（三）庞大的修书机构
翰林院坐落在京城东安门外玉河西岸，为元代鸿胪寺署址。翰林院里聚集着大批进士出身的文人士子，他们主要负责记载皇帝的起居言行，编修国史和其他书籍，讲解经史以及草拟国家的典礼文件等。此外，翰林院还有大量的政府藏书。整个院落坐南朝北，阆苑重回，南头深处偏西的一组房屋便用来做四库的馆舍。它东与“清密堂”相对，东南院中是一泓池水，楼阁亭台，布局古朴雅致，是个绝佳的编书场所。
按照清代修书惯例，凡由朝廷撰修部头较大的书籍，都要开设书馆，集中所有撰书人共同撰写。修书馆有各种不同的类型，分别隶属于不同的政府部门。如用编年体形式记载皇帝言行的实录馆，撰修明朝历史的明史馆，分类编撰政府机构执掌事例的会典馆，又有内阁监管；记述重大用兵行动的方略馆（属于军机处）；撰修清宫家谱的玉牒馆，隶归宗人府；而为本朝修史的国史馆则附属于翰林院。有些馆是常年开着的，如国史馆和方略馆，有些为临时而开，如实录馆和玉牒馆，每接修书时则开馆，书成即闭，下次临期再开。还有特开的，即专门为修某种书而开，书成后即撤销，如明史馆、会典馆等。四库全书馆属于后一类，只是它并不附属于任何机构，而是由朝廷直接掌握，足见对其的重视。
为了保证修书工作的顺利进行，四库建立了一整套严密完整的组织体系和编撰制度。馆内最高长官是正总裁，另外还有从旁协助的副总裁。出任总裁的都是宗室亲贵或政府的高级官员。正总裁一般由皇帝的儿子和大学士担任，副总裁由六部尚书或侍郎兼任。但是，在先后任命为总裁的二十几人中，多数人只是挂名而已。如正总裁中名列在前的永瑢、永璇、永瑆三位皇子，他们的主要任务是对修书官员的监督，对实际的修书并没有什么贡献。真正作出贡献的只有于敏中和金简等少数人。总裁之下有总纂官、总阅官和总校官，他们是编撰工作的主持人。总纂官总理编书事宜。总阅官总管各种书籍的审定，总校官总管对书籍的校订。又有总目协勘官，协助勘定《四库全书》总目。总纂官下面是纂修官，分管书籍的编撰、辑佚、编写提要和查勘“违碍”书籍等事。总校官下面有分校官，分任经、史、子、集各类实际的文字校勘工作，如篆隶书、绘图等，则指派专人负责处理。此外，撰修官也兼任分校工作。这些人主要来源于内阁、翰林院等处，担任编撰、校勘工作的多是当时的著名学者。
除了翰林院以外，武英殿也是四库成书的重要场所。武英殿通常被称为造办处，雍正年间改为修书处后奉皇命刊刻书籍，《古今图书集成》就是在这里用铜活字印刷成书的。四库馆在武英殿设立缮书处，专管全书的誊录抄写，设置总校官和分校官查检抄写誊录中的字句脱漏和其他的错误。这里是全馆校对人员最多的地方。乾隆四十八年以后，因为添抄三份全书，又在现在东华门外的云神庙、风神庙分设经、史、子、集四局，置校对、收掌各官，分头抄写。
此外，四库书馆还设有提调官，负责提取翰林院和武英殿两个地方的藏书；有监督官，专管督促书籍的编抄工作；有监造官，管理书籍的刊印装订事宜；有收掌官，管理翰林院、武英殿的书籍出版。
在四库书馆的各个部门中，缮书处的任务最为繁重。它承担着数万册图书的誊写工作。而且每本书都要抄写七份，再加上时间紧迫，缮书处除专职校对官以外，还征用了数千名誊录人员。如此庞大的一个四库馆究竟有多少人呢？根据《四库全书总目》卷首开列的馆臣职名和其他文献记载：从乾隆三十八年开馆到乾隆四十六年第一份全书完成，四库馆一共任命正式馆员三百六十人。此外开馆期间共征用抄写人员三千八百四十一人，与前项合计，共有四千两百零一人，大大超过了修撰《永乐大典》时的规模。还有一些未见于题名录的撰修、抄写以及四处打杂的办事人员一两百人，只是记载不详，无从考证。但是仅仅从数量上看，我们就可以想象出这是一项多么浩大的工程。
四库馆的组织机构运转得有条不紊，内部人员分工明确、各司其职、互相配合默契。同时乾隆帝还亲自过问有关修书的重大事宜，监督严厉、赏罚分明，对有贡献的予以奖励，对失职者严加处分。《四库全书》耗时不到十年，在当时手抄默写的年代，一部近十亿字的巨著能以这样的速度问世，这与它自身强有力的组织领导机构和乾隆帝的严密监督是分不开的。编撰《四库全书》的书籍大致来源于六个方面：
1.清代皇帝的著作和清初以来奉皇帝命令编撰的书籍，也就是“赦撰本”；其中又分为在四库馆未开启以前已撰和开馆后临时编撰加入的两种。
2.宫中收藏、供皇帝浏览翻阅的皇家藏书，即“内府本”。
3.从明朝《永乐大典》中辑录的佚书，即“永乐大典本”。
4.各省官员在当地购买或者借抄的书籍，即“各省采进本”。
5.民间藏书家以个人名义主动或者奉旨送入馆中的“私人进献本”。
6.当时坊市间最流行的书籍即“通行本”。
以上书籍，前三种统称为政府藏书，后三种则统称为各省公私进书。在书籍来源中，后三种居多。
地方各省的大规模献书是从乾隆三十八年开始的，由于大家仍笼罩在文字狱的阴影之下，在此之前反响甚微。后来乾隆帝下了一道严厉的谕旨，命令各省官员以半年为期限办妥此事，否则唯该督抚是问！经过此番警告后，各省官员才开始积极地收献图书。
民间藏书方面，以享有“文人渊薮”的江浙地区独占鳌头。
这里有很多藏书大家。如浙江宁波范氏的“天一阁”，杭州赵氏的“小山堂”和鲍氏的“知不足斋”等等。乾隆帝下令此次征书以这些藏书家为重点。后来听闻扬州商人马裕家中藏有多种唐宋秘本，由翰林出身熟悉典籍的两淮盐政前去商借。此外乾隆帝还大加鼓励私人藏书，对藏书一百种以上的给予奖励。各地采集的图书由总督或巡抚送到北京交给四库馆评定处理。关于评选书籍的标准，乾隆帝早有旨意：“择其中罕见之书，有益于世道人心者，寿之梨枣，以广流传。余则选派誊录，汇缮成编，陈之册府。其有俚浅讹谬者，止存书名，汇入总目，以章右文之盛。”这里所说的“有益于世道人心”，是指有利于清朝统治者和君主专制。根据这一原则收集来的图书，连同所动用的内府藏书和《永乐大典》中所辑佚出来的图书，被分为三类分别对待。
清朝历代皇帝的御制诗文，有经过钦定的“赦撰本”，以及乾隆帝认为有重要价值的书，列为“应刻书籍”，除抄入《四库全书》外，还另外刊刻出版，以流传百世。对清朝统治有利、被认为内容合格的作品，列为“应抄书籍”，将原书抄入《四库全书》。不符合上述两条，又不被列为明令禁止的书籍，列为“应存书籍”，原书不收进《四库全书》，仅列在《四库全书总目》的书目和提要里。开始评定时，先由撰修官比较同一本书各个版本之间的异同，选择质量最好的作为底本；校订后写出有关考证；再为每本书撰写提要、叙述作者的生平以及本书的学术价值，将其装订在书的前面；然后注明应刻、应抄或应存的处理意见，送给总撰修官设定，改定后，呈给皇帝审批。经皇帝审阅后，决定收录的书，就交给武英殿的缮书处抄写，誊录好之后，再经过分校、副校和总校，确信没有错误，就可以作为定本，等候装潢插架了。此外，乾隆帝还借征书之便大肆禁书。四库馆臣在修书的同时，也忙于检查各省征集的图书，发现内容有碍的就定为应禁书籍，集中交到军机处。这样仍不放心，在各省书籍发还前，由正总裁带领十三名撰修官，对明代以后的书，逐一自行检查，唯恐稍有遗漏。
那么乾隆帝为什么要在征书之时又大肆采取禁书的行动呢？他为什么对明清之际的著作及其他带有民族思想的作品如此不安呢？要弄清楚这个问题，我们需要了解清王朝建立的过程。众所周知，清王朝是由满族贵族建立起来的。满族原本是我国东北境内的少数民族，其祖先在宋代建立过金朝，是女真的一支。明朝时被称为“建州女真”，明曾在建州设置三卫，清朝的始祖努尔哈赤曾任建州左卫都督，还接受过明朝“龙虎将军”的封号。后努尔哈赤实力不断扩张，建立了后金政权，遂与明朝抗衡。1636年，其子皇太极称帝，改国号为清。
1644年，清朝统治者入关取代了大明王朝。我国是个多民族的大国，在中国历史上，少数民族建立政权的事情屡见不鲜。但是由于封建时代人们固有的民族偏见，一直存在“华夷”之辨和“正统”的问题。虽然清朝取明朝而代之，但是仍有不少汉族大臣从这一观念出发，不承认清朝是“正统”，企图推翻清王朝的统治。而在清朝初期，统治者利用暴力推行了一系列的民族高压和民族歧视的政策，大大激发了民族矛盾，引发了风起云涌的反清复明的斗争。康熙后期，斗争逐渐平息，但民族思想和有关明清之际史实的记载还大量保存在当时人的著作中。
乾隆帝下令修书时，清王朝已统治中原一百多年了，政权已得到了稳固。但是清统治者依旧对此事疑虑重重，认为让人们了解了清与明早期的关系和清初的反抗斗争的真实情况，会威胁到清朝的统治。所以随着征书活动的逐步展开，便利用这一机会对全国所有的书籍进行审查，彻底消除这些有可能对清王朝不利的书籍。乾隆三十九年秋，从各省征集的书籍已超过一万部之多，乾隆帝认为时机已经成熟，于是公开打出了“查缴禁书”的旗号，发动了这场规模宏大的禁书活动。
（四）《四库全书》的修撰：鸿才儒学汇聚一堂与七库藏书
清政府的四库馆中聚集了来自全国各地富有名望的学者，有史学家、经学家、还有精通天文和地理及金石考古方面的人才，真可谓是鸿才硕学汇聚一堂。其中，首当其冲的是人称“一代文宗”的总纂官纪昀。纪昀，河北直隶人。当时被称为“河间才子”。纪昀博学多才，学问渊博，文采过人，曾任乾隆的文学词臣。乾隆三十六年土尔扈特部返回祖国，纪昀以“土尔扈特全部归顺”题诗作赋，深得乾隆帝赏识。四库开馆时他被任命为总纂官。他在馆期间以全部精力致力于修书活动。对四库编撰作出了重要贡献。全书的体例、分类，《四库全书总目》的撰写等都由他亲自确定，几万篇提要，也都由他润色增减改定。由于纪昀的博学多才，因此在评定图书的时候，可以取其精华、弃其糟粕各得其要旨，全文首尾呼应。由他执笔的《进书表》是一篇很出色的骈文，就连乾隆帝见后都大为赞赏。修纂四库是很辛苦的，纪昀在《进书表》里所述“禁中方警，起蓬馆以晨登；鹤签严关，焚兰膏以夜继”描述了馆臣们晨起夜寐的紧张修书生活。除了纪昀以外，还有纪昀的得力助手陆熙熊，他为《四库全书》的考订和提要的编写做了大量的工作。陆熙熊以其严谨的治学态度和深厚的文学素养为各种图书写了考证，作者生平考察撰记，归纳书中的精华要义。编写书目提要，花费了很多时间和心血，此外还有校勘《永乐大典》的三个撰修官戴震、邵晋涵、周永年等人。戴震是经学大师、皖派汉学领袖，他擅长考证，具有朴素唯物主义思想，其学术研究与一般的汉学家相比，具有较深的思想内涵。邵晋涵是著名的史学家。他以《册府元龟》等书为蓝本，从《永乐大典》中辑佚出失传已久的薛居正的《五代史》，即《旧五代史》。他有较深的文学素养，记忆力超群。在修撰《四库全书》时，不论总裁问到哪一历史事件，他都能立刻将该事件在哪本书的哪一页准确无误地说出来。他为修撰四库做出了很大的贡献。周永年著有《儒藏说》，他是全国大规模搜集收藏古书的倡导人。他无论酷暑严寒，每日挑灯夜战，终于将刘敞、刘放兄弟的《公是集》和《公非集》等罕见的古书从永乐大典的残本中辑录出来，为校勘《永乐大典》做出了十分突出的贡献。除此以外为《四库全书》的编撰成书做出贡献的，还有于敏中、金简、陈际新、李潢等人。《四库全书》是众多学者辛勤合作的产物，是他们心血的结晶。
《四库全书》修成后，乾隆帝分别兴建了七座藏书楼，它们分别是位于北京皇宫之中的文渊阁、位于北京西郊圆明园的文源阁、承德避暑山庄的文津阁，此外还有位于盛京的文溯阁、江苏扬州的文汇阁、镇江金山寺的文宗阁和浙江杭州西湖的文澜阁。文渊阁是仿照浙江宁波的天一阁所造。早在乾隆三十九年，乾隆帝就开始考虑《四库全书》的贮藏问题。他意识到要完整妥善地保存这部大型丛书，需要建筑专用的藏书楼。他命杭州织造亲自前往宁波考察天一阁的建筑结构和书架样式，用尺子丈量，进而绘成标准的图样以便效仿。在这些藏书阁中，文津阁和文源阁首先竣工，接着又在宫中修建了文渊阁，随后沈阳的文汇阁也宣告竣工。这四座皇家藏书楼的建筑形式和结构均仿照范氏的天一阁，但也有自己的特色。以文渊阁为例，虽然外观与天一阁相似，共两层，但实际上是三层，上下层之间多设一个暗层，以便图书的保存。其他三阁的形式与文渊阁基本相同。每建一阁，乾隆帝都要亲自撰文记述修书的原因和建阁的经过，并刻石立碑。经过装帧而进入七阁的《四库全书》都是很精致美观的。首先全书的抄写格式是统一的，书页为“朱丝栏”，用端正的小楷抄写。用纸也很讲究。由于《四库全书》的篇幅较大，装帧时对经、史、子、集用不同颜色的绢面包装，以便对他们加以识别。此外用四季的颜色来标志书的不同部类。绿色用来标示经书，红色用来标示史书，白色或浅色用来标示子书，集书则用黑色或深色来标示。《四库全书》自进入七阁以后，便与七阁命运与共，乾隆以后，清朝统治开始衰落，内忧外患，《四库全书》的遭遇，也是多灾多难的。七阁藏书都没有完整地保存下来，大部分遭到不同程度的损毁。
《四库全书》完成至今的两百年间，中国历经多次动乱，多份抄本在战火中被毁。其中文源阁本在1860年英法联军攻占北京、火烧圆明园时被焚毁，文宗、文汇阁本在太平天国运动期间被损毁；杭州文澜阁藏书楼于1861年在太平军第二次攻占杭州时倒塌，所藏《四库全书》散落民间，后由藏书家丁氏兄弟收拾、整理、补抄，才抢救回原书的四分之一，于1881年重新存放入修复后的文澜阁。文澜阁本在民国时期又有一次大规模修补活动，目前大部分内容已经恢复。因此《四库全书》至今只存3套半，其中文渊阁本原藏北京故宫，后经上海、南京转运至台湾，现藏于台北故宫博物院（也是迄今保存较为完好的一部）。文溯阁本1922年险些被卖给日本人，现藏于甘肃省图书馆。避暑山庄的文津阁本于1950年调拨到中国国家图书馆，这是目前唯一一套原架原函原书保存的版本。而残缺的文澜阁本则藏于浙江省图书馆。