初平三年四月，董卓被王允、吕布伏杀，随后牛辅也被杀，李傕等人归来时无所依托，本欲解散部队逃归家乡，又怕仍得不到赦免，武威人贾诩当时在李傕军中任职，贾诩对李傕说：“听长安人议论说欲诛尽凉州人，各位如果弃军单行，则一个小小的亭长就能抓住你们了。不如率军西进，攻打长安，为董卓报仇。事情如果成功了，则奉国家以正天下；如果不成功，再走也不迟。”
李傕等人采纳了贾诩的建议，到处说：“朝廷不赦免我们，我们应当拼死作战。如果攻克长安，则得天下了；攻不下，则抢夺三辅的妇女财物，西归故乡，还可以保命。”部下纷纷响应，于是同郭汜、张济等人结盟，率军几千人，日夜兼程，攻向长安。
王允听说后，派董卓旧部将领胡轸﹑徐荣在新丰迎击李傕。徐荣战死，胡轸率部投降。李傕沿途收集部队，到达长安时已有十余万人。五月，李傕等人又与董卓的旧部樊稠、李蒙、王方等人会合，一起围攻长安，八日后城陷，与吕布展开巷战，吕布败走，王允等人遇害。李傕等人纵兵劫掠，百姓、官员死伤不计其数。李傕等人占领长安，挟持汉献帝。威逼献帝封李傕为扬武将军，郭汜为扬烈将军，樊稠等人皆为中郎将。此时，汉少帝（弘农王）刘辩的妃子唐姬自从少帝被李儒毒杀后回到娘家颍川居住，李傕攻破长安后派兵掳掠关东地区，掳获唐姬，李傕欲娶唐姬为妻，唐姬坚决不答应，也始终没说出她是少帝妻子的事，后来尚书贾诩知道了此事，告诉了汉献帝，献帝十分伤感，下诏接回唐姬，让她住在少帝的园中，派侍中持节封唐姬为弘农王妃，自此，唐姬终生未再嫁。八月，诏太傅马日磾、太仆赵岐杖节镇抚关东。
同年九月，又赐封李傕为车骑将军、开府，领司隶校尉、假节、池阳侯，郭汜为后将军、美阳侯，樊稠为右将军、万年侯。张济被封为镇东将军、平阳侯，外出屯驻在弘农（今河南灵宝县）。以贾诩为尚书。李傕举博士李儒为侍中，献帝诏曰：“儒前为弘农王郎中令，迫杀我兄，诚宜加罪。”辞曰：“董卓所为，非儒本意，不可罚无辜也。”李傕、郭汜、樊稠三人共同把持朝政，随自己喜好任免官员，又常纵兵劫掠，几年内三辅百姓损失殆尽。汉代司隶校尉负责监察京师百官和三辅（京兆尹，左冯翊，右扶风）、三河（河东，河内，河南）及弘农七郡的官员。初置时能持节，表示受君令之托，有权劾奏公卿贵戚，起到和刺史相同的作用，但比刺史地位高。朝会时和尚书令、御史中丞一起都有专席，当时有“三独坐”之称。东汉时司隶校尉常常劾奏三公等尊官，故为百僚所畏惮。司隶校尉对京师地区的督察也有所加强，京师七郡称为司隶部，成为十三州之一。司隶校尉成为政权中枢里举足轻重的角色，所以董卓称之为“雄职”。曹操在夺取大权后，也领司隶校尉以自重。李傕领司隶校尉则可以完全控制朝政，假节杀犯军令者。
同年十二月，曹操派使者进贡，并写信向李傕等人献殷勤，李傕等人认为曹操虽然表面上派使者进贡，但并不是真心诚意的，准备扣留曹操的使者，这时黄门侍郎钟繇加以劝阻，说只有曹操心系王室，于是李傕等人对曹操使者厚加赏赐。
兴平元年（194年），屯于郿城的征西将军马腾有私事求于李傕，没有得到应允，于是率兵相攻。汉献帝派使者劝解，没有成功。随后屯于金城的镇西将军韩遂率兵前来劝解，继而与马腾联合。朝臣种邵、马宇、刘范（刘焉之子）暗中与马腾联系，欲使马腾袭击长安，愿为内应，以诛杀李傕等人。于是马腾、韩遂屯兵长平观。后来种邵等人事情败露，逃奔至槐里。李傕派郭汜﹑樊稠以及侄子李利与马腾、韩遂大战于长平观下。马腾、韩遂大败，被斩杀一万多人，二人退回凉州。樊稠等人随后追击，韩遂派人要求和樊稠对话，因为两人是同乡，于是韩遂和樊稠单独在一起交谈，十分亲密，谈笑了很久。李傕又令樊稠及侄子李利带几万人围攻槐里，种邵﹑刘范等人皆被杀死。李利返回长安后告诉李傕说：“樊稠和韩遂单独在一起笑谈，不知道交谈的内容，样子十分亲密。”于是李傕与樊稠开始互相猜疑。但李傕还是让樊稠以及郭汜开府，与三公合为六府，皆参与选拔官员。这时长安城内盗贼猖獗，白天都出来掳掠，于是李傕﹑郭汜﹑樊稠三人分兵守在城内，各守其界，但还是不能控制。后来，朝廷下诏赦免马腾等人。四月，以马腾为安狄将军、韩遂为安降将军。
据《后汉书》记载，献帝在长安时，办过一件很值得称道的事。当时的长安，经连年动乱、饥荒，谷一斛卖到50万钱，长安城中人相食。献帝令侍御史侯汶开仓济民，用米豆为饥民做糜粥，但饿死者并没有减少。献帝怀疑所发米豆不实，亲自在御前量试做糜，证实发放中确有克扣现象，于是下诏杖责侯汶，并责问京官们为何米豆发下去仍有如此多的人死亡？从此以后，米豆得以如实发放，使饥民们切实受到赈济。这是公元194年的事，那一年他才14岁。
兴平二年（195年），李傕等人相互争权夺利，矛盾越来越激化。二月，樊稠欲带兵向东出关，向李傕索要更多的士兵，李傕顾忌樊稠勇而得人心，又因为当初樊稠私自放走了韩遂。于是让樊稠过来参加会议，让外甥骑都尉胡封在会议上刺死了樊稠，兼并了樊稠的部队，如此一来诸将之间更加相互猜忌。李傕经常在自己家设酒宴请郭汜，有时还留郭汜在自己家住宿。郭汜的妻子害怕李傕送婢妾给郭汜而夺己之爱，就想挑拨他们的关系。
一次李傕送酒菜给郭汜，郭汜妻子把菜中的豆豉说成是毒药，郭汜食用前郭妻把豆豉挑出来给郭汜看，并说了李傕很多坏话，使郭汜起了疑心。过几天李傕再宴请郭汜，把郭汜灌得大醉，郭汜怀疑李傕想毒害他，赶紧喝粪汁催吐解酒。于是二人率兵相攻，交战连月，死者数以万计。李傕请贾诩为宣义将军，来帮助自己。汉献帝派人劝解，没有成功。
同年三月，安西将军杨定害怕李傕谋害自己，就与郭汜合谋劫持汉献帝到自己的营中，但计划被人泄露给了李傕。李傕派他哥哥的儿子李暹率数千人围住宫门，胁迫献帝出宫。太尉杨彪出去对李暹说：“自古帝王没听说有徙居臣家的，你们怎么能如此？”
李暹蛮横地说：“我家将军，大计已定，深恐郭汜入宫为逆，故派我前来迎驾，暂避一时，君敢来相阻，莫非与郭汜通谋不成？”
杨彪无法再与他理论，只好回去禀报献帝。献帝无奈，在李傕的威逼下，被载回大营。宫中妃妾财物以及御库中的金银珠宝，也都被李傕洗劫一空，用车载回大营。他还放火烧宫殿、官府、民宅。堂堂天子被劫入军阀大营，如同傀儡，任人摆布。
李傕对汉献帝多有怠慢，汉献帝敢怒不敢言，晋升李傕为大司马，位在三公之上。
同年六月，李傕部将杨奉与军吏宋果欲除掉李傕，事情败露，杨奉引兵叛逃，于是李傕的势力稍稍衰弱。不久，张济带兵从弘农赶到劝和，欲接汉献帝到弘农，献帝也派使者来劝说，李傕、郭汜二人准备议和，想各自交换儿子作人质，但李傕的妻子十分爱护自己的儿子李式，不愿交换，和计未定。后李傕答应各自交换女儿作人质，双方和解。
同年七月，汉献帝出长安东归，李傕引兵出屯池阳，张济、郭汜以及原董卓部下杨定、董承皆随天子车驾东归，汉献帝以张济为骠骑将军，开府如三公；郭汜为车骑将军，杨定为后将军，皆封列侯。又以董承为安集将军，沿途诸将屡有争执。
这场危机刚刚过去，新的灾难又降临到献帝头上。李傕、郭汜后悔让献帝东去，又联合起来追赶。杨定见大势不好，单骑逃亡荆州；张济又与李傕、郭汜联合，一同追赶献帝。献帝在杨奉、董承得知张济要劫驾的消息后，连夜奔往弘农，半夜时分，李傕、郭汜、张济赶到，双方大战一场，死伤无数，就连御物国宝也都丢尽，献帝由董承保护，才得以逃脱。献帝逃入曹阳，已经夜幕低垂，无处住宿，只好露宿一夜。天亮了，杨奉、董承保护献帝逃走，后面追兵又到，将领们劝献帝上马速行，献帝不肯丢下百官自逃，这样且战且走，许多大臣被杀，军士也所剩无几。战到天黑，来到河边，太尉杨彪等人主张连夜过河，好不容易找到一条大船，众人拥着献帝，伏皇后的父亲伏完，一手扶着皇后，一手拿着一匹绢。来到河边上，天寒水冷，无法下去，伏完打开绢裹住献帝身子，由众人抬到船上，伏皇后是由父亲伏完背过去的。船小人多，人人争上，被挤落水者，和被船上人打落水者，不计其数。天明，才到彼岸，来到大阳，等李傕知道后，已追赶不及。董承、杨奉只为献帝在民间找到一辆牛车，其余随行人员只得步行，来到安邑。河内太守张杨、河东太守王邑，前来见驾，并供应吃穿。献帝封张杨为安国将军，王邑为列侯，逃难路上，来不及刻印，就刻在石上画成字以代印玺。献帝和伏后就住在荆棘篱中，无门可关，群臣议事，以茅舍为朝堂。落难中的帝王的狼狈相，十分凄惨。
在定都安邑还是回洛阳的问题上，董承与杨奉发生矛盾，董承主张回洛阳，杨奉主张定都安邑。杨奉派遣军队袭击董承，董承逃往野王，投奔张杨。张杨决意调兵迎驾，先派董承去洛阳，修筑宫室。建安元年（196年）秋七月，汉献帝回到洛阳，因宫殿尚未修成，暂住在故中常侍赵忠的宅第里。八月，迁居南宫杨安殿。张杨仍回野王，杨奉出屯梁地，董承、韩暹宿卫宫禁。
一年多来，汉献帝饱受颠沛流离之苦，经过太多风霜雨雪，受过太多惊吓和窝囊气，回到洛阳怎能不使他高兴？他开始封赏有功之臣，张杨为大司马、兼安国将军，杨奉为车骑将军。可是，好端端的一个洛阳皇宫，已被董卓烧为平地，满目是凄惨的残砖破瓦，到处是荒凉的荆棘萝蔓，百官无处安身，在破壁颓垣中暂时栖身，没有粮吃，自尚书以下的官员，都亲自出城去采野谷，有的饿死于墙壁之间，有的为士兵所杀。
建安元年（196年）七月，汉献帝回到洛阳，董承暗招兖州牧曹操，曹操率军过来迎接天子。曹操以洛阳残荒为由，让汉献帝移到许都居住。建安二年（197年），左将军刘备诱杀杨奉。张济因军中缺粮，出兵到南阳掠夺，攻打穰城，战死。郭汜被自己的部将伍习杀死。建安三年（198年）四月，曹操派谒者仆射裴茂下诏召集关中诸将段煨等人征讨李傕，灭其三族。李傕的首级被送往许都，高悬示众。