中医理论博大精深，但由于未通过数字化和形式化使其科学性直观地凸现出来，因而对它的理解完全取决于研读者的“悟性”，故而能真正理解和全面掌握它的人只是极少数。作为其理论基础的阴阳五行学说被誉为中医学的说理工具和方法论，更是难以理解应用。
关于阴阳，20世纪的中医教材和著作几乎均认为源于《周易》，易学家早已指出：“ 《易》以道阴阳。”在阴阳说流行之时，即战国中晚期之间为易学家所采用。从历史来看，易学家援阴阳以说 《易》，与医学家引阴阳以说医及农学、天文学、军事、建筑学等学科吸收阴阳以说理，是同步进行的。阴阳学说是中医基础理论的重要内容，是中国传统的唯物辩证法，对认识人体、认识疾病、辨证论治等均具有重要指导作用。阴阳是对一个整体既相互对立又相互依存的两个方面或两种属性的抽象概括，它不仅包含西方的唯物辩证法，而且较之高出一筹。
阴阳学说具有五大要义，即阴阳的共存、对立、互根、平衡和转化。西方的唯物辩证法只讲对立性，而不讲互根性和平衡性。然而，互根和平衡是和谐的基础，因此，阴阳学说实际上是一种和谐化的辩证法。若六淫、七情等因素导致人体阴阳的偏盛偏衰，失去相对平衡，就会使脏腑经络功能失常，从而引起疾病。阴阳的不平衡主要是出现一方的“不足”与“有余”。“阴胜则阳病，阳胜则阴病”。针对人体疾病的这一主要的病理变化确定治疗原则和方法，调节阴阳的偏盛偏衰，可以使机体转归于“阴平阳秘”的状态，恢复脏腑经络的正常功能，从而达到治愈疾病的目的。
中国古代没有人注重五行的本体是什么，注重的是其功用。五行的本义是以木、火、土、金、水为说明物，使人明晓条达、炎上、稼穑、从革、润下五种不同之性。五行配时空和五行配五脏是哲学的五行观向中医学渗透的最关键一环。古人认为阴阳仅能说明一切事物的矛盾统一，却不能说明它们之间有机的联系和制约，于是便以五行来说明事物运动发展的过程。五行是对同一个系统既相互助长又相互抑制的五个方面或五种属性的抽象概括。与阴阳的对立性相关，整体的状态取决于五对具有相克关系的二行强度比重之差，是对五行平衡性的刻画。由此不难看出，五行学说是阴阳学说的引申和发展。
阴阳五行的辨证思想影响了中医学，中医利用阴阳五行辨证方法，分析疾病，治疗疾病，认为人体疾病产生是由于阴阳失去相对平衡、五行失于相生相克的动态平衡所致的当五行中某一行出现太过或不及，不仅这一行与其他任一行之间的不平衡关系加剧，而且该行与其他四行的关系在总体上也出现了不平衡，阴阳五行失去平衡就产生疾病。这为认识疾病、用辨证施治方法治疗疾病打下了理论基拙。
中医临床上运用五行生克规律，是根据人体内脏的变化活动和相互关系，并结合长期医疗中所积累的经验知识，因而有效地指导了中医临床。五行中具有对立性的任意二行，一方阴盛，则另一方阳虚；一方阳亢，则另一方阴虚；但一方阴虚，另一方既有可能阳亢，又有可能阳虚；一方阳虚，另一方既有可能阴盛，又有可能阴虚；五行中具有同一性的任意二行，其阴阳的盛虚具有同一性。这也反映出疾病传变的规律。但这种情况只是可能发生，而不具有普遍性。
它以经络脏腑为核心，剖析人体生理病理动态的系统、层次、生克、虚实、集散、串并、因果、转归等泛系关系。人体内脏之间本有一种调整的本能，表现为相依相存，相反相成，保持其活动均势，是为正常现象。反之，当生不生，当制不制，或相生不及，相制太过以及其他紊乱现象，都是病证，经综合分析辨清证候属性，在这种情况下运用五行生克规律来治疗，即补母泻子，抑强扶弱，才会收到确切疗效。
我们发现中医学所涉及的包括哲学基础在内的许多问题都属于复杂性科学范畴，非现代科学所能解释清楚，中医作为中国传统文化的重要组成部分，虽然由于受到时代的局限，也有某些不足，但它的科学性和优势是不容否定的。它的科学性和优势通过现在研究的阴阳五行数学可以更加凸现出来。“阴阳五行数学”主要从哲理数学和逻辑学角度揭示阴阳五行学说的科学内涵以及五行生克、主体与客体阴阳消长与升降的逻辑关系。
其作用在于证实、阐明中医药的科学内涵，为临床辨证论治提供更加深入的理论基础，丰富和完善中医药理论体系，并将中医药的科学内涵用数学语言加以表达。不仅如此，阴阳五行数学还对辨证论治赋予现代科学特征，使之由思辨向实证过渡，使思辨为公式推导所取代，从而不仅使之有很强的操作性，而且变得很直观，因而有助于中医学的推广普及和走向世界。中医学不仅完全有可能成为具有现代科学特征的科学，而且具有很大的发展前景。它虽然古老，但生命力依然相当旺盛。