帕多瓦大学，只是在人文学系中有一个医学专业，因此，哥白尼必须在人文学系注册登记。
天文学和医学在当时人们的眼中是姐妹学科，一则因为那时的学问划分没有现在这么细致；再则中世纪有一种神秘的论调，将人体的器官和宇宙的天体对照来看待。
和中国古代一样，他们也有“人身是一小天地”的说法。从当时流传下来的书中还可以看见人体各器官与黄道十二宫对照的图画。例如，以雄羊宫配头、以双鱼宫配足之类。
哥白尼把学习天文学同医学结合了起来。他不光学诊断内科病，还学习解剖，做外科手术。
本来教会法规规定，神职人员都不搞外科，但哥白尼是低级神职人员，所以，教会法规对他的要求比较宽松。
在中世纪经院哲学和宗教神学非常霸道，人们把生病看做是上帝的惩罚。一旦生了病，不去找医生，而是向神祈祷，请求神的宽恕。
中世纪的医学包含有许多神秘的魔法和巫术，而它依靠的首先是宗教的威望。同人文科学相比，当时的医学是落后的，这在很大程度上是轻视尘世生活造成的。
古代医师盖伦和希波克拉底是医学界所尊崇的最高权威。许多世纪以来，以教会权威为支柱的医学教学一直是以盖伦和希波克拉底的著作为基础的。
因此，在中世纪的大学里常常可以看到这样的一幕：教师拿着盖伦的著作朗读，而助手则进行着示范。
对于中世纪的医学教师们而言，重要的不是人体本身情形如何，而是它要符合并支持盖伦的医学。
尽管如此，一些非正式的科学研究工作像一股暗流一样，一直在悄悄涌动。这种与实践相结合的科学研究，丰富了人们的医学知识，纠正了许多错误的观点。
帕多瓦大学每年进行一次人体解剖示范，借以讲解盖伦的理论。解剖课在专门的解剖楼进行。
解剖楼由几名贫穷的学生管理，他们通过这种办法挣钱维持自己的生活和学习。
医学专业的学生都要出钱，用作维护这座解剖楼的费用。
大学校长有义务在每年的2月份以前，按时向解剖楼提供男尸和女尸。
荷兰著名大画家伦勃朗的画出色地展示了学生上解剖课的情景。大学生在入学以后的第三学期，也就是获得足够的理论知识以后，才能上解剖课。
尸体解剖由专门的外科医生进行，一名普通教授在旁边朗读解剖教科书上的课文，而另一名高级教授负责讲解课文。
该时期雕塑和绘画艺术的飞跃发展也明显提高了人们对医学的兴趣。对人体的兴趣促使人们着手研究人体构造。
搞尸体解剖的除医生外，还有画家。譬如莱奥纳尔多·达·芬奇就画了人体各个部分的解剖图形和许多动物的解剖图形。
看着人体的血管、肌肉、器官，哥白尼看到了人体构造的实物，也引起了他对医学的浓厚兴趣，但是比起天文学的兴趣，那可就差之万里了。
哥白尼从1501年进入帕多瓦大学就读。在这里，他广泛地阅读几个世纪以前的和当代的医学著作，并且把书本上学到的知识同自己在医院的观察进行了认真的比较。
按照当时学校的规定，医学生必须在医院里实习一段时间，实践课考试才能及格。
哥白尼学医学同他研究天文学采取的是同一方法，即把书本知识与他从实际观察中得来的知识加以对照。这样，哥白尼不但能够把书本知识学得非常扎实，而且还可以使自己不为错误观点所束缚，在学习的过程中可以批判旧观点。
从保存下来的哥白尼用过的课本来看，读书时代的哥白尼是一个颇为认真的好学生。
哥白尼在天文学上有创建性的见地，在医学上却没有超过时代的局限，尽管有些人说他在医学领域也有很大的成就。
在保存下来的哥白尼的课本中，还留有哥白尼写下的不少批注，记录了他当时的一些意见和看法，其中不乏笑料。
例如那上面记录着这样一些处方：“用果树树脂在啤酒中烧开三次，然后在吃饭时喝下，有助于治疗痛风。”
哥白尼开始也不会筛选药方，只是一味地接受，通过实践才对一些药方进行比较鉴别，进而得出了自己的结论。
哥白尼在医学书的白边上记下的话，不光有各种有趣的医学知识和其他各方面情况，也有他本人的批评和看法。
哥白尼曾这样写道：“这要么是假的，要么是从未有过的事，所以不能相信它是对的。”