作为总理，段祺瑞为何与总统黎元洪发生激烈矛盾呢？“公民团”中请愿的“公民”都是哪些人呢？他们有何政治目的？
1917年，总统黎元洪和国务总理段祺瑞在是否对德参战问题上发生激烈矛盾。黎担心参战权掌握在段手中，使段进一步加强对自己和国会的控制，因而在美国的支持下，反对参战。而段为了解决扩充军队的经费问题，企图从日本那里得到参战借款，因而在日本的支持下，极力主张参战。黎、段双方在是否参战问题上相持不下。
3月3日，由段祺瑞主持的内阁会议通过了对德绝交案。但是，当段把该案交给黎批准时，黎借口国会尚未通过，拒绝在议案上签署。后在副总统冯国璋的调停下，黎勉强同意，3月8日，国会通过了对德绝交案。3月14日北京政府正式宣布对德绝交。
对德绝交后，随之是对德宣战问题。当时，举国上下反对对德宣战。但是段祺瑞为达到参战目的，决定孤注一掷。他利用自己在北洋军阀中的威望，在北京组织由各省督军组成的督军团，利用督军团向黎元洪和国会施压，企图迫使黎和国会同意对德宣战案。由于督军团和段多方对黎施加压力，黎被迫同意将宣战案提交国会讨论。
5月10日，国会审议宣战案，段祺瑞怕国会不予通过，便指使其亲信组织“公民请愿团”、“陆海军人请愿团”、“五族公氏请愿团”、“政享商界请愿团”、“北京学界请愿团”、“学军商界请愿团”、“北京市民请愿团”等，共约3000余人，由陆军部人员指挥。这些请愿“公民”都是由段的手下临时雇佣来的军警流氓、乞丐和失业游民等，其雇价自铜元七八枚到银元半元不等。他们手摇小旗，散发传单，声言必须当天通过对德宣战案，否则将对国会和议员采取激烈手段。他们向议员投以各种各样的“请愿书”和“警告”传单，如议员不接受，就被他们拉下车殴打，当场受到殴打的议员就有10余人。他们还派“公民代表”闯进会场，声称“倘不通过参战案，一个议员也别想出去”，出去则“打死无赦”。北京警察当局闻讯派人前来“维持秩序”，但并不驱散“公民团”，而是不准许被“保护”的议员们外出，“公民代表”则可自由出入。议员们强烈要求先解决这种情况，否则不开会讨论对德宣战案。段祺瑞见国会不愿讨论宣战案，也就无意派人驱散“公民团”。他说：“人民到国会来进行和平请愿，不应当以武力强迫解散。如果这样做了，就会引起军民冲突和流血事故。因此，我们只能采取和平劝导的方法。”由于段的纵容，“公民团”包围国会从下午2点半一直持续到晚上9点，一些等得不耐烦的“公民”向国会院内投掷砖瓦，意在恫吓议员接受他们当晚通过对德宣战案的要求，不抖一块石头击中日本记看，段言怕引起外交事件，这才命人把“公民团”驱散。
晚上9点半钟，国会开始开会，到10点半会议结束，被围困达10个小时之久的议员们从会场出来时，仍是在军警的层层保护之下鱼贯而出。他们找不到回家的车子。来时的马车或人力车有的被“公民”捣毁了，有的则溜之大吉。“公民团”事件发生后，孙中山与段祺瑞内阁的农商总长谷钟秀立即联合通电，要求北京政府严惩肇事者。北京、上海等城市的学界、商界和南方各省的督军及省议会，纷纷通电响应。江苏督军冯国璋、江西督军李纯通电附和。为抗议皖系军人制造的“公民团”事件，国民党阁员谷钟秀、张耀曾、程璧光相继辞职，外交总长伍廷芳也潜离北京，使内阁仅剩一人。为了掩人耳目，段便耍了一套转移目标的把戏，指使人又以所谓京津各界公民联合请愿团的名义通电痛斥“政府当场指使警察、滥用职权，威迫‘公民’解散”，还有“公民”代表到地方检察厅控告北京警察总监吴炳湘蹂躏人权。这种倒打一耙的把戏，无异掩耳盗铃。