庄存与，字方耕，他是乾隆乙丑（1745年）的一甲二名进士，累官至卿贰（礼部左侍郎）。乾隆十三年（1748年），翰林院散馆，庄氏曾因大考列二等而遭弘历斥责，被处“不准授为编修”，令他“闭门读书，留心经学”。
二十三年，庄氏主满蒙童生试，童生闹堂，庄氏因受累遭革职处分。早年仕途的坎坷，当使庄氏对在乾隆朝任官之艰难有一独到而深刻的体认。乾隆中，庄氏以经术傅成亲王于上书房十余年，后又与和珅同朝。这正是乾隆由比较清明逐渐走向昏聩之时，他的好大喜功、刚愎自用的跋扈作风也在逐渐暴露。自乾隆任用和珅以后，吏治大坏，贪贿成风，社会矛盾日趋尖锐。这时庄氏正身处清廷统治的政治心脏，耳濡目染着乾隆朝歌舞升平的表象，但对于隐藏在这种表象背后的深刻的社会危机，庄氏是不难看清的。然而，他面对着乾隆这样一位拒绝纳谏，而且对文人屡开杀戒、大兴文网的君主，庄氏欲说不能，欲罢也不能，他的内心是矛盾而痛苦的。龚自珍在论庄氏的处境及其所作的选择时曾说：“方是时，国家累叶富厚，主上神武，大臣皆自审愚贱，才智不及主上万一”，在这一片大臣们的浑浑噩噩中，庄氏亦只能“自韬，污受不学之名。”何谓“自韬”？“自韬”者，庄氏宁韬锋亦不愿露锷而遭猜忌之谓也。而“不学”之名，是乾隆早年就加给庄氏的，庄氏对此宁肯“污受”之，也就是不愿在公开场合谈论学问而宁可以守拙自处。但庄氏绝非心如枯井之辈。魏源说：“（庄氏）在乾隆末，与大学士和珅同朝，郁郁不合，故于《诗》、《易》君子小人进退消长之际，往往发愤慷慨，流连太息。读其书可以悲其志云。”合观龚、魏二位“知情者”之论庄氏，我们对于庄氏何以选择了长于微言大义的今文经学，似可有一层更加感性的体悟：庄氏这是要以解经的方法，隐晦曲折地表达自己的心志。今文经学长于发挥，善于附会，多“非常异议可怪之论”。今文经学家将自己对于社会现实的看法寄托于解经之中，用“经”这张神圣的皮，包裹起他们的真实意图，这种治学方法，是中国封建专制主义中央集权统治文人通经致用，以学资治的一种较为安全的特殊方法。自董仲舒采用这种方法治学，代代相传几成为“国粹”。庄氏现仍然采用这个方法，在伴君如伴虎的时日，他仍学以致用，于是今文经学“微言大义”的附会经说就成了他首选的治学路径。所以，庄存与的今文经学凸显今文家以“天”规王的权力。《春秋》称“王”而不称“天子”，对此庄存与发挥道：“不称天子何也？贬天子。可贬乎？曰：以天道临之可也。君臣之义，嫡妾之辨，人莫大焉，天莫大焉。”
天子是可以贬的，也就是君主是可以规谏的。因为君是天之子，对“天”而言，“天”为父，君为子；天为君，君为臣，所以，君主不可以违忤天的意志。违忤了“天”意，天就可以“贬君”，也就像君可以贬臣，父可以贬子一般。三纲的道理，现在被方耕移到了“天”与“君主”的相互关系的阐释上。基于这样一种认识，庄氏解经，多用五行灾异符瑞，也就是借助“天意”解经规君。《春秋正辞》中有《奉天辞第一》。何谓“奉天”？“奉天”亦即“尊天”，“事天如事亲。父母怒之，必诚求其所以然，多方拟议之，既得而后已。此之谓修省”。人君事天当如子女事父母。不奉天，不尊天，《春秋》大义便无从谈起，所以庄氏要将《奉天辞》摆在“第一”的重要位置，以示“天”在《春秋公羊》学中，在庄存与的经说思想体系中所占据的地位。以此，庄存与在《春秋正辞》中提出“当察五行祥异”的主张。在《毛诗说》卷四中庄存与又以讽上规谏之义解《诗》、《书》，认为《诗》、《书》：“言虽深痛，暴王不得以为忤，不然幽厉岂能受尽言而不以讪上之罪正于司寇也？吾闻先王有不谏之刑矣，未闻归过之罪也。今将明大义垂臣戒，而猥举幽厉之所不罪斥为怼上等，诸不道开人君纵念之心，伤忠臣尽谏之志，启万世言语之祸，速国家危亡之忧，非所闻也。”
寻绎庄存与之意，他以《诗》、《书》立说而归旨于时政，在乾隆的文化专制统治之下，庄氏惴惴不安的戒备心理是存在的。其说经闪烁其辞，隐讳不露，难以索解，以至于在他死后30年，龚自珍和庄绶甲、宋翔凤还在揣摩他的经说之义，“粤嘉庆二十有三年（1818），绶甲始为书测君志，以告绶甲友。……越己卯之京师，识公之外孙宋翔凤，翔凤则为余推测公志如此”。经义难明需“推测”，这正是庄氏为避文网而不得不如此的写照。所以我们说庄氏之选择今文经学，其中或许自有一层难言的苦衷。我们看庄氏创立的“常州学派”，庄述祖是庄氏之侄，庄绶甲是庄氏之孙，刘逢禄为庄氏外孙，宋翔凤亦然。这样一种以血缘亲情为纽带形成的一个学派，在其发韧之初，作为开创者的庄存与本人恐怕亦带有欲说不能，欲罢不能而不得不如此的苦衷。阮元《庄方耕宗伯经说序》称庄氏治学“于《六经》皆能阐抉奥旨，不专为汉宋笺注之学，而独得先圣微言大义于语言文字之外”。又谓其“所学与当时讲论或枘凿不相入，故密不示人”。庄氏同郡后学董士锡则说：“庄先生存与以侍郎官于朝，未尝以经学自鸣，成书又不刊板行世，世是以无闻焉。”治学“密不示人”，只能授学于至亲；“未尝以经学自鸣”，却不妨悄然讲学于子孙叔侄之间，这样做，比较缜密而安全。
但是，庄存与最初的学术取径却并不是“微言大义”之学而是“考据”之学，不是“西汉”今文经学而是“东汉”古文经学。
庄存与同乡后学董士锡评庄氏之学谓：
方乾隆时学者莫不由《说文》、《尔雅》而入，（醰）深于汉经师之言，而无溷以游杂。其门人为之，莫不以门户自守，深疾宋以后之空言。固其艺精，抑示术峻，而又乌知世固有不为空言而实学恣肆如是者哉！这里，董氏之评庄存与治学“笃实而恣肆”，此颇识他学之神髓者。这里所说庄存与治学之“笃实”是指他不戾时风，亦即他仍然重视考据。庄存与尝言：“读书之法，指之必有其所，持之必有其故，力争乎毫厘之差，深明乎疑似之介。”读书指之有所，立说持之有故，这种治学精神，仍然是乾隆考据一路学风。
庄存与之孙庄绶甲为庄存与《周官记》作跋云：
先大父治经也，最先致力于《礼》，病《周官》礼经六篇《冬官》司空独亡，以为周家制度莫备于《周官》，《周官》式法根氐皆在《冬官》。……欲为《冬官》补亡而阙失不可理，遂原本经籍。博采传记诸子，为《周官记》五卷。……先大父治《礼》本郑氏学，又遍览晋、唐、宋、明以来说《礼》之书，择善而从，为郑氏拾遗补阙。
庄绶甲所说，有两点值得注意：一是庄存与治学本郑康成而从治《礼》入手，他撰《周官记》亦是为郑康成拾遗补阙，庄氏之治今文经学系由治古文经学转手而来，从绶甲之说可以洞见。第二，庄存与以为周代典制莫备于《周官》，而《周官》式法根氐全在《冬官》，这已全然不顾今、古两家之壁垒，把脚跟站到古文经学一边去了。何休早就有《周礼》为战国阴谋之书的说法，庄存与这样赞《周礼》，显然是违背了“家法”。从这里我们也可以看出，在庄存与的今文经学中，因开创之初，家派壁垒未及立，因而他的治学，混用今（文经）、古（文经），不别家派。今文经学虽长于发挥，但却缺少典制之实，所谓上达有余而下学不足。时风崇尚考据汉学，亦即崇尚古文经学。庄氏即以古文经典制之长，来补今文经的《公羊》政论之短。
《春秋正辞》是庄存与最重要的今文经学著述。在《春秋正辞》中，他的解经虽然主要采用《公羊》义法，引述较多的是董仲舒、刘向、何休的今文家言，但庄存与解《春秋》，绝不仅仅限于引用今文经解，他大量地引用《左传》解经立说，这是庄存与今文经学中的一个极为凸出的特点。而且，在庄存与的经解中，他先引用《左传》，而后才是《公羊》、《穀梁》、刘向、何休，这说明庄存与认为在《左氏》之解有较今文家之解为优之处。同时也说明，在庄氏看来，《左氏》系解经之作。此大不同于刘逢禄者。再看庄存与《春秋正辞·内辞第三》：
君父忧勤，臣子安乐，其永言哉！……穀梁子曰：讳莫如深。苟有所见，莫如深也。公羊子曰：主人习其读而问其传则未知己之有罪焉。左丘氏曰：《春秋》之辞微而显，志而晦，非圣人谁能修之？庄存与此语系《内辞第三》的提纲挈领语。他将《左氏》与《公羊》、《穀梁》同列，且引用《左氏》对《春秋经》的总体性评价语，这说明，《左传》在方耕的经学观念中占有相当的地位。除此之外，在《春秋正辞》中，庄氏引用《左传》解经者，还有引用《左传》解《尚书》；引用《左传》解《春秋经·襄公请参阅《春秋正辞》。
五年》“秋大雩”；引用《左传》解《春秋经·昭公二十五年》“秋，七月上辛，大雩；季辛，又雩。”
当然，庄存与在《春秋正辞》中引用最多的还是《公羊》义法，还是董子、刘向、何休今文家说，因此，庄存与基本上应属今文经学家。但是，庄存与信今文而不排斥古文，上引他重《周礼》，引用《左传》解经，已再次证明了这一点。这与刘逢禄不同，与晚清以降魏源、尤其是康有为，视今古文经畛域如水火冰炭泾渭分明之观念更有绝大的区别，这是在治清代今文经学派的学术源流时应当注意的一个问题。庄存与的这一治学特点，其底蕴即在于他最初的治学取向系从考据学入手，系从古文经学入手而转向今文经学。
今文经学派内部学理的变化
就清代今文家的治学特点来看，清代早期今文家所凸显的某些今文义法，为近代今文经学家承袭而又有所变更。其中有如下一些值得注意的内容：
一、汉宋兼采
这里的“汉”，是统指包括西汉今文经学和东汉古文经学在内的“汉学”；这里的“宋”，则是指宋学，是指宋学中的以纲常名教为核心的形下践履之“用”的内容而非指其形上思辨之“学”。当然，清代早期今文经学家的主“汉学”，有一个由主“东汉”向主“西汉”，即由主古文经学也就是考据学向主西汉今文经学的推身移步的过程。而清代早期今文经学家所主之宋学，系主程朱而非陆王。下至近代魏源、康有为，则是陆王而非程朱。
乾隆年间，学术主流社会主实学考证而对宋学皆谓鄙夷不足道。此即如章实斋所言：“不驳朱子，即不得为通人”，“诽圣诽贤，毫无顾忌”，“流风大可惧也”。然而庄氏治学，却不别汉宋，引宋入（西）汉，如《清儒学案·方耕学案》所说：“方耕于六经皆有撰述，深造自得，不斤斤分别汉宋。”此不同于当时学术主流社会的治学风格。例如，《春秋》书法有“弑”，庄氏解“弑”而引程子云：“古者公族死则刑无服，况弑君乎？”又如，《春秋经·桓公元年》：“春王正月。”庄氏解道：“其曰王，何也？程子曰：正督之罪也。”再如，《春秋经·桓公四年》：“春，夏。”《春秋经·桓公七年》：“春，夏。”庄氏又引程子曰：“人理灭矣，天运乖矣！阴阳失序，岁功不成矣！故不具四时。”如所周知，“春王正月”是《春秋经》的第一句话，其中包涵的“微言大义”最“丰富”，以此“春王正月”之解历来为今文经学家所重。庄存与亦重此解，是故他将“春王正月”之解安排在《春秋正辞》的提纲挈领篇——《奉天辞第一》之中。而他在解释此语时竟然两引程子言，这在崇尚考据，摒弃宋学的乾隆年间是不多见的。这一方面透露了宋学与今文经学之“相通”；另一方面，它也反映了庄存与主观上对宋学的重视。——庄存与以人理说天运，将宋学与今文义法相糅杂，他这是引宋入（西）汉，汉宋兼采。
庄存与取汉而兼采宋学，刘逢禄、宋翔凤亦如此。刘逢禄有《五经考异叙》，他起首便说：“余束发诵经，有感于司马文正公之言，凡读书必先审其音，正其字，辩其句读，然后可以求其义。欲先校夫子所正今所存者：《易》十二篇，《尚书》二十八篇，《序》一篇，《诗》三百五篇，《礼古经》十七篇，《春秋》十一篇。仿陆元朗《经典释文》之例，采辑旧本经籍所引，旁稽近代名儒深通经义小学者之言，汇为一编，以为童蒙养正之始。”
由审音正字，辩其句读入手，然后通经义，明义理，这是由顾炎武开出先路，戴东原、钱大昕等乾嘉诸考据学者共同遵循的治学路径。现刘逢禄申之，他对考据学亦有“理论”上的认识。从实践的角度看，刘逢禄有《诗声衍》二十七卷，该书亦由音韵小学入手者。刘氏认为，“许君《说文》为形书，而古韵未有专籍。近世顾、江、段、孔推衍递密，而收字未有全数，入声未审分配。乃研及精微，分为二十有六部。每部先收《毛诗》字，次收《说文》字，次收《广韵》字，每字复为推其本音，详其训诂。又为《条例》一卷，其名《诗声衍》，二十有七卷。”在刘逢禄的春秋公羊学中，他也采用了乾嘉考据学所习用的条贯排比的方法，例如他在《公羊何氏释例》中，对《春秋》所记灾异共列出一百四十五条，并对此进行了分类的排比与解析，这其中便有得益于自己的考据学功底处。
刘逢禄虽治汉学，但他对宋学并不反感。刘逢禄论《春秋》：“慎言行，辨邪正，著诚去伪，皆所以自治也。由是以善世，则合内外之道也。至于德博而化而君道成，《春秋》所谓大一统也。夫治乱之道，非可一言而尽。
《易》变动不居，由一阴一阳而穷天地之变，同归于乾元用九以见天，则《春秋》推见至隐、举内包外，以治纤芥之慝，亦归于元始正本以理万事。故平天下在诚意，未闻枉己而能正人者也。《春秋》之化，极于凡有血气之伦，神灵应而嘉祥见，深探其本，皆穷理尽性之所致为治平者，反身以存诚，强恕以求仁而已。”按，今文公羊一派，最重大一统。现刘逢禄将大一统的内涵，规定到“慎言行、辨邪正，著诚去伪”等等宋学形下学的内容上，他这是要用宋学来“统”政治，来统摄治乱之道，至少是要用宋学形下学的修齐治平来作《春秋》的注脚。“穷理尽性”、“反身存诚”、“强恕求仁”，这些话头，为宋学家所习用而为清儒考据学家所摒弃不用，刘逢禄用之，他的治学旨趣与清儒考据学是不同的。刘逢禄又以宋学与《春秋公羊》学相联系，他这是引宋入汉，是引宋学形下学入（西）汉学，这是刘逢禄的汉宋兼采。所以我们说，刘逢禄对宋学的着眼点，是落在宋学中的以纲常名教为核心的“实用”性内容上的。
宋翔凤撰有《朴学斋文录》，以“朴学”名其斋，宋氏的内心对乾嘉考据学保留着一份敬意。其《论语说义一》表彰音韵小学入手治经的学术路径，汉学学风在宋翔凤的身上留下了深深的痕迹。在宋翔凤的著述中，《说文声类》、《小尔雅训纂》是有关音韵训诂的小学著作。在《小尔雅训纂》、《过庭录》中，宋氏耗费了大量的笔墨于音韵、典制、历史地理、天文历法、音韵训诂等方面的考据，他对汉学的兴趣是浓厚的。他的所考，每亦可发为非皮相之论。