小肠包括十二指肠、空肠和回肠3部分。小肠具有的独特特征使得它在消化和吸收中发挥着极为重要的作用。首先，小肠的表面面积是全消化道中最大的，特异的解剖学形态是小肠庞大表面积形成的部分原因。小儿的肠管相对比成年人长，面积相对也大，肠壁薄，富于血管。小肠的整个肠腔表面被黏膜皱襞所覆盖，皱襞上有许多指状的突起称为绒毛，每个绒毛的表面又有更多的指状突起，称为微绒毛。通过这些皱襞和突起，小肠的表面积大大增加了。除此之外，小肠还有一种特殊的运动功能。小肠中的内容物以一种叫做分节运动的方式来回运动，保证内容物能够充分混匀，以及内容物与肠腔表面能够完全地相互作用。衬于肠腔表面的细胞是高度特化的肠上皮细胞，它们参与营养物质的消化、吸收、储存和电解质平衡的维持。
小儿物质代谢旺盛，消化吸收负担大，食物通过胃肠道的整个时间，因年龄及食物种类而有所不同，新生儿为4～18小时，年长儿为24小时，人工喂养儿可长达48小时。人乳通过较快，故喂乳间隔的时间可短于人工喂养。乳糖在小肠纹状缘分解为半乳糖及葡萄糖。缺乏乳糖酶时发生乳糖不耐受症。在一般情况下，小儿消化双糖的能力很好，不过摄入过多时其分解产物可能来不及在肠道上部吸收，而在肠下部引起高渗性刺激。正常肠液pH值为8.0时，最有利于酶起作用。肠内细菌也能水解蛋白，分解糖，皂化脂肪，溶解纤维，合成维生素K等。所以，消化道内正常菌群的存在很重要。小儿粪便中的细菌：一般人乳喂养时主要为乳酸杆菌，以牛乳为主喂养时为大肠埃希菌。营养素主要在小肠吸收，如氨基酸、脂肪酸、单糖等。大肠只吸收水和少量葡萄糖、脂肪与脂肪酸。消化功能紊乱时，细菌过度繁殖，食物过度分解可引起一系列临床症状。由于小儿肠壁薄，黏膜富于血管，通透性高，故吸收率高，若服药不当极易造成机体的伤害。