光绪二十年（1894年），中日甲午战争爆发，慈禧太后信任李鸿章，避战求和，又遭败绩。清王朝危机四伏，矛盾重重。帝党费尽全力要求慈禧太后再次起用奕訢，目的是对抗一直主张对日求和的后党力量。然而，此时的奕訢年老多病，多年失势，对政务亦有所隔膜，加以一再遭受慈禧太后的打击，锐气大减。重新上台后，竟只敢顺着慈禧太后的意旨办事，不敢稍有出格。
为了过好六十大寿，慈禧竭力想通过议和早日结束中日战争。最初想通过俄国、英国、德国、美国等出面调停，早日与日议和停战。外国调停干涉未成，才改由李鸿章为全权议和大臣赴日谈判。所有这些事情能最终完全按慈禧的意愿达成，都与奕訢紧密相关。
早在李文田等人上折请求起用奕訢的那次朝会上，慈禧即命翁同龢立即起程去天津，向李鸿章传旨：朝廷欲请俄国公使喀西尼调停中日之争，让李鸿章在喀西尼假满回任途经天津时，探探他的口风。翁同龢认为这可是遭举世唾骂之事，不仅一生的英名，而且连父兄昔日成就的威望都要毁于一旦。坚决请辞，拒不受命。慈禧无奈，遂改口令其以“责李鸿章何以贻误至此”的名义赴天津，往返日期不得超过七日。翁同龢不便再推辞，含屈受命。
就在翁同龢返京复命李鸿章探寻俄使意向的当天，复出后的奕訢禀承慈禧意旨，密函李鸿章：当下战守均无可解决问题，望在喀使到天津后，即与其密议（和议事），如何妥善解决，总以无伤国体，暂止兵争，在敌还未入境之前，速速决策停战之法。这完全违背光绪帝主张继续对日作战的愿望，是只求能以议和方式让日人退兵之举。
积极准备让李鸿章与俄国公使面见的同时，慈禧又决定请英国出面调停。主持此事的是奕訢，毕竟赫德是奕訢的老朋友了，办理总理衙门的时候，两人就开始建立起了很密切的关系。奕訢赋闲在家期间，赫德还曾托人捎给他一些礼品。
10月7日，奕訢召见赫德，老朋友相见，自然有说不完的话。从生活、海关税务再到宦海沉浮人生感悟等。但奕訢没有忘记两人此次会晤的主要目的，趁正谈在兴头上，试探着问道：
“赫德先生，本王有一话不知当问不当问？”
赫德忙笑道：“你我相交多年，早已成了无话不谈的知己，还有什么话不便说呢？”赫德在中国生活了几十年，很了解中国的文化和人情世故，善于与中国人打交道。一句话便拉拢了双方在政治话题上所保持的那种距离。
“我大清与日本交战已数月，久攻不下，现欲请贵国出面相助，以早日结束战争。先生以为如何？”
赫德听了急忙摆手，道：“王爷，可以坦率地说，大英是断不会答应这一请求的。”
这正是昨日珍、瑾二妃的堂兄志锐所托询问的事。奕訢见联英伐日的计划泡汤，于是就探询两日前托赫德与英国外交部联络，请其出面调停一事：
“对于先生前天托人转告贵国外交部，出面斡旋解决当前中日争端一事，不知贵国政府有何答复呢？”
赫德此来也正是要向奕訢及大清政府转达英国首相洛兹柏立伯爵的意思，他有些无奈地耸耸肩，非常遗憾地表示说：
“非常抱歉，王爷。首相发来函电，认为大清只放弃朝鲜宗主权一个条件，必不能使日本满足。中国还需支付一笔赔款，或者以割让台湾代替赔款，方可实现停战。大英外交部愿以此方案向日本探询，不知大清意下如何。作为朋友，若王爷同意，在下愿为大清转达。”
见议和又有了一丝转机，奕訢心情稍稍轻松了些，回答道：
“非常感谢赫德先生为大清所作的努力，此议和条件须待本人转告皇上和皇太后后再作决定。”
送走了赫德之后次日，奕訢赶往毓庆宫，他能猜到志锐所提联英伐日事一定是光绪帝的主张，所以刚才赫德所言必须立即禀明圣上。大殿里，光绪帝正一筹莫展，二十五岁的他，比常人要承受更重的担子，掌握着一个已经千疮百孔、濒临衰微的国家。听说六叔要来，他非常高兴，因为猜想他昨天肯定跟赫德提起过联合伐日之事。然而当奕訢告知了会晤赫德的商谈结果后，光绪帝立时面露失望之色。
过了将近一周的时间，英国驻华公使欧格纳再次以中国放弃朝鲜和对日赔款作为请各国出面调停劝说日本停战的条件，催促清政府早作决定。
奕訢当即求见光绪帝。
毓庆宫内，光绪帝和几位朝廷大臣正在紧急商议时局。六叔奕訢是自家人，又是当下重臣，自不避讳，直接宣进殿。听到议和条件后，大殿内诸位大臣的意见马上分为旗帜鲜明的两派。
翁同龢与李鸿藻坚决反对，认为割地、赔款、丧权辱国，乃为天下万民所恶之行为，且英人所提条件，明显偏袒日本、要挟催逼大清，所以断不可同意。奕訢、孙毓汶、徐用仪则表示赞同英国调停意见，一来太后大寿将近，二来若不停战，恐倭寇越过鸭绿江北进龙兴之地盛京，祖陵难保，无法向列祖列宗交待。双方争执不下，光绪帝只好发话说等奏明太后后再行商议。
养心殿内，奕訢据实陈奏，翁同龢陈述了关于急催各路援兵，悬赏九连城前敌将士加紧赶修6艘受伤军舰准备决战的要求。慈禧听后，只道：
“一切以和为贵，一旦开战，生灵涂炭，国库耗费。天意已定，恭王，你按英国的条件去办吧。”
关于议和停战之事，英国方面出面请各国调停。现在，清政府愿意接受议和条件，和议是否能成，关键是其他各国及战争另一方日本的意见了。谁知英国对调停中日之争所表现出的热心只不过是一厢情愿，其建议不仅遭到美、德等国的拒绝，甚至日本也怀疑英国是别有用心，伺机挑动列强与日本在中国利益上的争端，因而拒绝英国调停，并表示将尽快布置兵力入侵中国。
而此时，北京城内一派歌舞升平。光绪二十年九月二十一日至二十六日（1894年10月19日—24日），京城内一片忙碌景象。上至王公大臣，下至太监宫女，都在为慈禧六十大寿做各项准备工作，庆寿活动成了一切工作的重中之重。从西苑到颐和园，五步一彩亭、十步一彩棚，送鲜花、搭戏台、搬乐器，热闹非凡。
光绪二十年九月二十八日（1894年10月26日），清军鸭绿江防线50000多人全线溃败，日军侵入清朝“龙兴之地”东三省。
奕訢顾不得庆寿的诸多忌讳，收到前线消息的当天，即向光绪帝紧急奏陈了前线的情形，并且报告辽东的部署情况。同时受到召见的还有军机首座礼亲王世铎，谁料这位军机重臣在如此异常严峻的局势下，顾左右而言他，仅商议庆典事。
奕訢非常地痛心！大清之所以到今天这步田地，世铎、孙毓汶等这帮现任枢臣负有不可推卸的责任！现任枢臣礼亲王世铎、额勒和布、张之万、孙毓汶等，都是十年前由醇亲王奕譞一手选定的。世铎是这个枢廷的领班；孙毓汶是醇亲王的亲信，因醇王不宜入军机，特派他入军机，每次召见，太后视其如同醇王，所以军机中孙毓汶虽地位最低，权势却最重，是军机处的灵魂。十年来，他们粉饰太平，贪污腐化，贿赂成风，一味迎合慈禧的权力欲和享乐欲，且不明外情，目光短浅，完全失去了奕訢集团为政时的那种兢兢业业、居安思危的作风。导致世风日下，国势日益衰微。
再看看对手日本，近代中国最蔑视的外国莫过于日本。几个世纪以来，他们多倚靠月黑风高之时在中国抢掠劫盗财物过活，中国人称其为“倭寇”，意即“矮小的强盗”。然而1868年的一次变革，这个民族由一个混乱而贫穷且受外国侵凌的农业小国一变而为一个相对发达的近代工业国家，跃居世界强国之列，这次变革就是开始于中国同治年间的日本明治维新运动。之后的短短二十年，君主立宪制的现代生产关系使日本迅速成长为一个具备了一切资本主义政治和经济特征的崭新国家，并从此开始了“开拓万里波涛，布国威于四方”的侵略征程。
中华帝国晚期的腐朽正好给了这个日渐强大起来的岛国以可趁之机。即使战争的关键时刻，统治阶级的上层似乎依然未意识到危机的存在，享乐的享乐，自保的自保，钻空子的钻空子。作为皇室的一名成员，复出后的奕訢，用一个外国通讯社的话说，他觉得自己有义务和责任将被“现有枢臣粉碎了的杯子修补完整”。
要保“大清王朝”，同样，要么战，要么和。从客观条件来讲，战还是有可行性的。当前，既没有咸丰十年英法联军入侵时国内农民战争的纷扰，也没有伊犁事件和中法战争时第三国的虎视眈眈、蠢蠢欲动。只是在战争策略上，应当改变当前根据一城一池得失定胜负的阵地战的战略，而以游击战和运动战的方式拖垮远道而来的敌人。聂士成指挥的奉天大高岭一役就是游击战的成功典型。只要全民抗战，破釜沉舟，争取最后的胜利是有可能的。
然而，这种战争将是以东北三省祖陵之地烧为焦土为代价的，奕訢不愿意看到这种结果，整个爱新觉罗家族也是不愿意看到这种结果的。若两国真正交兵，双方相持不下时，日本势必要摆脱相持状态，悬师远进，直逼京师，逼迫朝廷签订城下之盟，若事至此，那损失就大了。即使如主战派所说，可以暂时迁都，继续再战，但人民会不会坚持到底？揭竿而起事件会不会再度发生？野心家会不会乘机自立？一切皆有可能。对奕訢来讲，爱国首先是爱大清朝，他不愿拿爱新觉罗皇朝的命运去冒险。
更重要的是，慈禧太后显露了真实态度。惩处力言主战者，甚至公开威胁御前诸臣说：
“今日令吾不欢者，吾亦将令彼终身不欢！”
同慈禧打交道多年的奕訢深知，心狠手辣的慈禧是说得到就做得到的。复出后的奕訢已经感觉到了皇上与太后之间的不和，年已过六十的他，在苟安余年思想的支配下，已不愿再与慈禧闹翻了。但作为道光帝惟一尚在的儿子，也是这个家族中的长者，奕訢利用自己与洋人打交道的特长，不惜将全部的精力投入到寻求外交途径解决的努力之中，即使割地赔款也在所不惜。
十月初三日（10月31日），奕訢以恭亲王的名义明确恳请美国调停。
次日，慈禧接受庆亲王奕劻的请示，委派奕訢督办军机处，奕劻为帮办，翁同龢、李鸿藻、荣禄、长麟为会办，同时决定成立巡防处。初五日又以上谕形式公布了这项决定，至此，在尊崇慈禧意旨的前提下，奕訢获得了外交和军事的最高指挥权。
十月初六日（11月3日）这一天，奕訢是忙碌的。他邀请英、德、法、俄、美各国公使到总署晤谈。大堂内，气氛略显紧张和压抑，孙毓汶和奕訢分别向各国公使讲述了中日交涉的历史和现状，并提出了同各国公使内容相同的照会，以皇帝和皇太后的名义要求各国公使向各自的政府提议出面调停。送走各国公使之后，奕訢立即电令清政府驻外使节，速向英、俄、法、德、意大利和美国外交部商洽停战。
本来就年事已高，再加上终日奔波辛劳，傍晚回到家中，奕訢感觉整个人像虚脱了一般。但次日的急电没给奕訢任何喘息一会儿的机会：倭寇已向旅顺、大连增兵，情况万分紧急。奕訢立即又以允许朝鲜独立和向日本赔偿战费为条件紧急要求各国公使出面调停。但事不关己，各国对中国的呼声不紧不慢，意见根本无法达成一致。最后，请求各国联合干涉的计划宣告落空。
奕訢仍没有放弃一丝求和的希望，他积极争取和谈。在这个过程中，光绪帝曾经给了他以变相的警告，但复出后的奕訢拿定对宫廷内帝后之争决不干涉、对国家事务谨慎处理的方针，逐渐恢复了慈禧对他的信任，并重新获得了十年前的全部权力。
从此，甲午海战中后期的奕訢，以知天命的年龄担当起了自己国家与另一个国家和谈的重任，再次扮演起三十五年前的角色。