清军入关，风云突变。各种政治力量处于生死存亡的危急关头，满清意在挥师南下，逐鹿中原；南明政权大势已去，福王、桂王试图东山再起；李自成、张献忠、李定国等豪杰力挽狂澜，不惜抛头颅洒热血；更有史可法、郑成功等民族英雄，深明大义，视死如归……
清军人关后的社会矛盾清军入关使国内社会矛盾复杂尖锐起来。在复杂的矛盾中，阶级矛盾和民族矛盾之间主次关系的变化，决定着全国政治、军事形势的基本格局和阶级动向的不同趋势。清入关后的一段时间里，民族征服和压迫的威胁虽然开始突出，但阶级斗争仍处于主要的支配地位。农民军面临的强敌，不只是满洲贵族，而是满汉地主阶级的联合武装。清朝统抬者占领北京后，起初并没有明确的统一全国的计划，他们甚至说过“何言一统？但得寸则寸，得尺则尺耳”。多尔衮进一步拉拢汉族官僚地全阶级，宣称“义兵之来，为不等复君父仇，所谋者惟‘闯贼’”，“官来归者，复其官”。于是，在“复君父仇”这个冠冕堂皇的名义下，大批明朝的官僚包括曾向农民低头认罪的，纷纷调转头来，对满清贵族奴颜卑膝，将清军视为“仁义之师”。多尔衮趁机宣布：“今本朝定鼎燕京，天下罹难军民，皆吾赤子。”同时，清廷采取了一系列措施，例如为崇祯帝服丧，各衙门官员照旧录用，朱姓各王归顺不夺其王爵，自发归顺者，地方官各升一级等等，以此来调整满汉地主统治阶级之间的关系，扩大清朝统治的基础，集中力量镇压农民军。因此，李自成不是牺牲于满洲贵族的屠刀之下，而是被害于丧心疯狂的地主乡兵之手。张献忠在四川建立的大西政权，始终为汉族官僚、地主、乡绅所敌视，四川各处地主集团气焰嚣张，声称要“遂强寇，扫秽氛，报先帝（崇祯帝）之仇”。对在南京叹气的南明福王政权，清廷暂且与之遣使往来，劝其以“讨贼”为急务。清入关后的上述措施，都不过是一种姿态，一种斗争的策略，是服从于镇压和消灭农民起义军，是决定于社会的主要矛盾的。
清军进关镇压农民起义是在“吊民伐罪”，“为崇祯帝复仇”的旗号下进行的，自然使极度仇视农民起义的汉族地主阶级趋之若鹜。等到农民起义大军受到重创、清朝在北京的统治逐步稳定以后，清军开始南下并进行疯狂的民族征服时，就不能不遭到汉族各阶层的强烈反对，清王朝对农民军的血腥镇压，它在进军途中野蛮的烧杀劫掠，它在入关后不久所采取的一系列高压政策，使得满族贵族与广大汉族农民处于严重的冲突之中，也使满汉地主阶级处于矛盾之中，因此，随着清军的南下，国内的民族矛盾特别是满汉之间的矛盾迅速上升。清军在南下过程中对汉族人民的滥施屠戳并不是个别的现象，演出了一幕幕“扬州十日”、“嘉定屠城”等惨绝人寰的大悲剧。豫亲王多铎占领南京后，明朝生员戴君恩就抗议曰：“闯贼破我北京，若称为我报仇，贼未尝破南京，若来何为？我昔仇闯，今仇若矣。若谓天下无能复仇者耶？”。
清廷在确立征服全国的野心之后，政策上也相应地发生了一系列变化。多尔衮等满洲贵族在占领西安和南京后，自以为兵强马壮，取天下易如反掌，征服者的凶残嘴脸立即暴露无遗。在他们看来，无论是农民军还是南方汉族地主政权都不堪一击，江南可以传檄而定了。南方各地农民军和地主阶级政权彼此间蕴积了10余年的仇恨，进行了10余年的战争，但在清军进一步南下时，双方都感受到有一种强大的威胁，它们被迫互相靠拢，从此开始了农民军联合南明诸政权共同抗清的新时期。抗清联合阵营的形成是国内民族矛盾上升，汉族地主阶级分化出抗清派的结果，继大顺军联明抗清之后，又出现了大西军的联明抗清。不可否认，小部分农民军将领在联明抗清之后，在地主阶级影响下滋长了忠君思想，甚至在某种程度上卷入了南明统治集团内部的派系斗争，但这种情况毕竟是有限的。就实质而言，农民军在抗清联合阵营中始终起着主导的作用，正是他们支撑并推动了南明朝廷的抗清斗争，在抗清联合阵营中，与其说是农民军禀承朝廷的旨意行动，不如说是南明朝廷看农民军的脸色行事。农民军在抗清联合阵营中保持了自己相对的独立性，这是不容抹煞的事实。清军入关后，进行的是一场野蛮的掠夺战争，对中国社会的经济、文化造成了很大破坏，汉族地主阶级及其知识分子的抗清是从本阶级的利益出发，但他们与农民军一样，都是抗清力量的组成部分。只有在广大下层人民反对民族压迫的高潮中，才会出现象史可法、钱肃乐、张名振、张煌言、黄道周、何腾蛟、堵胤锡、瞿式耜、郑成功等比较英勇坚定的人物，他们是一批具有民族气节或本身利益受到威胁的坚定抗清的汉族地主阶级代表人物，在17世纪中期广阔的中华大地上，自北向南，从东到西，几乎到处都燃烧着反对满洲贵族残暴统治的烈火，斗争的时间长达20年之久，应当说这是满洲贵族竭力推行民族征服和民族压迫政策所带来的直接结果。
全国各地汹涌澎湃的抗清斗争使满洲贵族认识到汉族人民中蕴藏着的雄伟力量，迫使清朝统治者采取一些缓和民族矛盾，调整阶级关系及恢复生产的措施。清朝统治者还竭力拉拢汉族地主阶级以分化抗清阵线。这样，经过一系列的调整和改革，清王朝得以渡过全国此起彼伏的抗清斗争的高潮，逐个地击破了分散的抗清力量。这样，经过清初20多年触及社会方面的大动荡，中国终于建立起大清帝国的统一政权。从军事上讲，满洲贵族取得了胜利，而在社会生活的各个方面，比较落后的满族却逐渐被先进的汉民族文化所征服。满汉民族差异日趋缩小，民族矛盾日趋缓和。大致说来，在康熙帝当政的前期就基本上完成了满汉统治阶级的合流，民族矛盾不再成为社会的主要矛盾。
清军入关使国内社会矛盾复杂尖锐起来，清朝统治者打出了“吊民伐罪”兴天断绝的旗号，努力争取汉族地主阶级合作，把进攻的矛头集中于李自成的农民军。清军初入关时曾以“义师自命”，以“勿杀无辜，勿掠财物，勿焚庐舍”相号召，宣布“若动人一株草，一颗粒，定以军法处死”，借以换取汉族地主的支持，麻痹和涣散南明王朝的抗清意识，减少进军的阻力。但当清统治者占领了黄河流域的广大地区以后，自以为兵强马壮，取天下易如反掌，征服者凶恶本性立刻暴露无遗。因此，到了顾治二年（1645年）前后，黄河南北，大江两岸，抗清斗争形势迅速高涨，全国形势已经发生了重大变化：清军几乎控制了整个华北和中原地区，前锋已推进到四川、湖北、江西、江苏沿长江一线，吴三桂等地主武装由不足百万，增加到200万，民族征服的危险更突出了。因此，在京畿（北京周围）、天津、山东、苏甫，都连绵不断地爆发了轰轰烈烈的抗清斗争。
京畿一带的抗清斗争清军进入北京后，由于强行“薙发”、“圈地”……掠人为奴仆，京畿一带人民群起反抗。由李自成大顺农民军点燃起来的抗清烽火，首先在北方地区蔓延开来。
三河县的农民首先发难，接着北京的昌平，海子江门和天津一带农民，持刀枪而起，大有围困北京之势，使“京师采煤西山……两月不至”，直接威胁“辇毂近地”的安全。霸州起义，人民“白昼成群”，出没于丛林中，到处袭击清军。河北保定、真定、霸州等地农民武装，直接配合李自成农民作战，牵制清军兵力，出现“国初以来有积寇盘踞险要，赋税不供，招纳亡命……吏不敢问”的局面。大名、内黄一带农民，占据内黄县城，积极协同刘体纯率领的农民作战，“各称总督、大元帅，并联山东、河南，‘贼寇’势将燎原”。
顺治元年以来，天津沿海一带的贫苦农民和渔民，多次举行反清起义，斗争一浪高过一浪。最先是活动于天津沧（县）、静（海）、南（皮）、盐（山）一带的农民渔民起义军，以李联芳和张成轩等为领袖，坚持抗击清军的进剿，李、张失败之后，顺治五年（1648年）又有杨四海的抗清活动，他自称是明熹宗的太子；同时，在三河的女英雄张氏则自称是熹宗的皇后，率众反清。三月，起义军攻占了庆云县城（今县北），并多次击溃清军的围攻。起义军将士愈战愈勇，七月，进攻静海，八月又袭击津东，致使清军顾此失彼，穷于应付。到顺治六年（1649年），清廷派重兵由英亲王阿济格及吴喇禅统帅，满、汉大军进行水陆“会剿”，起义军被重创，死伤惨重，起义失败。
顺治二年，宣传、大同等地农民义军蜂起，统治者惊呼。“但见满山遍野，俱是‘贼兵’，多持枪刀弓矢，其中又拿椽标者。妇女，腰系红裙，亦各持椽木双刀，飞舞跳跃，各各前来……我兵对敌，从辰至未……不能敌众，遂收兵回城”。此外，在河北的绕阳、交河、曲阳、保定、定兴、南宫、平山、承德等地，农民相继自发抗清，攻打县城。怀来县农民，“乘闯‘贼’肆乱已后，负隅啸聚，西‘劫’蔚州，北攻怀来，攻斋塘、杀守备、破马水口，‘抢’保安州，屡败官军，势大炽”。可见，河北及“京畿”要地一带的农民抗清斗争，有力地打击了清军，使清统治者“惶惶靡有宁宇”。
山东各地的抗清斗争山东的农民起义早在明末就已经蓬勃发展起来。1644年8、9月间大顺军西撤以后，闯王的旗帜仍招展于山东各地兖、沂、邹、膝一带的农民军，转入了截击和阻止清军南下的斗争之中，抗清斗争如火如荼。
著名的如满家洞农民军，在嘉祥农民宫文彩率领下占领满家洞（山东嘉祥县境，地连嘉祥、济宁、金乡、巨野四县界）山区为根据地，“聚集数万”，“界连四县，穴有干余，周回二三百里”。农民军尊奉大顺军永昌年号，宫文彩自号“擎天大王”，与附近各地的农民军领袖冲天大王李文盛，扫地大王宋二烟，混世大王杨洪升等联合抗清。满家洞山地绵延，形势险要，多天然洞穴，易守难攻，是农民军绝妙的根据地。他们“建营立寨”，“攻城掠地”，杀官拒捕，附近州县人民相继归附，一呼百应。“五兵火器，件件俱全”，“旗帜上大书闯‘贼’年号”。清廷多次派兵搜捕，进山围剿，都被农民军击败。为此山东巡抚方大猷向清廷献计“招抚”，但被拒绝，清廷已对这支农民军恨之入骨。总兵杨方兴施用了残酷的镇压，对附近村镇人畜、财物洗尽杀绝，以断农民军粮草。农民军坚持斗争，直到顺治二年正月，清廷派肃亲主豪格率满洲军队前往剿灭，清军采用了压缩包围、重兵围困的办法，并绝其水道，将大小250多个洞口都用土石堵塞，一直围困了5个月。农民军宁死不屈，全部壮烈牺牲。
山东邹、滕一带农民有数10支之多。著名的有滕峄农民军，团结其它农民队伍，以苍山、花盘山、抱犊岗一带为抗清基地，与清军坚持战斗达八九年之久。
鲁东地区的农民于1644年秋在青州杀死清朝的招抚吏，举行抗清起义。登、菜、青三府农民群起响应，“结聚数万，延蔓东海”。有的自称威振山东提调总镇，有的称总兵大元帅等，声势浩大。清命山东侍郎王鳘永进兵青山（山东益都），攻击胶东一带的抗清武装。李自成旧部裨将赵应元，佯称受抚，率农民军从长山周村偷袭进兵青州的王鳘永，举起反清义旗，招兵聚众，编训军队，打富济贫，周围百姓群起响应，义军发展到数千人，并攻占了索镇（山东桓台）、乐安（山东益都县北）等地。清山东抚、镇诸将束手无策。赵应元自顺治元年九月起义入据青州，相持到十月以后，清廷纠集力量，派和托会同山东巡抚陈锦、总兵柯永盛，都统李率泰等围剿。和托又以招抚慰劳等欺骗手段，诱使赵应元出青州城，结果赵应元被清军俘获而牺牲，起义被清军镇压。
高密的张舆也聚众响应赵应元起义，自称总兵大元帅，但赵应元牺牲后，张舆部因势单力弱，寡不敌众，于十一月间被清军胶州永总柯永盛率兵击败，张舆牺牲。
在顺治元年秋，青州还有以秦尚行、葛东方等领导的数万农民反清起义，活动于昌乐、寿兴等地。这支起义军响应赵应元起义，准备联络占据登州的明朝旧将杨威共同抗清，反清复明，建立帝号。起义军深得人心，势力逐渐扩展到东部海滨各县。秦尚行等领袖将部众编为总镇，协镇各营，于九月分兵三路进攻昌乐。一路直攻昌乐县城，一路列阵城南以阻截清军的援兵，叶路北渡潍河断绝清军骑兵退路。起义军各路按照作战计划，顺利攻占昌乐。但由于清军援兵不断，城内的义军只好退出城外继续抵抗，战斗到十二月，由于内部少数人的动摇叛降致使起义失败，秦尚行等被俘牺牲。
在鲁西曹州一带的榆园农民军起义影响最大。据顺治元年八月山东巡抚方大猷报：“土寇马应试，自（祟祯）十三年作贼，聚众万余，迄今五载……”榆园农民军原是反明朝腐朽统治的起义队伍，清军打入北京，榆园军转入抗清斗争。1645年李自成牺牲之后，榆园军执行了团结其它阶层抗清力量共同对敌的正确政策，“数日之内，袭陷四城，聚众至数10万”。在山东、河北、河南三省交界处，形成抗清的中心力量，榆园军的领袖人物有任七、张七、李化鲸、马应试、范慎行（范次吾）等，他们率领起义者占领了榆园丛林地带作为根据地，筑营寨、掘地道、设官分职、编组军队，并拥有洋枪洋炮等精良武器。起义军广招流散，为民除害，同时又联络了一批反清的知名知识分子作为谋士，从而提高了榆园军的声威。成为清初农民起义中较为有组织、有纪律的农民武装。榆园军以濮州、范县为根据地，活动于朝城、观城、郓城、城武等县，“凡数百里”，众“号百万”。当南明福王政权被清廷剿灭之后，榆园军就独自担负起在江北一带的抗清重任，与清军周旋。清顺治二年，榆园军在李化鲸等人领导下先后攻占了曹州（山东荷泽）、僕州（范县西南）、定陶、城武（成武）、旧城，拥立明忠义王建都曹州称帝，改元天正，并且“设官置将”，“聚众至数10万”。之后，连克巨野，东明等地，清廷朝野震动，调集河北、山东两省的军队前往围剿，把曹州城包围达两个月之久，却久攻不下。顾治四年，榆园军又西破南乐，开州（河北漠阳），与河南农民军取得联系，分兵南进归德（河南商丘），北攻大名，大有进取北京之势，榆园军“结连北直、河南”等地义军，攻城占地，“势如鼎沸”。清王朝统治者又惊又怕，招抚不成，攻战不克，决计采用残酷的镇压手段。顺治五年八月，在攻打兰阳县（河南兰考）战役中，农民军被清兵“焚毁‘贼’楼，杀死2000有余，烧死男妇2000有余”。榆园军范次吾部在东明县黄堌集被清兵包围，经过两天两夜的拚杀，农民军被杀死、烧死1000余名。
清军在围攻曹州的两个月当中，各营“得获马骡、器械，留营应用，牛驴赏给伤亡及有功官兵；妇女……并应赏给官兵，以示鼓励”。面对清军的暴行和杀戳，榆园军更加顽强，斗争更加坚决。
1649年（顺治六年），清朝派张存仁为直、鲁、豫三省总督，镇压榆园农民起义军。但张存仁的部队屡吃败仗，无计可施，采用了归德大官僚地主侯方域的“五剿五抚议”，的毒辣诡计。侯方域的五剿议是：逼巢穴，绝径路，困粮食，鼓敌仇，散党援；其五抚议是：固根本，昭激劝，简精锐，信号全，责屯种。张存仁派徐州总兵张胆调查榆园地理情况，采用了火焚丛林、决黄河水灌地道等狠毒手段，并派重兵将榆园四周团团围困，农民军的根据地遭到严重破坏，大部分农民起义领袖及将士献出了生命。到1655年（顺治十二年），清军终于镇压了榆园起义军，持续了20年之久的斗争失败了。
与榆园农民抗清的同时，鲁西南还活跃着大小数10股、各有数千人的农民起义队伍，其中以王俊（一说名为王肖武，或王小吾）所领导的一支农民军力量最强。他们占据苍山（山东郯城县北）、花盘山（峄县北）、抱犊岗（临沂县西南）为根据地，与榆园军配合，与大名（河北今县）以苏自兴、邓名扬为首的农民军共同抗清“一日数战”。王俊自称九山王，内黄（河南今县）农民军领袖王鼎铉则自称总督大元帅，彼此相互呼应，“势将燎原”。王俊领导的农民军坚持抗清直到顺治八年（1651年），才被清三省总督张存仁率军围困在苍山，起义最后失败。
1646年（清顺治三年），高苑县（山东高青东南）发生了谢迁起义。他于顺治三年十一月聚集农民数千人并联络附近山区农民军起义抗清，经过奋力拚杀，袭占了高苑县城。次年秋天……谢迁又联络淄州（山东淄博市南）起义首领丁可峰，共同攻占了淄川县城，将带头剃发降清的大明进士一一杀死以泄民愤，但对具有民族气节的士族蒲松龄居住的村庄，则加以保护。起义军爱憎分明的做法受到当地群众的支持。这支义军在高苑、淄州、德平（山东商河县北）、临巴等县与清军周旋。到顺治四年，清军发起猛攻企图占领高苑。谢迁率众守城，清军在城外筑壕围攻达两个月之久，终于挖通了地道，用火药炸毁了城墙。高苑城被清军占领后，起义军退守淄川，清军穷追猛攻，用大炮、火药再破淄川城。起义失败。
就在顺治四年冬（1647年），在兖州（山东今县）一带暴发了由丁维岳、张尧中领导的农民起义，响应者数千人。十月，起义军围攻张秋镇（山东阳谷县东），城内的百姓主动配合起义军，在城内与清军进行战斗，从而使张秋镇里的清军陷入腹背受敌的困境。黄昏时分激战正酣，由于清军大批援军的来到，使城内的清军气焰嚣张，反而割断了起义军在城内外的互相联系。关键时刻，城外的起义军首领丁维岳又中箭负伤，无奈率部撤退，致使围攻张秋镇的战斗一无所获。十二月，起义军在郓城附近的王象海子整顿时，遭到清将沙尔虎达率满洲八旗兵的突然围攻，起义军被迫应战，但因陷入重围而难以摆脱。结果，清军攻占了王象海子……起义军首领战死，余众溃散，起义失败。
山东人民的抗清斗争连绵不断，顺治五年（1648年），山东栖霞人于七聚众于锯齿山（山东栖霞东南），联合周围各地起义军进行抗清斗争。在顺治七年（1650年）起义军攻占了宁海（山东牟平），一时声威大震。清廷采用了两手政策，阴谋“令其贼自效”，乃授于七为栖霞把总，以引诱、瓦解起义军。但于七不为所动，仍率众在登州、菜州地区继续反清。清廷见诱降不成，乃于顺治十八年（1661年）春，派兵前往围剿、镇压。于七闻讯，镇定自若，联合附近的各路起义军首领商讨对敌计划。然后，于七和昆仑山（牟平东南）的张振冈、鳌山（即墨东）的段忠渍、招虎山的徐海门等率领的农民起义队伍，先发制人，先后围攻福山、文登……宁海、大嵩卫（莱阳东南）等处，清军顾此失彼，疲于奔命，屡遭失败，被各路起义军打得焦头烂额。清军纠集力量，于十二月重点围攻于七的根据地锯齿山。于七率起义军不屈不挠……与清军坚持战斗两个多月，被迫撤出锯齿山，率余众入海。此后，农民军余部占据了蓬莱……宁海的沿海岛屿，神出鬼没，声东击西，仍顽强地与清军进行战斗。
清初山东各地的抗清斗争此起彼伏，连绵不断，既反映出山东的人民不屈不挠的反抗精神，又牵制了清政府的部分兵力，配合了其它地区的抗清斗争。
北方其它地区的抗清斗争1644年（顺治元年），清军追击李自成的大顺军进入山西后，遭到各地农民的顽强抗击。农民军纷纷占山结寨，与清军周旋。1648年，清驻大同总兵姜壤也起兵反清。到了第二年，各地义军相互配合，攻城略掠，直逼太原。清朝山西当局惊惶失措，哀号“省城孤悬一土”，“呼吸危亡，朝暮难保存”。
山西朔州（山西朔县）教民张四、李二、邢四、蔡羽、李一梅等人，假借“皇天清净善友会”之名，四处联络群众，名为持斋事佛，暗中组织反清起义。顺治二年（1645年）三月，教民们举行了抗清义旗，迅速占领了朔州蒋家峪作为根据地，清军派军前来镇压，参加反清起义的男女老幼纷纷行动起来，拿起木棍、刀枪、弓矢等，奋力反抗清朝地方官军的进攻，并多次击退了来自朔州镇兵的围剿。清军对起义者采取了残酷的镇压手段，烧杀抢掠无所不作……更激起了起义群众的反抗，清军遭到起义军的顽强反击，伤亡很大。清廷被迫征调山西、陕西两省的军队前采围剿，起义军坚守蒋家峪，寸土不让。终因寡不敌众，起义军首领均战败被俘，壮烈牺牲，致使起义失败。
在晋西吕粱山区，自明末以来就有农民起义军不断地举行起义反抗暴政。清军入关之后，这一带的起义军占据吕梁山区作为根据地，又转入了抗清斗争。到顺治五年（1648年）秋天，吕梁农民军在领袖王显明等领导下，对清军发起了频繁攻势，经过短短1年的苦战，起义军连克山西省50多个县，声威大振。清山西巡抚祝世昌无计可施，只得向摄政王多尔衮告急。多尔衮亲率满洲八旗精兵驻屯于浑源县的寇家寨，同时令阿济格率军北上围攻大同，令博洛南下援救太原。
清军由博洛统领的救援部队由百羊口（代县北70里）火速抵达代州，正值农民万余人围攻代州的关键之时。在刘迁的指挥下，农民军奋勇杀敌，已经攻破了代州城的东关，但由于博洛的援军已到，起义军来不及向代州城内深入，只好匆忙撤退。博洛率清军随后紧迫，双方在平城（代县东40里）发生了激战，农民军伤亡惨重，死伤数以万计，战将郎枋战死沙场，刘迁只好率余部退入黄香寨（繁峙县东南100余里，五台山华严岭东北50里），继续与清军周旋。另一部分义军则由高鼎、刘永忠率领，进入了五台山区以求发展。
博洛带领清军从代州向忻口（山西忻县北）进逼，忻口、静乐等地的起义军在李茂兰和杨奉山的率领下，在滹沱河东、西两岸的山区与清军对峙，农民军还修筑了营垒。博洛率军绕至鲜沟铺以北，渡过滹沱河，强攻东岸山区农民军的营地，农民军防不胜防，战退弃营而走。占据滹沱河两岸山地的农民军，在首领李茂兰的带领下，放弃忻口翻过西山退往宁化（静乐县北80里）。另一起义军在王显明等率领下，早在四月已经进入了晋祠（太原以南，清除县以北），并集中力量进攻太原县（今太原南），使省城太原告急。清廷急令博洛率部驰援，结果清军行至太原古城南（晋祠北10里）遭到了姜健雄所率农民军的伏击，清军的前锋数千人转眼之间就被农民军杀得人仰马翻，死伤无数。由于清军援军赶到，起义军退守晋祠，博洛兵分两路，以主力围攻晋祠，另抽出千余人在白云山下设伏，以防农民军撤退……双方相持数日，晋祠的起义军越战越勇。清军挖通了地道，试图以火药炸城，却不料火药突然爆炸，挖地道的数百名清兵顿时炸得血肉横飞。由于城墙被炸塌，清军随时都有可能涌城而入，农民军只好放弃晋祠，翻过西山而撤，却不料在白云山下遭清军伏击。清军围追堵截，致使起义军死伤万余人，农民军领袖龙玉、王显明等战死，起义军受到毁灭性打击，余部由钟明节等率领转入山区以求生存和发展。
由于山西一带的农民起义甚为活跃，清世祖调集陕西与山西清军合击各地的农民军，四月……吕梁农民在领袖虞印、张五等率领下一举攻占了晋县县城。八月，清山、陕总督孟乔芳率陕军东渡黄河向占据晋县的农民军发起进攻，由于清军人多势众且火力强大，农民军弃城而退。其中的一部在退至晋县东10里的泛狐村后，尚未安营扎寨，即遭到清军的突然袭击，农民军仓促应战，结果有800余人牺牲。
博洛见山西各地农民起义已转入低潮，便上书清廷请求发兵，一举攻克被农民占有的各州县。于是清廷准奏，并下令满达海从朔州移师汾州与英亲王部合兵攻占汾州。清廷派重兵连续进攻农民所占据的地区，直到1653年（清顺治十年），清廷的宣府总兵刚阿泰击败了高鼎所率的农民军之后，山西各府才陆续被清占有，而吕梁山区，由于山寨绵延至百里，仍是各路绿林英雄大显身手的好地方，直至康熙初年，农民起义时有发生，清廷一直无可奈何。
1671年（清康熙十年），吕梁山区的农民军势力又有所发展，清廷因山区地形复杂，不明虚实，不敢纵兵深入，于是采用了剿抚兼施、经济封锁和欺骗分化的伎俩。然而山区的各路起义军筑寨自卫，生活自给，抗清决心坚定。交城县令赵吉士为了讨好清军，一边加紧训练地方上的乡兵，一边派奸细混进山区，蛊惑人心，扬言清军只逮捕造反起事的数10个首领，这些奸细们还摸清了农民军的防御设施。结果，被清军紧紧围困在山区这里的起义军内部出现了一些混乱，人心惶惶。清军于康熙七年冬首先袭击了周洪山寨农民军李宗盛的队伍，各路农民军闻讯后更加慌乱。交城县令赵吉士见时机成熟，会同清守备姚顺率官军1000多人，分兵两路，一路进入独石河，一路直攻烂团山。烂团山告急，各路起义军冒冰雪严寒前往救援，永宁、静乐、临县等地的起义军分别在其首领冯养成、郭三法、张二等的带领下，与坚守烂团山寨的由钟斗领导的农民军共同抗击清军，经过激烈的战斗，终因众寡悬殊，起义军被迫放弃烂团山寨，向西南谷积山方向突围。清军则疯狂追击，在谷积山下，起义军与清军战成一团，由于矢弹皆尽，起义军边战边向山上撤退，以占领山头。但清军大军压境并控制了各山头，农民无处藏身，经过浴血奋战，任亮等起义军领袖和绝大部分起义军战士壮烈牺牲，另一重要将领付青山则被俘，宁死不屈。吕梁山区各地的起义军坚持抗清达28年之久，最后终于失败。山区的各峒寨先后被清军攻占。
顺治二年，徐州（今江苏）任应乾聚众反清，起义军占据山险并与附近山东，河南等地的农民起义相配合，一致抗清。农民军占据了徐州附近的驹嘴、天门寺、黄藏峪、白工洞等有利地形，凭地利人和频繁地杀官绅，劫土豪，农民军每股仅数百人但却英勇无畏，多次打击了清朝的军队。后因各股间独自作战，被清总兵王之纲、苏见乐各个击破，致使各股起义军将士或杀或俘，起义失败。
在徐州，清顺治三年（1646年）又发生了吴任之领导的反清起义。吴任之利用当地乡民的封建迷信思想，号召乡民反清。并且与虞山农民军首领张万紫联络，利用砀山知事作佛事的机会，号召群众夺占了砀山县城，并且俘获了典史江应元，起义者没收官库物资，开仓放粮，附近百姓欢喜不尽，清廷在徐州的地方统治受到了很大的打击。后由于起义者的麻痹，疏于戒备，被清军和当地的乡绅里外夹击，砀山失守，起义军战败四散而逃，吴任之也逃跑了，起义失败。
在甘肃，1648年（清顺治四年）爆发了由米喇印、丁国宝等领导的回民起义。清军在陕、甘地区击败李自成的反清武装之后，明朝旧臣和西北边疆各族仍继续反清。甘州（甘肃张掖）副将、回民米喇印，趁清军大部入川进剿的机会，联合回民丁国宝等，聚众起义，起义者迅速增至10余万人。回民义军杀死清朝巡抚张文衡等大批官吏，使满清朝野震惊。回民们又拥立原明延长王朱识錝，以“反清复明”相号召。丁国宝串一部分义军守甘州，并东进攻克附近的地区，杀官劫府打击清军。起义军一鼓作气，连克凉州（甘肃武威）、兰州、狄道（甘肃临洮）、巩昌（甘肃陇西）、岷州（甘肃岷县）、渭源、通渭、洮州（甘肃临潭）等10余个州县。
清廷在震惊之余，下令镇压。清陕西总督孟乔芳奉令调集陕、甘清军前往围剿，但遭到起义军的反击。清廷又调满州八旗兵及外蒙古军集中于秦州（甘肃天水），然后重点进攻起义军活跃的地区。米喇印的义军不敌清军的强攻，退守靖远，但在水泉堡（甘肃靖远东），义军又与清军遭遇，激战的结果，米喇印战败，被俘牺牲，这一支回民部队因此而溃散瓦解。八月，清军又集重兵围攻甘州，与此同时，在狄道又兴起一支以“闯榻天”为领袖的回民义军，清军防不胜防。为了保卫甘州，以丁国宝和黑承印为首的回民武装在甘州城内与清军对峙了半年之久（自顺治五年八月至六年正月）。清军一面攻城，一面诱降。然而城内义军宁死不屈，清军无计可施，清军恼羞成怒，下令疯狂进攻。战斗激烈时一日攻达10余次之多，清军和义军伤亡都很大。最后，城内守军因孤立无援，人力、物力损失太大，被迫放弃甘州，退至肃州（甘肃酒泉）。在肃州，义军与当地维吾尔族群众联合抗清，并积极响应山西大同姜壤的反清之变，反清斗争又趋高涨。到顺治六年（1649年）十一月，肃州城终于被清军攻占，丁国宝等起义军将领战败，被俘栖牲。不久，狄道的义军也被清军残酷镇压。这样，关、陇一带轰轰烈烈的抗清起义宣告失败。
清军进剿西安后，陕西各地农民军受到了血醒的镇压，因为这里是明末农民起义的发源地，是清廷重点围剿之地。但西安人民以及西安周围山寨农民奋起抗清，以后又有陕南农民军团结明朝旧将在五郎山起事，并配合其它义军，围攻西安长达7个月之久。
总之，在李自成大顺农民政权反清斗争的影响和推动下，河北、河南、山东、山西、陕西等北方各省的农民纷纷举起抗清义旗。各省的农民起义此起彼伏，虽然各自为战，没有统一的指挥和协调，并且均以失败告终，但这种抗清斗争发生手清军入关后不久，破坏了清朝统治的稳固性，给清军以沉重的打击，阻止和拖延了清军的南下，从而有利地配合了南方各族人民的抗清斗争。因此北方各地的农民起义是抗清斗争的先锋和主力军。