这以后，毛泽东留在上杭临江楼继续治病。经过一位名医吴修山10多天的治疗，病情明显好转。此时正逢重阳节，看到院中黄菊盛开，毛泽东填了一首《采桑子·重阳》的词，借以抒发渴望早日返回前线驰骋疆场的心情：
人生易老天难老，
岁岁重阳。
今又重阳，
战地黄花分外香。
一年一度秋风劲，
不似春光。
胜似春光，
寥廓江天万里霜。
10月下旬，毛泽东随闽西特委机关撤出上杭县城，转往苏家坡，又休养了一个多月。
毛泽东这次病得很重。在转往苏家坡的途中，他对曾志说过：看起来我这个人命大，总算过了这道“鬼门关”。谁知国民党却造谣说，他已死于肺结核病。共产国际在莫斯科也听到有关毛泽东病故的误传。于是，第二年初在《国际新闻通讯》上发了一份1000多字的讣告，文中写道：
“据中国消息，中国共产党的奠基者，中国游击队的创立者和中国红军的缔造者之一的毛泽东同志，因长期患肺结核而在福建前线逝世。”“这是中国共产党、中国红军和中国革命事业的重大损失。”“毛泽东同志是被称之为朱毛红军的政治领袖。他在其领导的范围内完全执行了共产国际六大和中共六大的决议。”“作为国际社会的一名布尔什维克，作为中国共产党的坚强战士，毛泽东同志完成了他的历史使命。”
这个“讣告”，虽因传闻失实而来，但它却透露出一个不容忽视的事实：即毛泽东在中国革命和中国共产党中的重要地位不仅为国内而且也已为共产国际所承认。以后，毛泽东虽又多次遭受“左”倾领导者的错误打击，但他们仍不敢完全抹煞毛泽东的地位，看来与这份讣告的“盖棺论定”不无关系。
中共红四军七大决议案和毛泽东、刘安恭等的信件，通过中共福建省委的秘密交通送到中共中央。8月13日，中共中央召开政治局会议进行讨论，认为这个决议案“有些是正确的，有些是不正确的”；刘安恭的信将毛泽东、朱德分成两派，许多是不符合事实的，在故意造成派别。会议决定：由周恩来起草一封致红四军前委的信，写明军委可暂不设立，军事指挥由军长、党代表管理，调刘安恭回中央的意见。
8月21日，中共中央发出由周恩来起草的给红四军前委的指示信。
不久，陈毅到达上海，向中央政治局详细汇报了红四军的情况和党内的争论。政治局决定成立李立三、周恩来、陈毅三人委员会，由周恩来召集，负责起草一封指示信。三人委员会决定，以中央8月21日给红四军前委指示信为基础，由陈毅执笔起草这封指示信。经过三人多次讨论，陈毅逐步看清红四军在党的武装斗争中的地位，对一些重大问题的认识得到很大提高。他在多年后曾几次对身边工作的人说，到上海党中央两个月，等于上了两个月的训练班。9月28日，中共中央政治局通过了这封信，即“九月来信”。
“九月来信”在总结红四军经验的基础上，着重指出“先有农村红军，后有城市政权，这是中国革命的特征，这是中国经济基础的产物”。规定红军的基本任务是：“一、发动群众斗争，实行土地革命，建立苏维埃政权；二、实行游击战争，武装农民，并扩大本身组织；三、扩大游击区域及政治影响于全国。”强调“党的一切权力集中于前委指导机关，这是正确的，绝对不能动摇，不能机械地引用‘家长制’这个名词来削弱指导机关的权力，来作极端民主化的掩护”；同时，“前委对日常行政事务不要去管理，应交由行政机关去办”。这些指示，肯定了毛泽东提出的“工农武装割据”和红军建设的基本原则。指示信要求红四军维护朱德、毛泽东的领导，毛泽东“应仍为前委书记”。中央的“九月来信”，为红四军党内统一认识、纠正各种错误思想提供了根据。
“九月来信”由陈毅带回。陈毅受中央的委托，回红四军做解释和纠正的工作。
11月下旬，毛泽东在他养病的蛟洋收到中央的“九月来信”和陈毅转达中央指示请他回前委主持工作的来信。这时，他的健康正在恢复，便随前来迎接的部队回到长汀。他向朱德、陈毅等表示接受中共中央的“九月来信”，包括对他工作方式的批评。陈毅诚恳地作了自我批评，并介绍了他上海之行的情况。毛泽东也说他在红四军八大时因为身体不好，情绪不佳，写了一些伤感情的话。这样，相互间的隔阂就消除了。
半年后，当中共中央特派员涂振农来到红四军时，毛泽东、朱德分别同他谈了这次争论的经过，并作了自我批评。涂振农在给中央军委的报告中写道：“据我在那里时的观察，确实都从行动上改正过来。朱德同志很坦白的表示，他对中央的指示，无条件的接受。他承认过去的争论，他是错的。毛泽东同志也承认工作方式和态度的不对，并且找到了错误的原因。过去军政关系的不甚好，是做政治的和做军事的人对立了，缺乏积极的政治领导的精神。同时说到红四军党内虽有不同的意见，但没有什么派别的组织，只是同志间个人的争论，而不是形成了那一派和这一派的争论。”
来自红四军党内的这场争论结束了。在中国共产党探索中国革命的过程中，面对许多新情况和新问题，经常发生党内的争论，这是正常的，有时也是十分坦诚的，并不一定都会发展成尖锐对立的两条路线斗争。采取正确的党内批评，有利于统一人们认识上的分歧，解决党面临的重大问题。
为了进一步统一全军党内的思想，中共红四军第九次代表大会于12月28日和29日在上杭古田举行。这是红军发展史上一次十分重要的会议。毛泽东在会上作了政治报告，朱德作了军事报告，陈毅传达了中共中央的指示。
会议经过热烈的讨论，一致通过毛泽东起草的八个决议，总称《中国共产党红军第四军第九次代表大会决议案》，也就是著名的古田会议决议案。大会选出毛泽东、朱德、陈毅、罗荣桓、林彪、伍中豪、谭震林等11人为中共红四军前委委员，毛泽东重新当选为前委书记。
《古田会议决议》近3万字，总结了红四军成立以来在部队建设上的基本经验教训，确立了中国人民军队建设的基本原则。它的主要内容是：
第一，规定了红军的性质、宗旨和任务。决议指出，红军是一个执行革命的政治任务的武装集团。必须坚决贯彻中国共产党的纲领、路线、方针和政策，完全服务于人民革命斗争、根据地建设和土地革命。红军决不是单纯地打仗的，必须同时担负打仗、做群众工作和筹款三大任务。这是它区别于其他一切旧军队的根本标志之一。必须反对单纯军事观点和不重视根据地的流寇思想，把宣传工作当成“第一个重大工作”。
第二，确立党对红军实行绝对领导的原则。决议规定，红军中必须健全各级党的组织，实行政治委员制度，反对以任何借口来削弱党对红军的领导，并且尖锐地批评了“极端民主化”、“非组织观点”和个人主义等错误倾向。决议规定，党的各级会议都必须讨论军事工作，一经形成决议，“通过群众路线去执行”；厉行集中指导下的民主，“少数人在自己的意见被否决之后，必须拥护多数人所通过的决议。除必要时在下一次会议再提出讨论外，不得在行动上有任何反对的表示”；党内要正确开展批评与自我批评；无论担任什么军职的党干部，都应该参加党的会议，报告工作，接受党组织的监督。
第三，规定了红军中政治机关和政治工作的地位。决议提出，在省级地方政权未建立前，红军的政治机关与军事机关在前委领导下平行执行各自担负的工作：政治训练及群众工作事项，军事系统应接受政治系统的指挥；作战、宿营、给养等，政治系统应接受军事系统的指挥。在没有建立政权机关的地方，由政治部代替当地政权机关的工作，如负责宣传群众、组织群众、建设政权等。决议批评把政治机关隶属于军事机关的错误观点。指出这种思想发展下去，便有脱离群众、以军队控制政权、离开无产阶级领导的危险，如像国民党军队所走的军阀主义道路一样。
第四，强调在红军内部加强思想政治教育。决议从红四军的组成和处在农村分散游击环境的实际出发，指出对红军不断进行马克思主义和党的正确路线教育，是克服各种非无产阶级思想，提高军队政治素质，完成无产阶级政治任务的中心环节。《决议》对各种错误思想的表现和社会根源作了分析，并提出克服的办法。
第五，规定处理红军内外关系的原则。决议坚持官兵平等、实行民主主义制度。指出：官兵之间只有职务的不同，没有阶级的分别。长官应当爱护士兵，关心士兵，切实保障士兵的民主权利，坚决废止肉刑。士兵要尊重长官，自觉地接受管理，遵守纪律，克服极端民主化和平均主义、雇佣思想等错误倾向。在军政关系上，要求红军指战员严格尊重人民政权机关，巩固它在群众中的威信。在军民关系上，要求红军严格执行“三大纪律”和“六项注意”，同人民群众打成一片。在对敌军的工作上，要求在坚决消灭一切敢于顽抗的敌人的同时，实行瓦解敌军和宽待俘虏的政策。
古田会议决议是中国共产党和红军建设的纲领性文献。它系统地解决了以农民为主要成分的军队如何建设成无产阶级领导的新型人民军队这个根本性问题。这个决议不但在红四军实行了，后来其他各部分红军也先后照此执行，大大加快了人民军队建设的进程。1978年5月29日叶剑英在全军政治工作会议上说：“古田会议对我军建设，对我军政治工作的建设，都具有划时代的意义。毛主席亲自起草的古田会议决议，是我军建军的伟大纲领。”
“农村包围城市”理论的初步形成与实践
1930年初，在赣南、闽西以及湘鄂西、鄂豫皖边、湘鄂赣边等各革命根据地相继建立并不断发展的情况下，1月毛泽东在给林彪的复信（即《星星之火，可以燎原》）中，首先批评了他的悲观思想，并阐述了“工农武装割据”对于夺取全国革命胜利的重大意义，提出了中国革命和武装斗争道路的基本思想。
毛泽东从在井冈山领导建立工农武装割据的初期实践中认识到，中国社会的特点决定了中国革命在广大农村大有作为，并力求在理论上给予阐述。但那时主要是强调工农武装割据对保存和积蓄革命力量的重要意义，还不是指以“农村包围城市”。
后来，随着革命形势的发展以及红军和根据地的不断巩固与扩大，毛泽东逐步形成了“农村包围城市”的思想。从建立井冈山根据地到开创赣南、闽西革命根据地，毛泽东看问题的角度、视野比以前开阔了，他在探讨中国的红色政权之所以能够存在的原因的基础上，又进一步探讨农村能否战胜城市的问题。1929年3月20日在长汀召开的前委扩大会议上和4月5日毛泽东代表前委给中央的报告中，毛泽东指出：江西福建两省党和群众的基础都比较好，赣北、赣南、赣东红军武装都有日益发展之势，“在国民党军阀长期战争期间，我们要和蒋桂两派争取江西，同时兼及闽西、浙西。在三省扩大红军的数量，造成群众的割据”。
当然，此时的毛泽东还未提出“农村包围城市”的理论问题，而只是提出“工农武装割据”应面向更多的省份、要更多的红军和更多的群众来参加。因为，要实行“农村包围城市”，首先的一条就是必须有广大的农村作为巩固的阵地；其次，要有相当数量的红军和广泛进行的游击战争。而在当时，这两个条件是不具备的或者不充分具备的。
1930年初，在赣南、闽西以及湘鄂西、鄂豫皖边，湘鄂赣边等各革命根据地相继建立并不断发展的情况下，1月毛泽东在给林彪的复信（即《星星之火，可以燎原》）中，首先批评了他的悲观思想，并阐述了“工农武装割据”对于夺取全国革命胜利的重大意义，提出了中国革命和武装斗争道路的基本思想。他指出，朱德毛泽东式、方志敏式之有根据地的、有计划地建设政权的、深入土地革命的、扩大人民武装的路线，及政权发展是波浪式地向前扩大的政策，无疑是正确的。他认为，红军党内一部分同志主张用比较轻便的流动游击方式去扩大政治影响，等到全国各地争取群众的工作做好了，然后再把红军力量加上去，来一个全国武装起义，这种全国范围的，包括一切地方的，先争取群众后建立政权的理论，是与中国革命的实际情况不适合的。因此，必须有用“红色政权的巩固和扩大去促进全国革命高潮的深刻观念”。毛泽东强调指出，红军、游击队和红色区域的建立和发展，是“半殖民地农民斗争发展的必然结果；并且无疑地是促进全国革命高潮的最重要因素。”这里，我们可以看出，毛泽东以农村为立足点，实行波浪式推进，逐渐向城市发展的思想已经明显地反映出来。这样，毛泽东关于“农村包围城市”的理论也就初步形成了。
毛泽东在初步形成“农村包围城市”的理论后，马上把它用于指导战争的实践。1930年1月下旬，红四军第一、二、三、四纵队在广昌的东韶胜利会师以后，毛泽东及时抓住时机，根据军阀混战日益扩大的形势，进一步对实现“争取江西，同时兼及闽西、浙西”的战略计划作了部署。红四军在赣南，实行以纵队为单位，分兵发动群众，组织群众，开展土地革命运动，巩固和扩大了赣南红色区域。
此时，毛泽东了解到江西省委的一部分人制造种种借口阻挠土地革命的进行，致使各项工作陷于瘫痪的情况。于是，在给赣西、赣南两特委和红五军、红六军的信中，进一步阐明了当时的形势及实现“争取江西，同时兼及闽西、浙西”战略计划的设想，同时建议召开一次联席会议。
1930年2月6日至9日，联席会议在吉安县的陂头村召开。毛泽东亲自主持了这次大会，并以红四军前委书记的身份就当时的政治形势及党的任务作了详细的报告。他指出：扩大土地革命影响于全国，普遍地建立小块红色政权、红色武装，并使小块苏维埃与零星的红色武装继续发展，渐次汇为一个总流，然后结合着城市暴动逐步夺取全国政权。会议详尽讨论了政治、土地、红军、党的组织和苏维埃等重要问题。
这次会议根据“争取江西”的战略计划，提出夺取江西全省的口号，把扩大红色区域，深入土地革命，扩大工农武装，作为当前的主要任务，并制定布置了攻取吉安的军事计划，作为实现“争取江西”战略计划的一个重要步骤。
不仅如此，这次会议还根据实现“争取江西”战略计划和今后斗争形势发展的需要，在原来中央任命的红四军前委的基础上，扩大成立新的前委，以统一指导当前的斗争。