战争以和议的方式最终得到了平息，奕訢认为自己也该歇歇了。从战争结束到现在，已经有六个月了，中国社会仍没有丝毫的变化。英国公使欧格纳都有些着急了。光绪二十一年九月（1895年10月），离欧格纳归国的日子越来越迫近了，他提出求见，有话要对大清的皇帝说，对大清的诸大臣说，尤其要对奕訢说。
总理衙门的会客大厅里，一片融洽和谐的气氛，大家谈笑风生，阵阵笑声不时从大堂中传出来。这是奕訢和总理衙门各位大臣在集体接见英国公使欧格纳，欧格纳也是特别来辞行的。过不几日，他即将踏上返回英国的行程。在中国任职期间，他亲眼目睹了中华帝国的老大衰朽所导致的被瓜分、被勒索的处境。或许是在这次中日战争中，与英国相比，法、俄、德三国获益甚丰，这让英国不无嫉妒。欧格纳临行前的一席话才显得颇为激动，直指当前恭亲王执政的弊端之所在。
“恭王爷为中国第一执政，又是国家之尊行，今日中国的事，离开了恭亲王能指望谁来重振呢？自中日讲和六个多月，中国国政没有一点变更，导致西方国家使节们议论纷纷。”他不明白，中国已经处危急时刻，列强蜂拥而至，欲瓜分和吞噬掉这个古老大帝国，中国竟然还如熟睡未醒状，难道变更社会、重振中国之雄风有那么难吗？接着他又提出了自己的策略，即让贤与能，推行改革：“如今恭亲王经常生病，精力不济，宜选忠廉有才略的大臣推行新政，期于必成，何必事事推诿，一无成就呢？”
句句话都说得相当地诚恳，痛快淋漓地表达了欧格纳的心声；句句话又都相当地尖锐，在场的每一个人听了之后无不瞠目结舌。
次日，欧格纳又来到文华殿向光绪帝辞行，大家彼此寒暄一番之后互道珍重。临别之时，欧格纳再次叮嘱翁同龢，“毋忘昨言”。他知道，翁同龢是光绪帝最为信任和依赖的大臣。
此时的光绪帝又何尝不想变革以自强呢？《马关条约》的签订深深地刺痛了他，很多时候，他都在做非出自他本心的事情。小的时候，潜心在毓庆宫读书，练习骑射，倒也随心所欲。毓庆宫十多年的教育和熏陶，与他一生的事业和坎坷命运结下了不解之缘。在这里，光绪帝形成了自己的爱民思想，他将《孔子家语》中“君者舟也，庶人者水也，水所以载舟，亦所以覆舟”的论说深深地刻进了自己的脑海中。当凛冽严冬端坐在暖和的殿堂中时，他的思绪也能飞向紫禁城外困苦艰难的老百姓生活的茅舍，想着他们生活的疾苦。一首《围炉》诗恰是他这种感情的真实写照：
西北明积雪，万户凛寒飞。
惟有深宫里，金炉兽炭红。
亲政之初，他雄心勃勃，踌躇满志，想望着搏击云天，一显身手，然而却处处受阻。这个阻力一方面来自“亲爸爸”慈禧，另一方面来自生父奕譞。前者权力欲强，手腕圆滑，不能容忍朝政下移到日渐成长的光绪帝手中，从而成为光绪帝难以逾越的障碍。父亲奕譞虽被人称为是“负气敢任事”之人，然而对慈禧却是唯唯诺诺、小心谨慎，不敢越雷池半步。“甲申易枢”一事，奕譞与慈禧联合扳倒了恭亲王奕訢集团，本意是为儿子以后的亲政铺平道路，然而事与愿违，就像孙悟空始终逃不过如来佛的手掌心一样，光绪帝处处也都受到慈禧的掣肘，甚至连自己的婚姻也都由她一手包办，迎娶了自己不喜欢的慈禧的弟弟都统桂祥的女儿为皇后；自己宠爱的珍、瑾二妃却遭忌被贬打入冷宫，光绪帝却无法保护她们。面对日本咄咄逼人的气势，他是如此地想严惩侵犯大清的岛夷小国，却又时时受到为满足自身的贪欲、享乐欲而主和的慈禧的反对。最终，国土沦丧，还要承担超过王朝全年财政收入三倍的巨额赔款。当在和约上写下“恩允”二字时，光绪帝与其师翁同龢彼此“战栗哽咽”、“相顾挥涕”。
战争的结果让他们痛不欲生，战争的结果也激起了他们的斗志——绝不做亡国之君，要变革图强。当翁同龢将陈炽的《庸书》和汤震的《危言》进呈给他时，光绪帝那份振兴救亡的决心就更加强烈了。
说到变法，不得不提到翁同龢。作为“两代帝师，十载枢臣”的翁同龢曾在很长一段时间里，闭目塞听，拒绝接受新事物，所以光绪十四年（1888年），康有为的那份已经预见到六、七年后将在中国土地上爆发中日战争及其可悲结局的《上清帝第一书》就因翁同龢对变法的不以为然和个性的胆小畏事而被扼杀。光绪二十年（1894年）康有为参加科考，特意请同乡张荫桓疏通介绍，以期能见翁同龢一面，当面陈述变法思想，又吃了翁同龢一个闭门羹。是甲午战争彻底改变了翁同龢，冷酷的现实让他开始清醒地认识到“非变法难以图存”。于是一改原来的迂旧深闭的态度，主动接触拜访康有为，从此便与维新派走得很近，成为光绪帝和维新派之间结合和沟通的桥梁和纽带。
中日和约签订后的这年夏天，翁同龢首次会见了康有为。他屈尊降贵，首先承认了自己的过失，接着虚心向康有为求教变法的相关事宜。康有为大胆地提出自己一贯的主张，变法必先变科举。翁同龢表示赞成，随后即令陈炽草拟十二道新政诏旨，征得光绪帝的同意后准备依次颁行。
为了减少新政推行的阻力，翁同龢决定借助恭亲王的力量和威望。一天，翁同龢带着十二道诏旨前往恭王府。奕訢依旧躺在病榻上看着奏报，精力已很不济，每看一会儿就要歇好久，甚觉疲劳。见翁同龢已经来到了榻前，奕訢挪了挪身子，抱歉地笑着说：
“老了，不中用了，动一动就喘气；老眼昏花，看折子也不行了；又年老多病，力不从心，该让贤了。”
翁同龢说，当下局势可不是恭王言退的时候，他劝告道：
“王爷宜权衡大势，不要作进退之词。这是陈炽草拟的十二道新政诏旨，已征得皇上的同意，现请王爷过目。若王爷没意见，下官想请王爷领衔上奏，以王爷的威望和皇上的首肯，此诏必能得天下人认同。”说完，将诏旨呈递给奕訢。
约半个时辰，奕訢看完十二道诏旨，他知道，这诏书的内容大多引用康有为的奏折。翁同龢此次前来，是想拉拢自己与太后抗衡，与天下反对变易的人相对抗。他已经感到，甲午战后国内外形势发展迅速，国内民族资本的发展也使变法维新的呼声越来越强烈。然而他更加关注的是清廷之内，上层统治集团对改革问题分成了势如水火的两派——南派和北派，前者甲午战后倾向维新，后者则一直趋于保守，两派的支持者分别为光绪帝和慈禧太后。奕訢考虑最多的，是如何左右逢源。而对此，翁同龢认为，在皇族亲郡王中，只有行辈最尊、威望最高的恭亲王最能团结两派并为他们所接受。但这次，翁同龢与光绪帝仍然是过于天真了。
甲午一战刺痛了奕訢。早在18世纪60年代初期，奕訢刚刚倡行洋务之时，一份条陈就曾深深地触动过他：“闻日本近遣幼童分往俄美两国，学习制造船炮铅药及一切军械之法，期以十年而回。此事明确，日本必强，有明倭患，可为预虑”。从此奕訢更加积极地倡导洋务，时常关注日本的动向。日人在十年之后的七十年代经过明治维新，各项事业初见成效，1874年的侵台实际上是给中国人敲的一次警钟：中日两国之间已经有差距了！然而，中国人并没有警觉起来，依然在老大帝国的道路上徘徊，认为对付日本这个岛夷小国，只要上下、内外同心，“外侮潜消”是自然而然的事。事过二十年，这一隐患不仅没有消除，反而招致了更大的祸患，中日双方的较量中，中国惨败。奕訢能不痛心吗？
从维护封建统治的角度出发，甲午之败以后奕訢针对清廷弊端，也提出了诸如兴办学堂、修筑铁路、振兴工商、改革武科考制等主张，但基本上仍然是洋务派主张的老调重弹，以不触动清王朝的统治基础——君主专制为底线。在亲眼见到《上清帝第五书》之前，奕訢对于光绪帝和维新派所做的种种改革行为一直持“默然”态度，未表示过公开的反对。
1897年，作为“调停”中日战争的回报，德国占领胶州湾。德国获得了中国重要港湾，其他各国毫不示弱，纷纷向中国提出各自觊觎已久的领土要求，一时瓜分狂潮蜂起。为应对这种局面，光绪帝急召军机大臣，表明“时移事异，变法宜矣”的想法，并征求诸位臣工的意见。奕訢知道这时的光绪帝面对严峻的国内国际危机，只知道要“求变”，自己不便说“不”，遂沉默不语。帝党关键人物翁同龢见机行事，第二天，便发布百日维新前的第一道“新政”上谕，大意为裁绿营、撤局员、荐人才，并饬部院诸臣不得延宕。
看了诸项条款后，奕訢只笑了笑。原来被翁同龢称之为具有“内政根本”性质的上谕，无非也只是对现有弊病的一点小变革而已。
接下来有一天，一份贵州学政严修请求开设经济特科的奏折送到了总理衙门审议。翁同龢和张荫桓表现出极高热情，全力支持；在交由康有为代总理衙门草拟的具体章程中，有明显的削弱甚至最后完全以新科取代八股的意图。奕訢依然未置一辞。
在风云突变的戊戌政变高潮来临之前，康有为的又一份上书《上清帝第五书》让沉默已久的奕訢再也无法容忍。在这份著名的“上书”中，康有为围绕开国会、定宪法的主张，向皇上指明了救国的上、中、下三策：上策是皇帝仿效俄国彼得大帝和日本明治天皇，亲自主持大计，“以俄国大彼得之心为心法，以日本明治之政为政法”，实行变法；中策为“大集群才而变政”，召集有才能的人，主要为六部九卿各大臣，共商变法具体方略，依次推行；下策乃“听任疆臣各自变法”，权力下放到地方，让各省官员自己主持变革实践。康有为还情辞恳切地指出，行上策可以强国，行中策可维持局面，行下策能使国家免于灭亡；若三策皆不实行，到时皇上“求为长安布衣而不可得矣”！
光绪读完，心绪再也无法宁静，急切地希望召见这位被兵部掌印给事中高燮推荐且誉为“学问淹长，才气豪迈，熟谙西法，具有肝胆”的人物。而奕訢接到密告后，则极力表示反对。他的理由是：“本朝成例，非四品以上官员，皇上不能召见，免失身份。今康有为乃区区小臣，若皇上欲有所问，可命诸大臣传语。”
无奈，改康有为首次面圣为由总理衙门大臣问话。
这一天，奕訢并未到场，参加问话的五位大员分别为：翁同龢、李鸿章、荣禄、廖寿恒、张荫桓。华丽大厅里的问话一开始就气氛紧张，只有翁同龢偶尔缓解一下局面。此次问话完毕，翁同龢更觉自己眼力没错，立即将康有为的观点向光绪帝作了汇报。光绪帝又生召见意。
这一次，奕訢又加阻止。改康有为第二次面圣为“递送条陈”。
康有为按照光绪帝的旨意，用五天的时间奋笔疾书，他要把自己心中关于变法的构想全部呈现于这位开明的皇帝眼前。这就是后来的《应诏统筹全局折》，也称《上清帝第六书》。书中请求光绪帝正式确定变法维新政策，选拔人才；开制度局，改革中央政权机构，建立具有立法职能的新政领导机构。这显然触动了封建政治体制，奕訢认为“立制度局，是废我军机也”，多方阻挠。结果康有为的这份上书在奕訢手中整整停留了四十多天，才最终到达光绪帝手中。这时离奕訢撒手人寰的大限已为时不远了。
而这时，帝、后两党长期矛盾对立已经达到白日化，并最终走进决定鹿死谁手的境地。
慈禧无法容忍光绪帝不顾祖宗之法的改革，曾借载澍之母控告其子“不孝”的机会，强令光绪帝将载澍永远圈禁。慈禧此举，实际上是在警告光绪帝——听话！若有忤逆行为，载澍就是你的前车之鉴！奕訢清楚慈禧是做得出来的，他也清楚，如果慈禧这样做，不仅于事无补，还可能引起朝政新的动荡，所以他也坚决抵制慈禧的废立阴谋。在生命的最后时刻，作为皇室贵胄，奕訢通盘考虑：一方面不许光绪帝违背祖制，实行变法；另一方面又极力维护光绪帝的帝位，阻止慈禧的废立之举。
1898年5月29日，奕訢走完了人生的六十七载春秋，弥留之际，他把前来探视的光绪帝叫到床前，光绪帝俯耳倾听：“闻有广东举人主张变法，请皇上慎思，不可轻信小人。”
在遗折中，他又郑重叮嘱光绪帝道：“伏愿我皇上敬天法祖，保泰持盈，首重尊养慈闱，以隆圣治，况值强邻环伺，诸切隐忧，尤宜经武整军，力图自强之策。至于用人行政，伏望恪遵成宪，维系人心，与二三大臣，维怀永图。”文字间充满了对朝局变更的忧虑和担心：忠告皇上要搞好和慈禧的关系；“经武整军”为自强御侮之策，不要对朝政进行彻底的变革；要与二三大臣共议行政用人事宜。
丧礼和谥法在隆重的仪式中进行，慈禧和光绪帝都亲自前往王府奠祭。翁同龢宣读圣旨，声泪俱下：
光绪二十四年四月初十谕军机、内阁大臣：恭亲王三十余年恪恭奉职，殚竭忠忱，其间养疾家居，旋复起膺枢要，朝夕从事，力任其难，今日不幸薨，朕悲痛欲绝，呼天抢地。特赏陀罗经被，辍朝五日，朕素服十五日，赐谥曰“忠”，配享太庙，并入京师贤良祠，增加园寝守卫厂户，四时祭祀。命其孙溥伟即日承袭亲王，以示笃念宗亲怆怀贤辅至意。钦此！
在奕訢死后的第十三天（6月11日），光绪帝正式诏告天下，宣布变法。之后，奕訢担心的事接二连三地发生。变法失败，光绪帝被囚禁于中南海瀛台，慈禧一手遮天，朝政更加昏暗。再过两年，内忧外患又纷至沓来，义和团起义，八国联军侵华，慈禧、光绪帝西逃……。四十年前的一幕又在重演，但奕訢再也管不了了……
清王朝大势已去、气数已尽，在奕訢死后它又残喘了十三年，终于淹没在人民革命的熊熊烈火中。