一、创立初期
1929年，创始人玉慧观先生在上海闸北区同济路164号创立“佛慈大药厂股份有限公司”，取“我佛慈悲，药物普救众生”之意，命名“佛慈”厂名，取佛光普照之意，命名了“佛光”商标。
1931年，佛慈产品出口到日本、东南亚一带，以“选材道地、加工精良、疗效确切、服用方便”受到海外华人的青睐。
1933年，撰写佛慈大药厂《改良国药计划大纲》，设立佛慈中药研究所，依据药理药学实验数据，制定了我国中药浓缩丸质量标准，在《科学国药》第一集刊发，向社会公布。
在上海西藏中路39号设总发行所销售佛慈药品。
1934年，采集贵、云、川道地药材，聘请德国、日本专家进行药理科学实验。
1936年，出版佛慈《科学国药》第三集，对浓缩丸进行广泛宣传，社会政要为佛慈宏扬国药之精神所感动，纷纷题词，支持勉励佛慈发展国药。
二、战乱年代
1937年，抗日战争爆发，佛慈天津分行被迫关闭。
1940年6月，日本豪商仗势霸占了觊觎已久的佛慈总发行所。
1941年，上海沦陷，总经理冯明政先生辗转经昆明至重庆，在重庆江南区海棠溪创建“重庆佛慈药厂”。
1945年8月，抗日战争胜利后，几经周折收回佛慈大药厂和总发行所。
1946年5月，上海佛慈药厂恢复生产，总发行所开始营业，与重庆佛慈药厂呈遥对并立之势。
1946年，在武汉中山大道1399号筹建汉口分行，经销上海、重庆两厂产品。
三、恢复时期
1949年，上海解放后，香港分行开始独立经营。
1949年9月，上海市军管会派员来到佛慈大药厂。
1951年，重庆佛慈药厂和汉口发行分行关闭。
1953年，佛慈创制了无色素当归浸膏片，载人《上海市医药产品规范》，上海佛慈大药厂产品工艺取得巨大成就。
技工熊锡金先生自行设计加工安装了滚筒式割丸机；真空干燥箱，用大型真空浓缩锅更替了小型锅。
1954年，熊锡金先生荣获上海市劳模称号。
1954年，聘请李凯女士为药师，负责工艺技术工作。
1955年，技工熊锡金先生自制了从药渣中回收酒精的蒸馏锅，为国家节约了大量酒精，为公司降低了成本。
1955年，技工熊锡金先生发明的割丸机，经上海医疗器械厂绘图后将机器图纸出口支援越南。
1955年，总经理冯明政先生患病去世，玉仁虹（玉慧观之女）出任总经理。
1955年11月，上海市制药工业实行全行业公私合营。
四、迁兰变化
1956年，为支援大西北建设，利用甘肃当归优势及丰富的药材资源，报经国家化工部同意，佛慈厂迁入兰州，39名工人随企业迁兰。厂址：兰州市酒泉路157号。
1956年9月6日，佛慈在兰州正式投产，企业改名为“兰州佛慈制药厂”，商标沿用“佛光”。隶属兰州市工业局，出口业务继续由上海市土畜产进出口公司经营，出口产品仍然沿用上海佛慈大药厂厂名。
1958年，职工人数增至180人，产品增加到近百个品种，以丸剂、酊剂、膏剂、水剂、西药片剂为主。
1962年，兰州市城关区健民制药厂并入佛慈。
五、“文革”十年
1966年，“兰州佛慈制药厂”被易名为“东风制药厂”、“兰州中药制药厂”，“佛光”商标被当作“四旧”破除，改为“岷山”商标。
1970年，佛慈制药厂从酒泉路157号搬迁到黄河北盐场路44号。
1972年，王震同志以国务院业务组负责人身份来厂视察，王震在参观后说：“中药很有发展前途，‘佛慈’是个老企业，在国内外都有影响，省、市政府要好好扶持佛慈。”（兰州市档案馆资料记载）
1973年，完成产品复方杜鹃片的研制。
对常年生产的89个中成药品种经过科学合理地总结，再一次编制了佛慈制药《产品规范》，将产品处方、质量控制标准对外公开，为同行之间的学习和交流提供方便。
六、新的起点
1978年，佛慈复方杜鹃片在全国科学大会上获得奖状。
国家医药管理总局成立，佛慈制药厂名列全国19个重点中药厂之一。
由佛慈制定或提出，经甘肃省药品检验所复核后，32个品种的浓缩丸生产标准先后收载于《甘肃省药品标准》（1978年版）。
有80个品种的浓缩丸生产标准收载于《甘肃省药品标准》（1988年版）中。
《中华人民共和国卫生部药品标准中药成方制剂》（第二册至二十册）中，共收载了47个品种。
1979年，外销业务由甘肃省土畜产进出口公司经营。
1980年，佛慈当归丸获得甘肃省优质产品奖。
1981年6月，恢复使用“兰州佛慈制药厂”厂名。
1981年，佛慈金匮肾气丸荣获国家优质产品银质奖。
1983年，佛慈制药厂成为国家2000个大中型骨干企业之一。
1983年，当归浸膏片荣获国家优质产品银质奖章。
1984年，实行厂长负责制，提出“以严治厂、以优制胜、以销促产、以新发展”的经营方针，确立“以质量求生存，以品种求发展”的发展思路。
1985年，佛慈当归丸获国家优质产品奖。
七、改革开放30年
1986年，实行厂长任期目标责任制。
1987年，全面推行经济目标责任制，建立全面质量管理体系，实行三级质量管理、二级检验分析制度，实行质量系数法考核计奖。成立“兰州市中药研究所”。
1988年，确定了“以质量求生存、以品种求发展、以服务为宗旨”的经营策略。
1989年，先后在上海、深圳、海南、南宁、西安、温州建立经销部。
1991年，经济效益经国家统计局评估名列甘肃省大中型企业第16位。
1991年，获自营出口权，首次独立经营中成药出口业务，增加了中药浓缩粉品种。
1992年，被国家劳动部列为百家岗位技能工资试点企业，实行岗位技能工资制，实行企业内部全员劳动合同制。
1992年2月28日，中美合作经营的南北药业公司成立，作为甘肃省医药系统第一家合资企业，受到社会普遍关注。
1992年，中药研究所获准进入兰州市高新技术产业开发区。
1993年，与美国美威行贸易公司全面合作，成立中美合资兰州佛慈制药有限公司。
1994年，攻克日本全浸膏丸和全细粉丸的工艺技术难关，为扩大日本市场销量，增加创汇奠定了坚实的技术基础。
实行质量一票否决制。
1996年，GMP制剂车间竣工投产，并通过澳大利亚TGA组织GMP认证，产品在PIC成员国得到认可。
公司质量部被国家中医药管理局授予“质量管理检测先进集体”荣誉称号。
1997年，佛慈浓缩丸系列中成药经评审被认定为“陇货精品”。
提出“天人合一”企业理念，倡导和谐统一的价值观、行为准则。
1998年，自行设计制造了一台履式光丸助选机，在生产实践中发挥了良好的作用。
1999年，通过中国FDA GMP认证。
2000年，佛慈麦味地黄丸、鞣酸小檗碱原料及制剂、复方贯众阿司匹林片等11个品种由地方药品标准上升为国家标准，其产品质量标准被收载于《国家中成药标准汇编——中成药地方标准上升国家标准》。
2001年，首次在中央电视台黄金时段投播产品广告，培育出公司拳头产品——佛慈六味地黄丸。
2002年，甘肃省出现第一条以企业名称命名的大街——“佛慈大街”；启用新包装，对产品实施双商标保护措施。
2003年，名列甘肃工业60强。“佛慈”商标在美国成功注册。
2004年，花百胶囊获得国家六类新药证书。
2005年，着力开发乌克兰市场，在该国完成40种药品的注册。
2006年，贾朝民董事长代表佛慈与兰州市安宁区政府签订“佛慈医药工业园区”征地协议。
2006年12月19日，通过日本厚生省GMP认证。
2006年，独立研发的拥有自主知识产权的国家中药新药花百胶囊及其他12个特色产品，成为国家药品注册标准。
2007年，提出“营销创新、制度创新、文化创新”三大创新思想。
2007年7月，经兰州市人民政府批准，启动佛慈（IPO）股票首发上市工作。
实施CIS战略。确立“国药佛慈，慈心好药”核心广告语。
2008年，全面实施“营销创新、制度创新、文化创新”发展战略。
2009年，佛慈安宁医药工业园区开工建设。
佛慈《科学国药——用药指南》出版。