西沙群岛的海域发现了众多古代沉船。中国水下考古者认为，目前中国水下考古的主要任务是重现久已消失的海上丝绸之路，而寻觅西沙群岛的水下遗物尤其是沉船遗址，是再现海上丝绸之路的一个重要途径。
在西沙北礁调查时发现了为数不少的唐代膏釉罐和宵釉碗，便是当时沉船遗留下的物证。宋、元、明时期，西沙群岛的暗礁仍是阻碍频繁往返的中外船只的一道天然屏障。根据明朝郑和七下西洋的示意图，每次都由南京出发经福建、台湾海峡、南海至越南南部，西沙群岛正是这条主航路的必经之地。这里曾经挡住了多少航船的去路，无人知晓。
南海是中国的边缘海之一，位于西太平洋的北端，它北临中国的广东、广西和东海，东临菲律宾，南接印度尼西亚和马来西亚，西临越南和马来半岛。由30多个岛屿组成的西沙群岛是南海诸岛中四大群岛之一，距离它最近的海南岛也有180多海里。据中国史书记载，早在2000多年前，南海作为中国古代航海贸易的海上丝绸之路，是中国通向东南亚、中东、非洲、欧洲等地的航道要冲。南海一带的海域不好，甚至有的地方称为"死亡之海"，水下暗礁很多，当时海船的设备没法和后来的铁船相比，所以碰上大风大浪、恶劣天气，或者不慎触礁，总会有沉船的可能的，所以沉船并不是偶然的，有大量沉船的发生毕竟是历史的事实。1996年，水下考古队在西沙水域调查时，曾发现距潭门码头180海里处北礁礁盘上有古代沉船遗址，曾有渔民在这一带打捞出大量水下文物，考古队决定将北礁作为此次抢救性发掘的重点。
4～5月间，中国水下考古队在对中国南海的西沙水域进行调查时，发现了大量中国宋、元、明、清时期的铜钱、瓷器及铜器等珍贵文物。消息传出后，一批盗宝者立即将目光转向西沙群岛，开始对这一水域的古代文物进行大肆偷掘和倒卖，多处水下古代遗存遭到严重破坏。对西沙群岛水下文物遗存进行抢救发掘已迫在眉睫。
由中国文物考古部门的23名水下考古专业人员组成的西沙水下考古工作队，在中国南海的西沙群岛对部分水下文物遗存进行了调查及抢救性发掘。1999年1月19日考古队在泊船点北侧约1千米、水深1米处的礁盘上发现一支象牙。这支象牙长度为0.55米，直径约为0.15米。下午，在同一区域又找到另一支较完整的象牙，长度为1.20米，直径约0.2米，周围除发现少量陶瓷残片外，未见其他遗物。根据共存的小量瓷片初步分析，此处遗存年代大致为宋、元时期，象牙有可能产自非洲。三天后，考古队在北礁三号沉船遗址调查时，发现大量青花瓷器，初步断定为明代产品。在这个遗址同时发现的还有4块碇石，这4块碇石大致为明代。有专家认为这类碇石是中国古代木锚的一部分。1月23日考古队将4块石锚当中最长的一块石锚发掘出水。这块石锚长3.2米，重达500多千克，是迄今为止国内发现的最大一块石锚。
1月24日，西沙水下考古队结束了在北礁的考古发掘工作后起程返航。此次西沙水下考古队在海上作业39天，共发现五代、宋、元、明、清各个年代的水下文物遗存13处，近代遗存1处。这些遗存均分布在水下最深35米、最浅1～2米的珊瑚环礁的礁盘之上。采集发掘珍贵文物及标本1500余件，多以瓷器为主，还有少量铁器、铅锡、象牙、船板等。
辽宁省绥中县三道岗海域元代沉船遗址属于第二条航线。1991年7月，绥中县大南铺村的渔民在捕鱼时打捞出一批古代瓷器，初步鉴定为元代磁州窑的产品。中国历史博物馆水下考古研究室接到消息后随即赶赴打捞出瓷器的地点进行第一次水下考古调查，初步断定为一沉船遗址，并拉开了绥中三道岗元代沉船水下考古调查的序幕。
寻找辽宁绥中水下沉船遗址时，检测到一号点水深11米，水下有大致呈南北向条形物，长约25米，宽约5米，类似于船体结构。遗址中的沉船是一艘满载元代磁州窑瓷器和铁器的商船。船长约21米，宽约6米，船体已被小虫吃掉，只剩下船体中和散落在周围的大量元代铁器和瓷器。从残存情况观察，原来船舱内是将铁器置于下层，瓷器覆盖在上面，故散落在周围的主要是瓷器。瓷器大部分是磁州窑的典型器物，并不乏龙凤罐婴戏罐一类精品；也有纯白釉的梅瓶，仿建窑的黑釉瓷器和绿釉瓷。现在散落的瓷器已大都打捞出水，仅完整的磁州窑瓷器就有4000余件。根据资料对比，可推断装运的瓷器产于磁县观台窑。同船铁器很可能与瓷器产自同一地区，因磁县在宋元时期也是全国主要的冶铁地点之一，但经过700余年的海水浸泡，铁器已被锈蚀异结成大块。根据沉船现存主体的体积推测，这条船的载重量应在100吨左右，而沉船的确切年代应是元代晚期。
在海上丝路这条上下千年、连贯亚非欧大陆的古老航道下，隐藏着不同文化相互交流的见证。1972年，在珠海市三灶岛草堂湾发现一条古沉船，当地村民多次潜入沉船探摸，发现舱内有香果和槟榔，香果药味很浓，估计是唐代阿拉伯国家的商船。船木经碳14测定，结论为稍早于唐代。1987年8月，交通部广州海难救捞局与英国海洋探测公司合作在广东省台山县川山岛附近海面进行探测作业时，发现了一艘南宋到元代的沉船，并打捞出了200多件宋元瓷器，还有银锭、铜钱、锡壶和镀金腰带等物，进而推测沉船是一艘来自南亚或西亚的外国船，来到中国的东南沿海地区进行贸易活动。在满载一船中国货物返航时，在此遇海难而覆没。欧洲人的地理大发现，带来了东西贸易的新时代，同时也增加了中国海域的西方沉船数量。法国CMAX公司和瑞典东印度公司基金会等机构都掌握了不少有关沉没于中国海域的西方商船的背景资料，并提出与中国共同进行水下考古发掘。据中国专家估计，在数以千计的沉船中，外国沉船大约占30％。
世纪60年代，曾在山东长山列岛南五岛与北五岛之间的砣矶岛附近的海域中，打捞出完整的岳石文化时期的陶罐，陶器表面布满沉积在上面的细小海生生物遗骸，可以肯定曾长久淹没在海水中。由于器物完整，可推测它们是当时随沉船而落入海底的。岳石文化距今4000年左右，如果这里有岳石文化的沉船，那将是现今世界最古老的沉船。1979年，在山东庙岛群岛黑山岛附近的海域找到了汉代遗物，又在庙岛西海塘近岸处的海底，发现了数片在山文化和岳石文化的陶片，当然还有一些明清时期的青花瓷器。这些零星的发现，虽然不属于沉船遗迹的范畴，但至少提高了这一带海域中存在岳石文化乃至龙山文化沉船的可能性。
从1278年至1279年，宋元军队在海上先后进行了甲子门海战、十字门（今珠海横琴岛与澳门三岛间的狭窄海道）海战，最后对崖门海战中宋军被元军包围，2000多战船只逃脱800艘，其余全部覆没。南宋宰相陆秀夫背负幼帝在临海的奇石上跳海自尽，南宋王朝遂告灭亡。
～1992年，中国水下考古队员曾先后三次在银洲湖进行水下调查。在第二次调查时使用旁侧声纳对奇石周围的海域进行寻找，确定了几个沉船点。第三次调查时，则在这些地点潜水取了一块船板，碳—14测定，年代为距今690年，正和史书所载的宋元海战年代基本相符。
台风、暗礁等自然灾害曾使那些漂泊的商船沉睡海底，战争等人为因素又增添了无数水下遗迹。据专家估计，在中国沿海有不少于3000艘的古代沉船。然限于人手和财力，目前已着手挖掘的古船遗址尚不足沉船总数的1％。
中国领海疆域辽阔，5000年华夏民族创造了无比灿烂的人类文明。由于中国所处的地理位置及其辉煌无比的古代文化艺术与外交活动，各种原因而消失在领海内的宝藏，简直让人无法评估。