忽必烈的政府还通过改善运输系统帮助贸易和商人。把大运河延长到中国北部的蒙古首都和修建道路是两个显著的成就。马可·波罗对这些道路的印象极深并且写道：“忽必烈指示在道路两边每隔三步远种上树……大汗下令这样做是使每个人都能看见道路，从而商人可以在树荫下面休息，并且不会迷失方向。”交通上最显著的成就是驿站系统。至少从汉朝起中国就有驿传和驿马，但是蒙古统治者大规模地扩大了该系统。驿站的设置是为发送和传递官方邮件，但是旅行的官员、军人和国宾也可使用它。驿站还帮助运输国内外贡品，便利贸易。它并不是商人的旅店，不过商人照样可以利用它，并且是国内外贸易网络中的重要环节。在忽必烈统治的后期，中国有1400个驿站，共配备5万匹马、1400头牛、6700匹骡、4000辆货车、近6000条船、200多条狗和1150只羊。任何地方相隔15里到40英里都有一座驿站，服务员在驿站工作，以完成他们徭役中的一部分。在紧急情况下，骑马的信使可以以每天250英里的速度传送重要消息。这是13世纪一种有效的邮政服务，尽管受到官员、商人、随员的滥用，驿站有效地运行，这是包括马可·波罗在内的大量外国旅行者证实的事实。
所有这些进展都表明忽必烈对商人的关心以及在鼓励贸易上的努力。很多事实表明，在忽必烈统治期间，蒙古人的确是成功的，商业蒸蒸日上。例如，马可·波罗写到：“我相信世界上没有别的地方能聚集这么多的商人，并且比世界上的任何一个城市里的更贵重、更有用和更奇特的商品都汇集到这个城市里。”
其他一些行业阶层在忽必烈的统治下比在别的汉族皇帝的统治下过得更好。医生是从蒙古统治中获益的这样一个集团。作为一个实用主义者，忽必烈重视医学并且给医生较高的社会地位。他在开平和中国北部建立以回回医生为主的广惠司的分支机构为宫廷服务。蒙古官员咨访回回医生，翰林院增添了36卷回回医学药方。
忽必烈还设立太医院，其任务是规定挑选医学教员的标准，监督对医生的训练以及医学教科书的准备，编制医生的资格考试并且负责所有的医生和药物。它剔除不胜任的医生并且确保未通过考试的候选者不得从医。如李约瑟指出的那样，“存在着普遍地提高医生医术的步骤”。在这种努力下，朝廷在首都建立了四个回回药物院，所有这些学校都受到波斯医生治疗方法的影响。
这些努力富有成果，被医学吸引的优秀人才要比以前各朝代所吸引的都多。朝廷不轻视医生职业，优秀人才把这个职业看成是有用的和有利的，因为通过病人可以接触权贵并且医生的工作符合儒学对正直和利他的强调。医生经常被免除徭役，这是选择医学职业的另一个原因。
忽必烈还重视科学家并且努力促进他们的工作。他向他们提供财政支持并且试图提高他们在汉人社会中的地位。听说波斯人取得大量的科学发现之后，他邀请天文学家札马剌丁到中国说明这些发明。札马剌丁1267年到达宫廷时带来日晷仪、星盘、地球仪、天球仪，以及一种新的、更准确的中国人称为万年历的历法。四年之后，忽必烈建立回回司天监招募和吸引波斯和阿拉伯天文学家到他的宫廷来。后来汉人天文学家郭守敬利用波斯曲线和计算推导出另一种历法《授时历》，这种历法略作修改后到整个明代还在使用。在忽必烈的保护下，地理考察和地图绘制蒸蒸日上。阿拉伯和波斯的旅行家和商人带来有关亚洲和欧洲的信息，从而“活跃的中国地理学把来源于阿拉伯的非中国世界的数据结合进来”。教士和艺术家是另外两个得到忽必烈偏爱的群体，在后面对宗教及艺术的讨论中将更清楚地表明忽必烈对他们的态度。
总之，对于那些在中国历朝未得到很好对待的职业阶层，忽必烈努力排除对他们的歧视。手工业者、医生和科学家获得更多的利益并且得到朝廷更多的关心，因为忽必烈显然希望在统治中国上得到他们的支持。他还保证不剥削农民，并且实际上鼓励了农业的发展。受到蒙古人损害的主要阶层是地主精英，从这个阶层中涌现出大量的士大夫统治阶级，忽必烈和蒙古人作为国家的统治者取代了他们。废止科举制度之后，汉人精英只有很少的选择。一些人顺从了，并为蒙古人服务；一些人放弃公共生活成为隐居者或者把兴趣转向艺术；还有一些人不满蒙古人的统治，形成潜在的破坏力量。汉人精英感觉到他们是排除在蒙古人给予利益的阶级和职业之外的主要群体。但忽必烈和宫廷试图通过保留某些政府机构，如翰林院、国子学、集贤院及国史馆来安抚他们，在这些机构中任职的人以士大夫为主。
军队是另一个需要确定它和朝廷关系的群体。忽必烈主要关心的是不使蒙古人对军队的控制受到危害，他所建立的组织及制度反映着这个目的。1263年，他重建枢密院以监督卫军、怯薛（蒙古大汗的侍卫军）和万户（即“万户之长”）。这些单位主要由蒙古骑兵和以汉人为主的步兵组成。所有的蒙古成年男性有义务被征募，某些汉人家庭则被指定为世袭的军户。对他们豁免施加在普通百姓上的一半赋税。但是，反过来，他们需要支付自己的费用，有时这也是一项沉重的经济负担。这些负担，加上军官对资金的侵吞勒索，最终导致士兵逃亡和武装力量的衰落。但是，一直到忽必烈去世之后，这些问题还没有引起很大麻烦。
使人更为焦虑的是汉人军队的征募。忽必烈不能仅仅依赖汉人，他需要用蒙古军队去制约他们。因此他使用蒙古怯薛作为自己和宫廷的侍卫军。同样，在沿着边界部署驻军时，他感到需要保持军队中蒙古人的优势。
忽必烈还认识到蒙古人对军事供应和军事设施的控制是必不可少的。例如，朝廷禁止汉人买卖竹子，因为竹子可用于弓箭；竹子由朝廷专卖。忽必烈还力求保证朝廷得到可靠的战马供应。随着蒙古人开始在中国转向定居生活，在得到马匹上他们面临着和汉人一样的问题。为了提供政府所需的马匹，忽必烈命令汉人臣民拥有的每100匹马中要上交给朝廷一匹马。他还保留买马的权利，强制马主按官价卖马。企图隐藏马或者私下卖马的汉人家庭会受到严厉的惩罚。称为太仆寺的政府机构照管马匹并且管理集中在漠北、中国北部和西北部以及高丽的牧场。尽管史料间或提及走私马匹和别的欺骗行为，但在忽必烈统治期间，朝廷仍能得到足够数量的马。
朝廷关心的另一项事情是制定用于它的疆域里的法规。蒙古人的传统的法律“札撒”缺乏统治定居文明所需的复杂性；相反，它只反映游牧社会的价值观，不适用于统一后的中国。在夺取权力期间，忽必烈保留了金朝女真人的法律。但在1262年他命令他最信任和最有影响的两位幕僚姚枢和史天泽制定一部更适用于他的汉人臣民的新法律。从1271年开始执行这些法律，不过蒙古的法律、惯例和习惯还影响着新的法律。
在法律上蒙古人明显地比汉人优待。死罪的种类为135种，要比宋朝法典中规定的数量少一半还多。按照蒙古惯例，通过向政府上缴一定的赎金，犯罪者可以免遭惩罚。忽必烈可以发布大赦，而且他的确这样做了，甚至对反叛或政敌都予以大赦。为了避免滥用被告的权利，行省和中央政府的官员对地方司法裁决的重罪进行日常的审核。因为缺乏对法律执行情况的详细研究，很难辨别这些法令上的改革是否转化成比以前的中原王朝更为宽容和灵活的系统。然而该法律中体现的忽必烈及蒙古人所支持的法律思想看来的确不如以前的汉人法律那么严厉。
建都大都
忽必烈给他的汉人臣民的最明确的信号是把首都从漠北迁到中国北方。在他的幕僚刘秉忠的帮助下，他接受把首都从和林迁到大都（今北京）的想法。1266年，他下令建造汉人称为大都而突厥人称为汗八里的城市。蒙古人直接从汉语翻译，称它为大都。尽管回回人监督这项工程并且有大量外国工匠参与建设，在概念上和风格上这座城还是中国式的。因为忽必烈希望大都作为他努力吸引传统的汉人儒士的象征，设计者遵循了中国模式。但是，他选择了一个不落俗套的地点建设首都，和以前的大部分位于黄河或其支流附近的中国首都不同，大都位于中国北部边境附近。
忽必烈选择这个曾是辽、金首都的地点，一是因为他领悟到他的帝国不仅仅只包括中原，二是他希望保持对他的蒙古故乡的控制。这个在中国北部的行政中心将向他提供一个监控地点并向他提供确保他对故园权威的基地。大都的主要欠缺是谷物储备不足。为弥补这个缺点，忽必烈从中国南方运来大量的粮食，最终还将大运河延长到首都。
建筑师也黑迭儿和他的助手把大都建筑成典型的中国式的首都，但又带有一些蒙古格调，城市呈矩形，围在用土夯实的城墙之中。在它的外城墙之内是两道内城墙包围的皇城及忽必烈的住所和宫殿，百姓不得进入。城市按东西轴和南北轴对称地布局，宽阔的街道从11座入城的城门按几何图形延伸。街道足够宽阔，以至“九轨可并驰”。在所有的城门处，三层高的城楼用以警告对城市即将来临的威胁和危险。紫禁城里的所有建筑，包括皇帝自己以及后妃的住所、接见外国使者的大殿，以及湖、花园和桥都明显地和典型的中国式的首都相同。然而，在一些建筑物中蒙古装饰是明显的。在忽必烈就寝的帐篷里挂着貂皮帐帘，这是他念念不忘蒙古人的狩猎生活象征。在宫里的花园中设立蒙古风格的帐篷，忽必烈的儿子们经常居住在帐篷里而不是住在宫殿里。当忽必烈的后妃们临产时，她们就被移到帐篷中分娩。忽必烈从蒙古草原为他的宫殿台基带来青草和泥土，这样他自己和他的蒙古伙伴就不会忘记他们的传统。但是，最大的影响仍是汉人的。
汉族对城市建设的影响也许最清楚地表现在忽必烈下令在宫殿附近建造的庙宇。太庙的建设表明他想取悦儒家精英的愿望。汉人极为重视对祖宗的崇敬，建造太庙表示忽必烈想保持有关敬仰祖宗的礼仪。忽必烈还为他的八位包括成吉思汗、窝阔台和蒙哥在内的先王建造牌位。毫无疑问相同的动机促使他在都城建立地坛和社稷坛。1271年，他下令按汉人方式每年在这些祭坛进行祭祀，以便在神的保佑下确保丰收。他甚至建造孔庙，在那里宫廷官员向这位中国圣人祭奠并进行一年一度的仪式。忽必烈很少参加这些典礼，仅仅派汉人幕僚代表自己。
1274年阴历一月忽必烈首次在他的新首都主持朝会。随着大都成为更具汉人风格的都城，忽必烈原来的夏都开平或上都，即塞缪尔·泰勒·柯尔律治诗中的行宫（英国诗人，1772年~1834年，《忽必烈汗》是他的著名诗作），变成别的用途。上都成为继续举行蒙古人萨满教仪式的主要地点，元一代这些仪式一直在这里举行。上都不再是真正的首都，而越来越多地作为忽必烈的夏天休息场所和猎场，此地是他赖以保持和重申他与传统的蒙古事务息息相关的纽带。上都没有那么多的政府机构，从这一点上看，上都的蒙古风格更浓，而汉族影响较小。所以这为蒙古大汗提供了良好的宽松氛围，使他从中国皇帝必须承受的压抑的生活方式中摆脱出来。
忽必烈还在国内宗教政策方面尽力迎合他的中原臣民。尽管他自己继续出席蒙古萨满教的仪式，他母亲的培养已使他牢记对新征服地的主要宗教提供庇护及支持的政治重要性。13世纪60年代忽必烈需要同支持他统治中国的各派宗教发展关系，从而确保蒙古对这个国家的控制。即使在他僭取中国皇帝的名分之前，他已经试图吸引汉地宗教的上层人物，但是现在这种努力更为重要和迫切。
首先，忽必烈力图与儒家保持良好关系。在开始建设大都的1267年，他下令建造太庙并且制作祭奠祖先所需的祖宗牌位。而且他选定了国家的历法，这是农业社会统治者必不可少的工作。他的王朝名称的选择对于儒士将是一个最重要的信号，采纳富有汉地象征的汉语名称将表示忽必烈希望和中国某些传统融为一体。1271年，在刘秉忠的建议下忽必烈从《易经》中选择了“大元”作为国名。元的涵义是“乾元——天地万物的起源”或者“原始力”，但最重要的是，新朝代的名号直接出自汉族传统经典著作。
同一年，忽必烈在朝廷中重新实行传统的儒家礼仪以及伴随礼仪的乐舞。如果朝廷想防止导致洪水、干旱或地震的自然灾害，采用相应的礼仪是必不可少的。忽必烈不仅命令重新引入这些礼仪并且让他的儒家幕僚们教授200余名挑选出来的蒙古人演习朝仪，这是他希望迎合汉人的另一种表示。
从忽必烈为最终被指定为继承人的次子所规定的训练和教育中，可以进一步看到他对儒教和汉人价值观的敏感。在佛教僧人海云和尚的帮助下，他为儿子取了一个汉文佛教名字真金。为了使真金接受第一流的汉式教育，他指定姚枢、窦默和王恂——他的最好的儒家幕僚中的三人作为这位年轻人的老师。这些学者向真金讲授汉人经典著作，并向他介绍阐述早期中国各朝代皇帝及大臣的政治观点的文献。
忽必烈还让他年轻的儿子接触中国领土上的其他宗教信仰。这样真金接受佛教喇嘛八思巴的传授，八思巴为他的年轻学生写了一篇题为《彰所知论》的短文，向他说明佛教。一位重要的道教大师向他介绍这门神秘的宗教。忽必烈为汉人对真金的信任不断增加而高兴，所以授予他的儿子更多的责任，并且不断地提升他。1273年达到顶点，指定真金为明确的皇太子。忽必烈这样指定自己的继承者，完全打破了蒙古习惯，因为这样做抛开了正常的选举过程，所遵循的是传统中原王朝的普通做法。