接着，捕蛇人当场剖开蛇腹，去掉腹腔内的杂物，然后用水洗净蛇身，用竹签固定住蛇头，把蛇身盘成一团，用绳子系好。捕蛇人告诉李时珍：“就这样把蛇烘干即可成药。”捕蛇人还告诉李时珍一个辨别真假蕲州白花蛇的方法，他说：“别处产的白花蛇烘干时眼睛早已闭上，而蕲州白花蛇就不同，烘干后眼睛还睁着，就跟它活着的时候一样。”李时珍非常感谢捕蛇人对他的教诲。分手时，他还买了几条活的蕲州白花蛇，以便细致观察，亲自制药。
几年后，李时珍又根据白花蛇的祛风特性，制成了专治半身不遂及中风症的“白花蛇酒”。现代药理分析证明，白花蛇的提取物具有镇静、镇痛，扩张血管和降压作用。李时珍还把对蕲州白花蛇的研究成果写成一部书，叫《白花蛇传》。
鲮鲤，即今天所说的穿山甲，是常用的中药材。陶弘景在引证《名医别录》中说它为鲮鲤科动物的鳞甲类，性味咸凉，能够消肿溃痈，搜风活络，通风下乳，外用止血。还说它能水陆两栖，喜欢吃蚂蚁。白天它爬上岩来，张开鳞甲，装出死了的样子，引诱蚂蚁进入甲内，再闭上鳞甲，潜入水中，然后开甲让蚂蚁浮出，将其吞食。
为了了解陶弘景的说法是否正确，李时珍亲自上山去观察，并在樵夫、猎人的帮助下捉到了一只穿山甲，从它的胃里剖出了一升左右的蚂蚁，初步证实了陶弘景有关穿山甲食蚁的说法。不过，在以后的观察中，他却发现穿山甲并不是“诱蚁入甲，下水吞食”，而是搔开蚁穴进行舐食。李时珍肯定了陶弘景正确的一面，也纠正了其错误之处。
李时珍在蕲州雨湖之畔的住宅附近亲手开辟了一座药圃，名叫红花园，他在这里精心培植了各种药物。黄精是一味补虚益精的植物药，本是野生的，李时珍从山上采回以后，便在院内加以栽培。后来他介绍栽培经验时说：“黄精野生山中，亦可劈根长二寸，稀种之，一年后极稠，子亦可种。”他亲手试种的结果，说明黄精既可栽培，又可播其种子育苗栽植。红花是一味活血通经、祛瘀止痛的植物药，李时珍也曾栽培过。他说：“红花，二月、八月、十二月皆可以种下，雨后布子，如种麻法，初生嫩叶，苗亦可食。”“其子五月收采，淘尽捣碎煎汁，入醋拌蔬食，极肥美。”据他亲身种植的体会，认为栽种红花的方法就和栽植芋麻一样，而且红花的嫩苗和种子还可以充当美味的蔬菜。使君子是一味驱虫消积的植物药，主产于四川、云南、广东、广西等地，湖北各地很少见到，李时珍便把它加以引种。他说：“使君子原出南海，交趾，今闽之邵武，蜀之眉州皆栽种之，亦易生。其藤如葛，绕树而上。叶青如五加叶。五月开花，一簇二十葩，红色，轻盈如海棠。其实长寸许，五瓣合成，有棱。先时半黄，老则紫黑。其中仁长如榧仁，色味如栗，久则油黑，不可用。”尽管蕲州地方不产使君子，但由于李时珍亲自引种过它，因而对这种植物的生长过程及其特征了如指掌。
除了栽培药用植物之外，李时珍还饲养过药用动物。比如绿毛龟，它是一种补阴血益精气的动物药，因为是蕲州的特产，李时珍便养了几只。他通过亲手用水缸饲养，了解绿毛龟的生长过程和生活习性，并且将它与普通乌龟进行对比，准确地记载了这种乌龟的特点。我们知道，绿毛龟是一种背甲生基藻或刚毛藻等绿藻的金龟或水龟，其藻为绿色丝状分枝，长1—4厘米，在水中如被毛状，故名绿毛龟。绿毛龟又是一种珍贵的观赏动物，中外人士都很喜欢饲养它作为宠物，其经济价值很高。李时珍记录了饲养绿毛龟的方法，这是非常有意义的。
在太和五龙宫的后院有一种奇特的果树，每年长出像梅子大小的“仙果”。道士们说，果树是真武大帝所种，人吃了这仙果可以长生不老。皇帝闻讯，降旨下令五龙宫道士每年在“仙果”成熟时采摘作为贡品送到京城，供皇家享用，并不许百姓进五龙宫后院，谁要是偷看、偷采“仙果”，就是“欺君犯上”，有杀头之罪。
李时珍不信道士们的说法，要亲自采“仙果”来试试，看看它究竟有什么功效。便在其山下找一家客栈住下。次日，李时珍来到五龙宫，对寺院道长说：“我是从蕲州来的医生，专门采集药材研究药效的，听说贵寺有仙果，能否给我看一看？”老道长将李时珍仔细打量一番后说：“念你是个医生，不懂这里的规矩，我不想找你什么麻烦。但我要告诉你，这里是皇家禁地，仙果是皇家的御用之品。你还是快快离去为好，不然当心皮肉受苦。”再说什么都没有用了，李时珍无奈地下山。怎么办呢？难道让这“仙果”永远成为一个谜？
夜深人静，李时珍从另一条小道摸上了山。此时五龙宫内外一片寂静，道士们早已酣然入睡。他轻步绕到后院外，吃力地翻墙进入院内，捷步来到果树下，迅速采摘了几枚“仙果”和几片树叶。然后翻墙出寺，连夜奔下山去。
回到客栈，李时珍亲口品尝了“仙果”，并仔细对其进行研究，终于解开了太和山“仙果”之谜。原来它只不过是一种榆树果子的变种，名叫榔梅，功效跟普通的桃子、杏子一样，能生津止渴而已，并没有什么特殊之处。所谓的长生之说，纯属道士们为了讨好皇上而编造出来的一套谎言！
李时珍对药物的了解并不满足于走马观花式的调查，而是一一采视，对照实物进行比较核对，由此弄清了不少似是而非、含混不清的药物。用他的话来说就是“一一采视，颇得其真”“罗列诸品，反复谛视”。
有一次，李时珍经过一个山村，看到前面围着一大群人。走近一看，只见一个人醉醺醺的，还不时地手舞足蹈。一了解，原来这个人喝了用山茄子泡的药酒。“山茄子……”李时珍望着笑得前俯后仰的醉汉，记下了药名。回到家，他翻遍药书，终于找到了有关这种草药的记载。可是药书上写得都很简单，只说了它的本名叫“曼陀罗”。李时珍决心找到它，进一步研究。后来李时珍在采药时找到了曼陀罗。他按山民说的办法，用曼陀罗泡了酒。过了几天，李时珍决定亲口尝一尝，亲身体验一下曼陀罗的功效。他抿了一口，细品品，味道很香；又抿一口，舌头以至整个口腔都发麻了；再抿一口，人昏沉沉的。不一会儿，他也开始发出阵阵傻笑，手脚还不停地舞动着，最后竟失去了知觉，摔倒在地上。一旁的人都吓坏了，连忙给他灌了解药。过了好一会儿，李时珍醒过来了，大家这才松了一口气。醒来后的李时珍兴奋极了，连忙记下了曼陀罗的产地、形状、习性、生长期，写下了如何泡酒以及制成药后的服法、作用、功效等等。
有人埋怨他太冒险了，他却笑着说：“不尝尝怎么断定它的功效呢？再说了，总不能拿病人去做实验吧！”听了他的话，大家更敬佩李时珍了。
就这样，又一种可以作为临床麻醉的药物问世了。
李时珍的大儿子李建中，大约在明隆庆五年（1571年）任职河南光山县教谕。利用探望儿子这个机会，李时珍由蕲州取道麻城入豫，横越大别山脉，在长途旅行中，除去问药访医外，李时珍还做了一件有意义的事情，就是收集各地流传的单方，把它们一一记录下来。
李时珍有时和铃医交往，吸收他们的医疗经验。铃医有个特点，就是不会讲什么医理，只会凭经验，用现成的方子给人治病。所以他们手中大都掌握了多单方，其中也有不见于古人方书的秘方。
李时珍青年时期就注意单方，并深受宋朝名医唐慎微收集单方故事的影响。
唐慎微编著的《证类本草》古方最多，给其他的本草学书籍创造了一个范例。受了唐慎微的影响，李时珍对于单方的收集也很热心。他在蕲州给人治病时也常常不要钱，只要人家供给他一些秘方。
散布在广大民间的医药方子是我们祖先千百年来遗留下来的医疗经验，各处都有当地流传的一些单方。李时珍每一次外出，总能满载而归。