皇太极的统治还继续利用了八旗这个军政合一的组织。他使八旗通过变革越发充满生机：一是对满洲八旗不断补充新的成员，二是完善和扩大蒙古八旗、汉军八旗。努尔哈赤时的满洲被称为“佛满洲”，即旧满洲。皇太极对黑龙江等地多次用兵，带来大批少数民族加入满洲共同体，被称为“伊彻满洲”，即新满洲。皇太极把新满洲编入八旗。崇德五年一次就把征索伦俘获的新满洲壮丁并家小五千六百七十三人编为牛录，隶于八旗了。同时把征库尔喀俘获的新满洲壮丁四十二人补充了各旗披甲的缺额。满洲八旗之外，蒙古八旗早于汉军八旗建立。崇德年间汉军八旗发展最快。崇德二年，照满洲例，汉军分为两旗，四年扩大为四旗，每旗设牛录章京十八人，固山额真一人，梅勒章京二人，甲喇章京四人。但内部仍分正黄镶黄两旗、正白镶白两旗、正红镶红两旗、正蓝镶蓝两旗。崇德七年六月正式完成了汉军八旗的建制。皇太极说：“我国出则为兵，入则为民，耕战二事，未尝偏废。”这种扩大满洲八旗和建立蒙古八旗与汉军八旗措施，既增强了清朝的武装力量，也对满蒙汉的广大人民实行了深一层的控制。尤其是对夺取全中国统治权，皇太极创立的汉军八旗有重要意义。
坐镇指挥
皇太极是位杰出的军事家和统帅。他称帝之后，或亲自领兵，或坐镇指挥，其军事活动，是他帝业的重要组成部分。这时他亲自领兵打的第一个大仗是征朝鲜。自从十年前后金与朝鲜结为兄弟以来，朝鲜仍与明朝藕断丝连，对后金要求政治上尊重，经济上开市贸易，军事上借兵等都寻找借口不肯应允。皇太极每有胜利，都不厌其烦地告诉朝鲜，极力想把朝鲜从明朝一边拉过来，但收效甚微。皇太极登帝位的典礼上，最令人扫兴的是朝鲜使臣不拜，这使皇太极非常恼怒，促成了征伐朝鲜战争的爆发。
崇德元年十一月十九日，皇太极以“朝鲜败盟逆命”为由，决定发兵讨伐。十二月一日，大兵会于盛京（今沈阳），部署了济尔哈朗留守盛京，阿济格驻牛庄，阿巴泰驻噶海城。第二天征朝鲜的大兵出发，代善、多尔衮、多铎、岳托、豪格、杜度等随征。全军分左右两翼，右翼由往东京（辽阳）大路，至浑河岸排列，左翼由往抚顺大路排列。上午十时，皇太极大驾起行。朝鲜国王李倧预料“朝夕被兵”，寄希望于明朝支援，实际落空了。清军于十二月十日渡鸭绿江，十三日抵安洲，来势凶猛。李倧召大臣问：“寇已深矣，将如之何？”大臣有的主张抵抗，有的提出逃走。李倧举棋不定。听说清军已过松都，只得奔向四十里外的南汉山城。朝鲜京城哭声震天，南汉山城也被清军包围了。三十日清军入朝鲜京城。第二年正月初四日，清军北渡汉江，距王京二十里驻营。初七日，清军战胜朝鲜全罗、忠清两道援军，但是66岁的额驸扬古利被朝鲜一败卒击中身亡。李倧“势穷情迫”，称臣请罪。皇太极要求严惩朝鲜挑起衅端的大臣，同时造船发兵攻入江华岛，获朝鲜王妃、王子及阁臣等人。二十八日，李倧献出两祸首。同一天，皇太极提出：必须去掉明国年号，断绝与明交往，献出明国所与诰命册印；国王亲自来谒，以长子并另一子为质，诸大臣也以子弟为质，将来立其质子为嗣；从今以后一应文移，奉大清国正朔，所有节日俱行贡献之礼，使臣往来均遵照明国旧例；有事征伐明国，调兵数目、日期，一切不误，并当即备齐鸟枪、弓箭手及兵船五十艘，助攻皮岛；大军撤还时，欢送，俘获之人逃回执送本主；以后每年进贡一次，黄金百两，白银千两及皮张纸席等物均有定数。三十日，李倧亲至皇太极面前伏地请罪。举行受降仪式后，当即留下其长子及次子为质，其余被俘妻子家口二百余人遣送还京。二月初二日，皇太极自朝鲜班师。从此清朝代替明朝把朝鲜变成了藩属。朝鲜对清朝由以前的兄弟之称，更执藩臣之礼。不久阿济格领兵攻克皮岛，斩明将沈世魁等，彻底解除了清朝攻向关内的后顾之忧。
皇太极对明朝的军事行动仍因山海关的阻隔，分成为入口之战和关外之战。崇德年间一共发动了三次入口之战，每次作战都分出一部分兵力在关外，以为牵制。崇德元年五月皇太极派阿济格等领兵出战，六月二十七日分路入边，相会于延庆州，这是第一次入口之战。此战于九月八日阿济格奏捷，其军直入长城，过保定，至安州，克十二城，凡五十六战皆捷，俘人畜十七万九千八百二十，生擒总兵巢丕昌。明兵部尚书张凤翼、总督梁廷栋拥兵不敢出击，清军得以饱掠而归。崇德三年八九月，清朝发动第二次入口之战，派多尔衮为奉命大将军，岳托为扬武大将军，分统左右翼伐明。皇太极亲自领兵向山海关做牵制。岳托自密云东北墙子岭口毁墙而入，多尔衮自董家口东山关西墙缺处入，这是一次关内的大规模军事行动。崇德四年三月多尔衮奏报，两翼兵会于通州河西，由北边过燕京，自涿州分八道南下，京西千里之内六府俱被蹂躏，至山西界而还。复至临清州，渡运河，攻破山东济南府，克城败敌，俘人口二十五万余。右翼杜度奏报其军从燕京西至山西，南至山东，克城败敌，俘人口二十万四千余。两翼俱从迁安回，出青山关，四月凯旋。清军最大的损失是扬威大将军岳托死于军中。但是明朝损失更大，著名的抗清人物孙承宗、卢象升皆战死。原来明朝的兵部尚韦杨嗣昌主张对清媾和，还说清军不会南下，他们没有火器，等等，实际完全不是那么一回事。崇祯皇帝不但宣布了京师戒严，而且非常忧虑，以致在农民军和清军都攻上来的时候，宁肯暂时放松对农民军的围剿，而把主要力量调到抗清战场上。
清军第三次入口前，明清在松锦一带展开了萨尔浒之战以后的第二次大决战。明朝看出了只有在东北战场上打败清军才能阻止他们发动关内外的一切进攻。而皇太极更清楚，只有从山海关进攻北京，才能灭亡明朝，或建立如辽、金、元那样的国家。所以在松锦有这样一场大决战并非偶然。自从大凌河之战以后，祖大寿回到明朝就驻守在锦州。吴三桂是大寿之甥，时为副将。祖、吴在辽东拥有强大实力，是明朝倚重的军事集团。清军打不败他，皇太极就用高官厚禄拉拢他的子孙。崇德三年为配合清军入口之战，皇太极亲自领兵攻向宁远、锦州，祖大寿在中后所，打败多铎的军队。皇太极到中后所，要求祖大寿来见，被拒绝。第二年皇太极又领兵围攻松山，旁及连山、塔山、杏山，崇祯召祖大寿救援，皇太极却要他来投降，也没有成功。祖大寿坚守锦州，清军屡攻不克。从崇德六年起，济尔哈朗开始令诸军包围锦州。前此因清军威胁，明朝已调洪承畴入卫京师，正式任命洪承畴为兵部尚书兼副都御史总督蓟辽军务，这是准备决战的重要一步。洪氏十月出山海关，调集曹变蛟、王廷臣、白广恩、马科、吴三桂、杨国柱、王朴、唐通八总兵，十三万军队，东来决战。当时祖大寿驻锦州，以松山、杏山、塔山三城为掎角。
崇德五年三月清兵修义州城。过去清军分出一部分入关，现在全力用于松锦决战。特别是明兵的增援，促使清朝不但把孔、耿、尚的军队调来助围锦州，汉军固山额真石廷柱甚至认为“明必与我并力一战”，我军换防都不必换了。崇德六年八月，皇太极见形势危急，事关重大，亲自领兵进战，不顾鼻子出血，十五日起程，三日后方止。有人建议“徐行”，皇太极说：“朕如有翼可飞，当即飞去，何可徐行也？”经过六天急行军到了松山。皇太极亲征，大大鼓舞了清军的士气。他部署清军自乌忻河南至海，横截大路，绵亘驻营。再在高桥设伏，围追堵截，处处有备。明兵虽号称十三万，能战者只有白、马、吴三总兵所部。洪承畴不愿急战，但崇祯及兵部尚书陈新甲、职方郎中张若麒等皆轻躁促战，洪氏被迫进兵，初获小胜。皇太极采取大包围的攻势，挖深濠困住了明军，洪承畴正欲决一胜负，而诸将以无饷，议回宁远取粮。洪承畴看出：“战亦死，不战亦死；若战，或可冀幸万一。”但部将各怀异志。还没等下令打，王朴已畏敌先逃，于是各帅争驰，败如山倒。逃兵半路被清军伏击、追击，明十三万兵，被斩就有五万。只有曹变蛟、王廷臣突围入松山城，洪承畴与巡抚邱民仰在松山坚守。松山城内兵不过万，外失救援，孤立绝望。洪承畴几次欲突围而出，皆失败。到第二年正月，副将夏承德以其子夏舒为质，密约清军为内应，二月十八日清军入松山，生擒洪承畴。三月初八日，锦州城内的祖大寿也以孤立无援被围一年后投降。四月，清军又攻克塔山、杏山，并毁二城。至此，松锦决战以清军胜利告终。经过松锦决战，明朝军队精锐伤亡殆尽。清朝人说，萨尔浒之战是“王基开”，而松锦之战是“帝业定”。皇太极为大清奠定了一代基业。
沈阳辞世
皇太极在50岁时，因心爱的宸妃之死，身体立刻变得虚弱了。皇太极一生娶了十五位妻子，而他最喜欢的是天聪八年娶的博尔济吉特氏，崇德元年封她为关雎宫宸妃。这位妻子贤淑文静，皇太极和她颇恩爱。婚后曾生一子，皇太极高兴至极，为此发布了大清第一道大赦令。这个儿子二岁而殇。崇德六年九月，皇太极正在松锦前线，忽听宸妃病危，急忙赶回盛京，到时宸妃已死。皇太极悲不自胜。从此这位身体一直健壮的大清帝忽而昏迷，忽而减食，常常“圣躬违和”。当年十月初二日，他对诸王及他们的妻子儿女说：“山峻则崩，木高则折，年富则衰，此乃天特贻朕以忧也。”这流露出皇太极已为他年老体衰而不安了。崇德六年以后，皇太极因身体不好，曾发布过大赦令，也减少了处理日常事务的负担，甚至做过祈祷。公元1643年8月9日，劳累一生的皇太极最终因病在沈阳清宁宫与世长辞，享年52岁。后葬于昭陵，即今沈阳北陵。庙号太宗，谥为文皇帝。
多尔衮
多尔衮（1612年~1651年），清太祖努尔哈赤的第十四子，他是杰出的军事家、政治家。公元1626年受封贝勒，后因战功晋封睿亲王。在清朝开国过程中，他拥戴皇太极完成大业。多尔衮摄政时期，清军入关，清朝入主中原，对清朝开始在中国近300年的统治起了决定性的作用。其母为大妃乌拉那拉氏，同母兄阿济格，弟多铎。皇太极死后，顺治帝年仅六岁。他作为摄政王，实际上是当时中国的最高统治者，也是入关后清政权的真正缔造者和完成统一中国大业的杰出奠基人。
战功显赫
公元1626年，努尔哈赤死于沈阳附近的瑷鸡堡，多尔衮的生母被逼殉葬。接着，努尔哈赤的第八子皇太极即位，即清太宗。当时多尔衮年仅15岁，被封为贝勒（贵族封爵）。因按年龄序列第九，故称九贝勒或九王。
公元1628年2月，17岁的多尔衮随同皇太极进军蒙古察哈尔多罗特部，获敖穆楞大捷，因其作战英勇有功，深得皇太极赏识，被赐予美号墨尔根戴青，意为聪明王。从此，聪慧多智、谋略过人的多尔衮，逐渐成为后金军的主要统帅之一。多尔衮几乎是每战必出征，而且每次都表现得无比英勇。公元1629年，他随皇太极自龙井关进入明朝边境，进入通州，直逼明朝首都北京城下，在广渠门外打败明朝的援兵。天聪五年（1631年），又随皇太极在辽西进攻明朝。大凌河之战，他亲自冲锋陷阵，直抵大凌河城下。城上炮火猛烈，后金军有许多人员伤亡。事后，皇太极责备他的部下不加劝阻，说：“墨尔根戴青亦冲锋而入，倘有疏虞，必将你等加以严刑，断不宽容。”攻锦州时，他又一马当先。祖大寿从锦州城头向南发炮，洪承畴军由南向北发炮，多尔衮被夹击当中，几乎被击毙。后来祖大寿投降，多尔衮向他谈到当时的危险情形，祖大寿惶恐不安地说：“果有此事？如彼时炮中王马，为之奈何？”多尔衮则坦然说：“彼时两仇相敌，唯恐不中，大寿言不由衷，诚为可笑！”由于多尔衮在军事、政治上已经成熟和可以信赖，在天聪五年皇太极设立六部时，命他掌吏部事，更全面地参与军政大事。
多尔衮不负皇太极的厚望。公元1633年6月，皇太极与诸贝勒、大臣探讨进一步兴国的大计，询问他们征讨明朝及察哈尔、朝鲜这几个地方应该先以哪个为首。多尔衮以锐敏的目光，直抒了他的战略思想。他从夺取全中国的目标出发，力主以征明为先。他说：“宜整兵马，乘谷熟时，入边围燕京，截其援兵，毁其屯堡，为久驻计，可坐待其敝。”这种深入内地、蹂躏明朝土地人民、消耗明朝国力、然后再与之决战的战略，深得皇太极的赞同。以后的几次战争，基本上都是照着这个方针行事的。天聪八年（1634年）五月，多尔衮随从皇太极征讨明朝，攻克保安和朔州。第二年，在招抚蒙古察哈尔的归途中，多尔衮自山西平鲁卫侵入明边。在山西、宣大一带，又捣毁了明朝的宁武关，骚略了代州、忻州、崞县、黑峰口及应州等地，俘获人畜七万余。公元1638年，多尔衮任职大将军，将左翼，岳托将右翼，自董家口等地摧毁明朝的边墙进入，越过明都至涿州，分兵八路，西掠至山西，南到保定，击破明朝总督卢象升。又南下临清，渡运河，破济南。北还时复掠天津、迁安等地，出青山关而还。此役，纵横豕突数千里，蹂躏城池四十余座，掳掠人口二十五万有余，夺取财物更是不计其数，给明朝以沉重的打击，但也给山西、河北、山东人民带来了巨大的灾难。明人夏允彝记述这次事件的影响说：“所至屠掠一空，祸为至剧。国力耗竭，而事不可为矣。”而多尔衮则因为此役，被皇太极赐马五匹，银二万两。对察哈尔和朝鲜，多尔衮全力贯彻皇太极“慑之以兵，怀之以德”的方针，使统一全国的后顾之忧得以早日解决。
早先，当后金征服与招抚蒙古各部时，强大的察哈尔部在雄主林丹汗的率领下，不肯降服，始终采取与后金对抗、周旋的态度。察哈尔部虽然不和后金明着作战，但终究是后金南下伐明的一大后患。公元1634年，林丹汗死于青海打草滩。皇太极以此为契机，于次年二月命多尔衮偕岳托等将领，率精兵万人，以强大的武力做后盾，去招抚察哈尔部众。此次进军，政治目的明确，秋毫不犯，进展颇为顺利。先在西喇朱尔格地方，招降了林丹汗之妻囊囊太后。四月二十八日，就抵达林丹汗之子额尔克孔果尔额哲驻地托里图，多尔衮令已降的额哲的舅舅南楮前去劝降。额哲在父亲新死、兵临城下的情况下，只好率部投降。八月，多尔衮率师凯旋。林丹汗曾得元朝的传国五玺“制诰之宝”，这时，多尔衮使额哲呈献给皇太极。因为元朝的这方玉玺象征“一统万年之瑞”，皇太极十分高兴。第二年（1636年）便改国号为清，改年号为崇德。多尔衮同时被晋封为和硕睿亲王，更加受到重用。