明朝方面，此场战役之后原先对海禁政策采强硬态度的福建巡抚邹维琏遭到撤职，继任者对于海禁政策以及郑芝龙等人无力约束采取放任态度，虽然明朝宣称胜利，但东南海权自此落入郑芝龙一人手中。
这场战役，对荷兰来说可以说是虽败犹胜。因为他们的贸易要求从郑芝龙那里得到了满足。郑芝龙在战后对荷兰方面的善意回应使得荷兰放弃与刘香等人的合作，转回与郑芝龙合作的贸易模式。荷兰在此战役后得到了郑芝龙方面稳定供货保证，达到了原先设定的作战目标。自此之后东印度公司与中国（郑芝龙）方面维持稳定的贸易行为，直到明朝灭亡为止。
在17世纪的远东水域完全变成了由中国海商一家说了算的天下。
福建巡抚邹维琏在奏捷书中称：“此一举也，生擒夷酋一伪王、夷党数头目，烧沉夷众数千计，生擒夷众118名，戫斩夷级20颗，烧夷甲板巨舰5只，夺夷甲板巨舰1只，击破夷贼小舟50余只……闽粤自有红夷以来，数十年间，此举创闻。”而史书记载“从此海氛颇息，通贩洋货，内客外商，皆用郑氏旗号，无儆无虞，商贾有20倍之利。芝龙尽以海利交通朝贵…… ”
崇祯八年即1635年，郑芝龙在广东田尾洋击溃刘香海上武装集团，刘香自尽。
崇祯十二年（1639年）6月，荷兰将领郎必即里哥率数艘夹板船进犯福建、浙江沿海。郑芝龙的舰队在湄州岛外海域与荷兰舰队相遇。郑芝龙针对荷兰战舰的特点，采取火攻的办法，大败荷兰人。
至此，晚明时期几乎整个远东水域——澳门、马尼拉、厦门，日本各港口之间所有的商船都悬挂着郑氏令旗。荷兰人屈服了，他们放弃了垄断中国海上贸易的企图，转而承认郑芝龙的海上霸权秩序。
上面我们屡屡提到刘香，刘香又是什么人呢？刘香是漳州海澄人氏，与颜思齐、陈衷纪等人是同乡。他精通水性，极为骁悍。最早的时候，他勾结当地一些亡命之徒，驾小船出入金门附近的水域，专门打劫商船。刘香的势力最庞大的时候，拥有一支数千人的海盗军队，百余艘船只，并且敢于公然和政府军对抗。
郑芝龙与日本也是纠葛不断。前面我们知道郑芝龙因为图谋推翻日本政府而逃离日本，逃离时他只身离开，妻子和儿子郑成功都留在了日本。功成名就之后的郑芝龙想起了在日本的儿子和妻子。然而当时正是日本海禁时期，日本政府规定，任何人不得出海，不得擅自离开日本本土。
郑芝龙在这里先碰了一鼻子灰。勃然大怒的郑芝龙也许是考虑到自己的政府官员身份以及海上到处的仇敌，强捺怒火，他决定对幕府软硬兼施。几个月后，他的另一个同族兄弟郑芝鹗率60名壮士携武器抵达平户。他们与日方交涉，要求日方立即遣回田川氏与福松母子俩。
郑芝鹗拜访了幕府将军。最后，不知是迫于武力还是贿赂起了作用，幕府决定，先将7岁的福松由郑芝鹗带回中国。
却说郑芝龙被招安时明王朝已经气数将尽，不久就灭亡了。清军入关后，见郑芝龙实力不小，就以高官厚禄招降。郑芝龙与弟弟郑鸿逵、郑芝豹和儿子郑成功共议，郑成功力谏不从，哭送父亲离去接受招安。
郑芝龙到福州见清征南大将军博洛贝勒，初见时相谈甚欢，谁料到了半夜，清军忽然拔营，郑芝龙被挟北上，此后十几年一直被看管于北京城内。顺治十八年（公元1661年），郑成功北伐失利，困守金门、厦门，最后决定东取台湾。4月21日，征台大军从料罗湾出发，5月占领赤崁，在台湾有了立足点。清政府原来欲以郑芝龙为人质，引诱郑成功投降，此时见此计不成，便于这一年11月初秋之时，将郑芝龙连同他的儿子郑世恩、郑世荫、郑世袭等十余人斩首于北京，结束了这位开台人物传奇性的一生。
纵观郑芝龙的一生，他的历史意义不在于他成为最大的海商海盗集团的头目，而在于他设法取得朝廷的招抚，使海商海盗集团合法化，统合内陆政权与海上民间势力，遏制西方扩张，重建远东水域的中国霸权。
郑芝龙的舰队，是从郑和组建西洋舰队200年来中国最强大的海上力量。在世界进入大航海时代后，这也是一支太平洋西部海域无人可以匹敌的势力。但是郑芝龙身上带有很明显的中国特点，在数千年的传统观念中，中国之外的土地，都只是蛮夷地带，这些海外的广阔土地，根本不值得去占领，当西方国家不断地向海外扩张之时，郑芝龙却反其道而行，将目光又返回中国国内。如果历史可以假设一番，郑芝龙将势力向南扩张，与荷兰人、葡萄牙人、西班牙人争夺南洋的控制权，那么凭借他的力量，中国人的历史或许将被改写。
刘香
刘香又称刘香老，漳州海澄人，与颜思齐、陈衷纪等人是同乡。他精通水性，极为骁悍。最早的时候，他勾结当地一些亡命之徒，“聚众数千，有船大小百余号”，驾小船出入金门附近的水域，专门打劫商船，杀伤官军。刘香的势力最庞大的时候，拥有一支数千人的海盗军队，百余艘船只，横行粤东碣石、南澳一带，公然与政府军对抗，也曾与荷兰侵略军联手进攻明军。
在郑芝龙没有被招安之前，刘香虽然势力也不小，对明朝也造成了很大的破坏，但是由于有更大的头——郑芝龙盖着，因此，没有怎么引起明朝皇室的注意。郑芝龙被招安后，随着其他几股势力被消灭，刘香的问题就显得格外严重起来。
郑芝龙被招安，原先与他一起出生入死的刘香一股势力继续其海上劫掠营生。刘香势力与荷兰人勾结，在一段时间内对郑芝龙造成很大威胁。这回轮到郑芝龙出面收拾他了。
崇祯五年（1632年）11月，刘香进犯福建小呈，郑芝龙将其击退。1632年12月4日，郑芝龙与刘香的船队在福州附近遭遇，双方血战一天一夜，各死伤800~1000人。刘香逃脱。
崇祯六年6月，刘香趁荷兰人进犯之机，侵犯长乐，并且从这年7月至10月期间联合荷兰人对阵明朝政府，发生了著名的料罗湾海战。在刘香的帮助下，荷兰人和刘香部共烧沉郑芝龙几十艘船。
崇祯七年4月，刘香侵犯海丰。
崇祯八年（1635年）4月，郑芝龙联合广东进攻刘香于田尾远洋，击溃刘香海上武装集团，刘香自尽。
当时去招降被刘香扣留为人质的明朝官吏洪云蒸正在船上。刘香胁制洪云蒸，要求郑芝龙等退兵。然而这位洪云蒸大义凛然，向着郑芝龙等大声呼喊：“我矢志报国，请赶快击贼，不要失去时机！”刘香勃然大怒，伸手一刀成全了这位视死如归的义士。
洪云蒸一死，郑芝龙再也没有了顾忌，立即下令向刘香的船只发起进攻。刘香毫不示弱，也将船队全部投入作战，这两支中国最强大的海上力量展开厮杀，但无论任何一方，都不能获得绝对的优势，战斗持续了一天，仍然分不出胜负。当时说郑芝龙等曾六破刘香：“一破之于石尾，再破之于定海，三破之于广河，四破之于白鸽。五破之于大担，六破之于钱澳。”
在战斗中，刘香船上的大炮击中郑芝龙的弟弟郑芝鹄的船，郑芝鹄当即被炸死。随后郑芝蟒的船靠近刘香的旗舰，从船上抛出火罐，刘香的船燃起熊熊大火。
刘香船上的火越烧越大，郑芝龙的另一个弟弟郑芝虎由于早时跳到了刘香的船上与之搏杀，于是在船上苦战的郑芝虎无法脱身，最后被大火烧死。刘香战死后，海盗们群龙无首，郑芝龙乘胜击毁数艘海盗船，然后发出招降的信号。
被刘香扣留的另外一些人质康承祖等得以逃脱返回。同年8月，刘香家属60余人，部属1000余人至黄华，到浙江去投降官府。
在这场围剿刘香的战争中，明朝的官吏倒霉的不少。在崇祯五年2月的时候，当时招安郑芝龙的熊文灿已经因为平定闽中海寇有功，被提升为兵部右侍郎兼右都御史，总督两广军务，兼广东巡抚。后来，荷兰人进犯福建时海盗刘香乘机接连进犯闽广沿海各地。崇祯帝命熊文灿处置此事。熊文灿多次用兵没有平定祸乱，于是便考虑招抚。结果这个刘香假装同意投降。熊文灿于是派参政洪云蒸、副使康承祖等去刘香的船上去商讨招安事宜，结果这两个朝廷命官无一例外都被刘香扣留，成了人质。熊文灿跟着倒霉，被崇祯帝斥责，继而被弹劾贬官。
话说刘香在崇祯六年联合荷兰人与明朝政府大战了一场。明朝方面出场的是郑芝龙。
崇祯明荷海战发生于明朝崇祯六年（1633年）7月6日起至10月22日。
荷兰东印度公司对福建沿海进行的劫掠以及封锁，在此段时间中，福建沿海皆有零星劫掠及交战行为，双方规模最大的一次作战为明朝与荷兰和海盗联军于金门料罗湾的作战，明朝水师在郑芝龙的带领下以绝对优势兵力击败荷兰东印度公司与海盗联军。
荷兰自1602年开始在东南亚进行香料贸易，为了拓展与中国方面的贸易往来（尤其是丝织品），于1624年在澎湖建立城堡。此动作刺激到当时的明朝政府，而后明朝政府以绝对优势的兵力包围澎湖并与荷兰人交涉，后荷兰人退出澎湖。
由于无法进入中国港口贸易，荷兰船只如要进行中国贸易仅能停泊在漳州湾周边，由协助者将货物运上船只交易，在本质上为走私行为。当时荷兰人在福建商人许心素协助下勉强从中国方面获得少许丝织品以及其他货物。后来许心素被郑芝龙击败，之后荷兰人转而与郑芝龙签署类似条约，但是在合约中并没有确定每年的供货量，因此荷兰方面对中贸易完全受制于郑芝龙的决定。