钟原最后对严嵩说的那些话不是一般皇上对臣下的谆谆教诲，而是因为他知道接下来将会发生什么事情。当哭庙的监生和御史们被强行赶离大明门后，事情已经传到了大多数官员的耳朵里。虽然现在没有像杨慎那样振臂一呼的领军人物，但很有一些的官员准备借此机会充当那样的角色。而甘为霖的直接免职也让他们感觉到了危机的降临。
内阁没有驳回皇上对甘为霖的罢职诏命，反而在圣旨上附属了同意的意见。虽然人事任命权向来都是皇上跟内阁在操纵，可是作为一位二品大员就这么被皇上轻轻一句话罢免，虽说给了还算丰厚的赏赐，但在政治意义上来说皇上已经在人事任免权上面一言九鼎了。这绝不是什么好现象，大部分人心里发虚，因为他们知道他们头上的乌纱不再那么稳固。只要皇上不乐意，随时都可能赶他们走。正当大家准备上奏折为甘为霖求情，同时也是为自己留条后路的时候，圣旨一道道的从宫里发了出来。
首先是人事调动。任命严嵩为吏部尚书兼内阁首辅。接着起复前年免职的王廷相为礼部尚书并入内阁参政。再下来所有参与闹事的官员统统免职，着即离开京城。所有国子监监生们被谕令关在国子监读书一个月，并恩准他们参加六月举行的经验辩论。看起来皇上还是对这些学子宽容了很多，但御史言官却损失惨重。
其次是机构的调整。都察院作为监督机构被皇上肯定，但是皇上对都察院的职责做了更改。以往对皇上负责的都察院现在虽仍然虽皇上负责，但他们的奏折却要送到大理寺。并且皇上再次重申不得风闻奏事，参劾官员时一定要拿出证据一并交给大理寺。再由大理寺对所参官员进行审查，若有不实，以所参之罪罪之。这一来就杜绝了御史们乱参内阁大臣导致朝政混乱的一条路径。御史的作用彻彻底底的变成了监察风纪的官员，威力顿时大减。
接着，皇上又下诏命，让六科给事中成为‘次阁’。给事中们的官职权力都不变，还增加了对朝政做出首轮建议的权力。就是说给事中们必须对各地报上来的事项拿出解决办法来，再上报给内阁和皇上。这样给事中从言官变成了做实事的官员。虽然他们封驳圣旨的权力还在，但现在圣旨的内容首先是他们做出的各种应对策略之一，就不可能自打嘴巴，自己封驳自己的意见。
大家对着这一大一小两个内阁哭笑不得。虽然知道皇上在连削带打，在逐步剥夺言官们令人望而生畏的权力，但反对的人却不是很多。首先六科的官员就非常支持，因为他们可以实实在在的参与国家的治理，而不是简单的督察内阁和皇上。
见到皇上拉拢了内阁和给事中，权力唯一受到损失的御史很不忿，一心想着怎么扳回局面，回到以前那种御史跺跺脚，朝廷抖三抖的日子里。由于御史们群情激奋，严世蕃压制不住，就上了请辞的奏折。钟原考虑到现在没必要用他来压制御史，就准了他的奏折，让他只担任六科都给事中，并由内阁重新选了南京礼部尚书湛若水来担任新的左都御史。
湛若水是理学大家，资历虽然服众，但他已经是近七旬的老人家了。指望他带着众御史跟皇上对着干，显然有些不现实，御史们又都纷纷泄气。幸好由于皇上给甘为霖的诏书里没有些着即出京的话，被免职的前吏部尚书还未出京，因此很多人都来找他，希望甘为霖能拿个主意。
这一天，甘为霖的学生御史王洐和御史王嘉允登门拜访甘为霖。一个老仆人把俩人引到了后院，见到甘为霖正在后院的荷花池边观鱼。皇上既然不催促，甘为霖也乐得逍遥，继续留在京城里打发时间——说不上哪一天皇上又起复他也未可知。
“学生拜见老师，老师最近安否？”俩人规规矩矩的上前行了弟子礼。
“是你们呀。免礼吧，难得你们还记得老朽。这一走茶就凉的滋味老朽可是真真的尝到了。今日你们来见老朽有什么事呢？”甘为霖抬头看看两个御史，轻轻抬了抬手说。
王洐伶俐乖巧，抢先说道：“老师这是哪里的话。山高高不过太阳，再过多久学生等还是老师的学生。老师乃是朝廷栋梁，此次无辜被免官罢职，学生等甚是不忿，因此今日学生等特来看望老师。”
“哦？”甘为霖上下打量了一下王洐，微微一笑说：“老师平常是怎么跟你们说的？雷霆雨露皆是君恩，尔等熟读经史，货于帝王。如今不思报效，反而口出忿忿之言，非是做臣子的本分。如此之言以后不要再说了。”
王洐躬身施礼，口中称罪，可还是坚持己见道：“老师恕学生斗胆直言。老师学富五车，从政已久，劳苦功高。但如今却被小人陷害，无故被免官。想那严嵩贪赃枉法，卖官鬻爵，却升为吏部天官兼内阁首辅。陛下此举甚是不公。况我等御史之权乃是太祖所定，今陛下也擅改祖宗成法，将我等直言进谏的权利给免了去。长此以往，小人得志，国将不国。老师若是心忧社稷就当出来带领我等一起写奏折向陛下进言，怎可深居简出？如此则白白浪费了老师一身才华，且有负圣人之教。”说罢，摆出一副恭聆教诲的姿势，低眉顺眼的等着甘为霖说话。
甘为霖知道这两个挂名的学生想让他出面，想借助他的那点影响力去说服皇上。但是他自己清楚，皇上已经不同以往了，甚至于不同与前几代的皇上。凭他甘为霖一个人的影响根本不足以阻止皇上做出的决策。但他也不想表现出这点，万一被这些对他还抱有幻想的所谓学生知道他已经彻底失势的话，那他就真的一点机会也没有了。从一人之下万人之上的内阁大学士跌到一介富家翁的日子，他甘为霖忍受不了。于是他对王洐和王嘉允说：“既然尔等有心报效朝廷，就随老夫来吧。”说着，拍了拍手，背着手向书房走去。
王洐知道甘为霖定是要出主意了，就拉拉王嘉允赶紧跟上。到了甘为霖的书房，他让婢女上了茶，然后叫两个人坐下。单两个人说什么也不坐，甘为霖也不再强求，挥手让房间里的仆人退出去。等房门关上，甘为霖这才不紧不慢的开口说：“你们两人尊师重道，不畏奸佞，一心为国很让老夫欣慰。但刚才在外面人多口杂，说话要谨慎。如今朝中遍布小人，耳目众多，不可不防呀。至于你们的来意老夫也清楚。想要让陛下收回成命其实也不难，关键在于一个人。”说着，甘为霖端起茶杯，悠闲地喝了口茶。
王洐和王嘉允听了甘为霖的话心中喜不自胜，王洐忙问道：“不知老师所指何人？”
甘为霖笑了笑，放下茶杯继续说：“你们还是太年轻了。现在虽然内阁看起来像是同心协力，铁板一块。但在我看来陛下只有留下一个人就足以给咱们造成一个把朝堂的水搅浑的借口。陛下不是下旨弹劾官员要有证据么？你们想一想，现在内阁几个人谁职位最高，又最多把柄呢？朝廷虽不设宰相，但内阁首辅之职虽无宰相之名，但有宰相之实。多少人巴巴的望着那个位置呢。陛下却让一个有这么多瑕疵的人坐在那个位置上，不是给自己找麻烦么？老夫这么说你们明白了么？”
王洐恍然大悟道：“老师高见，但如果陛下不理我们的弹劾，一味回护，那有该当如何？”
“你们哪，”甘为霖摇了摇头，叹道：“你们没听过三人成虎的故事么？陛下不理，你们就抓住证据不断的参，直至达到目的为止。只要把内阁首辅参倒了，那么朝廷这潭水也就会变混了。到时陛下一定要重新选出内阁首辅，但有那人的前车之鉴，试问还有谁敢坐在那个位置上？到时你们再联名推举一个人上去，不愁陛下不答应。等内阁首辅之职抓到手里，事情就好办多了！”
王洐大喜道：“老师高见，学生回去就联合御史明天就一起上奏折！”
甘为霖摆了摆手说：“事情不用办得那么急。你们还需注意一样，切不可同时上弹章。陛下的脾气老夫深知，如你们一起上奏折弹劾与他，陛下定会以为你们结党。到时恐怕会逼得陛下力保于他，这样对你们就殊为不利。记住，弹章要个人写个人的，不要联名，也不要一起呈进去。隔开那么一两天，不断地有弹章呈进去，陛下就会思量是不是那个人已经犯了众怒，就会拿他开刀了。等拿掉那人之后，只要陛下不把咱们的人提为首辅，你们就再找一位证据在握的阁臣，继续弹劾。到时弄得无人敢入阁，看陛下还怎么靠着阁臣来管理朝政。”说罢，甘为霖哈哈一笑，对自己的手段感到很满意。
王洐等两人也是嘿嘿奸笑。王洐又从袖中拿出一个红封套，递给甘为霖说：“老师素来清廉，学生等深为敬佩。因此近日来拜访老师，特准备了一些仪礼。这是礼单，还望老师笑纳。”
甘为霖故作正色道：“君子言义，小人言利。你们是我的学生，又一心报效朝廷。因此老夫才略略指点一二。老夫年事已高，将来全看你们的了。这次就算了，下不为例。不要再弄这些花活。你们能听为师的话，为师已经很高兴了！”说罢，接过礼单放在桌上，再也不看。
王洐等嘿嘿一笑，随即告辞回去联络人手去写奏折。甘为霖也不再强留，目送着这两个人走出去，心中暗笑：到底是年轻人，就让你们去冲一冲吧。等到事情不可收拾，皇上能想不起我么？到时候等我出来收拾残局，内阁首辅怕是跑不了了。哼哼，就算陛下发怒，我躲在后面，万事与我无关，陛下还是要高看我一点，只要能官复原职，我就还能回到过去权高言重的日子，妙呀，这两个人来的真是妙。
当天的晚饭，甘为霖吃得很开心，连带着多喝了几杯小酒。酒足饭饱，面红耳赤的甘为霖准备去第五房小妾那里听听小曲儿的时候，管家进来说道：“老爷，外面有位公公求见。说有陛下口谕。”
甘为霖心里一惊，就都变成了冷汗。但想了想，自己也没什么把柄落在皇上哪里。而且现在那些家伙的奏折都还没写，应该是别的事情。说不上皇上是想让自己官复原职也未可知。这么一想，甘为霖的心情又轻松起来，说道：“快请！”说着，把衣冠整了整，走向正厅。
等了不一会，管家领着一个太监走了进来。甘为霖一看竟然是黄锦，忙起身走上前躬身行礼道：“黄公公，什么风把您给吹来了？”说着，对着管家骂道：“你们眼睛都瞎了么？怎么不告诉老夫是黄公公驾临，老夫好开中门亲迎！”
黄锦面无表情地说：“甘大人不必如此了，咱家是奉陛下之命，请甘大人进宫面见圣上的。甘大人，赶紧收拾一下，这就走吧。”
甘为霖见到黄锦的样子，心里面七上八下，忙给管家使了个眼色。管家会意，拿出两大锭雪花银来递给黄锦。甘为霖说道：“辛苦黄公公了，小小心意，不成敬意。以谢黄公公前来传旨之劳，还望黄公公笑纳。不知陛下深夜召臣入宫所为何事呢？”
黄锦本以为一个免职的官没什么油水，正不舒服呢。看着这两大锭银子，心情好了很多，伸手接过银子说：“天威难测，咱家那里知道圣上的意思呢。不过甘大人劳苦功高，怕不是什么坏事。咱家谢过甘大人的银子了。甘大人，时候不早了，咱们还是赶紧走吧，晚了怕陛下不高兴。”
甘为霖看套不出话，只好应声道：“正该如此，正该如此。来人，备轿，老爷我要进宫面圣！”