第一次邀请自然不成功。
胡大海手下的总制孙炎便写信再邀老刘出山，但老刘依然不从。
孙炎再派人前往刘基处，老刘于是拿出一柄宝剑，让来人带了回去。那意思是：别逼我，否则我就死给你们看。
可是孙炎在接到宝剑后，便表示“剑当献天子，斩不顺命者，人臣不敢私”，于是便让人将剑送还了刘基。顺道还捎去了一封数千言的书信。那意思很明显：你老刘将来如果被斩，将是因不识时务而死，而绝不会得到一个忠臣的美名。岂不死得很可惜？
最后，威压之下的刘基总算是想通了，演戏应该见好就收，别真的弄到砸场。所以，他决定出山。
当然，刘基还谈不上是贪生怕死之辈，对元朝的绝望也不是最根本的原因。儒家历来倡导“圣人革命”、严“华夷之辨”——朱元璋依据此提出了“驱逐胡虏，恢复中华”的口号，这才真正击中了刘基的内心，使他为之倾服而愿意出山。
所以，朱元璋能成功，也是因为他巧妙地利用了民族矛盾，将自己领导的这场改朝换代的农民起义，加入了民族解放的内容。如名士朱升之流，正是冲着这杆大旗，才投身到朱元璋的队伍中来的。而单纯的农民造反，地主阶级知识分子往往是不屑于参与的，比如前代的黄巢起义、后世的李自成起义、太平天国等，这类起义最终都会失败。
当刘基等人前往应天面见朱元璋时，朱元璋欣喜不已。一面命人赐坐，一面请教道：“余为天下屈四先生，今天下纷争，何时定乎？”
章溢先谈了自己的看法。而早就对天下大势洞若观火的刘基则献上了“时务十八策”，他着重指出：“我有两敌，陈友谅居西，张士诚居东。友谅包饶、信，跨荆、襄，几天下半，而士诚仅有边海地，南不过会稽，北不过淮扬，首鼠窜伏，阴欲背元，阳则附之，此守虏耳，无能为也。友谅劫君而胁其下，下皆乖怨；……夫攫兽先猛，擒贼先强，今日之计，莫若先伐汉。汉地广大，得汉，天下之形成矣。”
话比较长，但意思很简单：你朱元璋目前就两个敌人——陈友谅与张士诚。在总体战略上，你最好先打强敌（陈友谅），再灭弱旅（张士诚）。
对此，朱老大深表赞同。事后，他将刘基留在身边做参谋，而且还建了一座礼贤馆来专门安顿刘基等人，以示宠遇。
对于朱老大遥奉小明王之举，刘基是不以为然的。他认为小明王不过一个放牛娃而已，何必尊奉他的年号呢？朱元璋对此有自己的主意，尽管自己已经足够强大，甚至根本不把元廷放在眼里，但树大招风，“缓称王”的策略还是不错的。
在刘基的辅助下，朱元璋平定天下的整个战略规划是形成了，剩下的就是去执行。
朱元璋的大部队正对陈友谅部乘胜追击，而刘基则被允假一年回家“丁忧”。
盐贩子方国珍，对乞丐出身的朱元璋一向不怎么服气，但十分畏惧老爷出身的刘基。出身是一方面的原因，更多的估计还是从前吃老刘的亏太多，下意识里就胆寒。听闻刘老爷“丁忧”在家，他连忙致书吊唁问候。老刘给方国珍写了回信，并把朱老大狠狠夸了一番。
刘老爷都欣赏的人，方国珍能不敬重么？于是，他决定向应天入贡。
“丁忧”刚完，返回应天的途中，老刘还顺手办了件事——协助李文忠击退了张士诚部的进攻。当时他途经浙江建德，正遇上张家军一部攻打建德，文忠准备奋起还击。可老刘认为正面应战代价太高，而对方是孤军深入，后援乏力，所以等几天后再反击不迟。三天后，敌方旌旗如故，但老刘看出这是为掩护撤退布置的假象，于是建议文忠出兵，终于将这股敌人全歼。
对于刘基，后世人总喜欢把他想像成一个小老头。智者嘛，肯定是殚精竭虑，形容枯槁，不早衰似乎对不起他。
其实，史书记载青年刘基“虬髯，貌修伟，慷慨有大节”，一副豪爽大叔的形象。
朱老大对老刘一向“任以心膂”，每次召刘参谋来议事，总把身边的所有人都打发走，这样一来，二人的谋划大家也就无从得知。
在刘基看来，朱老大既对他知遇甚隆，因此也知无不言。
老刘这人，脑子转得飞快，“遇急难，勇气奋发，计画立定，人莫能测”。面对这样的猛人，朱老大更是欣赏加佩服，常呼之为“老先生”，而不是直接叫他的名字。
后人因此也将刘基跟张良、诸葛亮等并列。
但比之于有鲜明道家倾向的张良，刘基是一个彻头彻尾的儒家士人；比之于儒法兼顾的诸葛亮，刘基似乎书生气更强烈些，也更理想化。
刘基投靠朱元璋，有那种“以天下为己任”的理想在里头，所以，凡遇现实问题，总喜欢讲原则，鄙视和稀泥。再加上为人刚直，嫉恶如仇，在有的人看来，反倒显得他心胸狭窄了。所以，大明开国后，刘基就退居了二线。
按现在的说法：刘基本事是有，但做人有点迂，容易得罪人。对比起来，本事平平的李善长则机灵得多，左右逢源，在人堆里很吃得开。
大明开国，刘基被封了一个诚意伯的爵位，食禄甚至比不上籍籍无名的汪广洋。其做人就是一个重要的方面。当然，还有其它原因：
第一，朱皇帝乡土观念很重，公、侯之类的爵位只会授予那些淮右系的功臣。
第二，朱皇帝“累欲进基爵，基固辞不受”。之所以谢绝高官厚爵，估计是受了张良的启发，张良当年就专门挑贫瘠之地作为自己的封地，刘基也深恐功高震主，遗祸子孙。后来，老朱追封了刘基的先人，老刘答谢道：“陛下乃天授，臣何敢贪天之功。圣恩深厚，荣显先人足矣。”
第三，大明开国后，朱、刘二人的关系已开始疏远。毕竟猎物打完，猎狗也没用了，没宰了你下火锅就不错了。再加上刘基的硬脾气，多次触犯天颜，朱元璋已对他渐生嫌恶之心。有一次老刘祈雨不验，就这么点小事，朱皇帝都能找茬对他发火。
但无论如何，刘基的功劳都摆在那里的，对此，聪明人朱元璋心里有数。
所以，当老刘说到“处州青田县山多田少，百姓多于山上垒石作田耕种，农事甚难”时，朱皇帝居然下令：“刘基有功于我国，本县田亩，止是一等起科五合，使百姓知刘基之心。”特意减免了青田的赋税，算是给了老刘天大的面子。只是，这种恩遇以后越来越少了。
后世对于刘基的推崇也可谓无以复加，认为他超过了张良、房玄龄等人，因为“子房不见词章，玄龄仅办符檄”，无点墨留下，而老刘“勋业造邦，文章传世，可谓千古人豪”。这里面，有点过于夸大了。
祸不单行的日子
回过头继续说，老刘还在赶往应天的路上。
朱元璋却出事了。
朱老大的事业，在对阵陈友谅时，进入了一个关键时期。量变的积累眼看就要形成质变了，很多以前积攒下来尚未解决的问题，到此时就免不了来次集中性爆发。这也算是革命事业发展过程中必须的震荡和调整吧。
老刘在回家“丁忧”之前就提醒过朱老大，让他对于江西和浙江的事注意点，可朱老大没太在意。
终于，浙江方面先出大事了。
至正二十二年（1362年）二月，驻扎于金华地区的苗军元帅蒋英、刘震、李福等突然发动叛乱，杀守臣参政胡大海及郎中王恺、总管高子玉等。
当初，胡大海拿下严州时，刘震等人来降，胡大海喜其骁勇，便将他们留置麾下，待之不疑。等到这帮人开始谋反时，刘震有点良心上过不去，觉得胡大海对自己不错，不忍痛下杀手。
但李福却对大伙说道：“胡参政待咱是不错，可是大权在主将手里，如果不杀掉主将，那么事情就很难成功。如今要举大事，就顾不得私恩了！”
大伙觉得他说的有道理，于是便下了决心，又通知了衢州、处州的苗帅李佑之等，约定二月七日这天一同举兵。
到了这天，蒋英等人先是假装请胡大海到八咏楼下观弩。待到观看完出来时，老胡将要上马，蒋英的部下钟矮子突然跪在老胡马前，然后假装可怜地诉说道：“蒋英等欲杀我！”老胡于是转身想问问蒋英是怎么回事，只见蒋英从袖中拿出一柄铁锤，好像要砸钟矮子。可是这小子只是虚晃一招——他趁老胡不防，一锤就猛砸到老胡头上。老胡受伤倒地，蒋英立即上前，割下了老胡的首级。
可怜老胡如此将才，没死在战场上，却丧命于小人之手，真是令人扼腕。
接着，蒋英提着老胡的人头出示各处，胁迫同佥宁安庆、院判张斌等人就范。随后，叛军又袭杀了老胡的儿子胡关住，又擒住了郎中王恺。
王恺誓死不从叛贼，他正色道：“吾职居郎署，同守此土，义当死！宁从贼耶？”刘震再次心生恻隐，想要放了王恺，可是有人和王恺有仇，结果王恺等人皆被害。
当胡大海的死讯在金华地区传开后，“婺人莫不哀恸流涕，如丧父母”，可见这老胡人缘是多么好！
苗军反叛的消息很快就传到了坐镇浙东的朱文忠那里。他立即派出元帅何世明、掾史郭彦仁等率兵前往征讨。当征讨部队到达兰溪时，蒋英等畏惧起来，于是把城中劫掠一空，最后投降了张士诚。
老胡死难的噩耗传到朱元璋那里，朱元璋痛彻肝肺，痛定之余，追赠老胡为“开国辅运、推诚宣力武臣、光禄大夫、同知大都督府事”，谥“武庄”。
可是一波未平一波又起，蒋英等人谋反成功的消息传到处州，处州苗军元帅李佑之、贺仁德等也闻风而动，作乱杀害了院判耿再成、都事孙炎、知府王道同及朱老大的养子朱文刚等人，并一举占据了处州城。
文忠得信，又派出元帅王佑等率兵屯缙云，以伺机收复处州。
当朱老大又听到处州的噩耗时，他再也坐不住了。即刻命令平章邵荣率大军前往征讨。
话说就在李佑之等作乱时，耿再成正陪一帮客人在吃饭，闻讯后他立即上马，还没来得及整顿兵马应敌，叛军就杀来了，耿同志便迎着他们骂道：“你们这帮贼奴！国家怎么辜负你们了，你们要造反？”但叛军一拥而上，耿同志招架不及，被刺中脖子，不久壮烈了。
之前为朱元璋招纳刘基出了大力的孙炎被生擒后，也是誓死不屈。被害时不过三十多岁。
胡大海一死，大局无人主持，而浙东重地，非心腹重臣不能镇守。
于是，朱元璋升同佥朱文忠为左丞，都事杨宪及胡深为左右司郎中，仍驻扎于金华，统领浙东军马。
也就是说，文忠已经基本接替了老胡的担子，成为了浙东地区的总负责人。
浙东动荡不安，张士诚也来浑水摸鱼，派其弟张士信率兵围攻诸全。诸全守将谢再兴率军迎敌，两军鏖战近一个月不分胜负。
后来，谢再兴设伏兵擒杀了张家军千余人。张士信大怒，增兵加紧攻城，谢再兴坚持不住了，赶紧向文忠告急。文忠派胡德济率军增援，但胡德济的援军也有限，谢再兴再请增援。
此时金华叛乱初定，而严州靠近敌境，处州又为叛苗所据，文忠一时为难了。正在犯难之际，他想到邵荣等讨伐处州的大军将到，于是便与都事史炳等定下先声而后实之计。
他们派人到处扬言徐达、邵荣等率领大军已到严州，不日就将进击诸全，而且文忠还派人到各处张贴榜文。
张士信的士兵见到榜文后，多半信以为真，于是人心开始骚动起来，很多人都想乘夜逃遁。胡德济得知这一情况后，便与谢再兴夜半突袭了张家军，结果张家军大败，诸全之围也因此化解。
不过话说回来，张家军的失败并不全是因为中计。张士信纨绔子弟一个，他随军必备的武器：女人、歌舞戏班、骰子，整天就玩这些个，没干过正事。手下诸将也跟着学，士兵也斗志全无。要不，小小的诸全至于一个多月都拿不下来？
此刻，邵荣率大军已到达处州，进展也非常顺利。他先是令院判张斌、王祐、胡深等分攻处州城四门，并焚烧了其东、北两门，军士登城而入。最终，李祐之自杀，贺仁德被擒获。处州复平，改任王祐守城。邵荣则即刻率大军返回应天。
浙江的局面算是稳定下来了，应天政权的一臂得以保全，朱元璋也稍稍安了几分心。
当初刘基所强调的除了浙江的问题外，也提到了江西方面。
不过，朱老大有点先见之明，从前血战太平的教训实在太深刻，所以，当朱家军入驻洪都城后，即刻便修筑加固城池。考虑到旧城西面临水，故特意将城墙向里移了约三十步；而东南方向空旷，便又向那边扩展了二十余里。
如此一来，洪都城就坚固多了。
邓愈不久被任命为江西行省参政，受命留守洪都，都事万思诚、知府叶琛等人辅助。而胡廷瑞、张民瞻、廖永坚等人，则跟随朱元璋回到了应天。
胡廷瑞不仅因避朱老大“国瑞”的讳而改名为胡美（也称胡廷美），他还把自己的长女嫁给了朱老大。出于巩固双方关系的目的，朱老大只好笑纳。
可是没多久，洪都就传来消息：祝宗、康泰叛乱，已攻陷洪都府。
当初献洪都投降时，祝宗、康泰二人就是心怀鬼胎的。他们时常挑胡廷瑞的不是，胡廷瑞反复安抚他们，他们才暂时安生下来。
等胡廷瑞到应天后，想到祝、康二人，惟恐他们再生乱子，于自己不利，便把实际情况告诉了朱元璋。朱老大于是下令：令祝、康二人带所部兵马前往湖广听从徐达调遣。二人感到情况不妙，于是仓促之间发动了叛乱。
因为事发突然，邓愈应变不及，只得带着数十骑出逃，与叛军几次遭遇，邓愈且战且走，跟随的人大都战死。幸亏他身经百战，再加上养子将马让与他骑，邓愈才侥幸得脱，没有重演胡大海的悲剧。
邓愈是捡回了条性命，可惜万思诚、叶琛皆死于这次叛乱。
洪都叛乱的消息传到应天，朱元璋当即命徐达等从湖广回军前往征讨。很快，徐达就攻破了洪都城，祝宗在逃亡中被杀，康泰被生擒。因为康泰是胡廷瑞的外甥，结果被从轻发落。
有人可能会说朱元璋这次徇私也太明显了。但对他来说，这是为了顾全大局，眼下的局面，实在不宜再多生动荡。待到后来胡廷瑞也犯到他手里时，就算是国丈，他一样照杀不误。
稳定江西的大局很重要，朱老大曾经说过：“得了江西，如同斩下陈友谅之膀臂。此地是故楚中心，应天的西南屏障。加之本地人喜诉讼而难以管制，贼寇甚多，非心腹干练之人不可守。”
至正二十二年五月，朱元璋便命亲侄朱文正为大都督府左都督，节制中外诸军事，前往镇守江西。还特命儒士郭子章、刘仲服等参谋，另外，邓愈、赵德胜等人也一同前往协助镇守。
“文正既至，增浚城池，严为守备”，城防工作做得还是不错的。另外，他还招谕山寨贼寇们来降，绝大多数的头目都表示归顺，对于那些好打官司的人，下令一律处死。如此一来，号令严肃，远近震慑。
可文正自己，一旦脱离老叔的管束，就如同脱了缰的野马，居然干出了一些荒淫的勾当。他任用卫达可等小人为心腹，帮着到处搜罗美女，宠幸个几十天，要么抛弃，要么干脆投到井里淹死，弄得民怨甚重。而老叔派的人到洪都巡视，他就重加贿赂，再说单凭他的身份，也没谁敢去举报。
单就这一点，文正跟文忠就没法比。不过新官上任，驻防的又是重地，他小子也不敢太得意忘形。
其实，远处的敌人倒并不可怕，身边的人反叛才是最让人防不胜防的，朱老大对此一贯高度警惕。身边的人多次反水，也深刻地影响了后来他对待开国功臣的态度。
就在这年七月，平章邵荣、参政赵继祖等人谋反了。