尽管康熙对吴三桂举兵叛清，采取了一系列军事措施，但是还不能很快见效。而叛乱正在迅速的扩大，逐渐的自南向北蔓延。
湘鄂风云突变康熙十二年年终的除夕，马宝等所率领的吴军，东进攻占了清浪卫，逼近了沆州（湖南的芷江），此处是由贵州进入湖南的要地。在此之前，湖广蔡毓茶曾派彝陵总兵官徐治都，永州总兵李芝兰率兵应援，但两部的兵马迟迟未到。沆州只有总兵崔世录一人防守，康熙紧急指令，要桑娥领兵疾赴沆州，协同固守。但是由于吴军进展迅速……没等桑峨援兵赶到，沆州已被吴兵攻陷，该城总兵崔世录被俘。澧州（澧县）与辰州（沆陵）之间的交通已被吴军切断。这是吴三桂叛清的沆州之战。
吴军的迅猛攻势，吓得清政府的官兵胆战心惊，闻风而逃。驻防长沙的偏沆巡抚卢震为保性命，擅自放弃守土之责，当吴军还远在沆州一带，他竟丢弃长沙于不顾，逃到岳州去了。康熙听到后大怒，下诏逮扑卢震治罪。同时他又马上考虑到“武昌重地，不可不予为防驻”，特命都统觉罗珠满领兵速往武昌，“保固地方”，倘吴兵众多，不得轻战，若吴兵不来，可于岳州（岳阳市）以北，“选水陆要地驻防”。在康熙的严督下，清兵向岳州集结，前锋统领硕岱部于康熙十三年正月二十四日抵达荆州，护军统领伊尔度齐的兵、护军统领额司泰的兵分别于二月初一日、初二日前后到了荆州。接着康熙又命令他们拨出部分兵力，加强常德（今湖南常德）的防御。卢震虽然潜逃，但长沙仍在清兵之手。
康熙很重视长沙，他认为长沙是武昌咽喉之地，又为武罔（今仍名）、宝庆（邵阳）州郡水陆要途，并且壤连粤西，又命他们进驻长沙。正月二十日吴三桂离开贵阳到了镇廷，督令将士继续北进，指示总兵杨宝应进攻常德，杨宝应奉命直取常德，其父杨道明为内应，一举攻陷常德，知府翁应北投降，清兵四散逃走。
二月初八日，吴三桂又命夏国相率部夺取常德以北的澧州。吴兵到了澧州，兵不血刃，城内的清兵献城易旗投降了吴军，清兵将领桑峨、总兵官周邦宁率部从常德还至澧州城外时……看见吴兵的军容甚盛，自感一旅“孤军不能迎敌”，“不得不退回荆州，向清廷告急，请求”大兵星驰赴援。
继澧州被吴军占据后，吴将张国柱又率部攻陷了衡（今湖南衡阳市），然后挥师进据长沙……原来，偏沆巡抚卢震逃走后，长沙只有副将黄正卿，参将陈武衡留下守城，当下吴军近在咫尺，全城人心惶惶，官兵已无心守城，即使康熙虽命吏兵两部传达他对长沙地区文武各官的指示：“逆贼吴三桂虚声恫吓，以致巡抚卢震弃地潜逃，已行孥究。湖南各文武官员仍能保百姓，固守地方，允称尽职，事平之日，从优加典”。但是，援军迟迟不到，当地军民无心守城，守城将领黄正卿、陈武衡不想为清廷出力，连同部属和长沙城池都献给了吴军。长沙的失守，在于清廷的援兵行动迟缓，畏缩不前。当康熙遣派都统觉罗巴尔布、护布统领伊尔度齐等率部到荆州时，常德、澧州尚未失守，如按康熙的指令，兵马稍事休息，就迅速渡江，赶赴常德、澧州，两州不致于很快的就失陷。但是他们到达荆州后，却“迟迟不前”，给吴军造成了有利时机，长沙空虚，吴军无须进攻。守将就献城投降，所属的士兵和战船统统归属了吴军。吴三桂的大将张国柱与夏国相进驻了长沙。常德、长沙“扼湖湘之险，当水陆之冲”，两城一失，“金楚之势”却转到了吴军方面。
吴三桂于二月间，“日夜兼程，突逼（辰州）城下”，守城的清兵“士卒解体，孤城无援”，辰州被吴军一攻即破。到二、三月间，吴三桂又亲自到常德、澧州等地督战，“兵锋甚锐”。
康熙十三年三月初，吴三桂命大将吴应期与张国柱以水陆大军并进，谋取洞庭湖三滨的重镇岳州。他们到达岳州后，秘密派人遣入城中策反，该城的参将李国栋“私行纳款”，把岳州献给了吴军。
从康熙十二年底，吴军首陷沆州后，到了第二年即康熙十三年三月，在3个月的时间里，吴三桂挥军长驱直入，接连攻陷沆州，常德、辰州、长沙、岳州、衡阳等战略要地，而清兵未集，“处处无备”，“5000里无只骑拦截”，所得之地，清政府的将吏非苎即降。清朝兵部惊呼：“吴三桂反叛以来，湖南绿旗官兵多附贼”。“湖南全境皆属三桂”。这是吴叛清的湖南之战。
吴军在湖南的全胜，就象一道冲击波，引起了连锁反映，那些不满清王朝统治的人们，乘时而起……。
与湖南仅一江之隔的湖北一些地方，已经或正在酝酿斗争。当吴军胜利的进入湖北省的时候，康熙十三年三月十五日，襄阳总兵官杨来嘉在谷城（今湖北省）宣布起兵、响应吴三桂。关于杨来嘉降吴，康熙早在吴军陷常德、澧州时就有所察觉，特密令大将军顺承郡王勒罕锦密切注视他的动静。康熙指出，杨氏才能平庸，所部官兵大都“藐玩”，恐有变故，要勒尔锦加强襄阳的防御，时刻提防杨氏。果不出康熙所料，在吴军攻占长沙时，他与郧阳（今郧县）副将洪福串通，在谷城密谋起兵。幸亏襄阳早有御防，他的计谋没能全部得逞。
三月十九日，继杨来嘉公开叛清后，与他合谋的郧阳副将洪福也以所部清兵叛于郧阳。在此之前康熙曾指示兵部：“郧阳地介三省（陕西、河南、湖北）中多旷土，山谷拒塞，奸民易于啸聚”，可能有与吴军相呼应的，或可能吴军乘间进犯，将提升佟国瑶为提督，驻于郧阳城内“弹压”。康熙不幸而言中，洪福一起兵，就率所属清兵千余人围攻陨阳提督佟国瑶的衙门。佟国瑶同游击杜英仅以300多名标下亲兵同多倍的叛兵激战。战斗持续20日还没有攻下，洪福怕清军来援，不敢恋战，引兵撤退，投往吴军去了。
四川兵变湖北的杨来嘉、洪福的叛变，都被清兵击退，并没引起更大的骚乱。严重的局势是发生在四川。吴三桂一起兵，康熙就十分关注四川，他认为四川与云南接壤，估计到“贼兵必犯巴蜀”，先调驻守西安的西安将军瓦尔喀火速进川，指示他凡自云南入川的险要之地，“俱行坚守”。原令副都统科尔良驻防太原，他还未及起程，又改赴西安，接替瓦尔喀守西安酌职务。康熙仍不放心，又续增都统赫叶及瑚里布、穆占、副都统廷布率京城官兵同往四川。此路军由赫叶、瑚里布统辖，西安兵由瓦尔喀指挥，两路军应尽快会合，“同心协力”，守住四川。赫叶与新任命赴荆州增援的勒尔锦同一天离京出征。临行前，康熙又亲行告祭礼，出西长安门，目送两将军出城，又派内大臣，礼兵两大臣在郊外设酒饯行。康熙的这一举动，表明了他对四川省看成如同荆州一样的重要。
正当赫叶等离京动身的时候，四川的巡抚罗森急派人到了京城，报告了全川的军心不稳，颇怀异志。康熙惟恐情况有变，紧急下令催促副将瑚里布等选轻骑先行，速赴四川。
还没有等到援兵赶到四川，已传来四川提督郑蛟麟与川北总兵官谭弘合谋叛清的消息。谭弘和郑蛟麟都是原明朝的将领，他们在满清入关前后分别投降了清廷。吴三桂反清后，于康熙十三年正月派王屏藩进兵四川，策动叛乱。谭、郑合谋响应，接受了吴三桂的官职，谭被封为“川北将军”，蛟麟被封为“总督将军”。
几乎与谭、郑投降吴三桂的同时，四川的巡抚罗，森、总兵官吴之茂也都先后投降了吴三桂，他们降吴后，也受到了重围。由于罗森、郑蛟麟、谭弘、吴之茂是四川的军政长官，他们率先叛清，所以他们属下的官兵和各府州县的官员也都随之而叛了清廷，这时全川都纳入吴三桂的控制之下。他们声言：一出汉中，一下夔州。声势确是逼人。
康熙一面催令将军瓦尔喀继续向四川进兵；一面嘱咐他向郑蛟麟招抚，派人前去传达朝意旨：“你虽反叛，朝廷仍念及你从前效力，卓有成绩，一时处于被迫胁，也是情由可原。你在京的子孙家产并没按法没收和逮扑。可将朝廷派往四川的兵部郎中托必泰尽速遣还。否则大兵压境，克复城池，后悔莫及”。康熙的这番好意，不用兵力，仅用语言是打不动他的心的。直到他兵败以后，才又投顺了清廷。
吴三桂发动的叛清战争，以迅猛之势，继续向中国的北部蔓延、发展，一直深入到畿辅……清政府的心脏——北京！密谋暴动、叛变的事件不断的发生，造成清廷的统治险象丛生。
吴三桂起兵叛乱仅3个多月，已领有云南、贵州、湖南、四川四省，事情还没有到此结束。不久，福建、江西、渐江、广东、陕西等省或地区相继叛清，超越了河南、河北，直到清廷的心脏北京，更远至长城以北，也燃起了叛乱的峰火。这次由吴三桂发动的叛乱，发展之快，来势之猛，波及之广，规模之大，都是空前的。它已远远的超出了吴三桂与清廷之间的利益之争。从广义来讲，它显示了汉民族同异民族统治者的再次大较量。各个阶层的汉民族参加了这场斗争，虽然他们各自目的不同，但是在消灭清廷这个总目标上，却是不约而同的取得了一致。所以单是吴三桂一个人的利益不致引起全国范围的大乱，也不是他个人的力量所能动员千千万万的人来参加他的叛乱。他的行动，不过反映了清朝统治下的汉族人民的普遍心理和要求，也是人们对清政权不满的总爆发。归根到底，吴三桂起兵，是代表原明朝官僚士代夫们的根本利益，反映了他们的意志和要求，而且耳是以吴三桂为首的这批人掌握着领导权，从这个意义上来说，这场战争，是清朝统治阶级中两个集团、即以满族贵族为核心主导派，与原明降官降将为非主导派的权力之争，也是中央集权与地方割据势力之争。另一方面这场战争，重新又给全国各族人民特别是广大的农民带来了无穷的灾难。故吴三桂主动发动的这场内战是不足取的。
称雄广西广西地接云南、贵州形同一体。所以一发难，康熙就想到了广西……力图固守广西，以牵制和阻止叛军北进。他毫不疑迟的任命孔有德的女婿孙延岭为“抚蛮将军”，令其坚守。他以为加恩重用，孙延岭就一定能效忠于朝廷，不会发生变故。他不时的关注广西方面的军情。康熙十三年二月二十一日，他还给孙延岭、都统钱国安、巡抚马雄镇、提督马雄等广西军政要员发出指示：“保固粤西，唯你们是赖。今大兵已抵武昌、倘贼犯武冈（今湖南武冈）、宝庆（今湖南邵阳），你们即率所部官兵，进剿叛军之后，大兵迎击于前。量此逆丑，自可克期扑天。你们身在地方，必有确见，要同心协力，谋定而后行动，以副朕倚任之至意。事平之后，自将以至率伍，朝廷都不吝重赏。凡有机密军情，可报告给宁南靖寇大将军勒尔锦”。康熙的指示，表达了清廷对他们的重托和殷切的希望。他具体指授了方略，要他们捣吴军之后，而清廷的援兵迎击于前，两下夹攻，以消灭叛军于湖、粤之间。但是吴三桂的战略出乎康熙的意料之外，吴军撤下武冈、宝庆等地，直奔沆州、常德一线，清军的增援也迟迟未到，故康熙的战略计划也随之落空。即使如此，如果孙延岭坚守住广西，对吴军的后方也将构成一重大威胁。
康熙万万没有料到，就在他发出上一指示的数日后；二月二十七日，孙延岭据桂林叛变了清廷，投向了吴三桂。二月二十八日，孙延岭诈称议事，把诸将都骗到他的府中，事先埋伏下精兵，准备下手。议事完毕，当诸将起身离座时，孙延岭布置的伏兵齐出，堵住门，并冲上前去，刺杀毫无戒备的参加议事的将官。王永年首当其冲，最先被伏兵杀死。几乎同时……副都统孟二茂、参领胡同春、李一第等30余人都被伏兵迅速地歼灭。紧接着孙延岭又派兵包围了广西巡抚马雄镇的衙署，一点也没有防备的马雄镇和家属被围在他的院内，束手无策……孙延岭出示了吴三桂的命令，要挟马雄镇投降。马雄镇料知自己很难逃脱，只能让儿子设法逃出虎口，趁孙部围守不严，其长子马世济偷偷溜出衙署，辗转到了江西赣州，江西巡抚董卫国将广西情况紧急上报清廷。康熙才知道广西发生了叛变，立即遣使到江西，护送马世济进京，当面听取了报告。
又过了数月后，吴三桂督令孙延岭尽快采取军事行动。他下令出兵攻打平乐等地。两广总督金光祖闻讯，派人火速进京报告，孙延岭起兵月余后，康熙才下令讨伐孙延岭。他对孙延皊的政策是必须予以镇压，特命广东的平南王尚可喜、两广总督金光祖、提督成雄会商，如有“可剿之势”，即速进兵广西，剿灭孙延皊；如一时不能速进，可等朝延发去大兵后，“协同剪灭”。他又传谕马雄，要固守所守地方，“相机灭贼”，倘抵御不住，可率官兵赴广东，与尚可喜等协守广东。
孙延皊叛清时，广西提督马雄没跟着从叛，他们之间素来就不和睦。当孙延皊派人前往柳州，勒令马雄从叛时，遭到拒绝，孙延岭大怒，率兵进攻，被马雄击败。但是，广西巳属孙延岭的势力，马雄独立难支，当吴三桂兵进广西时，声势正盛，他无法守住柳州。他派人前去湖南请降吴三桂。三桂大喜，立授马雄为“怀守公”。广西的都统钱国安亦步其后座降吴。
这个时候，福建的靖南王耿精忠也叛清作乱，并向江西开展了进攻；吴三桂又在湖南督战与清军相持，牵制了清朝的大批的援军，故此未能如康熙所愿进兵广西，孙延岭也才能得以维持下来，称雄广西。自称“安运大将军，向广西的平乐、梧州等地各处发布命令，起兵反清。他招收万洋山土寇，派去部分旧军，把他们组成五旗，每旗兵士2000人，纵容他们分掠附近各县邑。他又自封为”安运王。吴三桂给广西各州府颁发印信，授其党羽傅奇栋为广西巡抚，李迎春为布下政司法，程可则为按察使。
由于孙延皊与马雄相继叛清，钱国安刚刚病死，广西“守土文武官员或望大兵赴援，或被群贼胁从，不复与延岭为敌”。但是孙延岭和马雄仍然对立，互相攻击。据来自两广总督金光祖派人哨探的可靠消息，直到康熙十三年十一月初“孙逆调兵前去征剿马提督”，结果又被杀败。
吴三桂本来就看不起孙廷岭，他很看重马雄。但是为了共同的利益，他还是力图调解两人的矛盾，可是却收效甚微。吴三桂为了夺取湖南战场上关键性的胜利，屡次命令或迫胁孙延岭出兵湖南助战，孙延岭总是“以部众不从”为借口，婉言拒绝。由此吴三桂对孙延岭很恼火，并且逐渐起了疑心，密令人时刻注视孙延岭的动向。
孙延岭叛清原不是很坚定的，起因还是从王永年等人参劾他而引起的，他不过只想借助吴三桂的势力以逞私怨、报私仇，其妻孔四贞由于他父亲在世时与清廷关系密切，也不愿落个“叛贼”的恶名。她还顾虑到孙延岭的所作所为会给父亲孔有德的一生英名带来损害，因此，她感情深处并没有跟清廷彻底决裂。孙延岭在家中俱怕孔四贞，毫无疑问孔四贞的思想对他有所影响。孙延岭起初对吴三桂俯首听命，随着他的势力增长，也不那么听从吴三桂了……这一切吴三桂都看在眼里，表面上，还是一如既往宠信他，心里却在谋划除掉他。
孙延岭的思想转变，又想归顺清廷，这事很快的就被吴三桂侦知，他密令从孙吴世琮赶赴桂林，将孙延岭除掉。吴世琮明里是来调解孙延岭与马雄之间矛盾的，使之讲和。吴世琮到了桂林后，没有进城，把所带官兵都安置在城外，派人进城请孙延皊前来议事。孙延岭不知是计，所以接到邀清后，就出城面见吴世琮。世琮敷衍了一阵，孙延岭也未疑心，他刚上马，吴世琮早已安排好的人，一使眼色，杀手趁孙延皊不注意，从背后一剑刺去，穿透前胸……延岭当即扑倒在地身亡。孔四贞善骑射，吴世琮对他很客气，不准部下伤害她，并把她和有关亲属都护送到昆明。吴世琮派他的属下将官李成栋留守桂林，而孙延皊的部众仍由孔有德旧部将领统辖。吴世琮又召见了被监禁的原广西巡抚马雄镇，转述吴三桂的旨意，好言劝他投降。马雄镇大骂反贼，宁死勿降，结果全家被吴世琮杀害。
吴三桂除掉了孙延岭，杀害了马雄镇一家，从而把广西全省置于他的直接控制之下，他解除了后顾之忧，便专力于湖南战场，同清军展开了战略争夺战。
靖南王东南易帜吴三桂发动叛乱时，康熙的注意力都集中在湖南、四川、陕西、江西诸省，他频频调兵遣将，意在加强这些地区的防御，而对福建方面还未注意，未发过一道指令。很显然，他未估计到福建方面可能出现不测事件。他大概认为，长期住在北京城的耿精忠，一来年轻，二来清廷给予他的恩蕙不少，料他还不至于挑起事端。事情确实出乎他的意料，正当他正在忙于上述地区的防御。康熙十三年三月，杭州将军图喇传来惊人的消息，耿精忠占据福建反叛。福建总督范承冀被幽禁、福建巡抚刘秉政从叛……
耿精忠是耿藩的第三代王，康熙十二年，他听清平南王尚可喜将撤藩回辽东，也被迫请求撤藩。吴三桂起后，康熙停撤平南和靖南两藩，仍命他镇守福建。吴三桂起兵，立了旗号……马上派人飞驰福建，呈上他的信，诱耿精忠共同起兵反清。本来，要求撤藩不是他的本意……福建是他利益的根本所在，关外对他来说，是完全陌生的异域之地，撤藩北返，无疑对他是一个严重的伤害。在撤藩问题上，他跟吴三桂有着共同的利。而吴三桂首先采取行动，向清廷撤藩表示坚决的抗争，这对耿精忠是一个极大的鼓舞，也就是说，吴三桂的行动，充分反映了耿精忠内心的情绪和愿望，代表了他的利益。所以说，吴三桂起兵，至少说耿精忠是同情者、支持者。更何况吴又约他起兵，更是一根导火线，点燃了他内心的不满之火。也可能是他准备不够，或者是看一看形势的变化再说。总之，他没有立即起兵，而是在吴三桂起兵四个月后，才采取行动。
耿精忠接受了吴三桂密约后，进行一番秘密的筹划。参与决策的有他的左翼总兵曾养性……右冀总兵江元勋、参领白显忠、徐万耀、蒋得、王振邦、王世瑜等人。耿精忠的母亲周氏知道了儿子的谋划，很是生气，多次责骂他，力图阻止他的胆大妄为。但是精忠根本听不进去，周氏气愤之极，绝食而亡。
康熙十三年三月十五日，耿精忠在福建宣布同清廷脱离关系，势不两立。
耿精忠属下诸将官都随他叛清，地方的大员也多投降，他把不愿和他从叛的福建的总督范承漠囚禁起来，就再无人敢反对他，若有不从的，马上就被处死。耿精忠大权在握，自称“总统天下兵马上将军”，比吴三桂自称“元帅”自低一格。他效法三桂，蓄发易衣冠，改穿明朝的服饰。自己铸钱，叫做“裕民通宝”。
耿精忠大封从叛的将领，以曾养性、白显忠、江元勋为将军；所属佐领黄国瑞、林芳孙……李似桂、廖廷云、护卫吕应计、夏季旺、陈斌、长史陈羲等一大批人，都加给新的职务，分授都督，总兵官等职。耿部的叛变，进一步加深了清政机的危机，康熙对此当机立断，迅速作出反映。一面削其王位，发通告致讨；一面派“定南将军”希尔根统领大兵由江西、“平南将军”赖塔由浙江、“平寇将军”根特巴图鲁由广乐等三路进剿福建。“耿精忠歼灭，在于旦夕”。另外又用力招抚，使他悔罪顺，他指示兵部，尽速“传谕耿精忠，果能追念累朝恩德及伊父忠荩遗言，革心悔祸，投诚自归，将侵犯内地海贼（指郑氏兵）速剿图功，即敕免前罪，视之如初”。
于是，兵部奏遣工部郎中周襄绪、原耿精忠属下一等护卫陈嘉猷携带康熙的诏书到福建……去招抚耿精忠；康熙又指示进剿福建的赖塔等将领，不要因为派人去招抚而延缓进兵，直至耿投降为止，如不降，就坚决消灭。耿精忠既然反叛了清廷，岂肯轻易投降！康熙派遣的周、陈二人到达福建后，就被耿精忠扣留，对清廷的招抚置之不理。
康熙对耿精忠采取了招抚与镇压的两手策略，他在派使臣去福建招抚的同时，已布置三路兵马进征福建，命浙江将军图喇驻杭州，兼防海疆。到耿属叛乱，全国的形势，已经是叛乱四起，清政府的兵力已是不够用，不得不调动北部边疆的宣府、山海关等处的兵马，以加强进剿福建的兵力。
正在康熙调集兵马征讨时，耿精忠已经开始了军事行动。他与吴三桂约定，双方配合作战，他主攻邻近的浙江、江西两省；跟广东潮州的总兵官刘进忠联络，命令他煸乱广东、广西；遣使渡海，约台湾的郑锦政权进攻大陆，许以福建两部沿海各郡邑割归郑氏政权；又向南取系琉球王国，索取军需，以为外援。耿精忠的这个战略方针，点燃了东南沿海的熊熊战火。他的兵马还没动，已向所属府州县和其它省份发出起兵的檄文，使福建全省顿时陷入混乱，且迅速的波及到邻近省浙江、江西、广东等省。地方守土的军政官员纷纷响应。从康熙十三年五月到年终，沿海各处叛变的消息不绝于清廷官方的报道。
五月，浙扛平阳兵变，总兵军蔡朝佐被擒；六月，浙江温州所属罗清营相继降精忠，黄岩（即黄岩，今属浙江）总兵官所属太平营亦变；七月，浙江嘉兴、湖州两府“土贼猖獗”；八月，江西饶州（鄱阳）营兵变，“贼势猖獗”；宁海、象山、新昌、余杭（均属浙江）四县“贼众蜂起”。
耿精忠叛清，为吴三桂开辟了东线的第二战场，形势变得对吴三桂更加有利。耿精忠的军事行动，首先是从福建省开始。他派曾养性、白显忠、江元勋等人为将，分别占据福建的中部和偏西北的延平（今南平）、邵武、福宁（今霞浦）、建宁、长州（今长汀）各战略要地。未进兵的地区凡檄文所到的地方，纷纷响应。
在很短的时间内，福建全省都背叛了清廷，投降了耿精忠。
接着耿精忠出兵江西、浙江。他以白显忠为将出西路，政江西。白显忠派出部将李连、李太等进犯建昌（江西南城）、广信（江西上饶）等地。以马九玉为将，出仙霞岭中路，进攻浙江金华、衢州（今衢县）等地。又以藩下的都统曾养性率部万余人为东路，攻入浙江，专攻沿海地区。曾养性沈阳人，他是耿精忠叛清的主要参与和策划者之一。此人十分骁勇善战，深为耿精忠所依重。起兵时，封分为都督。他奉命攻入浙江，先至平阳，该城游击司定猷献城投诚，两处兵马合在一起渡飞云江，围攻瑞安。久攻不下，又转赴温州。温州守城的总兵官祖宏勋开城迎降。于是耿兵势大振，聚合兵丁10万，挥师北上直奔台州（今临海）地区，攻战了乐清，长驱直入到了天台、仙居，又北上攻取了绍兴府属嵊县。他联络了宁海、象山、新昌、余姚“土寇”，授于其首领鲁朝全、褚楚白等为总兵官、郝督，指使他们骚扰绍兴、宁波。他又分遣部众攻金华，自率一部攻取黄岩，该城守土的总兵官阿尔泰投降。他又西进到了常山，率兵2万，第二次进攻衢州。到康熙十四年初，曾养性横行浙江，攻势达到了顶点！清军不惜一切代价，与耿藩的叛军展开了激烈的争夺。
联郑联盟台湾的郑氏政权，从郑成功到他儿子郑经，一直坚持奉明朝年号……力图反攻大陆，恢复明朝政权，但是由于兵弱将微力不从心。正巧耿精忠起兵，很想借助郑氏政权的力量来壮大自己的势力，约他重返大陆，共同攻击清政府。郑经和他的谋臣非常高兴，把它看成是千载难逢的大好时机，便毫不迟疑地委派大臣冯国轩率领1万人马，渡海从福建沿海登陆，占据了漳州、海澄（海龙）、同安、绍安、泉州及建宁等处，有大小船100余只，驻守洛阳桥附近，招兵买马，号召当地的壮士入伍反清。
耿、郑联盟，时间只有几个月，就破裂了。原因是耿精忠以盟主自居，向郑经发号施令……封郑经为大将军，派人送去敕印。但郑经很不服气，说：“靖南王乃食清朝的俸禄，且系明朝的叛逆，为何封我郑经！”心中甚是恼怒。郑经以实力和领有的地盘，自然不肯屈足于耿精忠之下，何况耿为明朝的“叛逆”，而自己是堂堂正正的明朝的海中孤忠，岂肯受他的敕封，他自感受辱。他们之间又在是否尊奉明朝的问题上加剧了矛盾，以致闹到公开指责的地步。进据漳浦，海澄郑经的守将出示布告，在声讨清廷窃据中原的一段文字后，先赞吴三桂“隐忍滇黔，生聚训练，三十余年如一日，合千万姓为一家，静候天时，暗奉嗣立（指朱氏后裔），孤忠可鉴，大义不磨”。接着布告就指责耿精忠“建旗之后，”颁发命令，“俱称敕旨”，皆用皇家专用的黄绫，“从不遵大明正统”……他“妄自尊大”把我等视为“附唐”，“僭称尊号”，已可见其人之心！布告中还说，他们只“遵照吴王原檄布，中兴大义，惟郑王为监主，复我大明300余年之基业，澄清东南之半壁”。布告要求他们所占领的各邑郡文武官员士绅百姓要“同恩水木本源，共作王家柱石”。
布告反映了台湾郑氏的政权的基本立场，声明不再与耿精忠合作，只愿与吴三桂联合，共扶明后，恢复明朝的基业。可能限于当时的交通不便，郑氏政权还不知吴三桂已无意复明的确切消息。耿精忠很提心郑兵和清军的夹攻，便求吴三桂的帮助。吴三桂从他的利益考虑，当然不希他们之间互相攻击，就派孔曾钱点到福建做两家的和解工作。但在这时，郑氏已经知道了吴三桂的政治意图，已开始对吴不满，郑氏大将刘国轩说：“吾家在海外数十年，称奉明号，今吴号‘周’，耿称‘甲寅’。所以我带兵来是要攻你们俩家的。如你们归正奉明号，我不难进镇江，上南京，否则你们两家都我的敌国。”因吴、郑、耿各持一端，各有企图，政治目标不统一，这就在反清的阵营中出现了不可调和的原则分歧，这个分歧，最终导致了他们的彻底失败。
正当叛乱集团内部矛盾日益尖锐的时候，清廷方面都加紧了对耿藩的军事进攻。从康熙十三年七月后，清军在江西、浙江战场开始取得进展，不仅顶住了耿军韵进攻，连连取得了胜利，而且还收复了一些失地。虽如此清军还没有从根本上扭转战局。
从双方的战斗中，可以看出耿军的战斗力也很强，它借助于军队数量上的优势和各地的响应，使它还能和强大的八旗兵周旋，败而复来，清国剿不胜剿，故而短期内不能有明显的收效。为此，康熙指示康亲王杰书说：“浙江贼寇，在在窃发，骚扰地方，皆由耿逆未天之故，若剿除耿逆，则小丑自灭。”他要杰书等将领，或固守金华诸处，由仙霞岭、分水关入闵；或固守杭州、衢州，从金华进克温（州）、处（州）。平定浙江，剿天闵贼，听大将军酌量速行。
由于耿军在同清军的反复争夺中，实力有所消耗，军需物资供应不足。而清廷对耿精忠又采取了一面不放松军事上的进攻，一面又加紧做招抚工作，所以耿军和清军在江西、浙江战场处于拉剧的形势。
尚之信广东叛清三藩中，已有吴、耿两藩先后叛乱，唯有平南王尚可喜镇守广东按兵不动。在吴三桂起兵的时候，就分别遣使到福建、广东，策动两藩同反。吴三桂非常需要他们的支持，有了他们的参加，他将如虎添翼，就可以横行天下。他知道，清廷撤藩，伤害了他们的共同利益，所以他相信，在这个问题上，他们三家的想法是一致的。他万万没有料到，尚可喜断然拒绝参加叛乱。康熙十三年四月，他把吴三桂的来使和约他起兵的“逆书”一并解往北京，报告给清廷。在广西孙延岭、福建的耿精忠公开叛乱后，尚可喜再次向朝廷表明态度，跟他们划清界限。
广东位于广西和福建之间，北与湖南江西相邻。孙延岭、耿精忠已叛，而吴三桂的兵马又集结湖南境内，这就使尚藩处于叛乱势力的包围之中。当他得知吴三桂派遣2万人马屯扎黄沙河时，立即向清廷报告，如果“孙吴二逆合兵一处，则势益猖獗”，他请求就近调援兵……速来广东会同他一起剿灭“孙逆”。
在尚可喜的支持下，广东的局势还维持着稳定。可是，事隔不久，广东潮州（今潮安）
总兵官刘进忠于康熙十三年四月二十日公开举兵叛清。刘进忠跟耿精忠早已建立了密切的关系，一听说耿藩有变，就先派心腹杨峁震赴福州，与耿精忠联络，以献潮州土地为条件，给他将军的名号。精忠大喜，立即答应。于是，刘进忠就在潮州城内密谋发动叛乱。密谋被驻在城内续顺公沈端侦道，就与游击李成功、张善继密商对付刘进忠的办法。四月二十日双方爆发了武装冲突，在城内展开了巷战，沈端兵败被浮，李成功等被杀，耿精忠已派漳浦总兵刘炎统兵应援，二十三日刘进忠把福建的兵马引进了潮州城，兵势大振，精忠授刘进忠为“宁粤将军”。
刘进忠把耿兵引进了广东，直接危及到广东的安全。尚可喜派次子都统尚之孝统兵征讨刘进忠，屡挫叛军。康熙十三年七月，先后收复了程乡、邻近福建的镇平（蕉岭）和邻近江西远（今平远附近）等县。尚军副都统尚之节自程乡间道入福建，沿途恢复了大埔县（广东大埔北），抵达三河坝，迅速逼近潮州。十月尚藩属下总兵官王国栋在潮州城下同刘进忠部与耿郑军的联军激战三战三捷。十一月，尚之节进兵潮州府，攻下东津笔架山、洗马桥等地方。
巡抚刘秉权、王国栋等攻破潮州城南凤凰州木城2座、击毙都督金河臣等，歼灭叛军5000余人。副将何九衢恢复了潮州府的澄海县。
在尚可喜的总指挥下，尚之孝、尚之节和诸将连战连捷，刘进忠、耿精忠及台湾的郑军连连受挫。为此受到了清廷的特殊嘉奖，特命尚可喜进爵亲王。以此鼓励尚氏父子继续效力清廷，这对平定吴三桂的叛乱具有重要意义。
尽管尚可喜父子得到了清廷的特殊礼遇，更加拼力征剿。但是他的努力，并没有从根本上改善广东日益严重的局势，以刘进忠为首，在广东掀起的武装叛乱，使广东全省人心惶惶不安，流言四起，隐藏在山中的“土寇”，乘机煽乱，其中也不乏反抗清廷及地方官吏残暴的起义。广东处于极大不稳定状态之中，且大有蔓延之势。尚可喜调兵遣将，剿不胜剿。
广东的形势在继续恶化。尚之孝统兵围潮州，刘进忠负城顽抗，连战连败，如果清军能及时破城，是对平复全省的形势有利的。但是惊慌失措的刘进忠求救于台湾的郑经，郑氏派大将刘国轩、赵得胜、总兵何祜率众万余来救援。尚之孝因双方的兵马悬殊太大，无力对抗……于是退到普宁（今普宁北）。接着六月又有高州总兵祖泽清叛清投靠了吴三桂。招引来了广西的叛将马雄、董仲民、李廷栋、王洪勋，郭义等将官，并拥有兵马数万，连续攻陷雷、廉……德庆、开建、电白诸郡县，尚军屡战失利，叛军直抵新会、潮州。郑氏将军刘国轩与刘进忠二部合兵一处，又于春节前夕，攻破尚可喜的普宁大营，乘胜追至惠州的博罗。新会和博罗是广州的外围地区，叛军一举占领，使省城广州受到严重的威胁。
广东叛乱的蔓延，正向广州逼近，而尚可喜恰在病中，尚之孝又远在潮州，广州空虚，他焦虑煎熬，计无所以，向清廷连章告急，要求援兵，康熙先下令从江西兵中抽调精锐，由副都统额赫纳统领赶赴广东救援。此后又加派援军，令驻在山东桂州的部分骑兵和蒙古兵700名调赴江宁（今南京市），而现驻扎在江宁的每佐领骁骑兵1名、蒙古兵600名、以及驻扎在徽州、池州的满州兵和蒙古兵700名，总计约3000余兵马，数量不多，却是精锐，由“平寇将军”哈尔齐统帅驰赴广东，康熙并加严令：“如有稽迟，坐以失误军机之罪。”
康熙的谕旨还没到达广东，援兵也正在调遣中，广东的形势却进一步恶化。吴三桂调遣兵马加紧对广东进攻，矛头直指肇庆而逼临广州。肇广离广州不过200里左右，骑兵急驰不要一天就可以到达。尤其严重的是，尚藩所辖的总兵苗文秀、副将吴启镇、游击李有才等相继叛变，更加剧了广州危在旦夕的局面。吴三桂的意图，无非是一逼尚可喜投诚归顺，二是如果不降，就以武力解决，占领广东全省。能否夺取广东对他至关重要。因为广东邻接广西、湖南、福建三省，而吴兵已进至湖南，广东足以构成对吴三桂北进的后顾之忧，因此他急于拿下广东，志在必得。
由于刘进忠、祖泽清等重要将领的先后叛变，引来台湾郑氏的兵马和广西的叛军，吴三桂从中配合督战，在很短的时间内“粤东十郡，竟失其四。”而广州“省会一区，亡在目前，人情汹汹，俱无固志”。
吴三桂对尚可喜加紧了进攻，一面施加军事压力，目的是继续逼迫尚可喜投降；一面利用尚氏家族父子、兄弟之间的矛盾，派人游说尚之信，千方百计地收买他，引诱他投降。吴三桂答应他事成之后，封尚之信为王，世守广东。尚之信作为长子没能袭爵，所以很恼怒他的父亲，嫉妒弟弟尚之孝，一肚子怒气。但他又不想变节而降，负于三朝的重恩。但是在广州濒临绝望之际，处于困境的尚藩家族，要么全家自杀，或抗后城破而死，要么投降吴三桂。尚之信并不想死，认为死而无益，名为报国，实无益于国。
他内心充满了矛盾。但是谋求王爵的虚荣心，又促使想借吴三桂的势力，夺取平南亲王的承袭权。
康熙十五年二月二十一日，尚之信在广州发动了兵变，炮击清兵的大营，派兵看守父亲的府第，外外封锁，接管了平南王的权利。并接受了吴三桂“招讨大将军”的伪号。两广总督金光祖、巡抚佟养钜、陈洪明也随着尚之信的“叛变”而投降了吴三桂。尚之信虽然叛清降吴，但是始终没有出兵对清军作战，吴三桂屡次催令甚至胁逼他出兵瘐岭，开辟新战场，同清军作战，可是他就是按兵不动，实在没法应付的时候，便出库金10万两佐叛军，以塞三桂口。他表面上天天饮酒，不问政事，藉以麻痹吴三桂“以安贼志”，吴三桂也认为尚之信酗酒无度，无大志而不以为意。
陕甘王辅臣激变吴三桂在云南发动叛乱的时候，迅速遣使各地，带着他的信和讨清檄文，约会他的旧部故交，同他一起行动。这中间还有平凉的王辅臣和甘肃的张勇。因为他俩都曾是他的部下，同时王辅臣、张勇都以骁勇善战称著。他们为人正直，忠于职守，为吴三桂所器重。吴三桂非常希望他们起兵，在西北开避新战场，可造成南北夹击清廷之势。这一形势对他将具有深远的政治和军事意义。因为王张实握西北地区的兵权，手下有强兵猛将，是二支特别能战斗的队伍，无疑将给吴三桂的叛军增添不可多得的生力军。不仅如此，王与张驻防的地方，都是战略要地和边防重镇。如果王、张二将在平凉、甘州起兵，一举可以控制西北，而出平凉，举足可以进入陕西和山西两省，迅速逼近清廷的心脏——北京，从而构成巨大的威胁，同时王、张的兵力足以牵制住清廷的大批兵力，吴三桂就可以在湖南从容攻城，而在东南沿海又有耿藩的兵马，这样一来就造成东西、南北夹攻清廷的有利态势，置清廷于不能自拔的绝境。
吴三桂满以为，凭自己往日对王、张的恩情，特别是对王辅臣的特殊礼遇，他们一定会闻风而动，听命于他。可以，他万没想到是，王、张无意从叛，而且予以坚决的拒绝。当王辅臣接到吴三桂派去的特使汪士荣递交的书信和任命扎时，没有犹豫，一刀切断他与吴三桂的个人感情的联系，立即命令属下拿住汪士荣，连同信扎，派他的儿子王继贞押解，星夜驰往北京。
王辅臣父子举发吴三桂的“逆书”，促使康熙对陕西方面警觉起来，十分重视这一地区的防务，他感到有必要派一位得力的大臣前去总揽一切事权，应付可能发生的紧急事变，他选中了刑部莫洛，授以全权，经略陕西。为了提高莫洛的地位，有利于统辖各个方面，号令专一，特加莫洛武莫殿大学士，仍以刑部尚书管兵部尚书事，兼都察院右副都御史，兼任陕西经略，赐以赦印。
陕西本来就有封疆大员，康熙却又置一经略，位在总督之上。实际上康熙是把莫洛当作他个人的代表派到陕西，行使着朝廷所赋予的最大权力。这表明康熙是多么重视陕西的防务……
尽管王辅臣父子向清廷表明态度，同吴三桂划清界限，却未能赢得康熙的完全信任。因为他知道王辅臣与吴三桂有过密的关系，他确信这种关系不会一下子断绝。康熙对王辅臣的不那么放心，这从他的军事部署和具体任命可以反映出来。
同年七月初，康熙单独给甘肃提督张勇发了一道指示：“秦省边陲重地，恐奸宄窃发，尔乃封疆大臣，朕所简任，可率所部总兵等官，固守地方，有为乱者，严行辑治，以副朕倚任股肱之意”。张勇任甘肃提督，却要让他关注陕西方面的情势，密授以方略，严防逆乱发生。尤其强调张勇是他亲自选任的，以示恩于他，表明皇帝对他的特殊信任。
对张勇如此，相反，对王辅臣却想法把他调离陕西。在对张勇发出上述密旨之前，康熙已命令辅导同将军席卜臣等赴荆州增援。后因情况有变，指示辅导不必再去荆州，或者随将军赫叶等进取四川保宁，或仍驻平凉，具体由莫洛酌遣。莫洛回奏，说四川“逆贼”正固守保宁，而广元所属百丈关诸处，有“贼众盘踞”，前往增援的兵力不足，拟将增擐的副都统吴国正和马一保的军队发往广元。
这时，突然发生了新的情况：叛军从三路来犯，已经包围了宁羌州（今陕西的宁强）。这个地方属陕西管辖，是清军入川的后路，康熙命令莫洛“速行救援”。正在保宁的莫洛得到命令，急速传令有关将领速援，先在宁羌州城外击败叛军，迫使他们撤围而逃。考虑到宁羌地关重要，康熙及时改变对王辅臣的命令，通知莫洛调遣副将雷继宗与王辅臣部固守宁羌诸处。就这样王辅臣没有去平凉，而到宁羌州驻守下来。
经略莫洛率师进征四川，在陕西的汉中与四川保宁交界的地区受阻。四川的叛军又攻占了七盘关与朝天关（两关在广元和宁羌州之间），切断了清军的饷道，驻广元的清廷援兵已缺饷二个月，屯聚略阳嘉陵江上的粮船被叛军夺去。粮饷不继，清军无法向前推进。而且处于很危险的境地。康熙急令：“定西大将军”贝勒额、经略莫洛、四川总督固有德、巡抚张德地速撤保宁的清兵，回师广元。要莫洛等人亲自殿后，以利原驻广元的清军安全的回汉中，固守阳平（宁羌西北略阳南）等处，歼除宁羌地区的叛军，“整顿士马，再图恢复”。
康熙十三年十二月初，莫洛率部至宁羌州，驻守南教场，与王辅臣兵营相距2里多路。
初四日，王辅臣的标兵突然向莫洛的军营发起进攻，愤怒的呼喊，要粮饷，要好马，蜂拥而来。莫洛猝不及防，他的亲随满兵拼力抵抗，以雨点般的箭矢将乱兵射退。于是王辅臣亲自督战，再次猛冲，砲矢齐发，莫洛也出跑，挥兵反击，一颗鸟枪流弹飞来，正好命中莫洛，当即身死。莫洛所部章京、笔巾式和兵士多死于乱阵之中。
战斗结束后，莫洛的标和运粮兵仍有2000多人，均被王辅臣劝降。十二月七日王辅臣率叛兵自安羌州撤至沔县（今陕西勉县西侧）。又从沔县北上略阳驻守。定西大将军董额随莫洛之后，撤至沔县，得知王辅臣叛变，急忙退保汉中，迅速向清廷奏报。
康熙对王辅臣的叛变，十分震惊，急忙召见王辅臣在京的儿子王继贞，从容地对他说：
“你不要害怕，朕知你父忠贞，决不至于做出谋反的事。大概是经略莫洛不善于调解和抚慰……才有平凉兵哗变，胁迫你父不得不从叛。你马上就回去，宣布朕的命令，你父无罪，杀经略莫洛，罪在众人。你父应竭力约束部下，破贼立功，朕赦免一切罪过，决不食言！”
康熙把王继贞放回，赦免其父的罪行，即已确定了对王辅臣的基本方针，力争招抚，和平解决。康熙深知，王辅臣的兵变，已对时局产生了重大影响，他甚至打算亲临荆州，指挥作战。可见这一事件的严重性，已直接危及了他的整个战略部署，事件很明显，陕西一乱，与四川叛军会合，北进中原，长驱北京，而清廷的兵马云集荆州，北方空虚，从而进一步地加剧了清廷的危机。
康熙在放走王继贞之后，又派遣科臣苏拜携带他的招抚谕旨前往陕西，会同总督哈占商酌，选择干练人员，或亲去辅臣处，或派他人代替，向王辅臣宣布朝廷旨意，招其归顺，并尽快“安抚乱兵”。与此同时康熙又在军事上严加防备。首先加强省会西安的兵力，“以保固秦省”。他把调往兴安等处的兵马改调到西安，令他们“星夜奔赴”，不得迟误。他犹感兵力不足，但“京师禁旅，遣发颇多”，已没有兵马可调，他决定再调蒙古兵。他指示兵部：
“秦省重要”，令理藩院员外郎拉笃祜等3名官员速往鄂尔多斯调蒙古兵3500人，调归化城土默特兵700人皆赴西安驻守备征。至康熙十四年正月，归化城土默特二部、四子部落、毛（茂明安）、吴喇忒三部计七旗兵已放行，鄂尔多斯因天寒马瘦，先行备装，等候调拨。康熙很担心驻守广元（四川广元）、保宁的清军遭到王辅臣叛军的攻灭。为保证这支生力军安全地撤离，顺利撤至汉中，特遣派北京的八旗兵（每佐领3名），“速催起程”，赴西安协守。进驻西安的各支大军，酌置留兵守西安，其余全部赴定西大将军董鄂军前，接应广元、保宁的清军撤回汉中。
继上述指令发出之后，康熙发现陕西的兴安州（今安康）实为一战略要地，便对议政大臣等人说：“此地”西进汉中，北接潼关，东南直逼郧阳（湖北郧县），最为要地“他迅速命令副都统穆舒浑、已任命为云贵的总督鄂善、副都统希福等率兵，包括增援的蒙兵，”驰赴兴安，共同防守汉中各处的战略据点。
正在湖南战场指挥作战的吴三桂，一直在盼望着陕、甘的王辅臣、张勇起兵的好消息。
他知道，他们一旦起兵，将会带动整西北乃至中原的响应，成为又一大战场，那时，将会给清政府造成多么巨大的军事与政治的压力！随着时间的流逝，仍不见任何动静，他派去的使者也一去不复返。一年过去了，他对王辅臣、张勇不再抱有希望。就在康熙十三年底与次年正月之交，突然传来王辅臣在宁羌起兵的消息，吴三桂的精神为之一震，毫不迟疑地拨出白银20万两，铸印“平远大将军陕西东路总管”，交付已叛降的秦州知府巴三纲转赠给王辅臣……吴三桂慷慨馈赠，似乎比清政府的空口安抚更有吸引力。王辅臣驻过的平凉，原属荒凉的边防地区，生活一向很清苦，他的部下更是度日维艰，粮饷不足，本来就对朝廷不满，人心思乱，而吴三桂的诱惑，更助长了其部属与清朝的离心力，反满的民族情绪顿时高涨。吴三桂又指示已入川的大将王屏藩和吴芝芪由汉中出陇西应援，到处散布委以官职的文扎，地方武装及回、蒙古等少数民族都纷纷响应，接踵而起。原先平静的西北地区，迅速地陷入了大动乱之中。
在这种形势下，王辅臣已身不由己。他是一个精细的人，凡事都看得明白。尽管清廷对他表示了高姿态，康熙也做出了非常友好的表示，并保证他本人和家属的生命与地位不受丝毫侵犯，可是他还是疑虑重重，总担心此系清廷的权宜之计，谁能肯定清廷事后不追究往事……特别是莫洛身为朝廷满族重臣，康熙的心腹，能说就让他白白地死掉吗？不管怎么说，王辅臣是不能逃脱责任的。担心、后怕，使王辅臣无意回归清廷，他把清廷的招抚置之脑后，决心铤而走险！
王辅臣抗拒清兵，依附吴三桂，在陕甘地区展开了军事行动。
他先说降秦州副将陈善，以秦州城（甘肃天水）叛降。王辅由略阳移至秦州，并毁掉陕甘两省边界的风县（今风县西南）偏桥派他的部下将领王好文率兵把守栈道，清兵的粮道不通，所运出的粮食不能运送。入守凤县的清兵以粮食枯竭突围逃走，王辅臣则留兵守秦州，自己率领部属归驻平凉。
康熙知道了王辅臣安然地回到了平凉，清军的粮道被截断，很是生气，下诏斥责“定西大将军”董鄂诸人：你们到了西安，没有随经略莫洛取道秦州，却经由栈道绕路而进，托故马瘦，竟驻汉中，致使宁羌兵变；王辅臣回秦州时，你们又不跟迹追击，急忙回汉中，及至保宁清兵撤回，你们又仅留将军席卜臣守汉中，自统大军回了西安。已提醒你们，栈道险要，却不多留兵防守，竟让叛军据守，致使广元、朝天关等处又被叛军占领。这都是董鄂等人“退缩迟延”造成的，理应解除职务。但目前正陷大敌之时，仍令董鄂平定秦州、平凉等地。
康熙的部署及其战略战术，还不能马上奏效，陕甘的叛乱在迅速蔓延、扩大，清军步步退却。由于饷道被切断，清军被逼撤回西安。汉中、兴安等重镇皆被吴三桂的大将王屏藩等占领。王辅臣向各地发出的信函和任命文件，约会起兵。固原道（今宁夏的固原）陈彭受巡抚之职，守边（今陕西定边）副将朱龙受任为招抚总兵，还有巩昌（今甘肃陇西）游击袁承梁献城叛变，副将江有仓、参将潘璚策动阶州（今甘肃的武都）、文县、姚州（今甘肃临潭东）、岷州（今甘肃岷县）叛变；临洮守备鲁女耀反叛；尤其是甘肃省城兰州被游击董正已策动反叛，巡抚所属弁串作乱，占据省城。据甘肃提督张勇得到的可靠情报，甘肃方面最先跟吴三桂、王辅臣通款谋反的，就是董正己。他差心腹先去秦州，跟知府巴三纲通信。其后，守备吴承印又率连鲁文耀、马洪，各与王辅臣联络，表示原意同时起兵。兰州千总杜士黄，充当马洪、吴承印的内应，煽动甘肃巡抚所属各军官和士卒，密谋起事。秦州知府巴三纲派他的弟弟巴五秘密的来到兰州，与任职布政司的笔贴式本家人巴锡谋划，白天在董正己家，晚上住在巴锡家，逐个作巡抚所属的游击、守备各军官的策反工作。
二月五日，王辅臣的兵马向兰州进攻，董正己等人乘机夺取了兰州金城，清廷驻守甘肃的巡抚华善逃出了兰州，奔赴凉州去了。兰州“外控西垂，内接临（洮）、巩（昌），为秦中要区”。此城一失，西北震动，许多城镇或叛或陷，还有一些城镇和乡村，如当地的武装所把持。诸如三水、溶化、白水、浦城、韩城诸县“土寇蜂起，掠劫乡村”。局势的混乱已经到了不可收拾的地步。
随着甘肃各处的叛乱，而陕西各郡邑也随之骚动，叛乱纷起。同州（大荔）游击李师腐占据神通岭起兵，边陷洛川、宜川、鄜州（今富县）等城，延绥镇所属鬻水、鱼河、波罗各营、葭州（佳县）、吴堡、清涧、米脂等县先后叛清，起兵响应。他们攻城略地，绥德、延安、花马池、靖边等地相继被叛军占领。
由王辅臣带头起兵，引起陕西和甘肃两省的连锁反映，绝大多数的地方都参加了叛乱，只有甘肃的提督张勇、总兵孙思克、西宁的总兵官王进宝，宁夏的总兵陈福等没叛清。所以陕西全省未能全部失陷，只剩下西安一府和邢、乾二州。而甘肃也仅保有河西走廓这一狭长地带。康熙十四年三月，康熙为表彰他们尽忠朝廷，特晋升新职，授予张勇为“靖逆将军”……加孙思克左都督、加王进宝都督同知，提升陈福为陕西提督。四月，王辅臣派人携带吴三桂授予张勇的扎印，再次前去诱降，授张勇为“陕西西路总管平远大将军”。张勇大怒，不容分说，下令把来使推出斩首。王辅臣给王进宝送去一封，劝他归降吴三桂，王进宝断然拒绝。他们两人都把此事如实的报告了康熙，康熙看了报告非常高兴，为鼓励他们竭诚效忠清廷，又特加封张勇为“靖逆侯”、授王进宝为一等阿思哈尼哈番。康熙十四年十一月，吴三桂又亲自发给王进宝扎文，王进宝及时又向康熙作了报告，并把扎文一并交给了朝廷。
康熙已看出，将来恢复陕甘，必须依赖张勇和王进宝等汉将。早在二月，甘肃巡抚华善在奏疏中就极言张勇可用，此疏正合康熙之意，故立授“靖逆将军”，通知兵部、史部各大臣：甘肃省“凡总兵以下的官员，听从张勇的调遣、提拨、补授”。仍兼管甘肃提督事务，总督不得制约。一切征剿事宜，均由张勇便宜行事。张勇以自己的行动赢得了康熙的信赖，把甘肃省的军事托付给他。
康熙十四年十二月二十二日，宁夏突然发生兵变，张勇的得力助手和战将陈福被乱兵杀死。次年正月，康熙迅速采取措施，改调西宁总兵官王进宝代替陈福的职务，出任陕西提督……暂驻秦州，继续兼西宁总兵官。宁夏总兵官缺任，责成张勇和巡抚华善推补。很快张勇推荐他的原部将现任天津总兵官赵良栋到宁夏任职。康熙立即批准，还把总兵官一职改为宁夏提督，由赵良栋升任此职。由于西北的军情紧急，命令他兼程上任，赵良栋御任的天津总兵官，由陈福的弟弟、现任泳州参将的陈奇破格出任。赵良栋是甘肃宁夏人，骁勇善战，颇有机谋。称得上是一个优秀的将才，他与张勇、王进宝并称为“河西三汉将”。在张勇的统率下，同王辅臣展开了激烈的争战，最终完成了陕甘的收复任务，并在平定吴三桂的斗争中发挥了重大作用。