超验主义者们特别强调人应相信自己，如前所述，用各种“本能、想像力和洞察力”通过自己的身体与上帝或超灵达到融合。这种思想虽然提升了人的“位格”，强调了人在认识自身精神世界过程中的主观能动性，但爱默生“超灵”（“Oversoul”）学说的核心是强调“人完善自身是凭借直觉从上帝处得到启示”，也就是说爱默生认为人类精神自由的合法性和重要性仍是源自上帝（神）的无可争辩的权威性，这一点在爱默生对“Oversoul”的阐释中可以得到明证： “That Utility， that oversoul with every-man’s particular being，the universal beauty，to which every part and particle is equally related； the eternal one.”意即“超验存在于每个人的特殊意义，在于永恒”。其中“eternal”（永恒）一词不正是所有宗教中用来描述所谓神和神性的最基本特征之一么？由此而见，“Oversoul”的提出，其本质仍是带有强烈神秘主义色彩的“神本观”的延续，这与数百年前已在欧洲文艺复兴中兴起并广受认同的“人本主义”或“人文主义”的思想内核是直接冲突的，因为后者认为人类本身才是自己全部生活的中心。从这点讲，我们可以认为“超灵”学说实际上是反人性的，特别是反对人类的理性。
“非理性的哲学流派往往都把直觉加以神秘主义的和非理性的解释，认为直觉是同理性认识决不相容的认识形式。”爱默生所提出的“直觉”属于非理性的流派，这在他的文学作品中都有体现。比如在《论自然》中，爱默生对诗人推崇备至，认为他们“拥有一种能从简单、平凡的事物中发现精神，能感受世界万物统一于一体的和谐，而哲学家、科学家和普通人只看到了世界的一部分而已” 。他说在大自然中“我们心中就会油然而生一种清晰而又富有诗意的感受，正是这种感觉才把一个伐木者眼中的木材与诗人眼中的木材区分开来，在这片视野中，有一种唯有那种能把各部分整合为一的人才能拥有的财产。这样的人就是诗人。”诗人当然是伟大的，但这并不说明除诗人外的其他人在精神上低人一等。但很显然，爱默生在赞美诗人的同时已经间接地否定了普罗大众，这实际上是某种形式上的“等级制度”，与中世纪的宗教或封建等级制度没有本质区别，只不过划分标准由神职或出生的等级变成了所谓的“精神等级”而已；这与现代社会中人们普遍认同的“人人生而平等”的人本主义思想也是直接冲突的，在当时已经开始人本主义转向的美国和欧洲社会中缺乏群众基础和思想号召力。超验主义式的信仰成了“阳春白雪”式的精神大餐陈列在橱窗里，仅供少数知识阶层自娱自乐。对于爱默生等超验主义者来说，超灵无时不在，无处不在，却又难以理解，无法把握，他们“端坐在灵魂的最高层次上”，却无视时代发展的脉搏，基本上放弃了那些没有”直觉”的芸芸众生，最终使得这个“高屋建瓴”的学说走到了大众和时代的对立面，踏上了“反人性”的不归路。此为其缺陷一。
二、“精神万能”的唯心主义泥潭
辩证唯物主义的观点认为，人是物质和精神的统一体，人的精神来源于物质，并要以外化的物质来体现。不依赖物质的精神是不存在的，也无法被感知。所有希望以精神为唯一本体，在否定物质存在的前提下谈精神存在的思想都无异于是在搭建空中楼阁，其哲学本质是唯心主义和形而上学。然而超验主义却认为人类完善自己的唯一途径是“凭借直觉从上帝处得到启示”，而获得启示的不二途径是通过类似于“自我陶醉”和“心灵感悟”的方式和自然以及上帝对话，除此之外任何宗教仪式、自我修养和性格塑造都是多余的，并且会产生误导。这种说法与中外一些宗教的修身学说其实没有本质上的不同 例如中国的道教有“飞身”之说（即指修炼得道之人可以使灵魂脱离肉体驾临仙界），又如某些宗教讲究“灵修”，其实质都是否定甚至排斥人的肉体和外部物质世界与其精神的联系，认为精神可以独立于物质，而且只有独立于物质的精神才是最纯洁、最高境界的精神。超验主义极力主张用“自我陶醉”和“心灵感知”的方式取代传统宗教仪式是其“精神万能”的唯心主义主张的缩影。
美国人本主义心理学创始人马斯洛认为人类的需求可分为几个层次，除生理需求之外（食物和性等）、安全和归属是位于其上的一个必不可少的层次；这是宗教及其仪式存在的原因之一，因为人类在很长时间里是通过宗教信仰及其仪式获取安全感和归宿感。超验主义所谓“自我陶醉”的方式用于文学艺术倒也无伤大雅，但如果将它用于信仰则会剥夺信徒在传统宗教仪式中获得的安全感和归宿感。如，在原始社会 “原始人的祭礼和仪式特别多，参加者上下左右都非常认真”，美国人类学家本尼·迪克特（Ruth Renedict）在描述新墨西哥州的普韦布洛人（Pueblo Indians）时曾指出，“他们的兴趣都集中在他们丰富繁杂的礼仪生活上，没有什么活动可与他们极端重视礼仪相媲美。大多数时间里都致力于此。仪式程序要求不能有一步之错，祷文不能有一字之差，面具和服饰的细节都必须完全符合传统，而不参加的男女老幼也要作为观众整天站在一旁”。从马斯洛的观点出发，原始人这样做并非都宜贬为不文明、不开化的野蛮行为，而有满足起码心理需求的内在合理性。亚里士多德也曾说“灵魂是一种和谐”。在原始人的仪式中，所有的仪式参加者得到的不仅是一种超越自己的体验而且通过进入一个“情绪场”，与周围其他成员达成了一种和谐和默契，从而达到归宿感和安全感的实现。所以，集体性的宗教仪式之所以长期存在，在人类历史上是有深刻物质和心理基础的，而爱默生和惠特曼等超验主义者显然没有充分意识到这一点，他们的超验主义采取了一种武断的方式妄图割裂人类和宗教仪式之间的原始联系，这对信教人口占绝大多数的美国和欧洲而言，无异于是试图引发一场“信仰真空”的灾难。唯心主义是所有宗教的共有缺陷，然而超验主义却绝非如其信奉者相信的那样，是医治此病的良方；因为它无非是通过将” “人”和“上帝”同一的方式把人类追求超自然信仰，并希望借此实现安全和认同的努力由“外部”指向了“内部”。超验所指（Transcendental Signified）主宰的罗各氏中心（Logo-centrism）依然存在，“精神万能”的唯心主义魔咒并未解除，人类从传统宗教仪式中实现合理心理平衡的途径反而被无情的阻断了。缘此，超验主义通过“自我崇拜”的方式为人类提供心理安定的尝试注定是失败的，和其他教派一样，它堕入了“精神万能”的唯心主义泥潭，也许还有过之而无不及。此为其缺陷二。
三、“自恋”人格与人格分裂
坚持上帝的永恒性，依赖感官体会真理，拒绝外在权威，一直是以爱默生为首的超验主义信奉者的根本价值观和方法论。以现代人的观点看来，其价值观中的唯心主义和反人性倾向似乎是显而易见的，但我们容易忽视的却是其方法论上的极端“自我中心主义”及其引发的“自恋”人格与“人格分裂”。超验主义者肯定人的神性，把人与神提到了近乎相同的高度，这相对于过往“神权至上”， “人绝对服从于神”的传统宗教观是有进步的。然而，人既具有神性，人追求神性的根本方法即由对上帝的“顶礼膜拜”转变为“自我膜拜”；“外在权威”转变为“内在权威”，并且内外不可调和。一切源自个人精神和灵魂世界之外的影响都被认为是对“超灵”的干扰和扭曲，一个封闭的“自我偶像”在超验主义的意识形态中形成了，而且绝对不可动摇，不容置疑，超验主义的方法论成为了滋生“自我崇拜”和“自恋”的温床。
作为超验主义的首倡者，以上观点可以从爱默生本人的记录、日记及通信邮件中得到充分体现。爱默生实践超验主义方法论，体验和“超灵”融合的做法之一是身体力行，倡导回归大自然，用“直觉”感受大自然和人本身的神性，他身先士卒，常到野外进行“自我陶醉”式的体验，有其纪实性书信为证：Then I said，I coved truth/Overme soared the eternal sky，/ Full of light and of deity；/Again I saw，/ again I heard，/The rolling river，/themorning bird；/Beauty through my senses stole；/ I yield myself to the perfect whole（于是，我说“我追求真理/ 永恒的天空高悬在头顶，/ 充满光明，/也溢满神性；/ 我再次说话，/再次听见，/流淌的河水，/晨鸟的乐音。美又潜行在我的每个感官我让自己融入这完美的整体。）又如，他在自己所谓“神秘超验”的记录中写道，“我站在一片土地上，头沐浴在和煦的空气里，仰望着渺邈无垠的天空，所有卑下的自私的想法都消失的无影无踪。我变成了一只透明的眼球；本身不复存在；我洞察一切；上帝的精气在我周身循环；我成了上帝的一部分。”从现代精神医学的观点看来，爱默生所谓”变成了一只透明的眼球”，“本身不复存在”，“我成了上帝的一部分”，这种体验如果是真切的，那么他无非是在环境的诱导和自身强烈暗示的双重作用下，激发出的“幻觉”，而他的这种超越自己的幻觉是他对自己身体和心灵绝对肯定，高度赞赏，甚至自我崇拜而引发的“自恋综合症”的症状之一。其追求超验主义的途径带有强烈的自我肯定愿望和自恋主义的成分。由此，说他提倡的超验主义有“自我陶醉”的倾向是不为过的。也正因如此1832年爱默生曾顶着“家族叛逆者”的骂名，坚决地辞去了当时广受景仰的牧师职务，因为他相信“人随时都可以和上帝交流，而去教堂听牧师布道是很愚蠢的，所以他们反对传统的教义和仪式，认为那是错误的，是与真正的信仰背道而驰的。”这段描述不啻为爱默生在信仰上“过度自信”甚至“自恋”的明证之一。而超过一定限度的自恋，已被现代心理学和医学界定为一种病态。
根据现代精神病学和心理学奠基人西格蒙德·弗洛伊德的解释，自恋的无限扩大，导致病态的自尊，从而可能导致严重的心理失衡，引致精神崩溃。爱默生晚年面临的诸多精神问题或许正与他惯于从过度的自恋中吸取灵感的思考方式有着某种联系。根据弗洛伊德的观点，其实在人成长的某一阶段适度的自恋不仅无害，且是人心理由幼稚期走向成熟期的必经之路，但超验主义式通过刻意的，强化的自恋心理暗示训练来获取所谓对自身“神性”的感悟，已经违背了现代心理学揭示的人类心理发展正常规律。我们不去研究爱默生是否因成长过程中面临的特定心理障碍而产生非正常的心理特征（尽管这种说法也有一定依据），但如果人们都照此行事，它所带给人们的危害绝不亚于一场心理危机。此为其缺陷之三。
以上三点，我们透过现代心理学、辩证唯物主义和人本主义（人文主义）的视野批判了爱默生倡导的“超验主义”，揭示了其反人性、反唯物主义（唯心主义）和反正常人格（“自恋”和人格分裂）三大核心缺陷。但同对任何学说和思想的批判一样，我们批判爱默生及其超验主义的目的永远不是为了彻底否定和拒绝它。事物总有两面性，一种理论和思潮也是这样。爱默生创立超验主义的时代距今已近200年了，以当今社会的价值观和科学进步之观点看来，其中有不合时宜之处也是理所当然。然而纵有缺陷，也不能说明爱默生及其哲学思想体系于当今之社会绝无裨益。实际上，纵有矫枉过正之虞，许多研究都肯定了诞生于美国工业化中期的超验主义，对当时物欲横流、信仰崩溃和道德沦丧的美国社会确有“心灵拯救”之功效。这对同处工业化中期的当今中国社会极具现实参考意义。
随着经济改革的成功和社会财富的迅速增殖，中国人作为一个整体，在心理上正面临着爱默生时期的美国人那样普遍的心理危机。传统农业社会和现代工业社会价值观的冲突，儒家道德观和市场经济法则的冲突，中国人心理和物质世界的剧烈冲突和艰难调整必将贯穿于中国工业化和现代化的全过程；可以预见，中国社会整体心态的反复“摇摆”和“动荡”势必持续相当长的历史时期。爱默生及其追随者们“自我神化”的精神追求固然不可取，但他们重视人类精神力量的作用，追求“内心平和”，倡导“自我平衡统一”的价值取向或许可为困惑中的当代中国人打开一扇通往心理和谐的天窗。