对行政机关及其公职人员的行政行为和职务行为实施检查和调查，是监察机关的重要监察权限。检查和调查有所不同：第一，两者的目的不尽相同。检查主要是为了检查行政机关及其公职人员贯彻执行法律、法规、规章和决定、命令的情况，发现违法线索；调查主要是调查处理违反行政纪律的行为。第二，两者产生的原因不完全相同。检查产生的原因主要是监察机关依职权进行的；调查产生的原因可以是公民、法人和其他组织的举报，也可以是公民的控告，还可以是上级机关交办、有关机关移送等等。第三，两者针对的事项不完全相同。检查的范围比较宽泛，被检查的事项不但可以是违反行政纪律的行为，也可以是合法的行政行为，还可以是行政机关或公职人员的其他行政行为；调查针对的主要是违反行政纪律的行为。第四，两者履行职责的程序不完全相同。（详见本章第四节“行政监察的程序”）
（二）建议、决定权
监察机关对监察确认的事实和问题有权分别提出监察建议或者作出监察决定。监察机关依法作出的监察决定，有关部门和人员应当执行。监察机关依法提出的监察建议，有关部门无正当理由的应当采纳。
监察机关根据检查、调查结果，在下列情况下可以作出监察决定或者提出监察建议：（1）被监察对象违反行政纪律，应当给予警告、记过、记大过、降级、撤职、开除的行政处分。（2）违反行政纪律取得的财物，依法应当没收、追缴或者责令退赔的。按照监察机关的职责权限，对某些不能直接处理的事项，由监察机关向有权处理的行政机关提出监察建议，主要有如下情况（：1）拒不执行法律、法规或者违反法律、法规以及人民政府的决定、命令，应当予以纠正的。（2）本级政府所属部门和下级政府作出的决定、命令、指示违反法律、法规或者国家政策，应当予以纠正或者撤销的。（3）给国家利益、集体利益和公民合法权益造成损害，需要采取补救措施的。
（4）录用、任免、奖惩决定明显不适当，应当予以纠正的。（5）依照有关法律、法规，应当给予行政处罚的。
监察建议权是指监察机关根据有关法律规定和开展工作的实际需要，向监察对象或其主管部门提出有关监察事项的一种权力。监察机关通过全面的调查了解，完全掌握了案件的真实情况，根据确凿的调查检查结果，向有处分权的机关分别提出降级以上行政处分或法律制裁的建议。建议权含有明显的倾向性，但不具有强制性，有处理权的机关可以采纳也可以不采纳。一般情况下，有关机关应当尊重监察机关的意见。建议权的行使范围很大，既可以对人，也可以对事。既能建议给予行政纪律和法纪处分，又能建议如何提高工作效能和对有贡献者予以奖励。监察机关提出监察建议一般要有监察建议书，主要内容包括编号、监察对象的名称、事由、建议和落款五个方面。监察机关要及时监督检查建议的采纳和执行情况。
根据有关规定，监察机关对其查处的违法违纪案件，可以向有关主管机关提出建议，也可以直接作出决定，给予行政处分。行政处分有警告、记过、记大过、降级、撤职、开除六种。但实践中，监察机关的行政处分权仍然停留于1986年恢复设立监察机关时的权限，即仅限于警告、记过和记大过，而对需要给予降级以上处分的，监察机关只能向有处理权的机关提出监察建议。
在监察机关行使上述法定监察权限的过程中，存在一个明显“执行不足”的问题。从法理上讲，监察机关在监察活动中作出的监察决定和提出的监察建议，是行政监察权的具体体现，具有法律效力。监察决定一经作出即应执行，监察建议一经提出即应采纳。但《行政监察法》在此问题上的法律用语极为温和，只规定监察机关依法作出的监察决定，有关部门和人员“应当”执行；监察机关依法提出的监察建议，有关部门无正当理由的“应当”采纳，对没有正当理由拒不执行行政监察决定和拒不采纳行政监察建议的单位和个人，没有作出任何强制执行的规定。
（三）其他权限
包括：（1）监察机关的领导人员可以列席本级人民政府的有关会议，监察人员可以列席被监察部门的与监察事项有关的会议。（2）监察机关对控告、检举重大违法违纪行为的有功人员，可以依照有关规定给予奖励。
（3）有权对监察事项涉及的单位和个人进行查询。询问的对象可以包括被监察的部门和人员，也包括询问有关证人。（4）监察机关有权对内部监察人员执行职务和遵守纪律实施监督。
世界许多国家的监察实践表明，监察机关一般拥有较大的权限。例如瑞典的法律规定，督察专员有权受理一切控告国家机关、企事业单位及其工作人员的申诉案件，并有权进行调查、视察、批评、建议以及提起公诉。再从我国香港特别行政区的情况来看，香港地方法律授予廉政专员和廉政公署调查员较大的权力，譬如调查员可以无需拘捕令而拘捕受嫌者进行审问，要求受嫌者列举其财产、开支、负债数字和已调离香港的任何款项财物，以及检查受嫌者的银行户头和保险箱等。相比之下，从《行政监察法》规定的权限来看，监察机关所拥有的职权与其所肩负的重要使命不太相称。对此，应进一步扩大监察机关的职权，强化监察机关的监察手段。如监察机关可以对违法违纪的公职人员作出降级、撤职、开除处分的监察决定（法律另有规定的除外），赋予监察机关一定的经济处罚权和责令申报财产权等。
四、行政监察程序
监察机关的监察活动，必须遵循法定程序，这是行政合法性原则的基本要求。不经法定程序，就很难保证监察机关在检查、调查过程中的行为及所作出的监察建议、监察决定的正确性。程序合法要求监察活动必须符合法律规定的程序，其实质在于保证监察活动公正无私。它的一般要求包括：监察机关成员不能成为审理自己案件的法官；监察机关在处理违纪案件时不能偏听偏信，应当给予当事人同等的辩护机会；监察机关在决定对当事人不利的事项时，应给其发表意见的机会等。
（一）监察机关进行检查的程序
根据《行政监察法》规定，监察机关进行检查时应当依照下列步骤：
1.立项。对需要检查的事项予以立项，是检查程序中的一个重要环节。监察机关有权检查的事项范围很广，不仅可以对行政机关及其公职人员的执法和守法情况进行检查，而且可以对行政机关及其公职人员履行职责的情况进行检查。事项一旦确定下来，就只能对确定的事项进行检查，而不能对其之外的事项进行检查，但可以对与所立事项的相关事件进行检查。立项应该选择具有普遍性或典型性的事项。应该采用书面的规范形式，以备上级监察机关和同级政府的监督。对于重要事项的立项，还应当报上一级监察机关和本级人民政府备案。
2.制定方案并实施。制定检查方案并组织实施，是监察机关进行检查的核心内容和主要步骤。完整周密的检查方案一般包括以下要件：检查的具体事项；检查的目的；检查事项涉及的行政部门或公职人员；检查的时间；检查的具体方式，包括书面检查、实地检查和特别检查等；监察机关检查人员的组成等。检查方案的实施，可以公开进行，也可以不公开进行，但检查结果应当公开。
3.报告检查情况。监察机关按照制定的检查方案进行检查后，必须向本级人民政府或者上级监察机关提交检查情况报告。检查报告应当对检查情况及过程作出全面、详实的介绍，一般应包括以下内容：检查的具体事项；检查事项所涉及的行政部门及其工作人员；检查的时间；检查的过程；检查的结果；对检查结果的分析及依据此结果作出的监察决定或者提出监察建议。
4.作出决定或提出建议。监察机关根据检查结果作出监察决定或者监察建议，是监察机关进行检查的最后一个步骤。
另外，《行政监察法》规定，监察机关在检查过程中应当听取被监察部门和人员的陈述和申辩。
（二）监察机关进行调查的程序
根据《行政监察法》规定，监察机关应当按照下列程序对违反行政纪律的行为进行调查处理：
1.初步审查与立案。即对需要调查的事项进行初步审查，认为有违反行政纪律的事实、需要追究行政纪律责任的，予以立案。需要调查的事项一般包括以下情况：公民、法人或者其他组织检举、控告的；上级机关交办的；有关机关移送的；行为人自述的；监察机关自己发现的等。初步审查既包括从形式上进行审查，也包括从事实上进行审查。形式上主要审查被调查事项是否为行政机关或其公职人员违反行政纪律的行为，若是违反党纪的行为则应移送党的纪检部门，若是犯罪行为则应移送司法部门处理。从事实上主要审查所调查事项是否有违反行政纪律的事实和理由。监察机关在初步审查后，应当写出初步审查报告，报本机关负责人批准后，分别作出以下处理：认为行政机关或其公职人员的行政行为没有违反行政纪律的事实存在，或者虽有违法违纪事实，但情节轻微，不需要追究行政纪律责任的，予以了结；认为虽有违法违纪事实，且不需要给予行政处分，但依法应当由其他行政主管机关予以行政处理的，移送有关主管机关；认为需要给予刑事处分的，移送司法机关；认为有违法违纪事实，需要追究行政纪律责任的，予以立案。重要、复杂案件的立案，应当报本级人民政府和上一级监察机关备案。
2.调查取证。即组织实施调查，收集有关证据。决定要立案调查的，监察机关应当通知被调查单位及其上级机关或者被调查人员及其所在单位（有碍调查或者无法通知的除外）。监察机关应当制定调查取证方案，并积极组织实施调查取证方案。对于能够证实被调查对象有违法违纪行为或者无违法违纪行为，以及违法违纪行为情节轻重的各种证据都应收集。