1955年1月，高等教育部和第一机械工业部联合发出通知：由交大造船系与大连工学院造船系合并成立独立的上海造船学院。同年9月，第二机械部和高等教育部联合通知，经国务院批准成立电讯工程学院，以南京工学院无线电系及华南工学院、交通大学两校的电讯系为基础，交大电讯系电话电报通讯专业调整到成都电讯工程学院。
在当时的历史条件下，从宏观上看院系调整对改革高等学校的布局、结构、类型、层次、学科设置，对于建立社会主义的高等教育体系，扩大高校总体规模，对于支援国家的经济建设起到了积极作用。从微观上讲，各校因基础情况不同，利弊不一。对于交大，院系调整中的调入调出，有些对国家经济建设和高教的发展是有利的，有些调整则影响到学校的办学特色和优良传统。如调整中把理科调走，理科与工科分离，对管理学科的忽视，把土木、化工、航空、电讯等应继续发展的系科调走，这样就削弱了综合性理工科大学的办学特色和综合实力。如果保留一些文、理、工、商、管等并重的综合性大学，以培养边缘学科与交叉学科的高级专门人才是有益的。以至于20世纪80年代后又不得不重建理科和管理学院，而新建这些学科因长期断层，基础比较薄弱。
院系调整后，由于专业设置太窄，使一些毕业生走上工作岗位后因专业不对口而不能很好地发挥自己的专业特长。学校因调走了一些对发展现代先进科学技术起关键作用的专业，专业设置综合性不够，难以完成一些综合性的科研任务。经过40年的实践检验，一些院系的调整在一定程度上影响了学校的发展，这些损失也不是一朝一夕能恢复起来的。
3.在交大西迁和多次运动中
1956年，邓旭初担任交通大学党委副书记，在此期间，经历了交大历史上的一次重大变迁。
1953年抗美援朝战争结束后，美国扶持逃往台湾的蒋介石扬言反攻大陆，东南沿海一带形势一度紧张。根据当时的形势，中共中央确定我国的基本建设方针，把工业布局的重点放在内陆，紧缩沿海的建设和规模，重要工业企业内迁。上海地处东南沿海，要压缩疏散人口，内迁部分工厂、学校。
按照这一建设方针，高等教育部制定《1955～1957年高等学校院系调整及新建学校计划（草案）》并向国务院报告，提出将交通大学内迁西安，于1955年在西安开始基本建设，自1956年起分批内迁，最大规模为12000人。
1955年春天，交通大学接到中央的通知后，决定1955年和1956年入学的学生及有关教师和相当的职工应于1956学年度起在西安新址进行教学，其余的师生员工于1957年暑假前基本上完成搬迁任务。1955年8月交通大学迁校委员会设立西安办事处，征收土地进行基本建设。1956年7月，第一批赴西安的教职工、学生共1000多人在西安新校区安家，秋季迎来2137名新生，加上二年级老生和家属，交通大学在西安的师生员工及家属已达6000余人。
1956年，国内外形势发生了巨大的变化。9月，中共第八次全国代表大会通过了第二个五年建设计划的报告，要求“二五”计划中高等学校学生人数要增加一倍左右；沿海地区的高等学校一般不再扩建和过多的迁建。1957年春，毛泽东主席接受了波兰、匈牙利事件的教训，发表了《关于正确处理人民内部矛盾的问题》的著名论断，要求按照“百家争鸣，百花齐放”的方针，开展整风运动，帮助领导改进作风，促进文教、科教事业大发展，为社会主义建设做贡献。号召知识界向党提意见，“知无不言，言无不尽”，“言者无罪，闻者足戒”。在党内再次强调“团结——批评——团结”。加上1956年中央知识分子工作会议精神逐步深入人心，广大知识分子心情舒畅，向党掏出肺腑之言。交大师生员工根据国内外形势的变化和工业布局的调整，回顾迁校一年的工作情况，展开了鸣放。
1957年6月30日，根据周恩来总理的指示和当时的国内外形势，考虑到国家、学校和个人的利益，交大校务委员会扩大会议原则通过了解决迁校的新方案：交通大学分设上海、西安两地，一个系统、统一领导。西安部分的任务是，设置机电方面的主要专业，逐步开设新技术和理科方面的专业，发展成理工大学。在质量提高的基础上，适当照顾数量。上海部分的任务是办好机、电等各专业，着重提高质量，两个部分都要办好。并对两地专业设置提出了具体安排，建议上海造船学院、南洋工学院并入交通大学上海部分，上海部分恢复船舶制造、船舶动力两个系。建议西安动力学院并入交通大学西安部分。根据新专业、理科专业、机电及西北需要的专业设在西安，适当照顾上海的需要，在上海设置机电方面的若干专业的原则，确定了在西安和上海部分相应设置的专业。
西安部分设置21个专业：机械制造工艺、金属切削机床工具、铸造工艺及机器、金属压力加工及机器、焊接工艺及机器、金属学及热处理车间设备、内燃机制造、涡轮机制造、锅炉制造、压缩机及冷却机制造、热能动力装置、电机与电器、电器绝缘与电缆技术、发电厂输电网及其联合系统、工业企业电气化、高电压技术、无线电技术、数学及计算仪器、自动学及运动学、应用数学、应用物理、工程力学等。
上海部分设置14个专业：机械制造工艺、金属切削机床工具、铸造工艺及机器、金属压力加工及机器、焊接工艺及机器、金属学及热处理车间设备、热力机械制造、电力机车制造、车辆制造、起重运输机械制造、电机与电器、电器绝缘与电缆技术、发电厂输电网及其联合系统、工业企业电气化、电器仪表等。
这一方案既最大限度地支援了西北工业建设，又照顾了上海的需要，有利于交大内部团结，有利于充分发挥交大既有师资力量，也有利于今后提高质量。
国务院于9月12日正式批准。至此，迁校、并校工作告一段落。
1958年交通大学上海部分召开党员大会，选举新的党委，彭康任书记，胡辛人、邓旭初任副书记。作为交大上海部分的负责人，邓旭初团结广大师生，认真克服迁校中出现的困难。迁校后的两年中，交通大学的上海和西安两部分都得到很大的发展，并都已确定为全国重点学校。1959年7月31日，国务院批准交通大学西安部分和上海部分分别独立为两所学校，定名为西安交通大学和上海交通大学。谢邦治任上海交通大学党委书记兼校长，彭康任西安交通大学党委书记兼校长。至此交通大学变成了两所独立的全国重点大学。
40多年过去了，交大师生在党的领导下，艰苦创业，团结奋斗，克服种种困难。对于上海交大，由于交大西迁分解成两所大学，除了造船和机车车辆两系外，其他系的骨干教师和主要设备均迁往西安，留在上海的已不是主要部分了。事实上也确实是这样，老交大机电最强，最有实力，迁校后大部分机电骨干教师去了西安，造船学院并到上海交大，上海交大最有实力的专业就算是造船了。“文化大革命”中，机车车辆系也调整出上海交大成为铁道学院，上海交大被抽空了。再加上学校后来归属涉及到办学方向问题，续政治运动和“文革”的冲击，上海交大已是孱弱不堪了，已经无法同原来的名牌大学——交通大学相比了。也难怪当时校外许多人说：上海交大不过是一所“造船学院”，也有人说：“上海交大是第三流的学校”。
20世纪50年代后期，交大还经历了多次运动的洗礼。邓旭初自1953年进入教育战线，到1966年“文革”开始，他在大学里工作了14年，对我国高等教育的状况从陌生到有较深的了解。解放后，我国实行“一边倒”，采用苏联的模式，聘请苏联专家当顾问、当教师，使用苏联教材、教学计划、教学大纲。当时，学校的学习风气比较浓厚，一切有条不紊地、按部就班地进行着。教学秩序井然有序。1957年开展反右斗争，学校停课，大搞运动，大鸣大放，张贴大小字报，批判会、斗争会，一浪高过一浪，教学秩序被打乱了。1958年大跃进，大炼钢铁，校内到处是小锅炉。贯彻“教育与生产劳动相结合”的方针，学校师生员工下乡劳动，深耕细作，三四千人的队伍，步行到郊县，一次又一次地下乡。1958年8月15日，响应市委“工农兵学商，跃进再跃进，发挥创造性，向‘十一’献礼”的号召，师生不上课，搞起了热火朝天的技术革新。1958年9月，成立民兵师，经常进行操练。政治运动一个接一个，严重冲击了教育，连看书上课的时间也很少。
作为学校党委副书记，邓旭初要对上级的指示毫不保留地绝对执行，但内心着急啊！学校这样办下去还能成为学校吗？他向在西安的彭康同志请示，能否插空上些课，上完一门是一门，即“单课独进”，总比不上好。彭康以为可以试试，但还是顶不住运动，不能坚持下去。
当时曾有一件事令邓旭初终生难忘。1958年11月上旬，中共中央政治局候补委员康生到上海交通大学视察，他当时兼任中央文教小组副组长，是交大的顶头上司。是党内威信很高，一个惹不起的人物。身为交大党委副书记的邓旭初当然不敢怠慢，率班恭迎，亲自向他汇报情况，请求指示。
在汇报中，邓旭初谈到交大正与某科技研究所合作，研究耐高温合金材料。
高技术研究机构合作开发新科技项目本无可厚非，但要看汇报对象是谁。
康生一听就不对劲，突然打断说：“为什么要与他们合作，高校首先要搞科研，要敢于‘胡搞’”。又强调指出：“要敢于搞尖端，谁也不靠，靠自己。与工厂挂钩也会被动，人家要你搞什么，你就要搞什么。自己搞，想要什么就有什么。”他还举了一个“生动形象”的例子：“清华大学学生思想解放，干劲十足。他们搞科研，要磨圆一个大钢球，就是抱着这个钢球滚来滚去的磨，磨了几天，结果，真被他们磨圆了！搞科研应是要有这么股劲！”邓旭初听后，大吃一惊——社会主义建设，中央不是一再强调各方配合，互相合作嘛！在谈到如何使用经费时，康生的话更令人费解，他说：“科研经费使用，要么‘一毛不拔’，要么‘挥金如土’。”这些“至理名言”，实在让人“丈二和尚，摸不着头脑”。
这样一位中央政治局候补委员，中央文教小组副组长，如此这般地放了一通，拍拍屁股，钻进汽车跑了。可是以邓旭初为首的上海交大党委和学校行政领导班子，该怎么办呢？照办吧，“很难执行”。不听呢，“党性何在”？
左右为难，真是难煞人。
好在康生走后没有发什么书面通知，更没有“红头文件”，学校还是从实际出发，按校党委研究决定的规划部署工作，把康生讲话的不良影响，缩小到最低限度呢？
当时，党提出“教育为无产阶级政治服务，教育与生产劳动相结合”的教育方针，并没有得到正确的贯彻，许多工作没有按客观规律办事，就连体育也一样。同学们“挑灯夜战”，一夜全部达到“四红”，即一级劳卫制、二级劳卫制、普通射手、等级运动员四个100％标准。这哪是体育锻炼，简直是作假。这种混乱的局面到1959年有些改变，但并没有根本解决。到1959年10月中旬开始“反右倾”运动，混乱局面又升温。1959年11月15日，交大师生3000人分别到闵行、吴泾、青浦参加两周的基建工地劳动。1960年元月，又响应中央号召，参加工农业生产技术革命与技术改造运动，从1月13日起，连续三个月组织1000多人分六批到南汇、川沙参加农业劳动；600多人去上海汽轮机厂、沪东造船厂参加劳动。5月初，市委指示，组织3900人到104个工厂，55条轮船，6个研究所和三个人民公社参加技术革新，技术革命运动。这种混乱局面一直延续到1961年。1961年，邓旭初参加了教育部召开的高教会议，与北大、清华校领导编在一组，讨论，研究制定《教育部直属高等学校暂行工作条例（草案）》，简称“高教六十条”。该条例吸收了解放后我国高等教育的经验和教训，希望能克服1957年以来高校的混乱局面。
“高教六十条”颁布后，高校混乱局面有所改变，教学工作正常进行。但时隔不久，1963年2月，毛主席提出“阶级斗争，一抓就灵”。决定在农村进行“四清”运动，在城市进行“五反”运动，后来大批教职员到农村和工厂搞“四清”运动。1964年夏，全国农村社会主义教育运动开始。1964年11月至1965年夏，邓旭初带领交大师生2016人参加奉贤县的“四清”运动。回校后，教学工作还未走上正常，“文化大革命”就爆发了。