关于秘书长的人选，曾任伟还坚持一定要由校方的人来担任，同时秘书长下设秘书处，也应该由校方聘请专职人员来担任。在曾任伟看来，由校方的人担任秘书长更便于开展工作，而由企业家学员们担任秘书长，由于学员们只能兼职工作，而且大家都是企业家，没有太多精力负责秘书处的工作，会导致很多工作难以开展。
事实证明，这种设置是正确的。过去和现在，很多地方的同学会都由学校与同学分别担任秘书长、执行秘书长的工作，有时候由于大家意见不统一，或沟通不到位，导致工作无法有效推行。
另外，很多协会、商会、同学会等组织是没有专职人员的，大都由某个骨干成员兼任，有的行业协会、商会、同学会最多只有一个专职秘书长。
而博商会一开始就设置了专职负责的体制，且随着工作量的增加，其专职人员也在不断增配。
郑义林坦诚，开始做秘书长的时候，只是觉得压力很大，并没有任何概念，不知道要做什么。
秘书处成立后前半年一直处于摸索期。为此，博商会召开了很多次理事会会议，郑义林也参考了校友会和商会两种运作模式，决定先从举办一些小活动、办《博商》杂志等开始。
2010年3月，博商会会刊《博商》创刊，每月出一期，免费寄发给各位博商会员。《博商》会刊定位为引领中小企业管理思潮，为中小企业提供成长的思想动力。《博商》杂志秉承“博商贯通，商行天下”的理念，立足于中国国情，重点突出中国管理热点，适当兼顾宏观经济，融入中国人文底蕴，演绎本土中小民营企业管理案例。
郑义林担任《博商》执行主编，他提出以博商会动态作为常规内容，以每期专题进行深入探讨，以企业访谈作为充实材料，以广告传递客户价值，以好书推荐培育博商学习环境。
《博商》编辑部成员通过多次栏目策划，形成了企业访谈、专家论坛、经典案例、本期专题、管理时评、同学会动态等精华栏目。采编的时候，编辑部成员出入各种博商会的商务活动和行业交流会，采访博商会员企业，总结和归纳博商企业的成功经验，以优美平实的文字表达出来。《博商》杂志最大的亮点在于每期策划一个观点鲜明的专题，先后涉及商业模式、创业与投资、周易与企业管理、营销与市场、家族企业的成长与传承、亚洲管理模式等。这些专题从解剖博商企业发展到剖析中国市场和海外商业模式，大大开拓了博商同学的眼界和思路，广受博商会员的喜爱。
最初，一个叫张一凡的员工做郑义林的助手，后来，张一凡调到了外地，秘书处只有郑义林一个人了。当时咨询部有一个叫黎海波的同事，年龄与郑相仿，他俩经常一起吃午饭，成了很好的朋友。于是，郑义林将黎海波从咨询部要到了秘书处，成为强有力的搭档；后来，经济学硕士许爱琴、海归学子申桂宁等陆续加盟秘书处。到2011年下半年，博商会秘书处已经有6个人了。
随着秘书处服务范围扩大、工作任务加重，秘书处的团队不断扩充。目前，博商会秘书处有15个专职人员。可谓所有行业协会、商会、同学会里“史上最庞大的秘书处”。
这15个专职人员，要负责数千名博商会会员的管理、服务，发展新会员、开展各种活动，出版杂志、维护网站，对外沟通等等纷繁复杂的工作。在这种高强度的工作中，秘书处的工作能力、工作效率也得到了极大地提升。一开始，博商会秘书处筹备每年年会的时候，要由教务人员支援，后来，数千人的年会，秘书处都可以自己搞定了。
2010年3月25日，“清华深圳惠州同学虎年首届联谊会暨第一届博商论坛”在深圳麒麟山庄举办，活动邀请全国政协委员、著名经济学家蔡继明作“两会经济热点解读”报告；邀请王涛作“中小企业九大死穴”专题演讲。博商会三大俱乐部负责人要作2010年工作计划汇报。
这是博商会秘书处成立后筹办的第一个大型活动，时间紧、任务重、不确定因素多。此刻，博商会秘书处才只有几个人。在郑义林的带领下，博商会秘书处几位同事加班加点，高强度工作了一个月，终于保证了活动如期成功举办。
这也是博商会第一次在大型活动中亮相，由于秘书处组织工作非常得力，这次活动非常成功，吸引了500多人前去听讲。此时，博商会有三个副会长，分别负责商务、行业和兴趣三大俱乐部。论坛上，三个副会长也都分别作了所负责活动的介绍，让更多人了解到博商会是做什么的。博商会以其独特的定位、优质的服务吸引了众多企业家，会议现场，有200多人加入了博商会。
这次活动也成为“博商名师大讲堂”的前身。
首战告捷，显示了博商会秘书处高效的执行力。而他们此次筹办活动的紧张工作节奏，也成了秘书处日后工作的常态。
随后，博商会相继成立了多个俱乐部和球队。