如果痛苦换来的是结识真理、坚持真理，就应自觉地欣然承受，那时，也只有那时，痛苦才将化为幸福。——哥白尼
1531年以后，哥白尼终于逐渐摆脱了从事多年的公共服务工作，终于有了较多的时间从事自己所喜爱的科学活动了。他更加勤奋地观测天象，更忙于天文学手稿的润色修订。
1533年一天的夜晚，下弦月还没有升起，繁星满天，一颗一颗像撒在蓝色幕布上的碎银晶莹透亮，忽闪忽闪的，活像顽童的眼睛，蕴藏着深奥莫测的秘密。
哥白尼像是这神秘世界中的一员，他透过高高屹立的“观象仪”，转动不同的角度，寻找着即将出现的大彗星。
突然，它来了，像是一颗天外星，与行星背道而驰，迅疾而来；它很美，像拖着尾巴的银色孔雀，铺天盖地地斜着飞过天空。
此时此刻，是哥白尼最兴奋、最幸福、最神往的时候。然而，他并非完全是欣赏，更多的是研究：这颗拖着椭圆形长尾巴的彗星为什么与行星运动的方向相反呢？
哥白尼苦苦地思索着，旋即写下了一篇有关这颗彗星研究的论文。可惜的是，这篇论文没有流传下来。
哥白尼的中青年时代在学习和紧张的公务活动中结束了，现在已经接近了老年。
以前他是受舅舅照顾的、神甫会中最年轻的神甫。然而，现在舅舅早已不在人世，自己的老同学和老同事也越来越少了，其中许多人已经谢世，另外一些人则取得了很高的教会职务。
哥白尼虽然属神甫会中年事最高的长者和任职时间最长的人，但仍然只是一位普通神甫。
青年时代熟悉的人大多已经离去，接替他们的是比哥白尼整整晚了一辈的青年人。哥白尼跟他们没有太多的共同语言，因为这些年轻人的生活阅历和知识都无法同哥白尼相比。
哥白尼的晚年是孤寂的，他像是走进了一条死胡同，越往前走，越闭塞，越发失去了生活的情趣。甚至连同自己一道来分享发现的朋友也没有，他的心像结了冰似的寒冷。而当时瓦尔米亚已进入一个不利于发明和发现的时期。
在哥白尼酝酿着一个新理论的时候，他身边的世界也正在经历一场变革。
在16世纪的西方发生过一次历史性的大动乱，新教徒所发动的宗教改革打破了天主教会在精神和政治方面的统一。
在意大利以北的一些国家里，一个旨在改革宗教的思想运动正在兴起，后来发展到反对教会、教皇及其整个统治系统。
这场宗教改革运动是德国威丁堡教授马丁·路德发起的。马丁·路德谴责教会从事的赎罪券交易，将矛头直指梵蒂冈，否定主教会议的绝对正确性和教皇的权威，要求取消宗教等级制度。
现在看来，那次宗教改革的意义，在于把社会向着近代社会的世俗化推进了一大步，也就是说，管理社会的权利从教会的手中创造性地转移到了世俗政府手中。
也正是这场宗教改革建议，引发了一场旷日持久而且常常导致流血的宗教斗争。正是那些宗教斗争把欧洲拖入了“三十年战争”，并一直持续到哥白尼死后100年。
近代意义上的科学革命就是在那次宗教改革的背景下展开的，其中的许多关键人物，如开普勒、伽利略、笛卡儿和牛顿，都曾受到神学骚乱中所争论的那些宗教问题的深刻影响。
哥白尼的学说在欧洲越传越广，影响越来越大，自然也传到了当时欧洲宗教界最有影响的人物马丁·路德的耳朵。但对路德教来说，哥白尼的学说也同对罗马天主教一样，是危险的。他对哥白尼的学生充满了非议。
路德曾经这样写道：
有人提到一位新的天文学家，说他想证明：不是太空或天，太阳和月亮，而是地球在动，在转圈子。现在的事儿就是这样，谁想当聪明人，谁就得出点儿特殊的东西来，而且又一定是最好的！
这个蠢人想把全部天文学颠倒过来。然而，正如《圣经》所指出，约书亚命令太阳，而不是地球，停止不动。
路德的看法传到了哥白尼的耳朵里，他苦心研究的天文科学得不到社会的认可，就像他的孩子是个畸形儿一般，要被人们唾弃，他心里的滋味真是苦若黄连。
然而，事情并没有就此终止，更令哥白尼难堪痛心的事，则是狂欢节上发生的一幕闹剧。
1531年2月19日，路德教信徒们在狂欢节化装舞会上嘲笑了教皇、红衣主教、主教、神甫以及其他一些神职人员。
费贝尔主教在狂欢者行列中看到了影射自己的丑角形象，那是一个穿着主教服装滑稽可笑的人，在大街上边走边散发用来宽恕堕落和凶杀行为的赎罪券。
行列中还有一个打扮成弗龙堡神甫模样的人在装腔作势地宣称，他是一位新的星占学家，他定住了太阳，转动了地球。
这番表演在聚拢来的闲客中引起阵阵哄笑。然而，这起小小闹剧只不过是哥白尼年老时将要遇到的一系列痛心事中的一件而已。
此后的许多年中愚昧人的嘲笑声一直伴随着哥白尼。一些对哥白尼不友好的人因这位智慧超过他们的人被嘲笑而感到幸灾乐祸。
路德教信徒没有能力妨碍哥白尼，但天主教的权贵们却能够把哥白尼置于被告席上，并对他进行严厉审判。
身为神职人员的哥白尼，并不为名利所动，他从不为争取主教的职位而努力，也不热衷于神甫会中的其他重要职务。在告别公务之后，他唯一的心愿就是把自己热衷的天文学事业进行到底。
哥白尼早期著作的抄本已在整个欧洲流传，但只有为数很少的朋友了解他所写的巨著具有划时代意义。但哥白尼并不急于出版这部耗费他无数心血的著作。
哥白尼充分估计到发表这部标新立异的著作所冒的风险。他永远不能忘记1506年从意大利归国时，亲眼目睹的悲惨情形：宗教裁判所惩罚异教徒所用的手段之残忍，令人不寒而栗。
在哥白尼的一生中，波兰境内至少进行过300次以上的宗教裁判活动。
13世纪时一位通晓天文学的西班牙卡斯提腊国王阿尔芳斯感到托勒密的体系太复杂了，曾说了一句：“上帝创造世界的时候，要是向我征求意见的话，天上的秩序可能安排得更好些。”
结果仅仅因为这句话，西班牙国王便被指控为异教徒，被教会从王位上革除了。
对于表现新思想的书籍，教会控制得特别严。早在哥白尼留学意大利的时候，教皇亚历山大六世就重新颁布了“圣谕”，禁止印行未经教会审查的书籍，发现可疑的书籍一律焚毁。
哥白尼估计到，这样的惩罚完全可能降临到他的头上。在没有做好一切准备之前，哥白尼不想做无谓的牺牲。况且，他还有一些理论需要更精确的数据来证明，又怎么能够冒险呢？