七难：三阴三阳次第，《脉经》与此不同。《脉经》于三阳则少阳、太阳、阳明，三阴则少阴、太阴、厥阴。
十二难：冯氏谓此篇合入用针补泻之类，当在六十难之后，以类相从也。
十四难：“反此者至于收病也”当作“至脉之病也”，“于收”
二字误。
十六难：问三部九候以下共六件，而篇中并不答所问，似有缺误。
十七难：所问者三，所答者一，疑有缺漏。
十八难：第三节，谢氏谓当是十六难中答辞，第四节，或谓当是十七难中或连年月不已答辞。
二十难：“重阳者狂，重阴者颠，脱阳者见鬼，脱阴者目盲。”
当是五十九难结句之文，错简在此。
二十一难：谢氏曰：按本经所答，辞意不属，似有脱误。
二十三难：经云“明知终始云云”一节，谢氏谓合在下篇之前，不必然也，只参看。
二十八难：“溢畜不能环流灌溉诸经者也”十二字，当在十二经“亦不能拘之”之下。“其受邪气畜则肿热砭射之也”十二字，谢氏直以为衍文，或云当在三十六难“关格不得尽其命而死矣”之下，因邪在六府而言也。
二十九难：“阳维为病苦寒热，阴维为病苦心痛。”诸本皆在“腰溶溶若坐水中”下，谢氏移置“溶溶不能自收持”下。文理顺从，必有所考而然，今从之。
三十一难：“其府在气街”一句，疑错简或衍文。三焦自属诸府，与手心主配，各有［治］所，不应又有府也。
四十八难：诊之虚实下“濡者为虚、牢者为实”八字，《脉经》
无之，谢氏以为衍文，杨氏谓按之皮肉柔濡为虚，牢强者为实，然则有亦无害。
四十九难：第五节“虚为不饮食，实为饮食”二句，于上下文无所关，疑错简或衍。
六十难：“其真心痛者”，“真”字下当有一“头”字，盖总结上两节也。
六十九难：“当先补之，然后写之”八字，疑衍。
七十四难：篇中文义似有缺误，今且依此解之，俟后之知者。
七十五难：“金不得平木”，“不”字疑衍，详见本篇。
八十一难：“是病”二字非误即衍。
第1章难经本义图右寸手太阴、阳明金，生左尺足太阳、少阴水。太阳、少阴水，生左关足厥阴、少阳木。厥阴、少阳木，生左寸手太阳、少阴火。太阳、少阴火，通右尺手心主少阳火。手心主、少阳火，生右关足太阴、阳明土。足太阴、阳明土，复生右寸手太阴、阳明金。此皆五行子母更相生养者也。
虞氏曰：经言，男子生于寅，女子生于申，谓其父母之年会合于巳上，男左行十月，至寅而生；女右行十月，至申而生也。
故推命家言，男一岁起丙寅，女一岁起壬申。《难经》不言起而言生，谓生下已为一岁矣。丙壬二干水火也，水火为万物之父母。寅申二支金木也，为生物成实之终始。木胞在申，金胞在寅，二气自胞相配，故用寅申也。金生于巳，巳与申合，故女子取申。木生于亥，亥与寅合，故男子取寅。所以男年十岁顺行在亥，女年七岁逆行亦在亥。男子十六天癸至，左行至巳。巳者，申之生气。女年十四天癸至，右行亦在巳，与男年同在本宫生气之位。阴阳相配，成夫妇之道，故有男女也。《上古天真论》曰：男子二八而天癸至，精气溢泻，阴阳和，故能有子。女子二七天癸至，任脉通，太冲脉盛，故能有子，此之谓也。
荣卫清浊升降图清者，体之上也，阳也，火也。离中之一阴降，故午后一阴生，即心之生血也。故曰清气为荣。天之清不降，天之浊能降，为六阴驱而使之下也。云清气者，总离之体而言之。浊者，体之下也，阴也，水也。坎中之一阳升，故子后一阳生，即肾之生气也。故曰浊气为卫。地之浊不升，地之清能升，为六阳举而使之上也。云浊气者，总坎之体而言之。
肺主声，肝主色，心主臭，脾主味，肾主液，是五藏各有所主也。然而一藏之中又各有声、色、臭、味、液，五五二十有五，五行错综之道也。
右六十六穴为手足三阴三阳十二经所出入之会，刚柔配遇之道也。五藏以俞为原，六府则别置一原者，三焦行于［少］阳，乃原气之别使也。项安世云：凡经络之所出为井，所流为荥，所注为俞，所过为原，所行为经，所入为合。井象水之源，荥象水之陂，俞象水之窦，经象水之流，合象水之归，皆取水之义也。
补水泻火之图火者木之子，子能令母实，谓子有馀则不食于母。今泻南方者，夺子之气，使之食其母也。金者水之母，母能令子虚，谓母不足则不能荫其子。今补北方者，益子之气则不食至其母也，此与八十一难义正相发。其曰：不能治其虚，安问其馀？则隐然实实虚虚之意也。
书之有图，所以彰明其义，使人易晓也，可图则图之。先儒于诸经，每有图说，各附篇章之后。今是图悉着之编首，读者参考可也。