要办好一个博商慈善会光有好善乐施的热心是不够的，还需要一支强有力的专业团队长期从事慈善活动。
博商慈善会下设的六个组，分别包括募款活动组、公关文宣组、项目执行组、项目执行绩效追踪组、财务组和青年及亲子活动组。
募款活动组主要通过班级“慈善小组”举办各项慈善活动，在博商同学、博商企业中劝募善款。
公关及文宣组主要通过媒体渠道和其他慈善组织发布各项慈善活动信息，以增加博商会的社会知名度及影响力，但是始终坚持低调行事不走高调路线。
项目执行组研究并选定慈善活动项目，并负责对六个组的整体协调。
项目执行绩效追踪组负责追踪各个慈善项目的执行绩效。
财务组负责公开账目，慎用善款。
青年及亲子组负责与博商亲子俱乐部合办多项亲子活动，以便各会员携同子女参与慈善活动，从小培养孩子的慈善胸怀及关怀社会弱势群体的素养。如2012年8月，博商慈善会青年及亲子活动组组织清华总裁279班举行了江西亲子慈善行，共吸引20多个家庭80多位学员及家属参加了慈善活动。
在慈善活动中，博商会财务组遵循公开透明的原则，所有慈善支出都经过严格论证把关，审慎使用；所有账目均存放于秘书处或会员大会议决的地方，接受会员的查阅；所有账目须由注册会计师进行定期审核并刊登于博商会会刊及网站，以示公信。
在博商网上慈善财务公告中，我们看到了善款支出、存入、余额和捐款人明细，连跨行转账手续费、活期结算户息也有显示，精确到每角每分。这与很多慈善机构不敢公开账目形成了鲜明对比。
截至2012年6月21日，博商慈善基金账户还剩余16万多元善款。
2011年“郭美美事件”引发“慈善信任风暴”。随后一系列慈善丑闻被爆出，让国内慈善组织受到不同程度的冲击，部分慈善组织获得的捐款大幅下降。由于一直坚持诚信慈善、透明操作，博商会的慈善捐款却有增无减。这就是诚信、监督的力量。
为将慈善更好地进行下去，博商慈善会将慈善项目分为四个慈善级别：协助级、帮助级、捐助级、全助级。
协助级：利用博商网络（博商网、博商微博、《博商》杂志等）平台发布受困者情况，鼓励博商同学、博商企业帮助受困者。
帮助级：在博商网络平台发动慈善宣传，又通过手机平台向博商同学群发短信息宣传，同时指派慈善会具体工作人员参与跟踪。博商同学给深圳观澜华阳特殊儿童康复中心送温暖，就是通过班级“慈善小组”组织的帮助级捐助。
捐助级：通过博商会全部自有网络平台发布慈善情况，由博商慈善委员会组织通过各种有效手段向同学宣传，制订专门方案，举办募捐活动，调拨专项资金完成捐助。博商慈善会对广东省北部连平县陂头镇分水村进行的首次慈善助学活动，就属于“捐助级”的慈善项目。
全助级：在博商慈善会所有可利用的自有媒体、社会全媒体宣传资源进行慈善总动员宣传，调拨专项资金，举办大型的募捐活动，由全体慈善委员会成员向博商同学、博商企业及社会各界人士作宣传动员，增强慈善活动规模和社会影响力。
博商会副会长郭晓林是深圳狮子会的一名骨干，他觉得，博商慈善会可以与狮子会进行适当结合，以发挥更大的作用。在郭晓林的积极撮合下，博商慈善会正在与深圳狮子会商讨合作成立深圳狮子会博商精英服务队。他希望借鉴有近百年历史的狮子会的经验，整合更多资源，在博商会的慈善事业里另辟蹊径。届时，博商会将成为国内外所有类似同学会的机构里第一个进入狮子会的机构。