这样明朝的海盗商人和葡萄牙的海盗商人、日本的海盗商人在中国的浙江、福建沿海共同演出了一出走私闹剧，终于酿成了严重的倭患。