单于一听，大喜过望，马上派兵再一次围攻李陵军。李陵他们被困在山谷里，匈奴在山上居高临下，从四面八方向他们射箭，李陵率兵士一面抵挡如雨的飞箭，一面向南突围，50万支箭很快用光了，剩下的3000士兵弃了军车，砍下车辐当作武器，军官们用短刀与敌军搏斗，他们走进了峡谷。单于率兵赶来，封住了峡谷的出路，并且命令士兵借着山体的掩护向谷中投大石头，李陵军躲闪不及，死伤惨重，无法继续与众多的匈奴兵力抗衡了。这天黄昏，李陵脱下戎装，换上便衣独自走出营寨，他要凭自己一个人的力量去取单于的首级。许久，许久，李陵都还没有回来，将士们忐忑不安地等待着、猜测着，十分担心他的安危。终于，他回来了，手中空空，满脸悲愤之色，“败了，失败了！该死啊！”他长叹一声，望着面前随他出生入死的将士们，他觉得心里有愧。可是局势已经发展到了这个地步，他李陵已经无法挽回了，其实，这能怪他无能，能怪他没有尽力吗？以5000兵力，与80000敌军抗衡，周旋于敌军的领地，前有强敌，后无援军，5000将士孤军奋战，杀敌无数已经耗尽了所有的气力。可是朝廷呢？竟然对他们的生死不闻不问，此地距汉朝的边境不过一百来里了，李陵军死战峡谷的消息早传到了汉廷，可是汉武帝竟没有派一兵一卒去支援他们。面对惨局，李陵满心悲愤，一名军吏劝他投降，说：“将军您威震匈奴，此次战败是上天的安排，不如暂时投降，以后总有机会回去的。当年浞野侯赵破奴被敌人俘虏，后来逃了回去，天子不也是对他很好吗？”李陵冲他一瞪眼，喝道：“你劝我投降，叫我不死，难道配称‘壮士’吗！”于是折断了所有的旌旗，将贵重物品埋在地下，叹道：“如果再有几十支箭，我们就可以突围了，现在连作战的东西都没有了，等到天亮，恐怕只能束手受缚了！与其大家同归于尽，不如各自散开了去，有能够逃出去的，就回去向天子复命吧！”说罢，分给将士每人二升干粮，一片冰，准备突围，能突围到居延城的，就等着集合。到了夜半时分，李陵和韩延年上了马，向峡谷的出口冲去，后面仅仅有10多个士兵跟随着，敌军却有数千人追了上来，一番殊死搏斗之后，韩延年战死了，李陵自叹无颜再见天子，遂下马投降了。
三、辩护获罪受宫刑
李陵兵败投降的消息传到了朝廷，汉武帝怒不可遏，先把李陵原来的部下陈步乐叫来责问，陈步乐吓得自杀了，然后又问众臣的态度，朝廷上下没有一个敢为李陵说好话的，都生怕触怒了汉武帝，招罪下来，家小难保。
问到了司马迁，司马迁见朝中众臣为了保全自己的生命财产，家室妻小，皆众口一词说李陵的坏话，心里早不是滋味了；他很为李陵感到不平，按照他的看法，李陵的投降是有原因的，不应该受到如此责难，倒是那些成天无所事事的臣子，落井下石，颇为不耻。司马迁虽然跟李陵交往不多，两人的志趣也不相投，但凭着平日的观察，他觉得李陵是一个“事亲孝，与士信，临财廉，取予义，分别有让，恭俭下人，常思奋不顾身，以殉国家之急”的奇士。这样的奇士，领着5000壮士冒着极大的危险深入敌军腹地，与敌军苦战了那么多天，周旋了几千里地，兵器用完了，气力耗尽了，将士死伤累累，他们面对强大的敌人毫无惧色，全然不顾身后没有一名援军，这样的气节多么值得赞叹啊！现在朝中大小官吏皆指责李陵，他司马迁再不主持公道，李陵的罪名就是无法洗刷的了，因而，面对汉武帝的询问，司马迁直抒己见。他将李陵的人品大大夸扬了一番，说他具有“国士之风”，对李陵率军孤军奋战、给匈奴以沉重打击的功劳，也是毫不避讳地大加赞赏，说他可以与古代的名将相比，对于那些落井下石的臣子，他也表示了他的不屑。
司马迁滔滔而论，没有注意到汉武帝的脸色早已十分阴沉。最后，他请求汉武帝念及李陵的功绩，不要降罪于李陵及其全家。汉武帝早听得不耐烦了，他可不是来听李陵好话的，他以为司马迁竭力赞颂李陵的功劳，是想借机讽刺无能的贰师将军、他宠姬的兄弟，是在为李陵游说，一怒之下，以“诬罔”的罪名，将司马迁打入牢狱！
正直的司马迁！受非难的司马迁！只因替并不熟识的人讲了几句公道话，身陷囹圄，从此身体与精神上都受尽折磨！
司马迁以诬罔主上而被定为死罪，那么按照汉朝的刑法呢，死罪犯人有两种方法可以免死：一就是缴纳五十万钱，二是接受宫刑。司马迁作为史官，家境清贫，再加上下到死牢里面去，人们逃避惟恐不及，谁还去资助他钱呢？就算借得到钱，也没有人敢借给他，自己拿不出来，也没有人借，所以无法筹措那五十万。因此，司马迁要想活命，只能接受宫刑。
宫刑又叫腐刑，是古时极为残忍地摧残人的意志、折磨人的精神的一种行刑方式，受刑之后，男不男，女不女，其耻辱是一般人所忍受不了的。
宫刑就是施刑于男人的下身，而且接受这种刑法的人畏冷怕风，随时都有生命危险，因此在施刑的牢房当中必须保暖，就好像民间养蚕的屋子一样，所以，受宫刑也叫下蚕室。此事对司马迁来说，去死和接受宫刑更容易接受的是什么？是死。司马迁并不怕死，因为他知道，死有重于泰山，或轻于鸿毛。这是他自己的话了，那么他认为，即使是奴隶，即使是婢妾在受到侮辱的时候，也知道以死来摆脱，何况我司马迁。自己是一个深明是非的史官，我难道不懂得羞辱地活着比死还可耻吗？难道还怕死吗？但是司马迁不能够选择死，这是因为他不能让《史记》的写作半途而废，因为这是继承祖业实现父亲遗愿的大事，如果自己死去，他将以何种面目去见九泉下的先人呢？而作为一位史官，没有留下半点文字，如何向后人交代？再说，如果他选择自杀，或者是被杀，人们并不会把他看做是殉节，而只会认为他智尽无能，或者是罪大恶极，死有余辜。在这种情况下死，那就是轻于鸿毛了。那么惟一的选择就是接受宫刑，在这时候司马迁想到了古代的周文王、孔子、屈原、孙膑、吕不韦、韩非子等这样一些圣贤，他们都是在逆境当中坚韧不拔，最后都完成了轰动天下的文化巨著。于是司马迁为了保存自己以完成撰写《史记》的大业，决定自请宫刑，减死一等，我愿意接受宫刑，免死。
司马迁终于被处以宫刑，他前后在狱中呆了三年，他隐忍苟活，在狱中还坚持写《史记》，大概是在汉武帝太始元年，也就是公元前96年，司马迁50岁的时候，他出狱了，47岁被打到牢中，50岁出狱，出了狱以后做了中书令，中书令的职务就是把各部的尚书有什么表，有什么奏章呈献给皇上，把皇上有什么圣旨，旨意，传达给大臣们。但这个职务一般是由宦官来担任的，现在司马迁担任这个职务，也就是说汉武帝实际上把他看作一个宦官，实际上是以一个宦官的身份在朝廷做官。
司马迁是为了做官活下来的吗？不是！所以他对中书令，对朝廷的事务没有兴趣，出狱以后的司马迁，须发脱落、形容枯槁、弱不禁风，他经常是精神恍惚，他在写给好友任安的信《报任安书》里边说道：“我动不动人精神恍惚，不知道怎么回事，或者走着走着，哎呀！我怎么走到这儿来了，人处在一种恍惚状态，心里面经常忍受着痛苦的煎熬和无限的愤恨。”他想到他受宫刑，想到是作为一个男人接受最耻辱的刑罚，侮辱祖先，所以这是奇耻大辱。他还说：“想到我司马迁受了这种刑罚，我一想到便冷汗直冒，经常是汗湿衣裳，衣裳都湿透了。”由此可以看出，此时的司马迁的那种无奈但又要坚强活下去的精神状态，而且由于古代这种被阉割的人，历来被人们所鄙视，为人所不耻，所以司马迁被视作是“无行之人”。常常遭到诽谤和中伤，他的好朋友任安也不理解他，任安写信给他，劝他要谨慎地待人接物，要以推举贤能引荐人才为己任，实际上是委婉地批评他，你做官不谨慎，你做官不推举贤能，你不引荐人才，你是个默默无语，没有什么创见，没有什么创新，没有什么主见的中书令。连朋友都不理解他，其实出狱之后，司马迁在精神上是十分痛苦的，我们刚才讲到，经常是恍恍惚惚的，经常走着走着不知道走到这个地方来干什么。但是一提到《史记》，一写《史记》他清醒了，只有一个伟大的理想支持着他，那就是著书的事业，可以说司马迁为《史记》而活着，为《史记》而奋斗。
司马迁受宫刑前也曾想到了死，他宁死而不愿去受这等侮辱，可是这样不明不白地死了，到底值不值得呢？人固有一死，或重如泰山，或轻如鸿毛，他这样去死，同九头牛身上失掉一根汗毛，同蝼蛄蚂蚁又有什么区别呢？可是，一想到将要接受那残酷的宫刑，司马迁心里又万般痛楚，在他看来，“刑不上大夫”，身为士人，节操是多么重要啊，人的死法有许多种，人受辱的方式也有许多种，最上等的是不污辱祖宗的死法，最卑贱、最污辱的就莫过于受宫刑了，刚正的人，是谁也受不了这种侮辱的啊！
司马迁心如蚁噬，是苟且偷生，还是决然赴死？这两种选择交替占据着他的头脑，使他痛苦不堪，他的精神几乎到了崩溃的边缘。书！一丝光亮划过他的头脑，书！他的精神为之一振，书！他终于下定决心要忍辱偷生了。
为了书，为了他的著述得以继续下去，司马迁选择了宫刑！这需要多么大的勇气，这需要多么坚强的意志啊！
公元前98年，司马迁面无愠色，呆在受宫刑的蚕室之中，默默地接受了残酷而漆黑的现实。司马迁的心里比那漆黑的夜还要凄冷，他的人格，他的尊严，在步入蚕室的那一刻，就全然被刽子手夺走了！天啊！为什么这么不公平，那些自私自利的人、那些勾心斗角的人、那些贪赃枉法的人、那些欺下媚上的人，一切一切的污垢，都还在吃喝玩乐、花天酒地，过着舒舒坦坦的生活，他司马迁伸张正义，反而遭到如此大难！今后的生活，今后的路，又将如何走下去？世人的面孔、朝中众臣的眼神，又将如何面对？命运啊，干吗要折磨这个可怜的人呢？难道他受的苦还不够多吗？难道他受过的累还少吗？难道你不知道还有一项前无古人的事业等着他去完成吗？命运啊，太残忍了！汉武帝啊，太残忍了！忠言一句，就至于招致你如此毒手吗？你自命为圣明的国君；你四处巡游，洒播你的恩泽；你到处祭祀，显示你对神仙的崇敬、对人民的厚爱，这一切，到底不堪忠言的轻轻一击啊！你所谓的仁爱之心哪里去了，你圣明的面孔怎么变得如此狰狞？
难道是上天要考验司马迁的意志吗？——“天将降大任于斯人也，必先苦其心志，劳其筋骨、饿其体肤……”当日周文王被拘禁在牢里，他推演出了《周易》；孔仲尼被围困在陈、蔡，他回鲁国之后编订了《春秋》；屈原被放逐于江南一带，他作了不朽的《离骚》；左丘明双目失明，有《国语》传世；孙膑膝盖骨被截，编著了《孙膑兵法》泽及后世；吕不韦被贬谪到蜀地，作《吕览》一书；韩非子被囚禁于秦国，《说难》、《孤愤》问世；《诗》300篇，大概也是圣贤发愤而著的吧。这些人都是因为思想受到压抑，主张不能得以实现，因而把他们的思想、他们的主张贯彻于对往事的叙述当中，让后人得以借鉴。相同的命运，就要降临到司马迁身上么？
古今之中，默默死去的人简直无以计数，人就像那草芥一样，过了一个生命周期，死了，又一个生命周期开始了，于是一个生命又出现了。人都会死的，重如泰山的也好，轻如鸿毛的也罢，都会被历史的尘埃覆盖，只是泰山被覆盖，要历经几百年、几千年，覆盖之后，还会有轮廓昭世。历史的车轮转了一圈又一圈，各姓的朝代更替了一次又一次，黄沙掩埋了多少孤魂，古风吹走了多少往事，历史的沧桑，谁也挡不住。可是，有一样东西是被时间掩盖不了、是被历史消溶不了的，那就是——精神！人类的智慧！而得以载述这些智慧、这些精神的书籍，自然也是万古流芳。
在精神的极度困苦与落寞之中，司马迁悟出了人世的许多艰辛，这在他以后的著述当中，都有明显的体现。以此事为转折点，如果说他以前的著述是一碗味道平和、略带苦涩的浓茶，那此后他的著述则是一坛辛辣的烈酒了！
受刑之后，一股巨大的力量推动着他奋笔疾书，他要把这人世间的真实面目，揭露给后人，他要把事情的善恶是非，留给后人去评判、去鉴别。
一天又一天，一月又一月，幽暗的监牢里，只有一盏孤灯为伴，牢门外狱吏走动的脚步声，才带给他一点人世的气息。没有白天，没有黑夜，只有一个目标在他心里闪耀。忘了饥饿，忘了寒冷，只有一个理想在他头脑发光。当我们今天面对《史记》这部巨著的时候，心里是否该想想天汉三年遭难的这位几乎把一生的心血都花在了它上面的人呢？
太始元年（公元前96年），全国大赦，被囚禁了几年的司马迁终于得以重见天日，得到了人身自由。或许是出于悔意，或许是出于怜悯，或许是为了进一步侮辱司马迁，总之，出狱不久的司马迁，就被汉武帝委以中书令之任。中书令与尚书令的机构是类似的，主要是作为皇帝与尚书之间的联络：把皇帝的命令下达到尚书，又把尚书的奏折转呈给皇帝，一切诏奏机密，都得经过中书的耳目。从职位上来说，比起太史令来，中书令要显赫得多了，可是，司马迁心里无论如何也不愿接受这所谓“显赫”的职位，要知道，中书令从来都是由宦官担任的啊！这对他，又是一次侮辱，一次嘲讽。生活为什么如此艰辛，命运为什么如此捉弄人！
有什么办法呢？除了再一次接受这屈辱的现实。司马迁忍着精神上的巨大煎熬，坚持不懈地继续着他的著述。每每想起他所受的耻辱，他“汗未尝不发背沾衣也”。除了著述，这一生命中惟一的支柱，他对一切都已失去了兴趣，整天恍惚迷离、若有所失，在家里呆着不知将要做什么，出门时又不知将要往哪里去，只有将要提笔上书的时候，他的理智才恢复过来，他才成了他自己——才华横溢、擅于辞令的司马迁！