在东南亚，日本把自己打扮成“亚洲人的解放者”，标榜战争的目的是“赶走西方殖民者”，追求大东亚的“共存共荣”。然而，事实上日本在这里同样实行残暴的殖民统治。在缅甸，1942年8月1日，巴莫在日本扶持下建立傀儡政权——“行政委员会”，一切群众性的民主组织均被取缔，民众稍有不满即受严刑拷打，甚至处死。“缅甸独立军”遭到解散，代之以“国民军”，实则是日军控制下的傀儡军。日本在缅甸共设警署334个，警察15968人，警察机构得到加强。除此之外，日本还建立了间谍和告密系统。1943年8月1日，缅甸宣布“独立”，日本顾问操纵一切，成为“太上皇”。他们驾驭于政府各部门之上，没有他们的同意和参与，任何微小的政策和措施都通不过。在马来亚，日本依靠当地封建势力与统治机构的合作去镇压农民、洗劫城市。日军大肆屠杀抗日民众和无辜人士。新加坡在1942年2月的“大验证”中，就有2.5万人被杀于海滩上；3年之内，竟有10万马来亚人惨遭杀害。日军还大肆屠杀当地华人，仅新加坡就有7万华人被逮捕和审问，5000华人被监禁，许多华人被当作练刺杀的活靶子，骇人听闻地遭处决。新加坡还被改名为“昭南市”，作为日本统治东南亚的政治、军事中心。日本将荷属东印度划分为3部分：第16集团军驻守爪哇和马都拉；第25集团军驻守苏门答腊；其余地区由海军管辖。各地设军政府进行统治，取缔进步组织，禁止一切政治活动，镇压抗日人士。在加里曼丹，日军一次就处死2万人。日本在菲律宾实行法西斯的恐怖专政，规定“任何企图伤害日兵和日本平民的行动”，都以枪毙10个菲律宾人来报复；日本还在菲律宾加强警察制度，城乡都建立了“邻组制度”，“任何违反日军利益的行为”和一切“不合作者”，都受到严惩。日军统治期间，菲律宾人战死和被屠杀者共111万人，财富损失（包括死亡人口折合值）共160亿比索，约合80亿美元。
摧残民族文化、推行奴化教育，是日本在“大东亚共荣圈”内进行殖民统治的另一项重要内容。它较之于法西斯的恐怖专政似乎温和一些，然而却是日本实行殖民统治最毒辣的手段，是力图从根本上、从长远的目标上巩固其对亚洲各国人民的统治。
日本首先在朝鲜和台湾推行“皇民化政策”，禁止使用汉语和朝鲜语，规定日语为朝鲜“国语”，强迫朝鲜人民“创氏改名”。在台湾，从1931年起就开始实施“普及日语10年计划”。
日军侵占中国东北后，曾下令所有学校一律停办，收缴焚烧一切具有爱国思想及有关中国历史、地理的教科书。在日本控制下，1940年伪满洲国皇帝溥仪在《国本奠定诏书》中宣布其教育方针为：“我国之教育本旨，奉使国本奠定诏书之趣旨，彻底于诏书所谕示之惟神之道，涵养振作忠孝仁爱，协和奉会之精神，训育忠良臣民，更炼成之。”一句话，就是要培养日本的顺民。汪伪国民政府的教育也是灌输反共媚日的内容，宣传“中日满亲善”等欺人之谈。
在印度支那，日本把封建教派——“高台教”和“和好教”联合成“国际宗教集团”，奉日本天皇为最高领袖，使宗教为法西斯服务。
在泰国曼谷，日本于1943年开办了日本文化学院，为使它“不仅是传播日本文化的中心，而且也是一个在泰国普及日语的机构”，日本政府为此拨款280万日元。日本还主张把泰国变成世界佛教的中心，并以沙拉武里为宗教中心。
在缅甸，日本禁止使用英语，大办日语学校，到1943年底，开办的日语学校有25所，在校学生数千人。日本在缅甸还先后成立了“缅甸振兴佛教联盟”、“缅甸僧侣大会”等组织，开展以强化“日缅亲善”为主要内容的活动，利用佛教僧侣来巩固日本的殖民统治。此外，日本还组织了“睦邻协会”、“作家联合会”等形形色色的亲日文化组织。
在荷属东印度，日本禁止使用荷兰语和英语，将日历也改用日本历。1942年3月，日本在荷属东印度建立宗教事务部。1943年10月，日本解散“印度尼西亚伊斯兰大会”，而代之以“马斯友美党”（即“印度尼西亚穆斯林宣传大会”），该组织在爪哇各州均设有支部。
日本军国主义在“大东亚共荣圈”内除实行法西斯恐怖统治外，还在占领区进行疯狂的经济掠夺。1941年11月15日，日本藏相贺屋宣兴承认：“在相当长时间内，将无暇顾及当地居民生活，暂时将不得不执行所谓榨取之方针。”1942年1月21日，日本首相东条英机在第79次帝国议会上发表演说时指出：“指导帝国目前正在进行的大东亚战争的关键，一方面在于确保大东亚的战略据点，一方面在于把重要资源地区收归我方管理和控制之下。”一语道破了日本法西斯建立“大东亚共荣圈”的根本目的和基本方针。
日本的经济掠夺通过直接和间接两种方式进行。日军每到一地便无偿地直接占有该地区的财富、资源和劳动力。日本在占领区大量发行纸币、军用票和南方开发金库券，以攫取人民的财富。此外，日本还设立“东洋开拓公司”、“台湾拓殖公司”、“华北开发公司”、“华中振兴公司”、“满洲重工业公司”、“南洋拓殖公司”等机构，对占领区进行间接掠夺。
1942年2月21日，日军大本营和政府联席会议通过《应如何使用帝国资源圈》的决定。其中称，“为了让建设大东亚新秩序的骨干力量——即帝国的战斗力获得划时代的充实扩大”，将日本、中国和西南太平洋地区划为“帝国资源圈”，澳洲和印度等地划为“补给圈”，要求在15年内资源圈的年生产能力扩大到钢铁3000万吨、煤（焦炭除外）2亿吨、铝60万吨、石油2000万吨、船舶2000万吨（外加油轮200万吨），力求在“大东亚”实现对上述物资以及粮食和被服原料等必需品的生产自给。其实，这是日本在“共荣圈”内不择手段地掠夺各国的资源和财富的计划。
太平洋战争爆发后，日本加紧了掠夺，扩大纸币和军用票的发行量。1941到1945年，“台湾银行”的纸币由2.5亿日元增至23亿日元，“朝鲜银行”纸币由7亿日元增至80亿日元，“满洲中央银行”纸币由12亿日元增至88亿日元，“蒙疆银行”纸币由1亿日元增至36亿日元，“中国联合准备银行”纸币由9亿日元增至1326亿日元，“中央储备银行”纸币由2亿元增至26972亿元，“中国事变军用票”由2亿日元增至25亿日元。“南方开发金库券”由3000万日元增至194亿日元。无止境的滥发纸币和军用票，造成严重的通货膨胀和物价上涨。以1936年批发物价指数为100，至1941年，华北上涨到450.2，上海上涨到1099.3。到1945年，上海米价比1941年上涨6300倍。1944年9月与1941年底相比，东南亚物价上涨情况是：马尼拉140倍，巴达维亚（今雅加达）13倍，新加坡65倍，仰光58倍。日本顾虑到露骨的剥削会招致南方各国人民的更强烈反抗，乃实行一种“进口信贷制度”，即把从南方各国掠夺的物资和原料折价，记入日本海外贸易银行设立的被冻结的清算账户上，这种永不偿还的清算账，到日本投降时竟高达386亿日元。
此外，日本还采取见不得人的掠夺行为，如夺取被褥里的棉花做纺纱原料、偷运鸦片、绑票、充当海盗等。日本统治者从1929年起就有计划地大量生产贩运鸦片以充军费，日军所到之处，烟毒随即泛滥。1937年5月，国际鸦片贩运委员会指出：全世界90%的非法海洛因是日本在大连、天津等地生产的。1939年，日本仅在南京一地鸦片收入每月达300万美元，1942年的收购和销量是700万两。
日军设在中国某地的“慰安所”用武力征用劳动力，是日本在“大东亚共荣圈”内进行经济掠夺的又一项重要内容。
战争期间，日本将大批朝鲜和台湾的青壮年劳力送到日本从事最繁重、最危险的劳动，把大批妇女送到前线，充当“慰安妇”（即妓女）。据统计，日本征用朝鲜劳动力人数，1941年为5万，1942年为11万，1943年为12万。
日本还从中国东北和关内强征劳工，当作奴隶使用。中国劳工劳动时间长，劳动条件恶劣，没有任何人身自由，生活困苦不堪。从事军事工程劳动的劳工，一旦工程结束，为了保密起见全部被杀戮。据统计，到1944年为止，在东北强征的劳动力已达300万人，其中被压榨虐待致死的占总数的29%。在华北，从1937年至1942年，被日本侵略者抓捕出关的劳工就达529万人，还有4万多中国劳工被抓捕运往日本，其中，仅在秋田县花冈矿的986名劳工，就有418人死亡。
日本在东南亚普遍建立“劳动营”，强迫南方各国人民去修建道路和军事战略工程，使许多劳工死于劳累和饥饿。在菲律宾，日军驱赶成千上万名劳工去“劳动营”服役，又规定16～60岁者每周无偿为占领者劳动一天等。日军强迫荷属东印度人民为日军筑路、修工事、伐木、装卸与运输货物，把20～50万的荷属东印度民夫送到缅甸、马来亚各地前线为日军筑路做工。这些民夫大多暴尸异国，到日本投降时，幸存下来的不过7万人。1942年11月至1943年10月，日本强迫战俘及东南亚、中国等地劳工约40万人，修筑泰国—缅甸铁路。该铁路全长约400公里，所经泰缅边境的热带雨林区，地形险峻，气候恶劣，瘴疠流行，劳动条件极差。40万劳工和战俘在日军的刺刀和皮鞭下筑路，劳动强度大，供应却十分低劣，大部分被摧残致死。到铁路竣工时，4万多名各国战俘死亡1.2万人以上，劳工死亡约达25万人。其中，泰国就有15万劳工死于筑路工程中，马来亚有4万人死亡，缅甸的10万多名劳工也大多暴尸荒郊。平均每修筑1公里铁路，就有650人死亡，每10米就埋着6个半死尸。这条泰缅铁路也因之得到了一个骇人听闻的名字——“死亡之路”。
总之，日本法西斯的残暴统治和疯狂掠夺，给被占领区人民带来了深重的民族灾难。“共荣圈”内，工人失业，经济衰败，疾瘟流行，民不聊生。“共荣圈”实际上是被占领国家和地区的“共穷圈”和“共亡圈”。