李贽，号卓吾，福建泉州晋江人，是明代著名的思想家和文学家。他幼年家道贫寒，七岁丧母，跟随教书的父亲读书识字。嘉靖三十一年考中举人，后来到国子监当了博士。这博士本来是讲授“五经”的教官，可是李贽从小就“三不信”。——不信学（指儒学），不信道，不信释（即佛），因此，他给监生们讲学时就故意取笑说：“有人讲，’天不生仲尼（指孔子），万古长如夜‘，怪不得羲皇时候的人，白天还要点着灯笼走路呢！”监生们忍不住哈哈大笑起来。接着，李贽便侃侃而谈，讲起了不能事事都照孔子的话去做的道理。这不明摆着跟“五经”唱反调么？所以，他只教了三个月的书，便被调到南京任刑部员外郎去了。在此期间，职务清闲他便读书、写书、进行学术研究，终于自成一家。他还结交了不少志同道合的朋友，名声也渐渐大了起来。
五十岁那年，他被任命为云南姚安知府，算是个正儿八经的“官”儿了，可是，他当了两年就不干了。原因是他受不了上司的勒索和迎来送往的繁文缛节。他独出心裁，把自己的头发剃光，僧不僧俗不俗地往大堂上一坐，就开始问案。巡抚质问他，他竟说，上边没规定当官的必须留头发，这是个人癖好，与官箴无关，把巡抚气得要死。李贽不想当这个庸庸碌碌的官，并且觉得做官不太自由，束缚了他的个性发展，便主动离职，全家迁往黄安，到好友耿定理家开设的“天窝书院”教书去了。此时，耿定理的大哥耿定向正丁忧在家。李贽就与耿定向常常就孔孟之道展开辩论。耿曾任过刑部侍郎等职，是个道学官僚，满口子曰诗云，李贽不直接批驳他，却总提出一个个设问来，问得耿定向张口结舌，实则是李贽的学说占了上风，因此二人的关系很紧张。后来耿定理去世，耿定向回到北京任左佥都御史，竟说李贽“迷误耿家子弟”，李贽一气之下，离开了黄安到了湖北麻城。
在这里，由朋友们资助，他建了一座寺院名为“芝佛院”。按明朝的习俗，退职的官员被称为“乡官”，少不了参与官场的应酬。为了摆脱这些烦扰，一心钻研学问，他索性穿上僧衣，假装当了和尚。其实他既不诵经礼拜，又不吃斋打坐，甚至连个法号也没有。人们都称他为“卓吾先生”。芝佛院实际上只能算作个私人的佛堂。他在这里一住就是二十年，写出了《藏书》、《续藏书》、《焚书》、《续焚书》和《史纲评要》等著作。他的朋友们，上至尚书侍郎，总督巡抚，下至进士举人、县学生员，都常常跑来向他求教。同时代的人，他只佩服四个人：海瑞——刚直不阿的清官；俞大猷和戚继光——抗倭名将，守疆的英雄；张居正——“胆大如天”的“宰相之杰”。
这期间他仍不断与耿定向进行争论。两人书来信往，并把书信公之于众。耿定向理论不过他，就对他大肆进行人身攻击，李贽则据理力争，把假道学驳斥得体无完肤。尽管通信之时，李贽已经是年近七十的老翁，但这些“卫道士”们还是认为李贽是对上层社会进行挑战，于是，情急之下，买通一些无赖，一把火将芝佛院烧个精光。此后，好友马经纶御史将他接到通州，特意给他盖了一所“假年别馆”，希望他能写出更多的著作来。但是，通州是天子脚下，岂能容他这个“离经叛道”者的存在？礼科给事中张向达就上疏，参劾他多条罪状，不少都是“莫须有”的，如：“尤可恨者，寄居麻城，律行不简，与无良辈游庵院。挟妓女白昼同浴，勾引士人妻女入庵讲法，至有携衾枕而宿庵观者，一境如狂。’致使‘后生小子喜其猖狂放肆，相率煽惑，至于明劫人财，强搂人妇，同于禽兽而不足恤。”他还危言耸听地说，李贽现已“移至通州。通州距都下仅四十里，倘一入都门，招致蛊惑，又为麻城之续”。简直把李贽形容得比洪水猛兽还可怕。朝廷不问是非曲直，将李贽逮捕入狱，勒令将其著作销毁。李贽不愿无端遭受屈辱，在狱中愤而自杀。但是，他的著作却一印再印，一直在人间流传，他也成了一位名传千古的学者。