玛雅文明的突然消亡一直都是美洲考古学上一个永久的谜团。有科学家提出，玛雅遗址发现的遗骸有可能是大屠杀的后果。
考古学家和法医学专家在位于危地马拉的一处古代玛雅城市——康库因遗址上进行探索，探索中他们发现在一个祭祀池中以及其他一些地方至少有50具骨骸。这是一场战争中的受害者和他们被肢解的遗骸，同时，这场战争也摧毁了这座城市，而这似乎也正是玛雅文明全盛时期走向崩溃的开始。
大约在公元800年，占领者有预谋地毁掉了宫殿和纪念碑，围捕了康库因城的国王和王后、朝廷成员、城里的男人、女人和儿童，对他们进行大规模屠杀，且大多数是用长矛刺死或用斧头砍断脖子或头颅而死的。然后，将大部分残缺不全的尸体扔到了宫殿的池塘里或是埋在了很浅的掩埋坑中。范德比尔特大学的考古学亚瑟·A·德玛瑞斯特说：“在这场残忍而血腥的屠杀之后，事情并没像人们在全盛时期的玛雅遗址所发现的那样发展。康库因城被彻底地遗弃了，就像帕斯容河下游的许多其他的城市一样。”
最初发现这些杂乱的骨骸的是两位危地马拉的考古学家。而后，在获得了国家地理协会授权之后，研究者才得以继续进行法医学研究。其研究内容包括对遗骸的DNA测试，以证实是否大多数受害者都如考古学家怀疑的那样是一个庞大的皇族家庭成员。
发掘出遗骸的池塘是一个用泉水灌注的池子，周围有用石头围砌的边，面积为90平方码（72.9平方米），它是整个宫殿建筑群中渠道网络的一部分。考古学家猜测它应该是循环水系中神圣的部分。目前，调查者已经得出结论，从池塘的淤泥中所发掘的遗骸至少是分属31个人的。国王和王后的遗骸是在72米以外的浅埋坑中被发现的。同时在皇宫北边还发掘出了几十具其他骨骸，其中有一些是被肢解了的。
德玛瑞斯特博士推测占领者通过杀死城市里的精英并将他们残损的尸体扔在举办仪式用的水中。同时，他还注意到另一奇怪之处，那就是入侵者似乎对被他们杀害的人表示出了一种尊重。康库因城的国王坎·马科斯是以完整的王权仪式被埋葬的。他的脖子上还挂着写有他名字和头衔的项链。他们还将受害者和受害者最好的礼服、装饰品以及大量翡翠、美洲虎牙串成的项链和稀有的贝壳掩埋在了一起。
南卫理公会教派大学研究玛雅考古学的专家戴维·A·弗雷多并未参加此次研究，但他同意在玛雅战争中被征服的皇家成员和贵族遭到消灭正是全盛时期结束的关键起点这一观点。他还补充道，一个被打败的统治者有可能被处死，并不会殃及整个宫廷成员。弗雷多博士说：“而这种极端的暴力行为正是玛雅文明在崩溃时期的特征。”
时间能证明一切，在时间的长河中，玛雅文明消亡的真正原因也终将露出本来的面目。