征和二年（公元前91年）的一天，司马迁接到还在狱中的好友任安的一封来信，看信后，知道任安是要自己出面救他。可是，今天的司马迁，还能卷入这种风暴中，再冒一次生命危险吗？他太了解汉武帝的喜怒无常，他实在不能再让李陵之祸在自己身上重演。尽管他与任安情同手足，但进言冒犯汉武帝是没有什么好结果的。他下定决心不再为某一个人的命运、某一个家族的天下消耗自己的生命了。他的伟大工程还没有最后完成，《太史公书》正处在关键的收尾阶段。他是完全为《太史公书》而活着的。
司马迁对任安之所以入狱的全部经过知道得一清二楚，任安是没有任何罪行的，更不能被判死刑。
原来任安入狱是由于一件宫廷内斗夺权事件引起的。事情的整个经过有着很详细的记载：
汉武帝的卫皇后（卫青的姐姐）所生的戾太子，一直很受汉武帝器重，汉武帝也常让他参与重大政策的决定。戾太子性格宽厚仁慈，跟汉武帝的为人不太一样。
太始三年（公元前94年），汉武帝的宠妃——钩弋夫人怀孕十四个月后，生下个男孩，取名为弗陵。汉武帝听说尧也是怀胎十四个月才生下的，就把弗陵诞生的寝宫，命名为“尧母门”，也就是把弗陵比喻为尧帝，对弗陵加倍地疼爱。
那些善于察言观色的文武大臣，猜测汉武帝要把帝位传给弗陵，不传给戾太子了。这种谣言一传出来，不少文武百官为讨好汉武帝，不惜想尽办法诽谤戾太子。
有一个叫江充的人，是汉武帝派来暗中监视皇亲国戚及朝廷大臣的间谍。江充因为和戾太子不和，眼看汉武帝就要步入晚年，怕将来戾太子继承帝位，对自己不利，所以用尽心机要害死太子。
汉武帝喜欢求神问仙，很多道士、女巫都跑到长安，宣称自己有做法事、驱鬼神的奇异本领，他们用假话迷惑、愚弄百姓。汉武帝的后宫里，那些女巫和道士也很有用武之地。失宠的妃子叫女巫来作法，想让自己再得宠；得宠的也找女巫来作法，好让自己永远赢得汉武帝的欢心。
后妃间的斗争越激烈，被引进后宫的女巫越多。有人到汉武帝面前告密说：“某某妃子要用邪法诅咒皇上。”汉武帝大怒，杀了好几百个涉嫌的人。汉武帝从此疑神疑鬼，梦见成千上万个木头人来打他、杀他。汉武帝的精神逐渐变得恍惚健忘，就到陕西的甘泉宫养病。
江充趁此机会，向汉武帝说他的病全是女巫施用蛊术所害。汉武帝于是命令江充去捕杀施蛊术的人。江充带人先到老百姓住的地方去，只要在谁家挖到木头人，就说谁是放蛊的人，被杀死的人多达好几万。
征和二年（公元前91年），江充对太子下手了。他预先在戾太子的宫中埋下大批的木偶，然后带人去挖，并立刻派人报告给汉武帝。
戾太子发现情况不对，想向在甘泉宫养病的汉武帝当面报告实情，却被江充逼得无法和汉武帝取得联系。最后戾太子只好听他老师石德的建议，假借圣旨说江充谋反，应该处死。
太子带兵要去捕杀江充的时候，汉武帝听信江充使者的话，以为太子要造反，立即传令丞相派兵和太子交战。双方在长安城中厮杀了五天五夜，死了好几万人，街道上血流成河，惨不忍睹。结果戾太子兵败，和卫皇后一起自杀身亡。
司马迁的朋友任安当时担任护北军使者（朝廷的外援部队长官），掌握了一部分兵权。戾太子派使者命他发兵助战，任安老于世故，知道这件事非同寻常，没有汉武帝的命令，不敢出兵。他紧闭城门，没有派兵接应太子。
事件平息之后，汉武帝犒赏了捕杀太子的人，严惩了跟随太子的人。至于任安的做法，汉武帝不赏也不罚。
可是过了不久，有人暗中把实际情形向汉武帝作了报告，说明戾太子其实没有造反的意思。汉武帝这才明白，戾太子是冤枉的！于是重新下令，把那些捕杀太子的人都杀了。在这种情况下，任安按兵不动，不去救援太子，就是罪大恶极了，汉武帝下令把任安关进牢里，定了“腰斩”的死罪。
任安感到自己很冤枉。在那种混乱的情形下，太子匆忙起兵，他得不到汉武帝的旨意，实在无法采取任何行动。他想申诉自己的冤屈，却没人愿意替他出面。
眼看就要被处死，任安不甘心，就给经常跟在汉武帝身边的中书令司马迁写了一封信，请他看在多年的朋友情分上，设法向汉武帝说情，赦免他的罪。
面对任安的求救信，司马迁心中十分痛苦，他明白汉武帝已经神智不清，一心要为太子“报仇”，绝不可能赦任安无罪。考虑再三，他只有写信向老朋友说明自己见死不救的原因。
司马迁给任安写的信，后来被称为《报任安书》。这封信和他写的《太史公自序》，到今天仍然是古代历史中最有价值、最真实的人生记录。
司马迁写的这封信篇幅很长，下面的文字只是信中主要的内容：
少卿兄：
为了完成家父太史公临终遗言，好死不如赖活在这世上的司马迁恭敬地写信给你。
前次您给我写信，叫我待人接物要审慎，要多效法古代先贤，大力推举人才，多替正直的人说话，语气是那么的诚恳，似乎还有说我庸碌无为，胆小怕事，与平庸之人一般见识。我哪里敢这样啊！
现在，您遭遇了意外祸事，只剩下很短的时间了，我怕再也没机会跟您交谈。那样的话，逝去的灵魂将遗恨无穷，而我也永远没法说出自己的悲哀了！
最痛苦的事，是伤心；最丑恶的事，是侮辱自己的祖宗；最令人轻蔑的事，是阉人。
受过腐刑的人有很多，也不是现在才有，但他们自古就被人厌恶。卫灵公跟太监雍渠同坐一辆车，孔子马上就离开卫国回避至陈国；商鞅通过阉人景监会见了秦王，赵良为此感到寒心；宦官赵谈搭载文帝的乘舆，袁盎脸色大变。即使是个普通人，说起被阉割的事也会感到羞耻，何况慷慨激昂的大丈夫！现在我已经成了这个样子，现在朝中再没有人才，也轮不到我这个刀锯下的废物去推荐豪杰呀！我能说些什么呀！我出来说话，难道不是羞辱当今的贤良之士吗？唉，我能做什么呢？
我小时候，没有什么出众的表现。长大了也没有得到过什么赞誉。皇上因为先父的缘故，让我继任太史令。为了无愧于这个职务，我谢绝客人来访，不为家庭经营产业，日日夜夜只想着一件事：竭尽全力为国家作出贡献，争取皇上信任，使他高兴。谁知道命运却有意想不到的波折。
我与李陵，虽都在朝，他是武官，我是文士，从来没多少交情可说，但我敬服他的为人。……他与单于接战后，使者来报，大臣公卿都向皇上祝捷。过了几天，败讯传来，大臣公卿就说他的坏话了。皇上为他的事很不痛快，因此我说了几句宽慰皇上的话，分析李陵的失败是无可奈何，他对汉朝是忠心耿耿的。结果呢，拳拳之心未得以报，却被下狱，判了诬罔罪。面临死刑，家贫无钱赎死。这时候，平素交往的人中没有一个出来援救，最亲密的朋友也不为我说一句话，都惟恐受连累。皇上左右近侍也没一个仗义执言的。人非木石，孰能无情？身陷幽室铁窗，脸对酷吏狱卒，我向谁诉说？
李陵家人终遭诛戮。我身受腐刑之后离不开蚕室。够惨的啦！坦率地说，文史星历之职，近乎卜祝之人，本来就是供皇上戏弄的，平常人也并不看重。如果我就刑赴死，对朝廷的人才队伍来说，只不过损失了九牛一毛，跟踩死了一只蚂蚁有什么区别？别人或许还会骂我罪该万死呢！
人固有一死，有的死重于泰山，有的死轻于鸿毛，全在于是否死得其所。因腐刑而死，显然是等而下之了！猛虎占山为王，陷入陷阱，也不得不摇尾乞怜，处境不同罢了。削木为吏，画地为牢，勇士为之战栗，其可怕不言而喻。正因如此，人在狱中，见狱吏就磕头，见徒隶心就忐忑，势所难免呀！
每个人都爱惜生命、惧怕死亡；每个人都挂念着父亲、希望守护妻室儿女。但当事情涉及到做人的原则，就必须牺牲个人情感。
我虽然也感情脆弱，可毕竟还知道什么才值得追求；虽然害怕屈辱，可还不至于被屈辱压垮……我所以要在屈辱中活下去，哪怕沉浮在臭粪中也不放弃生命，是因为我的使命还没完成，还没有为后世留下点有价值的东西。古往今来，大富大贵者人死名灭，只有卓越的人才得以风流万世。周公被逐，作成《周易》；孔子困厄，作成《春秋》；屈原被逐，作成《离骚》；左氏失明，作成《国语》；孙子肢残，作成《兵法》；吕不韦贬谪，作成《吕氏春秋》；韩非子囚于秦，作成《说难》、《孤愤》；《诗》三百篇，大抵是贤圣发愤才创作出来的。这些人心有郁结，世俗不明，才追往思来，寄大志于书中。我也一样，虽然受辱，却一直在尽我所能，把快要被遗忘的旧事编织起来，考证确凿，理清脉络，提示出从黄帝到当今圣上，各代社会成败兴衰的原因。现在已经理顺归纳为表十篇、本纪十二篇、书八篇、世家三十篇、列传七十篇，总共一百三十篇。我想通过这些文字，探究天地间的规律，研究古往今来的变化，表达出自己独立的见解！我当时甘愿忍受酷刑，而苟延残喘地活下来，就是因为这部书还没有写完。如果我写成的著作能保存下来，流传给那些能够理解我的人，就是对我的最大安慰了。即使再被杀一万次，我也绝不后悔！
这封信送出去之后不久，任安就被处腰斩。
司马迁的心情已经不像以前那样容易激动，也不再轻易地落泪。除了写好《太史公书》，他没有能力再去为别人做什么了。
不久后，《太史公书》终于全部写完了。
自此之后，司马迁的事迹就没有记载了，就像一粒明珠，渐渐没入了尘埃。他活了多久，怎样死的，死在哪里，都已经成了历史永远的谜。记述历史的人，自己却被历史遗忘，这又是命运对他的捉弄吗？但这毕竟是不重要的了，他的精神，他的《史记》，已经足以使后人对他永不忘怀了。