中医用方药治病最初源自用药知识的积累，于是有《神农本草经》问世，又经众多方证的积累，再有《汤液经法》集成。经过几千年的积累，中医药的神奇疗效人所共知。方剂是在辨证立法的基础上，按照组方原则，选择适当剂量的药物配伍而成。方剂配伍的原则，是按各药在方中所起的作用，分为君、臣、佐、使四部分。传统的方剂配伍研究主要是采用“方论”的形式，即运用中医藏象、辨证、药性等理论，阐释方剂组成药物的君臣佐使关系及其作用原理。
其中“君臣佐使”的组方原则将方剂中纷繁复杂的药物配伍关系以“君臣佐使”
加以高度概括，言简意赅，内涵丰富。
运用“君臣佐使”的组方原则有助于分析研究古今的有效成方，指导临床新方的创制。如《素问·至真要大论》所说：
“主病之谓君，佐君之谓臣，应臣之谓使。”“君”药，即主药或主治药，是针对主症或病因而起主要治疗作用的药物；“臣”药，即辅药或辅助药，是协助主药更好地发挥作用的药物；“佐”药，又叫兼制药，是指协助主药治疗兼症，或兼制主药以消除某些药物的毒性和烈性，或起反佐作用的药物；“使”药，又叫引药，是指引导各药，直达病所的引经药，或对各药起调和作用的药物。假如组方不合“君臣佐使”的法则，就叫做“有药无方”，便失去了方剂的本义。方剂配伍理论指导着方剂的临床运用，来自临床用方的新经验和发现，又不断丰富和发展着方剂学配伍理论。方剂的配伍理论是方剂学理论的精髓，也是方剂学科研究的重点内容之一。
中国医学史中运用方剂疗效如神的医家颇多，然而医圣张仲景的名字总是位列榜首。张仲景名机，南阳郡涅阳人，生于东汉桓帝元嘉、永兴年间，出身在没落的官僚家庭。其父亲张宗汉是个读书人，在朝廷做官。家庭的特殊条件，使他从小有机会接触到许多典籍。他笃实好学，博览群书，并且酷爱医学。他从史书上看到扁鹊望诊齐桓公的故事，对扁鹊高超的医术非常钦佩。“余每览越人人虢之诊，望齐侯之色，未尝不慨然叹其才秀也”。从此他对医学产生了浓厚的兴趣，这也为他后来成为一代名医奠定了基础。当时社会，政治黑暗，朝政腐败。农民起义此起彼伏，兵祸绵延，到处都是战乱，黎民百姓饱受战乱之灾，加上疫病流行，很多人死于非命，真是“生灵涂炭，横尸遍野”，惨不忍睹。而官府衙门不想办法解救，却在一味地争权夺势，发动战争，欺压百姓。这使张仲景从小就厌恶官场，轻视仕途，怜悯百姓，萌发了学医救民的愿望。张仲景从小嗜好医学，“博通群书，潜乐道术。”10岁时，他就已读了许多书，特别是有关医学的书。他的同乡何颙赏识他的才智，曾经对他说：“君用思精而韵不高，后将为良医。”（《何颙别传》）后来，张仲景果真成了良医，被人称为“医中之圣，方中之祖”。
有一次，两个病人同时来找张仲景看病，都说头痛、发烧、咳嗽、鼻塞。
经过询问，原来二人都淋了一场大雨。
张仲景给他们切了脉，确诊为感冒，并给他们各开了剂量相同的麻黄汤，发汗解热。
第二天，一个病人的家属早早就跑来找张仲景，说病人服了药以后，出了一身大汗，但头痛得比昨天更厉害了。
张仲景听后很纳闷，以为自己诊断出了差错，赶紧跑到另一个病人家里去探望。
病人说服了药后出了一身汗，病好了一大半。张仲景更觉得奇怪，为什么同样的病，服相同的药，疗效却不一样呢？他仔细回忆昨天诊治时的情景，猛然想起在给第一个病人切脉时，病人手腕上有汗，脉也较弱，而第二个病人手腕上却无汗，他在诊断时忽略了这一差异。
病人本来就有汗，应为表虚，太阳中风证，再服下发汗的药，不就更加虚弱了吗？这样不但治不好病，反而会使病情加重。于是他立即改变治疗方法，解肌固表，调和营卫，给病人重新开方抓药，结果病人的病情很快便好转了。
这件事给他留下了深刻的教训。同样是感冒，表症不同，治疗方法也不应相同，方剂配伍则完全不同。他认为各种治疗方法，需要医生根据实际情况运用，不能一成不变。以后，张仲景在总结自己治疗经验，著述《伤寒杂病伦》时，将这个治法收入书中。
明代著名医学家张景岳，温补学派的代表人物（公元1563—1640年），又名张介宾，字会卿，别号通一子，明末会稽（今浙江绍兴）人。他为人善良，然而很少有人知道他还有一段急智解危的故事。
一户姓王的人家有个儿子，刚满1岁。
一日，母亲随手拿一枚钉鞋的圆铁钉给儿子玩。小孩不知，误塞入口中，吞到喉间出不来。其母见状大惊，忙倒提小孩两足，欲倒出铁钉，哪知小孩反而鼻孔喷血，情况十分危急。孩子的父母连呼救命。恰好张景岳路过这里，他见状急命其母将小儿抱正，小儿“哇”地一声哭开了。景岳断定铁钉已入肠胃，小儿父母早吓得六神无主，连声哀求张景岳想想办法。
张景岳陷入沉思中，他记起《神农本草经》上有“铁畏朴硝”一句话，想出一个治疗方案。他取来活磁石一钱，朴硝二钱，研为细末，然后用熟猪油、蜂蜜调好，让小儿服下。不久，小儿解下一物，大如芋子，润滑无棱，药物护其表面，拨开一看，里面正包裹着误吞下的那枚铁钉。小儿父母感激不已，请教其中的奥秘。张景岳解释说：使用的芒硝、磁石、猪油、蜜糖四药，互有联系，缺一不可。芒硝若没有吸铁的磁石就不能附在铁钉上；磁石若没有泻下的芒硝就不能逐出铁钉。猪油与蜂蜜主要在润滑肠道，使铁钉易于排出——蜂蜜还是小儿喜欢吃的调味剂。以上四药同功合力，裹护铁钉从肠道中排出来。小儿父母听完这番话，若有所悟地说：“有道理！难怪中医用药讲究配伍，原来各味药在方剂中各自起着重要作用！”
方剂配伍的科学性早已为数千年的临床实践所证明，辨证、立法、选方、用药是中医诊治疾病的具体思维过程，也是中医治疗学最大的特点。但是，在临床工作中，不少医者只强调辨证、立法、选方，对于用药缺乏周密的思考，忽略了古方原来配伍和剂量比例的原则，因此临床效果往往不理想。著名中医岳美中说：“中医治病的巧处在分量上。用量的大小要因人因病而定，以适合病人的体质和病情为宜。”在中医方剂中，如果药物之间用量比例改变，它的主要作用也会随之改变，治疗对象就不同，方名也不同。如厚朴三物汤、厚朴大黄汤、小承气汤均由大黄、枳实、厚朴三味组成，但用量不同；主治和治疗的目的也不同；故方名也改变。还有的方剂，药量增减，只改变其效能，而不改变其组成。如桂枝汤原为调和营卫之方，若加重桂枝用量则变为桂枝加桂汤，功能即成温阳镇冲之剂。“用药如用兵”，只要周密地考虑药物之间配伍以及剂量比例，那么制方遣药，进退有法，转灵多变，用量独出心裁，方剂就成为有制之师。所以有人说：“中医不传之秘在‘量’上。”
随着现代科技大发展，运用现代实验方法则能将这种科学性客观地展现在人们面前，从而使方剂学的配伍原则不再是玄妙深奥、难以捉摸的理论。例如，吴茱萸汤与单味吴茱萸是止呕的主要药物，该方的镇吐及对胃运动的抑制作用主要来自吴茱萸，体现了君药针对主证起主要治疗作用这一方剂的组成原则；人参、大枣虽无明显止呕效应，却能增强全方的止呕作用，且大枣还能降低吴茱萸的毒性；四药同用，止呕作用最强而毒性最低，充分反映了该方配伍的合理性。四逆汤是回阳救逆的经典方，四逆汤证为厥逆、大汗、脉微细欲绝等，与休克的临床病状非常相似，故该方常作为目前临床抗休克的主要方剂之一。实验表明，四逆汤有明显的强心和升压作用，其中附子虽有一定的强心升压作用，但远较全方为差，且可导致异位心律；干姜对心血管系统未发现任何有意义的生理效应，并可使脉压增大，但无强心作用。而四逆汤全方的强心升压作用不仅明显优于个单味药，并能减慢窦性心律，避免单味附子所产生的异位心律失常，显示了臣药及佐药与君药之间通过相辅相成配伍而发挥的减毒增效作用。四物汤为补血的代表方，能够改善骨髓造血机能，有明显的抗贫血作用。四君子汤的抗贫血作用虽然较弱，但其与四物汤合方组成八珍汤时，则抗贫血作用显著增强，表明补气药可以增强补血药的补血功能，气血双补剂的抗贫血作用较单纯补血为优。这不仅说明以气血双补法治疗血虚证的合理性，而且也从一个侧面进一步证实了中医补气生血理论的科学性。将血府逐瘀汤分为总方、活血、行气三部分，观察各部分对实验性微循环障碍大鼠肠系膜微循环及动脉血压的影响，结果发现方中活血组能明显改善由高分子右旋糖酐造成的大鼠急性微循环障碍；行气组的作用不明显；二组合用（及总方）的作用最强，提示该方中活血药与行气药具有协同作用。行气药在活血化瘀之剂中具有重要的配伍意义，从而反映了中医学理论中“气为血帅”“气行则血行”的科学性。