在“2005年全国十大考古新发现”评选会上，参选单位、评审专家围绕入围的25项考古新发现，提出三大谜团。
西汉农民“丰衣足食”为何起义？
河南内黄三杨庄汉代聚落遗址是因为黄河的某一次大规模洪水泛滥而被淤沙淹没深埋，洪水过后这里又成了后来河道的一部分。因此整个聚落遗址内的各类遗迹得以原貌保存，是目前全国汉代考古中唯一发现的。
这使考古专家倍感好奇，遗址中可以看出每户农家距离很远，中间是他们自己的农田，俨然是“包产到户”的做法。他们过的是自给自足的生活。这种情况是地区性还是全国性？如果是全国农户都过着这样殷实的生活，那西汉末年的农民起义又是如何发生的？是如历史课本所称的残酷统治，还是出现了某种天灾？
梁带村遗址属“梁国”还是“芮国”？
陕西韩城梁带村两周遗址出土的青铜方壶上铸有两条铭文：“内（芮）太子作铸鬲子子孙孙永宝用享”、“内（芮）公作铸鬲子子孙孙永宝用享”。
考古队员介绍说，从考古挖掘来看，该遗址有可能是梁国贵族墓地。但出现“内（芮）太子”、“内（芮）公”铭文的遗存则又有可能属于芮国遗存。按《左传》《史记》记载，今天陕西韩城为春秋时期梁国所在地，而如今距韩城约100多公里的陕西大荔县一带才是芮国国土。
“如果梁带村遗址确认为芮国的，那就把史书上记载的梁国的位置给挤没了。”陕西省考古研究所的一位工作人员说。当然，还有一种可能性，便是《史记》等史籍对这段历史的记载就有误。
大明宫丹凤门为何没有“车辙”？
西安唐长安城大明宫丹凤门遗址考古搞清了丹凤门的布局形制，发现了唐玄宗时期修缮丹凤门楼的珍贵遗存，还根据出土的被烧炸裂的石构件残片和木炭碎块，推测出丹凤门最后毁弃于一场大火之中。
有专家问：“那有没有发现铺路石和车辙？”
考古所的工作人员回答“没有。”这个回答马上引来各种猜测。有听众说：“不是有唐太宗《步辇图》吗？这个门是皇帝才能走的，而且不坐车走。”
社科院考古研究所所长刘庆柱认为：“丹凤门就相当于咱现在的天安门，象征意义更大。车辆、人流可能是走旁边的腋门。”还有另外一种可能性：门下铺的砖石后来被揭掉，运往新都修建新的宫门去了。
一处遗址就是一段历史，这些远古的遗址留给我们太多的疑问，也许只有寄希望于史料的深入研究才能告诉我们答案。