唐贞观十五年（641年）七月，玄奘从杖林山返回那烂陀寺，已经42岁。这时他已经走遍五印度各地，对整个印度佛教的现状有了全面了解。他向戒贤报告说，崇信大乘的“国”或寺院有16个，崇信小乘的有37个，崇信大小二乘的有12个，学无专习的有17个。大乘部派主要是空宗和有宗，学派体系变化不大。而小乘部派由原来18部派递减到4个部派，现在流行于五印度的小乘佛教实际上只剩下上座部、大众部、说一切有部、正量部这四个宗派。报告游学经历之后，便向戒贤辞行，意欲东归。戒贤同意，赠他许多经典，准备送行。就在这时，戒日王从东印度来信，要求那烂陀寺派出代表，前往乌荼国与小乘僧众辩论。原来这时候戒日王正准备讨伐东印度的恭御陀国，路过乌荼国（今印度奥里萨境内）。该国僧侣都是学小乘的，不相信大乘佛学。有个叫般若多的小乘大师，精通正量部经典，特地写了一篇700颂的《破大乘论》，该国小乘教徒奉为至宝。见到戒日王，便把《破大乘论》呈上，说道：“这是我宗的论据，大乘学者休想破其中一字。”并要求戒日王召集两派辩论，以明是非曲直。
当时戒日王讨伐的恭御陀国，崇信的是小乘佛教，而戒日王在他统一了的北印地区一直提倡大乘，所以在戒日王看来，小乘对大乘的挑战，不仅仅是学术上的自由论争，相对于他东征西讨的统一大业来说也多少带有一些挑衅的意味。于是戒日王向小乘僧众说道：“我曾听说狐狸在鼷鼠群里自吹，自己比狮子还要凶狠，等到他见到狮子，就吓得魂飞魄散了。你们没有遇见过大乘诸大师，倘若有缘一见，恐怕和狐狸遇到狮子一样。”乌荼国的小乘教徒见戒日王有意抬高大乘，贬低自己，很不服气，非要与大乘大师辩论不可。戒日王见无法劝阻，当即写信给那烂陀寺，请戒贤派人到乌荼国与小乘僧侣辩论。
戒贤接到来信，很是为难。不去恐有违王命，去则恐与小乘结怨。最后决定选派玄奘、师子光、海慧、智光四大弟子前往应命。师子光有些胆怯，怕不能取胜，不敢前往。玄奘说：“小乘各部经典，我在本国和迦湿弥罗等国已经学遍，知道它的底细，是绝对破不了大乘教义的。我虽才疏学浅，自问还可以对付，请各位不必担心。倘若失败，这是大唐和尚的事，与各位无关。”
大家听了他的话，打消了顾虑。就在玄奘四人准备启程之际，戒日王又送来第二封信，“让那烂陀寺僧人暂缓启程，等待他结束对恭御陀国的军事行动之后，再开始辩论，启程时间另行通知。”为此事玄奘回国日期大约推迟了近两年时间。
在等候戒日王命令的日子里，玄奘仍住那烂陀寺幼日王院第四重阁，受戒贤重托，主持该寺所有的学术讲座，并为该寺僧众开设《摄大乘论》和《唯识抉择论》。这期间整个印度的大乘佛学正在经受着来自小乘和部派学说的冲击与挑战，那烂陀寺也并不平静。内部有新出现的中百论宗，对戒贤以来的瑜伽之学质疑问难，外部常有其他宗教势力前来那烂陀寺向大乘论师提出论战。这时有两件事在那烂陀寺引起很大震动。
第一件事是与师子光的学术论争。
师子光是戒贤的亲传弟子，当时在那烂陀寺开设《中观论》《百法明门论》讲座，欲“立中百宗熏破瑜伽等义”。讲述过程中存在着中观法门与瑜伽体系难以贯通、相互抵触的问题，并对无著、世亲以来的瑜伽行派和戒贤的《瑜伽师地论》颇有非难之词。玄奘听后，认为这是师子光没有把《瑜伽师地论》《中观论》《百法明门论》相互融会贯通的结果，觉得不应该让他个人偏狭的观点影响瑜伽之学的旨义。便有针对性地开设了《摄大乘论》和《唯识抉择论》，着重阐述中百二论与瑜伽学说不相抵触的原理，批评当时存在着的不求融会贯通，而各执一偏、相互攻讦的弊病。由于演讲生动，极有说服力，听讲的僧众越来越多，而师子光的听众渐渐散去，其门下专研“中”、“百”二论的学徒弟子也都转往玄奘处听讲。
为了系统地说明《中观论》《百法明门论》这两部经典的义理及其与《瑜伽师地论》终不相悖的道理，玄奘用梵文著《会宗论》3000颂，张贴于寺中。戒贤及寺中僧众看后，一致赞美，都说是一篇说理很强的绝好经论。众僧传抄学习，玄奘的观点主张得到全寺众僧的肯定。而师子光感到惭愧，便离开那烂陀寺住到附近的菩提寺去了。当时这菩提寺中有位东印度来的学者，名叫旃陀罗僧，是师子光的朋友，平时很佩服师子光的学问，听了经过后意欲与玄奘辩论，为老朋友抱打不平。不料来到那烂陀寺，听了玄奘的演讲，看了《会宗论》文章，只是点头称是，连一句话也没说便回到菩提寺去。此后，戒贤大师倡导的瑜伽之学在那烂陀寺又恢复起来。
第二件事是舌战外道。
一次有个东印度来的婆罗门，自报家门称顺世外道，来到那烂陀寺山门，声言要与大乘大师辩论。他先把自己的40条观点写在布条上，一一悬挂起来，然后坐在地上宣称：“如果有人能破其中一条的，甘愿把头割下来认输。”
他的理论十分庞杂，认为土水风火四种原素是人和万物形成的原因，驳斥容易，但让他折服却很困难。当时印度有一种习俗，凡在辩论中失败的人，先让他骑着驴，用屎瓶从头顶浇灌，在公众中出丑，使他身心折服。几天后那烂陀寺没有人敢出来驳斥。玄奘知道后，叫人把悬挂在山门口的40条经义抄了回来，经过仔细研究之后，便对众僧说：“我要与顺世外道辩论，那烂陀寺不能因此事而受到污辱！请诸位大师同往，给我做个旁证。”说完便吩咐身旁的小沙弥去通知顺世外道。小沙弥来到山门口，撕下悬挂着的布条，弃置地上用脚踩蹂一番。顺世外道大怒，站起来喝问：“你是什么人敢如此无礼？”小沙弥答道：“我是东土僧人唐僧的仆人，他要与你辩论，你就等着出丑吧。”
小沙弥领着顺世外道进入寺中，玄奘请来诸位旁证都到齐。辩论开始，从正午到太阳落山，整个一下午时间舌战才告结束。顺世外道提出的40条经义逐一被玄奘驳倒。玄奘提出的各种诘问，顺世外道无言对答，最后理屈辞穷只好伏地认输。那烂陀寺顿时变得沸腾了，众僧欢呼雀跃，纷纷要给输者治罪。那位顺世外道爬在地下说道：“我既然输了，就请照约履行，砍我的头吧！”玄奘道：“佛门有放生之德，那寺并不主张刑罚，你既然诚服，就留在我身边做些杂务吧。”顺世外道听说可以保全性命，喜出望外，叩头相谢，心悦诚服地做了玄奘的仆人。那烂陀寺众僧都觉得玄奘不仅学问渊博，而且仁慈宽厚，真正是一位有道有德的高僧。
收服顺世外道后，玄奘开设的《摄大乘论》和《唯识抉择论》的讲座课目也讲解完毕，而赴东印度辩论的时间还没有消息。闲暇之余，玄奘找来小乘论师写的《破大乘论》仔细研究，思考其中的破绽，准备辩论的对策。
且说般若多的《破大乘论》是用东印度方言写成，有许多方言俗语很难确定其确切含义。玄奘问那位顺世外道说：“你从东印度来，可曾听说过《破大乘论》吗？”顺世外道回答：“我在东印度曾学习过两月，深知其中奥义。”玄奘要外道介绍乌荼国小乘佛教的特点，外道认为，主仆有别，作为仆人实再无法开口向主人谈论经义。玄奘道：“大事当前，不应论及尊卑，何况我们是寻求一种正确的义理。”外道应声说：“既然主人由尊降贵，愿意听闻，那只好在半夜时间进行，我是怕别人误会，以为主人向奴仆问学，有损高僧的名声。”玄奘道，“这个无妨，我就是专门来印度问学的，不怕人说三道四。什么时间都可以。”
顺世外道为了维护玄奘的尊严，每到午夜便来玄奘处静候咨询，顺世外道自降服以来，敬佩玄奘的才学人品，所有杂务伺候琐事格外殷勤。他把自己所知的乌荼国小乘佛教的特点如实介绍给玄奘听，把《破大乘论》中的方言俗语，细致地给玄奘做了解释。短短的几天时间，玄奘终于找出了破解《破大乘论》的对策，对《破大乘论》中的谬误进行了排队梳理，并依照《破大乘论》的文体文法及语气节奏，针锋相对，写出1600颂的论文，题名为《治恶见论》。玄奘将此文写成后，呈给戒贤大师，并宣示寺中，征求寺中各位大师的意见。此文用梵文写成，内容是阐述大乘义理，批驳各种邪说。大家看后，无不叹服。戒贤大师给予了肯定和赞扬，同意用此文的观点方法与小乘僧徒辩论。
《治恶见论》写成后，玄奘感到这个顺世外道确实帮助了那烂陀寺，并且真正认输，便对他说：“你是个有信誉的学者，因辩论失败而委身为奴，已经十分委屈了，现放你去，任你去哪里都可以。”这位顺世外道欢天喜地辞别玄奘，往东印度的迦摩缕波国而去。