1626年5月30日上午9时左右，明代都城北京，天色皎洁，忽有声如吼，从城东北方渐至城西南角，同时有一特大火球在空中滚动。巨响声中，天空丝状、潮状的五色乱云横飞，有大而黑的蘑菇、灵芝状云，像柱子那样直竖于城西南角。刹那间天昏地暗，尘土、火光飞集，木材、石块、人体、禽尸像雨点那样从天空中降下。数万间屋，2万多人都被炸成粉状，瓦砾腾空而下，衣物远飞至昌平，死者皆裸体。正在紫禁城内施工的匠师们，从高大脚手架上被震了下来，2000人跌成“肉袋”。只见空中纷纷落下来人的尸体。
城西南的何家、潘家全被埋在土中。由于皇宫处在爆炸区边缘，使皇帝朱由校幸免于难。
据史书记载，大震猛发之时，天启皇帝正在乾清宫用早膳，他听到巨响，见乾清殿摇晃，慌忙跑出。一个太监扶他去交泰殿躲避，行至建极殿旁，有木槛、鸳瓦自空中坠下，这个太监脑顶被砸裂，只剩下朱由校一人奔入交泰殿，躲在房角大桌子下面。同时，乾清大殿严重损坏，侍奉皇帝进早膳的太监皆殉难，无人存活。
明朝天启皇帝的司礼太监刘若愚，是这次大灾难的目击者之一，在他所著的《明宫史》一书中，详尽地记述了这场巨大灾难：“天启六年（公元1626年）五月初六日辰时（注：上午7点到9点），忽大震一声，烈逾急霆，将大树二十余株尽拨出土，根或向上，而梢或向下；又有坑深数丈，烟云直上，亦如灵芝，滚向东北。自西安门一带皆飞落铁渣，如麸如米者，移时方止。自宣武门迤西，刑部街迤南，将近厂房屋，猝然倾倒，土木在上，而瓦在下。杀死有姓名者几千人，而阖户死及不知姓名者，又不知几千人也。凡坍平房屋，炉中之火皆灭。惟卖酒张四家两三间之木焚然，其余了无焚毁。凡列者肢体多不全，不论男女，尽皆箔裸体，未死者亦皆震褫其衣帽焉。”
此事最奇怪的是“死、伤者皆裸体”，为空前罕见的咄咄怪事，令明末清初的名人，学士大惑不解。例如：
有一人被压伤一腿，赤身露体倒在街边不能逃走。火光之中，过路的男女皆身无寸缕，一丝不挂，有一妇女边行边用瓦片遮挡下身。有的妇女用裹脚带子遮着下部，有的男女或披半条破裤，或披半块被单，几十个人大家相见啼笑皆非。
无宏寺街有女轿过路，炸声一响，轿顶被狂风掀去，轿内女客全身赤裸，只见她卷蛐蹲在轿内，竟然没有受伤。她自述，爆炸时黑雾浓烟，好像有谁故意将她的内衣、内裤、外衫、外裙皆脱去。
长班（官僚的侍从）在爆炸时，棕帽、衫裤、鞋袜一霎那间飞得无影无踪。
屯院内有个文书站在倒塌的瓦砾上，大喊：“喂，下面有人吗？”忽听下面有人细声：“快救救我！”众人喊：“你在哪里”？答道：“在这儿。”众人又问：“你是谁？”答道：“小二姐。”等到将她挖出来一看，哎呀！她竟然赤身裸体，一丝不挂，连裹脚的长布条也没有！惊得大家目瞪口呆。此时，文书慌忙脱下自己的长衫，将小二姐裹起来，让她骑一条驴回娘家养伤。
人们的衣服到哪里去了呢？有人发现西山有许多衣服，首饰之类。
灾变后，人心大乱，民间怨言很多，有些人上书要求皇上“反躬修省”。“万岁爷”万般无奈，下了一道“罪已诏”，将自己骂一通，并表示要亲自赴太庙恭敬地行慰问神偶的三牲大礼。他指示所有的“中外臣工”都要穿朴素的服装，务必竭力虔诚地“洗心办事”，“痛加反省”，以便期望王朝“长治久安，万事消弭”。当然这一套理论和行动，纯属自欺欺人，无稽之谈。
对于这次巨大灾变，明末清初的志、史书中多认为起因是“王恭厂灾”，意为皇家部队的火药库爆炸引起的。也有认为是地震引起的，究竟是不是呢？
王恭厂明中叶一度制造过火药。古代制造火药系为兵卒释放作为联络信号，部队战斗实力全靠大刀、长矛等“十八般”武器，并非靠炸弹。王恭厂，名不符实，只是几个老北京的“四合院”，驻有士兵，其规模都比不上现代中国乡、镇办的鞭炮厂大。即使是四合院内火药成堆，但中国古时的黑色炸药威力很小，就算全部点着，也不过将四合院以及周围的房屋烧光，焚为平地而已，决不会死伤数千数万人。特别是当时的司礼太监若愚明确记叙“王恭厂”是负责管营建的皇家部队后勤部。有钱、粮草、马匹是真的，也不排除有储备火药的库房，所以将都城灾变一起推给王恭厂爆炸是错误的。当然，王恭厂也在爆炸范围内，居住附近的百姓说王恭厂有铁砂纷纷飞散，但这是在“蘑菇”云、“灵芝”云落地之后，冲击波摧毁了小火药储蓄室必然的结果，绝非王恭厂失火引起的灾变。史、志各书如实记载这次灾变“不焚寸木”，“焚燎之迹全无”，也完全证明王恭厂是灾变的受害者，根本不是灾变的罪魁祸首！
罪魁祸首是谁呢？是地震吗？如今国家地震局、地震出版社皆可用史料、数据证明当时没有发生地震。
又有人认为，这个三百多年前发生之事的谜底与不明飞行物有关。而比较接近谜底的论证，要数三位美国科学家提出的，是一个由反物质组成的陨石，意外地闯入太阳系，才导致了这场灾难。