EAP在中国的发展才十多年的时间，因此在理论和实践积累方面都还不足。而且，由于中西方文化传统和社会经济现实的差异，注定了EAP在中国的发展道路上必定面临很多挑战，譬如适应本地国情、文化和人群的特征等。目前，我国EAP服务模式主要面临以下四个方面的困难和挑战。
建立中国化的EAP标准的问题
EAP是一项有高度、有广度的工作，要想取得较大发展，就需要一个有一定视野和凝聚力的权威机构，培养一支具有相当实力的科研队伍，根据中国的国情建立适应中国社会现实的EAP标准。
要想建立这个标准，首当其冲的当然是必须将EAP本土化，要对中国本土的文化和社会进行研究。目前我们在这方面做得还很不够：一方面体现在我们对本土的文化和社会研究的欠缺上；另一方面则是我们现在所使用的心理学研究方法，包括咨询的研究方法大都是照搬西方的，而没有创造出符合本土文化的一套标准。如果没有针对性的研究，中国的EAP发展就很容易陷入盲人摸象的窘境，难以得到健康的发展。“不以规矩，不能成方圆”，我们必须根据自己的国情和文化特点，建立我们自己的规矩，画好自己的方圆。只有建立起适应中国社会现实的EAP标准，才能够使这一外来工作方式有效地服务于我们的企事业发展，服务于我们整体的社会进步。
中国人对“心理”的敏感与防卫
EAP项目的成功实施，必须建立在EAP服务机构、企业以及员工三方之间互相信任、通力配合的基础上，但是，在中国做到这一点却很难。一方面，中国人十分注重个人在精神层面上的隐私，他们对心理服务有一种与生俱来的抵触，很多人不承认自己有心理方面的问题；另一方面，他们会把心理问题想成一种不能公之于众、难以启齿的病，谁如果有心理问题，可能就要遭到周围人的另眼相待。其实在国外，去心理诊所解决心理问题是十分普遍的事情，西方人习惯于每周去教堂做礼拜，遇到问题向神父忏悔，这其实也是一种心理服务。而在中国，大家对内心深处的问题退避三舍，很多人选择回避。
中国人不愿意正视心理问题的这一特点，使得他们在面对心理咨询的时候，不愿意敞开心扉。他们会隐藏内心的想法，在多次咨询之后，也不愿意暴露自己真实的内心。再加上国内企业的劳资关系较为对立，员工对企业的信任度有限，而员工接受这种服务，则意味着将个人隐私对心理咨询师或者员工关系专员和盘托出。一旦员工怀疑咨询师不能真正做到中立，确实保障员工的隐私，受制于项目费用支付方，就会极大地影响员工使用这类服务，最终导致项目的失败。除了员工本身的防备心理，我国很多企业对于员工的心理关注意识也很淡薄，认为员工的心理问题属于个人问题，与企业无关，企业没有必要去重视。尤其是在一些民营企业，更觉得投入大量财力、人力、物力，得不偿失。
企业主对成本效益的评估
EAP服务机构通常是把EAP作为一种有偿服务推广给一个企业或组织的，然后由企业组织作为一项福利免费提供给员工。在这个过程中，企业组织会特别关注它的成本效益或投资回报。虽然国外许多研究结果都表明，EAP项目能够给企业节省成本，带来更大的效益，但是在实际运作过程中，对EAP的评估是一个长期的过程，有很多回报很难在短期显现出来，也很难具体的量化。由于实行EAP的运作效果很难评估，投资回报率并不明确，这使得很多企业在面对该项目时，处于观望状态。如果在前期没有看到足够的效果而要求企业继续投入，老板及其管理层将有可能成为新项目推进的反对者。
其实，放任企业职工的焦虑等不健康心态不管，不见得就是节约成本的做法。职工的心理问题、家庭问题看似只是个人问题，却往往可以将原因追溯至工作：工作压力大导致人际交往障碍，工作繁忙导致亲人关系疏远等等。而且，如果个人的心理问题不加控制，很快便会通过集体生活时的抱怨、冲突等扩散、影响到组织中的其他人，消极、怠工的态度充斥在组织内部，使得工作效率下降，组织士气低落，集体荣誉感、企业认同感削弱，最终导致旷工率、离职率上升。仅从人力资源角度考量，重新招聘、培训职工的成本原本是可以避免的——这正是由于对职工心理问题的不作为而导致的成本上升。而对企业凝聚力、企业文化等软性实力的伤害更是难以估量的。
EAP专业队伍的建设问题
由于EAP在我国还是一个新生的事物，因此EAP从业人员的数量和质量成为制约我国EAP发展的一个重大障碍。在美国，1000个人中会有10个心理学专家，但在我国，每500万人中才有35个心理专业从业人员。而且，美国对于心理从业人员的门槛很高，而中国则很低。心理咨询服务只是EAP专业人员的一个素质，有经验的项目管理师和心理咨询师远远不能满足企业的需求。EAP是心理学、社会学、组织行为学、经济管理学等多种学科理论知识的交叉、集成，它以应用心理学为技术支撑，最终的落脚点为管理学。这种高标准对EAP从业人员的素质提出了较高要求，需要从业人员具有广博的知识、丰富的经验、健康的人格态度。
然而，我国目前心理咨询队伍的现状不容乐观，鱼龙混杂，水平堪忧。目前，我国实施EAP的咨询人员除了一些高校心理学家和医院心理医生以外，其他相当一部分咨询师并没有接受过心理学、管理学或人力资源管理等方面的培训。即使是其中很少的一部分有专业教育背景的人，所接受的也多是西方的咨询培训，学习的基本上都是西方理论，因此，如何将中国人的传统文化运用到咨询中还需进一步探索。此外，中国国内还没有建立对EAP从业人员能力构成的统一标准，EAP的从业培训还不完善，也没有法律法规对此有明确的规范，这些都对我国EAP事业的发展造成了很大的影响。