明清时期湖北的思想界特别活跃，有阳明后学、陈白沙和湛若水心学与程朱理学的激荡，也有早期启蒙思潮、活力四射的反正统思想与正统思想的角力；有佛、道、耶、回诸教的参与，也有经学的回归。
明弘治年间有“嘉鱼二李”，兄长承芳（生卒年不详）、弟弟承箕（1452—1505年）。李承箕强调从近处着手，我心之“理与气相与流通，无一息之间”，“不囿于一气之内”，从动静之几展开一条相当具有张力的从我心到天地之境的路径。李承箕是江门陈献章（白沙）先生的得意弟子，一生与陈献章保持着亦师亦友的关系。不同于陈献章之处在于，李承箕并不强调从虚静一跃至于圣人，这多少让他看起来像是一个沉溺于山林的才子隐士。他和陈献章所共同表现出来的诗人气质以及非学术化的倾向，实际使他们与宋明理学的学术传统若即若离。相较于李承箕，李承芳基于儒家传统理想，对现实有更强烈的批判，其中尤其集中在教育制度。他反对科举制度，提出“文章、政事非两途”，并且试图将“尊师”变成整个政治结构的基石，以教育改善、引导政治，晚年归隐讲学于嘉鱼黄公山。
明嘉靖万历年间在朝野活跃并相互纠结的有四位著名学者，都与湖北有关。他们是：何心隐（1517—1579年）、耿定向（1524—1596年）、张居正（1525—1583年）、李贽（1527—1602年）。何、李都曾客居湖北，有早期启蒙精神，神解卓特，惊世骇俗，都是了不起的思想家与哲学烈士。耿、张都是湖北人，都做朝官，思想相对保守。
何心隐，本名梁汝元，江西吉安人，放弃举业，狎侮地方学宫大佬，以《大学》之道办“聚和堂”管理家族之政，反对地方官施政措施而被下狱，曾助朋友平定白莲教，遭诬陷后为避缉拿而漂泊天下。他曾到过孝感、黄安聚徒讲学，传播平民化的泰州学派之真精神。他的著作叫《爨桐集》，如李贽把自己的书取名为《焚书》一样。何心隐提出“寡欲说”，反对“无欲”，肯定人的欲望，并把欲望纳入人性。他主张欲望“发而皆中节”就是寡欲，而不是欲望多而刻意减损为寡欲。他认为寡欲即尽性。他从民众的生活哲学的层面发展了儒家的性命之说。他是被湖广巡抚王之垣杀害的，因杖笞死于武昌狱中。关于他的死是否与张居正有关，则是一大公案，历史上众说纷纭，学界至今聚讼不已。黄宗羲说：“泰州之后，其人多能以赤手搏龙蛇，传至颜山农、何心隐一派，遂复非名教之所能羁络矣。”
耿定向，号楚侗，又号天台，麻城人，出身贫寒，嘉靖进士，官至户部尚书，为官廉洁。与其弟定理、定力，号称“三耿”。定向笃信王阳明的良知之学，与王门交游，自称是王艮的私淑弟子。他主张“以常知为学”、“以不容己为宗”。他早年厌烦理学的繁琐，晚年有见于心学泛滥，“崇虚耽无”，肆意发挥，又试图提倡程朱理学来诊治心学之流弊，用理学调和心学。他笃信通达百姓日用的“常知之学”，反对把圣贤的“费中隐”的道理故弄玄虚。晚年著《译异编》一书，主张以儒学融会佛学，主张用儒家的思想和语言“转佛书”，译其语言，使通中国。他认为佛教有其价值，但大可不必抛弃儒学的“大中至正之道”去遵从佛教。
张居正，号太岳，江陵人，当了十年内阁首辅，是万历前期实际执政者。他兼综王霸，并用恩威，以商的整肃、强盛，秦的威猛为致治理想，批评礼文过甚而导致的软弱、颓废，批评宋代的弊习。他主张王道与霸道、义与利的统一，肯定《尚书？洪范》为治国的大经大法，重视礼制，主持《大明集礼》的修订。他尊重王阳明，与王门后学交游甚广。他重视教育，特别是各级地方学校，但不喜聚众空谈，拉帮结派，后因种种原因导致万历七年下令毁天下私设书院。这是他一生最大的败笔。反对乃至禁锢民间自由讲学，堵塞了言路，阻碍了思想自由，为当权者镇压知识人铺平了道路。他对宋代的反思是片面的，宋代不杀士人，士大夫与皇帝共治天下，而他推崇明太祖朱元璋以降的专制主义。他与何心隐、耿定向都有来往，其亲其疏就不用多讲了。
李贽，字卓吾，福建泉州人，54岁辞官后从事著述与讲学，曾居黄安，又迁居麻城龙潭湖芝佛院。湖北是他的第二故乡，其主要著作《焚书》、《藏书》，是他客居麻城二十年间写成的，并在生前刋行于世。他的学术堂庑宽广，诸子百家与五教（儒、释、道、耶、回），无所不通，交游甚广，尤其因其先祖的关系，受伊斯兰教的影响较大。万历三十年（1602年），朝廷以“敢倡乱道，惑世诬民”的罪名逮捕了李贽，同年3月他在狱中自尽。李贽与颜山农、何心隐一样，都是“思想犯”。李贽的思想振聋发聩，强调独立思考，“不以孔子之是非为是非”，批判“假道学”。晚年主张“童心说”，强调“童心”即“真心”，批评专制主义的伦理说教。又主张“唯情论”，把“情”抬到本体的地位。他主张冲破礼教的束缚，追求爱情与幸福。他的婚恋观与妇女观，突破了当时的主流社会伦理。他主张“人皆有私”，提出了“正谊即为谋利”的义利观，又尊崇个性，反对奴性，追求平等自由。他的思想影响了明中叶直至近现代的诸多思想家、文学家与艺术家。
嘉万年间湖北还有一位大经学家，应城人陈士元（1516—1596年），字心叔。进士及第后，官滦州知州，颇有佳绩，因才见忌，辞官不仕，闭门著书四十余年。在易学研究方面，陈士元主张由“象数而通辞、由辞而通道”的研易理路，对《易》中之象进行了细致分梳和归类，肯扬《易》的卜筮功用，注重发明《易》中“阴阳消长、治乱存亡之几”和“中道”思想，其解《易》具有“比类明义，象理互通”、“以经注经，以史证经”的特点。他对五经在流布过程中所产生的异文进行了汇集和考订，对《论语》一书中的名物制度作了详细考释，对《孟子》一书所关涉的史实和所援引的诸经之文作了稽查和核准，研讨了《孟子》一书中具有争议的文辞，并征引诸种传世文献对《孟子》的逸文作了搜集和整理。陈士元的思想，早期深受湛甘泉之学的影响；但中年被罢官之后，其思想的重心逐渐由儒家之学而转向释道两家；至晚年，则较为明确地流露出会通三教的思想倾向。
此期间还有黄梅人瞿九思，嘉靖三十二年（1553年）进士，著《孔庙礼乐考》、《乐经以俟录》等，对孔庙礼乐的历史沿革、孔庙的建筑规制、乐舞的程式、配祀儒者的名单等进行了详尽的考释，提出了自己的一些独得之见，是关于孔庙祭祀礼乐的详备史书。
晚明的大经学家郝敬（1558—1639年），京山人。郝敬仕途坎坷，在浙江做过知县，在礼、户部做过给事中。47岁挂冠而去，筑园著书，不通宾客。他解经既不停留在对于经书自身的字句训诂考证上，也不是一味地发挥义理，而是基于对他所处时代思想界空谈道理、性命的深切忧虑，表现出强烈的批判性。与晚明时期其他学者相比，郝敬已开始积极主动地从经典中重新寻找宋明理学中所讨论的问题，如理气、心性、知行等问题的理解，并要求回到以重实践、重实事的原始的孔孟思想精神中去。如果用一句话概括他的这种思想，可谓是虚即实、上即下、体即用的一元论思想。这种思想在理气论中体现为理气无二、理在气中、理不遗事；在心性论中呈现为言心性不离才、情、形、色、习、端，不离人事日用；在知行论中表现为言知不离行，不离百姓日用。基于此，与其说郝敬是一位经学家，毋宁说是一位思想家，在事实上成为其后清初学术思想中的先导式人物。
清初学者胡承诺（1607—1681年），号石庄，竟陵（今天门）人，崇祯举人，入清隐居不仕，著作多种未能传世，现存《绎志》一书。胡氏提倡实学，要旨为“崇实”、“复礼”，与郝敬思想相呼应。他的“复性”之学，反对“蹈虚”、“捉空”，主张即事即物之“穷理”，主张回到周公、孔子。他肯定“切己”之学，强调“正”与“定见”。其“求道以实”之“实”，是身实、四端实、理实、动静实、五物实、万物实、万事实；道即吾身之全体，道又常存天地之间；故“求道者不可不从实”。他主张君子要下存理去欲之实功。他所谓“实学”，一是“事所当为”的价值理性与修身工夫之学，二是经世致用之学。
熊伯龙（1617—1669年），汉阳人，曾做过顺天学政、国子监祭酒、内阁学士兼礼部侍郎，乃清初政学界大人物。他精通字母反切之学，知西洋天文算法，又能译佛经。他的代表作是《无何集》。在此书中，他批判了“天人感应论”，批判仙升、轮回等释、道思想，也批判鬼神与方伎中的世俗迷信，主张“舍虚取实”。他是我国17世纪著名的无神论思想家，在一定程度上开启了重实证、专科学的思潮。
熊赐履（1635—1709年），字敬修，孝感人，康熙年间的理学名臣，曾任刑部、礼部、吏部尚书，东阁大学士。研程朱之学，尊朱子，辟阳明，对康熙帝提倡朱子学有重大影响。熊赐履强调道统正学，辟异端曲说，著作有《学统》、《闲道录》、《经义斋集》等。《学统》把历代学术史之人物，分为五层次：正统、翼统、附统、杂统、异统，崇孔、孟、程、朱，抑陆、王、释、道，在他的立场上辨正邪是非。他也批评训诂家危害圣道。他主张以“善”为本体，以“敬”为功夫，主敬明善，居敬穷理，下学上达。熊赐履对于满族政权走向稳定，重建中华民族文化认同，为在清代复兴理学，起了重要的作用。
晚清有万斛泉（1808—1904年）、黄嗣东（1846—1910年）二人。万氏乃武昌府兴国人（兴国在武昌东南，领大冶、通山），大儒，性理学家，一生鄙弃科举，授徒为生。龙启瑞督湖北学政，专门建汉阳崇正书院，聘万斛泉主讲，以后主黄州河东书院、武昌勺庭书院等。尊程朱，践履笃实，一生在书院讲学，以理学造士，名声很大，名学生甚多（如吴县吴大澂等），朝鲜名儒徐相默曾率徒专程拜访。黄嗣东，汉阳人，曾在陕西为官，设书院授徒。他编了一部大型的《道学渊源录》，凡一百卷，传主达千名。
晚近还有王葆心（1868—1944年），罗田人，两湖书院修业，学冠诸生，蜚声江汉。相继被钟祥博通、潜江传经、罗田义川、汉阳晴川等书院聘为院长，后任北京图书馆总纂、湖北国学馆馆长、武昌高等师范学校及武汉大学教授、湖北省通志馆馆长。在经学方面，他从小学考订入手，不着重繁琐的章句，而以贯通群经大义的主旨为主。著有《经学变迁史》一书，书中对历代经学源流条分缕析，极为渊博。在史学、诗学、文学、方志学方面，著书多种。
张之洞曾任湖北学政、湖广总督，兴办新学，其学术思想在新旧之间。关于张之洞，论者夥矣，兹不赘。
综观明初至清末的湖北儒学，深知湖北学人与来湖北的学人具有一定的开放性、对话性与务实性。明代湖北儒学复杂，王阳明及其后学（特别是泰州学派）、陈白沙与湛甘泉学俱兴，会通儒释道三教成为趋势。其间，早期启蒙思潮成为一大亮点。明后期与有清一代，学者们重视程朱，重视经学诠释，主张重新“回到孔孟”，强调践行，注重心性实学与修养功夫，是其时代与地域特性使然。由明至清，湖北学者重视讲学与事功，其总的趋向是由虚而返实。
（郭齐勇）