那还是在后金天命十年（1625年）春天，蒙古科沁部的贝勒寨桑让自己的儿子吴克善把13岁的女儿博尔济吉特氏送到后金国，做了努尔哈赤第八子皇太极的新娘。不知是不是这位小新娘的到来带来了好福气，第二年秋天努尔哈赤死后，她的夫君皇太极便继承了汗位。尽管在她的前面还有正宫皇后、麟趾宫贵妃、衍庆宫淑妃等人，但皇太极还是最喜欢她的新姐姐关雎宫宸（chén）妃和她——永福宫庄妃。因为宸妃贤淑文静，与皇太极最为恩爱，所以皇太极以《诗经》“关关雎鸠”的名句命名她的宫室。而庄妃年轻漂亮，聪明伶俐，特别是在宸妃去世（1641年）后，就更得皇太极的宠爱。甚至她还帮助皇太极处理政事，体现出不同寻常妇女的杰出才能。
但是没过多久，她的地位和才干就面临着严峻的考验。崇德八年（1643年）八月，皇太极突然病逝，死前没有留下任何遗言。于是，在清初一直都导致八旗内部纷争的皇位继承矛盾，又再度激化起来。在这种情况下，庄妃几乎绝望了：她所生的福临此时不过5岁多。如果是皇太极之子继位的话，那也应是年长功高的长子肃亲王豪格，轮不到自己的儿子；如以两白旗的代表人物睿亲王多尔衮继位的话，命运可能更坏，因为两白旗与两黄旗间的矛盾由来已久。据说庄妃曾在皇太极死后表示愿以身殉，结果被力劝而止。然而斗争的结局却大出她的意料，由于两黄旗贵族剑拔弩张剑拔弩（nǔ）张：形容形势紧张，一触即发。，非要立皇子不可。如果两白旗拒不让步，就必要自相残杀，引起内乱，入关夺取中原的计划亦必成为泡影。这个时候多尔衮顾全大局，权衡利弊，提出立庄妃的儿子福临为帝，自己与郑亲王济尔哈朗任铺政王。这既满足了两黄旗立皇子要求，堵住了他们的嘴，又使自己的危险对手豪格没有话说。而皇帝幼小，自己又能名副其实地独握大权。为了达到这个目的，多尔衮必须选择年纪幼小、需要辅政的皇子，又必须选择其母地位较高、为先皇所宠爱者。选来选去，就选到了福临头上，庄妃一下母以子贵，被尊为皇太后。
多尔衮担任辅政王以后，权力越来越大，逐渐由称摄政王到“叔父摄政王”，再由“皇叔父摄政王”到“皇父摄政王”，地位相当于皇帝，这对于10岁出头的顺治小皇帝来说，实在是一种威胁。于是到顺治年间，便有了“太后下嫁”的传说，成为清初的一大疑案。说的是孝庄太后下嫁给多尔衮之事。几百年来，认为有此事者与否认此事者争论不休，一直没有定论。但从清初历史上留有蛛丝马迹来看，此事也是很有可能的。孝庄后为了保住自己儿子的皇位，以此举笼络和控制多尔衮。这是为了自己儿子的利益，采取的一个重大的决策。
顺治七年（1650年）底，多尔衮死，顺治亲政。这时顺治皇帝依然只有13岁，许多事还需母亲指点。孝庄后一方面把降清汉官孔有德之女孔四贞收养在宫中，像自己的女儿一样看待，把皇太极之女嫁给另一个降清汉将吴三桂之子，以此来笼络他们，让他们为大清朝镇压如火如茶的反清斗争卖命；另一方面则几次拿出内宫积蓄的银两来赈济因为连年战争和灾荒而受穷的百姓，力图帮助顺治皇帝尽快稳定天下。由于德国传教士汤若望曾给太后治好过病，这以后太后又介绍顺治帝与他结识，以致顺治帝对汤若望十分尊敬，称他为“玛法”（满语爷爷之意），连生日都要在汤若望的住处过。
但随着顺治皇帝长大成人，与母亲之间就有了裂痕。太后作主为他选定的皇后和妃子，他都不喜欢，甚至废掉了一个皇后；对康熙帝的生母佟（tónɡ）妃也非常冷淡，康熙帝后来曾非常伤感地回忆道：“父母膝下，未得一日承欢。”孝庄皇后只好依着顺治，让他把所钟爱的董鄂氏召进宫来，立为贤妃。后来董鄂妃生了儿子，顺治帝本想立他为太子，但此子夭折，他也只好按着母亲的意愿，把太子之位留给玄烨，即后来的康熙。这期间，顺治帝因为董鄂妃病逝而心灰意冷，起了出家的念头，使孝庄后很伤心；后又因亲征郑成功一事遭到太后的拦阻而怒气冲天，剑劈宝座；还有他任用宦官一事，都让太后不满。
顺治十八年（1661年）初，顺治帝因出天花而死，玄烨8岁继位。这时的孝庄后已成为太皇太后了。虽然当时有人专门上书请她垂帘听政并被她拒绝了，但她在康熙即位前后仍然是主要的决策人。这除了她对大清江山的责任感之外，对爱孙的关切也是一个重要因素。玄烨很小的时候，孝庄后觉得这孩子不错，就亲自教育他，从他学习走路说话时，凡是吃喝、动作、言语等等，太后都按一定的规矩训练他。比如“俨然端坐”一项，是作皇帝的基本功，太后就教他无论行走坐卧，都“不可回顾斜视”。祖母还常给他讲述祖父皇太极跃马扬鞭、奋勇冲杀的故事，使他非常神往。太后还专门让自己的侍女苏麻喇姑帮助照顾幼年康熙，苏麻喇姑是个非常心灵手巧的姑娘，知识也很渊博，康熙小时就跟她学写字，听她讲道理。
到这个时候，太皇太后就安排了4位忠心耿耿的辅政大臣来帮助处理国家大事，但这4位大臣处理事务的意见要向太后汇报。平日里太后还反复告诫他们要同心协力辅佐幼主，可4位辅政大臣中的鳌（áo）拜日益居功自傲，骄横跋扈，妄图独揽大权。他甚至敢于在康熙帝面前伸胳膊持（chí）袖子，大声喧嚷；对康熙帝的谕旨则敢公然违抗，这就引起了孝庄后和康熙帝的警惕。最后康熙帝以青少年组成的善扑营捉拿了鳌拜，清除了他的党羽，从此开始了他真正亲政的时代。
康熙帝正式亲政，孝庄太后便可以松一口气了，可以在轻松的环境里颐养天年。但康熙帝在理政之余，还总是去祖母那里请安，有时还陪祖母出游，利用这些机会向她老人家请教和商讨国事。老祖母也时常对他加以指点，比如让他居安思危，不忘武备；告诫他不要以为顺从自己者就是好人，触犯自己者就是坏人；鼓励他把东北少数民族内迁，等等。甚至在“三藩之乱”爆发之后，北方察哈尔部趁机作乱之时，指点康熙帝任用图海平叛。当时八旗主力都已前去江南，后方空虚，幸而任用图海率数万家奴前去征讨察哈尔部并平定之，否则后果将十分严重。可见在关键时刻，孝庄太后还起着重大“作用。
往事如烟。孝庄太后终于疲倦地闭上了眼睛。她心里一定很欣慰，因为她的儿子成为统治整个中国的第一位清朝皇帝，而她那最钟爱的孙儿则成为中国历史上最杰出的帝王之一。