2.没有通过专门的行政机关编制法将编制工作列入法治轨道。党和政府十分重视行政机关的编制工作。建国后，我国制定了许多关于行政机关编制的政策和方案。例如，1951年的《中央人民政府政务院关于调整机构、紧缩编制的决定》，1962年的《关于各级国家机关、党派、人民团体精简的建议》，1982年的《关于国务院机构改革的问题的决议》，1988年、1993年和1998年的《国务院机构改革方案》。它们对行政机关编制的规范化起到了显著的作用。《国务院行政机构设置和编制管理条例》等法规也为行政机关的编制提供了法律依据。但是，专门的行政机关编制法迄今仍未出台，使得规范行政机关编制缺乏专门性法律的保障。另外，《国务院行政机构设置和编制管理条例》仅涉及国务院的机构编制，这对规范行政机关编制是不完备的。
3.缺乏必要的监督。随着我国经济和社会的发展，行政机关的编制也相应地有所增加，这是正常现象。但我国对行政机关的编制长期缺乏监督，从而不能及时发现机构和人员的膨胀，这就导致行政机关编制中出现的问题无法及时得到纠正和处理。这又助长了行政机关编制的膨胀。
4.尚未建立用财政预算约束行政机关编制的有效机制。在国外，行政机关的经费基本上是固定的，预算制定和追加预算都要通过法定程序，并需通过法定机关的批准。由于经费固定，行政机关的编制就必然和其活动经费成反比，由此形成了财政预算对行政机关编制的约束机制。我国也有类似的法律规定，但在实践中，行政经费从属于行政机关的编制，经费与编制成正比，这就助长了行政机关编制的膨胀。
5.在编制上重领导职数，忽视对机构人员和人员结构比例的规定。例如，《国务院行政机构设置和编制管理条例》在第三章“编制管理”第17条中规定国务院行政机构的编制依据职能配置和职位分类，按照精简的原则确定，且编制包括人员的数量定额和领导职数。但它在同章中对领导职数作出数量规定的同时，对机构的人员定额和人员结构比例却只限于做了上述的原则规定，而没有具体量化。
基于上述行政机关编制缺乏科学性的现状，加强我国的行政机关编制是必要的。行政机关编制对行政机关的发展具有特殊意义，这表现在：
1.行政机关编制包括行政机关内部机构的设置。行政机关和经济组织性质不同，在是否具有编制的自律机制上也不同。企业、公司等经济组织的存在是和其经济效益联系在一起的。这就形成了经济组织在编制上的自律机制。而行政机关却没有这样的自律机制。行政机关由国家财政拨款，它执行行政管理的职能也不是为了经济目的。因此，对行政机关来说，并不存在“经济效益”问题，其内部机构和人员的多少也不会影响其存在。而且，行政机关大多追求自身权力的扩大，随着其行政权力深入或扩展到新的空间领域和事务领域，行政机关总是力图设立新的机构、配置一定人员实施有针对性的管理。所以，行政机关在编制上不但没有自律机制，而且还有扩大编制的内在冲动。
为此，必须加强对行政机关编制的有关规定，这有利于限制行政机关自身的膨胀，推进机构改革。行政机关编制对行政机关内部机构的设置和人员定额有法律法规的相应规定，这将促使行政机关在内部机构设置和人员配置上必须依法进行，从而减少行政机关编制的随意性。
2.行政机关编制包括行政机关的人员定额。这将更进一步从人员上限制行政机关自身的膨胀。同时，行政机关内部机构的规模是与其人员定额联系在一起的，因而加强行政机关编制有利于限制行政机关内部规模。
3.行政机关编制包括关于行政机关内部人员比例的规定。如何使行政机关内部人员在文化程度、年龄档次上形成一个合理的配置，使其人员比例符合所从事的工作分工的需要，解决这个问题，有利于行政机关的行政优化。
四、机构改革与行政机关的发展
（一）机构改革与行政机关的变迁
1.机构改革的简单回顾。自1982-1983年机构改革以来，从20世纪80年代初到90年代末，国务院行政机构经历了二“增”四“减”，其中二“增”均为精简后的增加。
1982年起发动的机构改革取得了一定的成效，国务院的工作部门由原来的100个减少为61个，其中部委43个，直属机构15个，办公室2个，办公厅1个，工作人员3.9万。但到1987年底，国务院机构又增至72个，其中部委45个，直属机构22个，办事机构4个，办公厅1个，工作人员5万多。这是80年代后的第一次精简后的增加。
1988年机构改革方案随之出台，由于抓住了“转变职能”这一关键，这次机构改革取得了较大成绩，国务院共设68个工作部门，其中部委减少为41个，直属机构减少为19个，办公厅1个，但办事机构增设为7个。此外，国务院原有82个非常设机构，调整后减为43个。但是，至1993年八届全国人大一次会议召开前夕，国务院机构又增至86个，且非常设机构的数量有83个之多。这是80年代后的第二次精简后的增加。
其后，国务院又分别于1993年和1998年实行了机构改革。经过1993年机构改革，国务院机构比原来的86个减少了27个，共59个，其中部委机构40个，直属机构和办事机构18个，办公厅1个。国务院非常设机构也减少为26个。1998年机构改革又将国务院的部委机构减少为29个。这次国务院机构改革迈出了较大的步子，为地方政府机构改革创造了有利的条件。
以1998年国务院机构改革为例，机构精简的方式主要有：第一，合并。将原有的两个或数个机构合并，成立新的机构。如在邮电部和电子工业部的基础上组建信息产业部。由地质矿产部、国家土地管理局、国家海洋局和国家测绘局共同组建国土资源部。
第二，改质。使原来的国务院工作部门改变性质，改制或组建为非行政机关的组织。如国家经济体制改革委员会改为国务院高层次的议事机构，不再列入国务院组成部门序列。将化学工业部、石油天然气总公司、石油化工总公司的政府职能合并，并把化工部和两个总公司下属的油气田、炼油、石油化工、化肥、化纤等石油与化工企业以及石油公司和加油站，按照上下游结合的原则，分别组建中国石油天然气集团公司和中国石油化工集团公司以及若干大型化肥、化工产品公司。
第三，降级。使原有机构在国务院行政序列中的级别降低。如将煤炭工业部、机械工业部、冶金工业部、国内贸易部、轻工总会和纺织总会，分别改组为国家煤炭工业局、国家机械工业局、国家国内贸易局、国家轻工业局和国家纺织工业局，由国家经贸委管理。将林业部改组为国家林业局，列入国务院直属机构。
2.机构改革与行政机关的变迁。机构改革对我国行政机关的变迁产生了深远的影响，这表现在：
第一，对行政机关设置的影响。国务院组成部门的数量总体呈下降趋势。从上述的简单回顾可以看出，国务院的部委机构从1982-1983年的43个到1988年为41个，再到1993年的40个和1998年的29个，这一变化是循着精简机构的轨迹进行的。机构改革实际上是以国家政策、方案的形式来规定行政机关的设置。同时，由于进入法定程序并经全国人大通过，机构改革方案获得了法律地位，成为我国行政机关设置的有力依据。
第二，对行政机关编制的影响。机构改革也对国务院的工作人员总数做出规定，如1982-1983年机构改革规定国务院的工作人员为3.9万；1998年机构改革对国务院的机构减编定员工作还规定了时间表，要求通过人员分流使国务院工作人员减少为原来的一半。这些都一定程度上促进了行政机关编制的合理化。