父亲达尔文医生虽然是行医几十年的老医生了，可是他对于儿子的病情却束手无策。达尔文医生说：“查理，我不能诊断出病因来。”
苏曾说：“我常常翻看你在贝格尔舰上给我写的信件。我认为你现在这个样子是环球旅行期间导致的后遗症。那时你就经常呕吐，饱受风寒甚至颠沛之苦。”
卡罗琳也说：“是啊，你也说过，在智利骑马旅行时患病卧床多日，应该是后遗症才对。谁都知道海上航行和野地考察简直是非人的生活，你能活着回来，但是也带了一身的病回来！”
埃玛说：“姐姐们说的或许也对。不过，伦敦有一个医生说过，这可能与查理从小患有的神经官能病有关。”
卡罗琳疑惑地问：“什么是神经官能病？”
达尔文说：“比如说，我从小就对父亲有自发的恐惧感，对突发的、喧闹的场面和悲惨的景象都不能忍受，因为它们会引起我神经紧张、苦痛，以致全身无力，不能行动，食欲不振，甚至整夜失眠。”
达尔文医生说：“查理，你要知道，每一个脑力劳动者都是不简单的，他们必须得付出代价。因为一件事情从无到有被创造出来，肯定会损耗精力甚至神经。唯一对你健康有好处的建议就是，尽量减少脑力劳动。”
达尔文无可奈何地说：“爸爸，您知道这是不可能的。”
后来，莱伊尔教授得知了这一情况以后，十分同情达尔文，并且建议达尔文每次仅工作两个小时，然后出去到街上办理事务，回来后再开始工作，这样可以把一天分成不同的两个部分。达尔文按照他说的做了，计划得非常成功。
当达尔文的健康略微好转的时候，他就把大部分的时间用来写《珊瑚礁》。其实，在达尔文结婚以前，他就已经开始这项工作了，这本书的最后清样是在1842年5月6日修改完的。这虽是一本小书，却用了达尔文二十个月的辛勤劳动时间，因为他必须阅读每一本有关太平洋岛屿的著作，而且还必须参考很多地势图。它受到了科学工作者的高度重视，其中所提出的理论，虽然当时受到了很多质疑，但是随着时间的推进，都已经被完全确定下来了。
达尔文的其他著作没有一本像《珊瑚礁》那样是以一种演绎的方法开始的，因为整个理论都是在南美洲西部海岸时想出来的，尽管当时他还没有见过真正的珊瑚礁，所以他只得靠仔细考察活珊瑚，来证实和引申自己的观点。不过，达尔文很早就注意到了陆地的间歇上升以及沉积物的剥蚀和沉积对南美海岸所发生的作用。这必然会引导他更多地想到沉陷作用，而且不难想象出，珊瑚的向上生长补充了沉积物的不断沉积。于是关于礁堡和环礁的形成，便形成了达尔文的理论。
在伦敦居住期间，达尔文除了写《珊瑚礁》一书之外，他还在“地质学会”宣读过几篇论文：《南美洲的漂砾》、《论地震》、《论蚯蚓对壤土形成的作用》。另外，达尔文搜集有关物种起源的事实的工作从未间断过，即使有时因病不能做其他事情，依然会坚持这一工作。
自从身体健康出现问题后，达尔文就开始进行定期骑马运动，把这当做锻炼身体的方式，这让他感到身心非常愉快。
有一天，达尔文骑马来到了郊外动物学会的动物园，那些动物们的表情吸引了达尔文的注意力，达尔文不禁驻足观察，他开始仔细观察和记录犀牛、象、猩猩和猴子的生活、动作和表情。
“各种肌肉都是因为表情的存在而被创造出来的。”贝尔说，“先有了表情，上帝才创造出肌肉。”
“为什么不能是先有了肌肉再相应地产生表情？”达尔文疑惑地说，“表情是面部肌肉的产物。”
“哦，查理，没人会认可你的这一结论的。”
1839年12月27日上午九点半，埃玛生下了一个男婴，达尔文给长子取名为威廉，乳名“杜但”。胖乎乎的小家伙喜欢哇哇大哭，但是达尔文却对他爱不释手，而且他被杜但丰富的表情吸引住了。这个小生命不但增添了家里的欢乐气氛，并且成了达尔文研究人类表情问题的观察对象。
从杜但出生的第一天起，达尔文就开始注意观察儿子的表情，他还把各种表现开始出现的时间记录下来。达尔文相信，一些最复杂最细微的表情一定会有一个漫长的自然的起源。达尔文孜孜不倦地每日观察和记录婴儿的生活和表情，持续达三年以上。
“亲爱的查理，咱们的杜但真的是一个聪明伶俐的孩子，对吗？”
“是的，埃玛，你真的很伟大。我将会写一本《人类和动物的表情》，送给咱们的儿子。”通过长时期的积累和研究，达尔文对物种起源理论已有了清晰的认识和理解，他对这本书有很大的信心。
1841年3月2日，埃玛又生下了一个女儿，取名安妮·伊丽莎白，她比长子威廉只小15个月。这个讨人喜欢但又娇弱多病的小天使，一直是达尔文的掌上明珠。达尔文也观察和记述她在婴儿时期的生活和表情，并且同长子威廉的同期状况作比较。
1841年，达尔文写信给表兄福克斯说：“我正在继续收集《物种和变异》方面种种事实资料，因为我将来的著作就要采用这个书名。它对研究家养的鸟兽、狗、猫等用各种杂交方法所生的后代，是很有价值的。”
在信中，达尔文还要求福克斯把杂种的非洲猫、鸽、鸭、鸟等寄送给他，以便研究它们的骨骼和肌肉等发展状况。在信中，达尔文已经明显地提出了他的计划，就是要著写物种起源的书稿。
在下半年，达尔文还阅读了不少有关物种变异问题的书刊，并且加以摘录，其中包括祖父的那本《动物学》。可是，他仍然惋惜地写道：“其余时间，全被疾病耗去了。”
1842年5月，达尔文协同妻子埃玛和一双儿女到麦尔探亲，玩乐之余，达尔文开始用铅笔写作关于物种理论的概要草稿。6月份回到施鲁斯伯里老家时，依然继续写作。
直到6月底时，达尔文写完《物种理论概要》初稿，共35页，后来被称为《1842年的论文：物种理论概要》。达尔文从1837年7月开始写《第一本物种变异笔记本》以来，到现在历时五年左右，才总结出了明确的观点。
6月份，除了继续撰写《物种理论概要》书稿之外，达尔文觉得自己身体状况比以前都较好，所以他独自去了一趟北威尔士卡那封郡，在那里做一次短途旅行，为的是观察以前充斥大山谷中的古代冰川，达尔文想弄清楚这些冰川到底对山谷地质的形成有什么作用。这次旅行使达尔文非常感兴趣，这是他的健康允许他做的最后一次爬山或长途步行。
7月18日，达尔文夫妇回到伦敦家里。达尔文把他在北威尔士旅行时看到的都写进论文当中，论文全名为《关于卡那封郡古代冰川所产生的效果以及浮冰所载运的漂砾的笔记》。9月份的时候，这篇关于卡那封郡古代冰川的论文发表于《伦敦、爱丁堡和都柏林哲学与科学杂志》第三辑上。
在这个盛夏，达尔文的身体状况有所好转，精力比从前要好很多，所以他开始了第二部地质考察专著《火山岛》的写作。
可是，写着写着，达尔文就感到难受了。因为，孩子们渐渐地长大了，原来狭小的前后两间屋子根本就不够住了。威廉和安妮已经会下地走路了，即使不让妈妈牵引着，他们俩也能在家里跑来爬去。他们在客厅里会肆无忌惮地打闹嬉笑。前屋是一间不大的客厅，同时也是达尔文的书房，里面安放着达尔文很多书籍，孩子们时不时地跑来会打扰他的思路。
并且，这个居所位于伦敦市中心，以往还算安静，可是随着城市的飞速发展，这里慢慢变得吵闹无比。由于达尔文的学术声望越来越高，来拜访达尔文的客人也越来越多，繁多的交际令达尔文夫妇应接不暇。这对达尔文的健康很不利，对他的试验、研究和著作也不利。
有一天，达尔文无奈地放下手中的笔，抱着在厅堂里奔跑嬉笑的女儿安妮，走到埃玛身边。
“怎么了，亲爱的？今天的写作任务完成得这么快？”
“哦，埃玛，别提了。今天写得特别不顺利。”
“怎么了？又是哪里不舒服，查理？”埃玛慌张地要抱过安妮，“安妮，到妈妈这来，爸爸不舒服你还让他抱。”
“是爸爸要抱我的。”可爱的安妮嘟哝着粉红色的小嘴说，惹得达尔文禁不住亲了她一下。
“是的，是我要抱她的。”达尔文说，“埃玛，我想跟你商量一个事情？”
“嗯？你说吧，你说什么我都答应。”
“我觉得，咱们要换一个地方住了。”达尔文继续说道，“这里两间小房子狭窄的空间，还有伦敦的烟雾天气，这对孩子的成长很不利。孩子们应该在一个宽敞的幽静的清新的环境中成长。”
“你说，我们要搬回乡下去住？施鲁斯伯里还是麦尔？可是，那离伦敦太远了，你的生活圈子在这里，这里有你很多科学上的朋友。我们搬走了，你怎么跟他们联系？”
“善良的埃玛，你考虑得很周到。”达尔文说，“其实，我想离开伦敦，很大一部分也是为我的工作考虑的，这里的环境简直快让我发疯了，又热又闷又吵闹，我的大脑都快爆炸了，我压根不能写出东西。咱们可以搬到幽静点的郊外去住嘛，离这几英里外的郊区就有广阔的乡村嘛，这样我们跟伦敦的朋友就不会因为距离关系而给我们的交往带来麻烦。”
埃玛怔怔地看着自己的丈夫，他突然做出这个决定，有点让她吃惊。
达尔文又说：“你愿意陪我一块离开这繁华的首都到偏僻的乡村去吗，埃玛？”
“当然，查理，不论你到哪里我都会追随你的，咱们宁可迁居乡间，并且永不后悔。咱们都是从乡村里长大的孩子，我们很快就会适应那里的环境的。最重要的是，那里的空气和环境对你的健康很有好处！”
达尔文开心地笑了，他感激地拥抱了埃玛。
主意已定，达尔文就一刻也不能等待了。达尔文夫妇开始寻找新的居所，在贝克纳姆地区查看了好几处住房，可是都不满意。
7月份的时候，达尔文夫妇穿过海斯和凯斯顿的田野来到偏僻的唐恩村。这是一个拥有三四百户的村庄，它位于一块海拔五六百英尺的孤独高地上，离开伦敦约32公里。这里有一座18世纪末建造的三层楼房，并且附有110亩空地和一个荒凉的花园，它的主要优点是具有浓厚的乡村风味。
当时，达尔文夫妇由于寻找房子而感到极度的疲惫和厌倦，最后他们决定居住在唐恩村，更大的原因是因为失望和劳累，而不是真正地喜欢这里。在达尔文看来，唐恩的优点——浓厚的乡村风味——似乎可以补偿它的那些比较显著的缺点，它至少有一种他们迫切需要的东西——安静，找一个距离伦敦这样近，而且更为隐蔽的地方当然不是一件容易的事情。于是，达尔文在父亲的帮助下，购买了这一处居所。
1842年9月14日，达尔文带着夫人和两个孩子以及仆人，一起搬到了唐恩村的新居。